Minden bizonyíték arra utal, hogy Zack, a sorozatgyilkos visszatért, s ő rabolta el Dr. Brennant. Ezt maga Zack is elismeri, ekkor azonban nem várt körülményre derül fény, amelynek következtében ismét gyanússá válik mindenki: Bray, a pszichiáter, sőt még az újra felbukkanó Karen Delfs is. Dr. Hodginsnak újra kell értékelnie életét. 2. A mesterséges intelligencia jeles képviselőjét találják szétmarcangolva egy erdőben. A gyilkosságot Brennnan most is ésszel, míg Booth az ösztöneire hallgatva kívánja megoldani. Közben Brennan gőzerővel szervezi a saját titkos születésnapi partiját, ahol ezúttal ő, az ünnepelt okoz jókora meglepetést barátainak.

After discovering the body of a man involved with creating artificial intelligence bots, the team must figure out whether the victim's own A.I. bot was programmed to kill him. In the meantime, Bones plans a special surprise for everyone for her 40th birthday.

Egy öregember holtteste Brennanékat ezúttal egy idősek otthonába vezeti. Vajon mi vagy ki vehette rá a csontritkulásban szenvedő lakót, hogy ne szedje a gyógyszereit, kockáztatva ezzel a halált? Eközben Hodginséknál felmerül az ötlet, hogy vállaljanak második gyereket, ami lavinát indít el Brennan és Saroyan kapcsolatában is.

Szörnyű kínhalát halt pap holttesére bukkannak, akiről kiderül, hogy a Booth egységében szolgált káplán, Aldo Clemens teste. Booth személyes ügynek tekinti az esetet, nemcsak mert a pap jó barátja volt, hanem mert azt gyanítja, hogy az ő régi háborús vétke miatt kellett feláldoznia magát. Brennan és a csapat mindenben a segítségére van, de Booth arra figyelmeztet, hogy az ügynek lesz még folytatása.

A város egy rossz hírnevű részén a felismerhetetlenségig szétlőtt fiatal tanár holttestét találják. Kiderül, hogy Austin, akit imádtak a diákjai, nem éppen tisztességes módszerekkel tett szert extra jövedelemre, ezért Boothék listáján több gyanúsított is szerepel. Közben Aubrey döntésre jut az apjával kapcsolatban, Hodgins pedig ezúttal tényleg kihúzza a gyufát Saroyannál.

Bootht és Brennant ezúttal egy favágó versenyre szólítja a kötelesség, hogy kiderítsék, ki darabolta fel az egyik női résztvevőt. Közben Hodgins áttörő bizonyítékot talál a lobbista-ügyben, Cam és Angela viszont mintha nem osztozna az örömében.

A csapat életébe ismét visszaköszön Booth mesterlövész múltja, amikor egy idős nő megkínzott holttestére bukkannak. A szálak egy szerb származású férfihoz vezetnek, aki a Booth által meggyilkolt háborús bűnös tábornok fia. A bosszúhadjárat azonban még csak most kezdődik, és Booth egységének tagjai után a családjából is áldozatot követel.

Brennan nehezen küzd meg édesapja halálával, és nem bánja, hogy Booth-t Kanadába szólítja a legújabb eset. Kapóra jön viszont Sully, régi szerelme vigasztalása. Az eset kapcsán Hodgins és Edison nagyszerű régészeti felfedezést tesznek egy elsüllyedt viking településről.

Brennannak az édesapja halála után tapasztalt ingerlékenység levezetésére kifejezetten jól jön egy roncsderbi hangulata, ahova a legutóbbi eset szólítja. Közben Hodgins és Sweets bizalmasa, Dr. Gordon azon fáradoznak, hogy Megkeressék Gormogon régi tanítványát, és ezáltal felmentsék Zacket. Hodgins újabb áttörést ér el az ügyben.

A legújabb ügy, amelyben egy ígéretes filmrendező halálának körülményeit vizsgálják, sok változást hoz a csapat életében. Brennan rádöbben, hogy talán elvesztette szenvedélyét a munka iránt, Aubrey előléptetésre pályázik, Angelát pedig mintha túl érzékenyen érintené az eset.

Mark Kovac, aki korábban bosszút akart állni Boothon és családján, megszökik a börtönből. Ám mire Booth rájön, hova rejtette a robbanóanyagot, amit ellopott, már túl késő. Cam és Arastoo házaséletének első napja úgy tűnik, valakinek az utolsó lesz.

A végzetes robbanás következtében Brennan is megsérült, így az utolsó küldetéséhez szüksége van az összes gyakornok segítségére. Együtt kutatnak, nyomoznak a börtönből megszökött és mindenre elszánt Mark Kovac búvóhelye után.