Le père de Nagisa demande à Tomoya de réunir neuf joueurs de base-ball, lui inclus, pour affronter l'équipe rivale de la ville d'à côté. Ce match sera l'occasion pour Tomoya d'affronter un de ses vieux démons...

Mei s'inquiète pour son frère. Tomoya a alors l'idée tout sauf lumineuse de lui chercher une copine fictive pour rassurer sa sœur. Il est éconduit par plusieurs filles, jusqu'à ce qu'une bonne âme lui propose son appui...

Sanae, sous l'alias de Sanako, accorde un rencard à Sunohara pour rassurer sa petite sœur, Mei. Malheureusement, on ne peut pas dire que ç'ait eu l'effet escompté...

Les choses ont décidement bien mal tourné. Mei s'est enfermée dans le mensonge de sa relation avec Tomoya. En dernier recours, elle essaie de faire réintégrer son frère au club de foot, persuadée que c'est la solution pour qu'il redevienne le gentil garçon aimant qu'il était autrefois.

Tomoya et Nagisa amènent à manger à Sunohara sur le conseil de Sanae, mais alors qu'ils arrivent à son dortoir, il est en train de se faire violenter par Misae. Comme d'habitude, c'est lui le fautif...

Katsuki a révélé la triste vérité à Misae, qui prend très mal la chose. Leur relation se tend un moment, mais le jeune homme n'abandonne pas l'idée d'exaucer son vœu le plus cher.

Tomoya, Nagisa et Sunohara prennent le thé dans la salle de Miyazawa. C'est alors que débarque Sudô, un voyou blessé semblant connaître cette dernière.

La situation s'envenime quand le gang rival des amis de Miyazawa croit que Sunohara est son frère Kazuto, leur némésis. Miyazawa et Tomoya vont négocier avec Sasaki, qui leur propose de régler leur différend par un duel à mains nues entre Kazuto et lui.

La fin de l'année approche, et avec elle la fin du lycée pour Tomoya et Nagisa ! Malheureusement pour eux, Nagisa tombe soudainement malade. Le verdict du médecin est sans appel, elle risque de devoir tripler, un résultat qui ne plaît pas à Tomoya, et le mot est faible...

Contrairement à Nagisa, Tomoya a terminé le lycée. S'ensuit une période d'incertitudes où il aide à la boulangerie Furukawa en s'interrogeant sur son avenir à court terme.

Tomoya continue d'apprendre son nouveau métier d'électricien. Malheureusement, c'est un travail physique et très exigeant, qui le fatigue considérablement et amenuise le peu de temps qu'il peut partager avec Nagisa.

Une offre d'emploi pérenne dans une entreprise de la ville tombe pour Tomoya via son employeur actuel, qui songe à le recommander. Tomoya hésite cependant à quitter l'entreprise qui lui a tout donné.

Nagisa emménage chez Tomoya. Commence alors leur quotidien à deux, ponctué de moments drôles, attachants... et d'une bonne nouvelle.

Un heureux événement touche le jeune couple : Nagisa est enceinte ! Sa santé fragile laisse planer quelques doutes sur le déroulé de la grossesse, mais Tomoya et les Furukawa se démènent pour que tout se passe dans les meilleures conditions.

La grossesse de Nagisa arrive bientôt à son terme. Tous leurs amis viennent la féliciter au Nouvel An.

La tragédie qui a frappé Tomoya l'a laissé atone. Alors que les Furukawa s'occupent d'Ushio, Sanae fait tout pour qu'il reprenne sa vie et sa fille en main.

Conformément au plan de Sanae, Tomoya et Ushio entament un voyage. Qu'est-ce qui attend le jeune père et sa fille tout au bout du chemin ?

Bouleversé par sa rencontre avec Shino, sa grand-mère, Tomoya prend conscience de son rôle de parent et de tout ce qu'a enduré son propre père. Il décide alors de prendre Ushio chez lui et de renouer le contact avec celui-ci.

Ushio, devenue un véritable rayon de soleil dans la vie de Tomoya, tape dans l'œil de Fûko, tout juste sortie de l'hôpital, qui viendra jouer chez elle. Tomoya fait également la rencontre de la maîtresse d'Ushio, qui se révèle être une vieille connaissance !

Comme sa mère avant elle, Ushio est tombée malade à 5 ans. Tomoya est meurtri par la nouvelle, alors que dans le monde parallèle, les choses semblent brusquement s'accélérer.

La tragédie frappe à nouveau Tomoya, qui cette fois, n'y survit pas. La famille Okazaki va-t-elle vraiment connaître une fin aussi atroce ?