드디어 사스케를 찾아낸 나루토와 사쿠라, 하지만 사스케는 나루토를 죽이지 않은 이유는 자신의 변덕 때문일 뿐이라면 차갑게 말한다. 구미호는 이 때를 이용해 나루토에게 자신의 힘을 쓰라고 유혹하고 사스케는 놀랍게도 나루토 안의 구미호까지 꿰뚫어본다. 마을을 떠난지 2년 반, 나루토는 한층 달라진 모습으로 지라이야와 함께 나타나 사람들을 놀라게 하지만 장난스러운 면은 여전한다. 한편 츠나데는 마을에 돌아온 나루토에게 수행의 성과를 보여달라고 말하며 어떤 자를 맞아서 상대라고 얘기한다.

츠나데는 나루토와 사쿠라에게 함께 카카시를 상대하라며 결과에 따라서 앞으로의 처우를 결정하겠노라 말한다. 나루토는 친구들이 모두 상급닌자 중급닌자가 되었고 가아라는 카제카게가 됐다는 말에 충격을 받지만 호카게가 되겠다며 결의를 다진다. 한편 모래마을 경비대장 유우라는 아카츠키의 움직임에 대해 보고하고 마을 경비를 강화시킨다. 카카시는 나루토와 사쿠라에게 처음 만났을 때와 마찬가지로 방울을 뺏으라고 요구한다. 모래마을에 나타난 아카츠키의 두 멤버 사소리와 데이다라, 하지만 유우라는 사소리의 명령에 따라 동료들을 살해하고 문을 열어준다.

나루토와 사쿠라는 카카시로부터 방울을 뺏기 위해서 전력투구하고 카카시는 예전에 같은 곳에서 했던 연습을 떠올리며 아이들이 한참 성장했음을 깨닫고 뿌듯해한다. 사소리가 걸어놓은 술법에 따라 유우라는 동료들을 죽이고 문을 열어주고 사소리와 데이다라는 마을로 들어간다. 아이들의 반격은 만만치 않고 카카시는 책도 읽지 못 한 채 아이들과 맞서 싸운다. 나루토는 물론 츠나데로부터 의료인술에 엄청난 괴력까지 물려받은 사쿠라는 주위 사람들을 놀라게 한다. 방울소리를 따라서 들어간 숲속, 둘은 카카시의 환술이 만들어낸 사스케에도 속지 않고 카카시와 맞선다. 자신이 만들어낸 알 수 없는 거미로 감시병을 살해하고 새를 타고 마을로 잠입한 데이다라는 마침내 가아라와 마주친다.

데이다라의 침입을 눈치챈 가아라는 직접 나와 하늘에서 데이다라와 결전을 벌인다. 한편 유우라와의 연락도 끊기고 감시병의 죽음까지 밝혀지자 침입자의 존재를 깨달은 모래닌자들은 칸쿠로와 함께 가아라와 데이다라의 싸움을 보고 놀란다. 한편 카카시는 사륜안에 카피닌자답게 다양한 술법을 구사하며 나루토와 사쿠라를 몰아붙이고 둘은 카카시에게 접근조차 못 한다. 카카시의 약점을 찾기 위해 고민하던 나루토는 카카시에게 접근해 러브러브 택틱스의 결말을 일러주려 하고 이에 놀란 카카시는 눈을 감고 귀를 막았다가 방울을 뺏기고 만다. 한편 데이다라는 여러 가지 폭발물로 가아라를 공격하지만 가아라는 모래를 써서 훌륭하게 막아낸다.

츠나데는 카카시의 방울을 뺏는데 성공한 두 사람에게 앞으로 카카시와 셋이서 카카시팀을 결성하여 활동할 것을 명령한다. 데이다라는 가아라에게 팔을 잃지만 가아라의 절대방어를 가능케하는 호리병에 있는 모래의 성질을 파악한다. 바키는 가아라가 폭주하지 않을까 걱정하지만 칸쿠로는 나루토를 만난 후 달라진 가아라의 모습을 알기에 걱정하지 말라며 안심한다. 카카시는 라면을 사달라는 나루토와 사쿠라를 두고 사라져버리고 라면값을 안 내겠다는 사쿠라 때문에 나루토는 혼자 라면집으로 향한다. 한편 데이다라는 엄청난 점토폭탄을 마을로 떨어트린다.

결국 혼자 라면집에 온 나루토는 소식 듣고 달려온 이루카와 반가운 재회를 한다. 한편 가아라는 폭발물이 마을에 떨어지려 하자 자신의 모래를 써서 큰 방어벽을 만들어 마을을 보호한다. 이루카는 가아라는 카제카게가 됐는데 자신은 아직 하급닌자라며 우울해하는 나루토를 위로하고 나루토는 꼭 호카게가 되겠노라며 결의를 다진다. 한편 데이다라는 가아라의 공격에 왼팔을 잃을 때 모래를 빼내 점토와 섞어 만든 점토인형으로 가아라를 공격하고 결국 마을을 지키기 위해 애쓰던 가아라는 정신을 잃고 데이다라는 가아라를 데려가려 한다.

데이다라는 기절한 가아라를 데려가고 칸쿠로는 급히 가아라를 쫓아간다. 출입구까지 쫓아오자 출입구를 경비하던 닌자들이 다 사망해 있고 사소리가 설치해둔 트랩 때문에 가아라와 함께 나온 닌자들까지 다친다. 칸쿠로는 바키의 만류에도 불구하고 가아라를 쫓아가고 바키는 추적부대를 소집하고 나뭇잎마을에 연락한다. 한편 그날 아침 테마리는 시카마루의 마중을 받으며 나뭇잎마을을 떠나고 나루토와 사쿠라는 카카시와의 첫 임무에 꿈에 부푼다. 사소리와 데이다라를 따라잡은 칸쿠로는 꼭두각시술로 둘을 공격하지만 사소리의 꼭두각시가 막고 나선다.

사소리는 데이다라를 보내고 칸쿠로를 막고 나선다. 한편 모래마을에서 새가 가져온 긴급통신의 해독문을 본 츠나데는 카카시팀에게 카제카게가 납치됐으니 모래마을로 향하라고 명령한다. 칸쿠로는 자신의 꼭두각시를 이용해서 사소리를 공격하지만 사소리는 칸쿠로가 자랑하는 꼭두각시의 공격에 끄덕도 하지 않고 모든 공격을 간파해내고 칸쿠로를 중독시킨다. 의아해하는 칸쿠로에게 사소리는 자신이 예전 모래마을에서 천재조형사로 칭송받던 사소리임을 밝히고 칸쿠로를 두고 사라진다. 가아라의 소식을 들은 지라이야는 마을로 달려와 떠나려던 나루토를 보고 무모하게 덤비지 말고 절대 그 힘을 쓰지 말라고 당부하고 나루토는 길을 떠난다.

모래마을은 가아라를 되찾기 위해 총력을 다한다. 한편 모래마을로 급하게 가던 나루토 일행은 도중에 테마리를 만나서 함께 모래마을로 향한다. 한편 가아라를 되찾으러 갔던 추적부대의 일부가 칸쿠로를 데리고 마을로 돌아오고 바키는 중독된 칸쿠로로부터 사소리 얘기를 듣고 깜짝 놀란다. 나루토는 자신과 같은 아픔을 가진 가아라 때문에 슬퍼하며 가아라를 구할 것을 다짐한다. 그동안 철저한 조사를 해온 사쿠라는 사스케와 이타치의 관계 등에 대해서 모든 것을 알고 아카츠키에 접근하여 오로치마루의 정보를 얻어 사스케에 접근할 것이라고 말한다. 한편 바키는 은거중인 치요 에비조 남매를 찾아가 도움을 청하지만 두 사람은 거절하지만 손자가 아카츠키에 있다는 말에 치요는 놀란다.

치요는 칸쿠로를 진찰하지만 독을 해독하지 못 한다. 전쟁을 겪어 나뭇잎마을에 반발심을 가지고 있는 치요는 츠나데라면 해독할 수 있을지 몰라도 방법이 없다고 단언한다. 한편 데이다라와 사소리는 가아라를 데리고 비밀스러운 장소로 들어가고 그 곳에서 아카츠키의 멤버와 함께 비밀스러운 의식을 시작한다. 한편 츠나데는 불길한 예감을 느끼고 시즈네에게 모래마을에 증원부대를 보내라 명령하고 가이팀이 모래마을로 떠난다. 모래폭풍이 불어 발이 묶였던 나루토 일행은 발걸음을 재촉하여 모래마을로 향하고 칸쿠로를 진찰하러 가지만 치요는 카카시를 보자마자 공격한다.

나루토는 카카시를 공격하려는 치요를 가로막고 치요는 하얀이빨이 아니라는 말에 공격을 거둔다. 본 사쿠라는 능숙하게 칸쿠로를 진찰하고 차크라로 칸쿠로의 독을 빼낸다. 나루토는 카카시에게서 하얀이빨의 카카시의 아버지라는 말에 깜짝 놀란다. 독을 빼낸 사쿠라는 해독제를 조합하고 카카시는 바키에게 사건의 정황을 듣고 추적을 위해 칸쿠로가 싸운 장소로 데려가 달라고 한다. 칸쿠로는 카라스가 가져온 사소리의 옷조각을 내밀고 카카시는 닌자견을 소환해서 냄새로 추적시킨다. 치요는 침입자 중 하나가 자신의 손자 사소리라는 말에 마음이 복잡해진다. 해독제까지 마신 칸쿠로는 가아라가 했던 말을 떠올리며 나루토에게 가아라를 부탁한다고 말한다.

파쿤은 냄새를 뒤쫓아 아카츠키가 가아라를 데려간 곳을 알아내서 카카시에게 알리고 카카시팀과 테마리, 그리고 모래마을의 닌자들이 가아라를 구출하러 떠나려 한다. 하지만 모래마을 상부의 명령으로 모래마을 닌자들의 출발은 금지되고 대신 치요가 카카시팀과 함께 떠난다. 치요는 가아라와 나루토의 몸에 봉인되어 있는 미수들에 대한 얘기를 해준다. 제츠는 가이팀의 접근을 감지하고 가이가 온다는 말에 키사메가 빚을 갚겠다며 나가지만 가이는 기억조차 하지 못 한다. 한편 카카시팀의 접근에 이타치가 이들을 맞으러 나가고 나루토와 사쿠라는 사스케가 떠난 원인인 이타치를 만나고 분노를 느낀다.

카카시는 동술에 걸리지 않게 이타치의 눈을 피하라고 한다. 치요는 사륜안에 맞서 싸우는 전술을 제안하며 공격하자고 하지만 카카시는 만화경사륜안을 쓰는 이타치에게는 통하지 않는다고 말한다. 한편 키사메는 엄청난 차크라를 자랑하며 가이팀을 공격하고 자신을 기억도 못 하는 가이에게 화가 난다. 카카시는 이전의 전투에서 파악한 사실을 말하며 예전과는 같지 않을 거라고 말하며 나루토와 사쿠라에게 엄호를 부탁한다. 가이팀은 키사메의 공격을 잘 막아내지만 키사메는 물감옥술로 네지 리 텐텐을 꼼짝 못 하게 묶어두고 가이를 공격한다. 이타치를 공격하는 나루토 일행, 하지만 나루토는 이타치의 환술에 걸려들고 만다.

물감옥술로 아이들을 가둔 키사메는 가이를 맹공격하고 가이는 쌍절곤으로 맞선다. 눈도 보지 않았는데 환술에 걸린 것을 의아해하는 나루토에게 이타치는 손가락으로 환술을 걸었으며 만화경사륜안은 쓰지 않겠다며 잠들라고 한다. 나루토는 예전에 지라이야에게서 배웠던 환술을 파는 방법을 떠올리며 환술을 풀기 위해 애쓴다. 한편 텐텐은 한계에 다다라 숨이 막혀 힘들어하고 키사메가 불러낸 상어에게 쫓기던 가이는 시간을 더 끌면 안되겠다는 생각에 팔문둔갑을 써서 키사메를 공격한다. 결국 아이들은 이 틈을 타서 물감옥에서 빠져나온다. 나루토가 환술을 깨려고 하자 이타치는 나루토가 많이 성장했음을 깨닫는다.

이타치의 환술 속에서 나루토는 사스케 사쿠라 카카시 가아라의 원망의 말을 들으며 가슴 아파한다. 지라이야에게 배운 환술을 푸는 방법을 떠올리지만 환술이 풀리지 않자 동료의 도움을 받으면 된다는 말을 떠올리며 마음으로 도움을 요청한다. 나루토는 카카시와 사쿠라의 도움으로 환술이 풀리고 카카시는 나루토와 이타치를 맹공격한다. 카카시는 그림자분신으로 이타치를 잡고 나루토는 지라이야의 도움으로 새롭게 개발한 초대형 나선환으로 이타치를 해치운다. 한편 가이도 키사메를 쓰러트리는 데에 성공한다. 하지만 쓰러진 이타치는 유우라대장 키사메는 알 수 없는 남자의 시체로 바뀌어있다.

가이 일행과 나루토 일행은 자신들이 상대한 것이 가짜로 시간을 벌기 위한 작전이었다는 사실을 알고 아연실색한다. 치요는 이렇게 발을 묶어두려 한 것을 보면 미수를 떼어내려고 하는 중일 것이라며 미수를 떼어낸 인주력은 죽는다고 말한다. 치요로부터 유우라가 스파이였다는 소식을 들은 모래마을 장로진들은 이 일이 알려지면 마을의 수치며 외부의 침입을 받을 거라며 하루라도 빨리 새 카제카게를 뽑아야하고 가아라는 실패작으로 돌아오지 않는 편이 나을 수도 있다고 한다. 그리고 3대 카제카게가 실종됐을 당시 그를 찾느라 경비를 소홀이 해 마을이 침입당했던 일을 얘기한다. 한편 가짜 아카츠키를 상대하느라 체력이 크게 저하된 두 팀은 휴식을 취하기로 한다.

휴식을 마친 가이팀과 카카시팀은 다시 가아라를 구하기 위해서 길을 재촉한다. 아카츠키는 마지막 마무리를 하기 위해 분리 작업에 몰두하고 가이팀과 카카시팀은 아무런 방해도 없는 아카츠키의 반응에 의아해한다. 같은 마을 동료도 아닌 가아라를 왜 저렇게 구하려 하느냐는 치요의 물음에 카카시는 같은 인주력으로서 가아라의 아픔을 알고 진심으로 구하려 하는 것이라고 대답한다. 치요는 가아라에 수학을 봉인한 것은 자신이라며 지금껏 모래마을을 위해서라 생각하고 해온 일이 잘못된 것이었는지도 모르겠노라고 말한다. 가아라는 마침내 의식을 잃고 가이팀과 카카시팀은 가아라가 있는 곳에 도착해서 만난다.

동굴 입구에서 마주친 카카시팀과 가이팀, 하지만 바위를 부수고 안으로 들어갈 수가 없다. 부적 5개를 5군데에 붙여서 만들어 5개의 부적을 한꺼번에 떼야 해제할 수 있는 오봉결계, 두 팀은 힘을 합쳐서 결계를 해제하는데 성공한다. 하지만 아카츠키는 이미 가아라의 몸에서 일미를 빼내는 데 성공한 상태, 아카츠키의 리더 페인은 사소리와 데이다라에게 두 팀을 상대할 것을 지시하고 다른 멤버들은 모두 떠난다. 쓰러진 가아라를 보고 나루토 일행은 놀라서 말을 잃고 사소리와 데이다라는 가장 먼저 큰 소리를 지르며 달려드는 놈이 인주력이라는 이타치의 말대로 소리지르며 다가오는 나루토를 보고 인주력임을 눈치챈다.

가이팀은 부적을 떼어내고 결계를 풀어내는 데는 성공하지만 그와 동시에 적을 만나게 된다. 아카츠키는 다른 팀의 발을 묶어두기 위해 부적을 떼는 것과 동시에 부적을 뗀 자의 복제가 나타나 공격하도록 만든 것. 사망한 가아라의 모습을 본 나루토는 이성을 잃고 날뛰려 한다. 하지만 사소리와 데이다라는 관심도 주지 않고 예술에 대해서 말싸움을 벌인다. 한참 말싸움을 벌이던 데이다라는 가아라를 데리고 달아나고 미친 듯이 쫓아가는 나루토의 뒤를 쫓아 카카시도 따라간다. 사쿠라는 사소리와 대치하는 것만으로 엄청난 위압감을 느끼고 이에 치요는 겁먹지 말라며 공격을 시작한다.

치요는 지금 보이는 것은 꼭두각시로 본체는 안에 있다며 접근전에 약한 꼭두각시술의 단점을 보완하기 위해 만든 것이라고 한다. 사소리는 자신은 적을 죽여서 내장을 빼내고 피를 뽑아서 꼭두각시로 만들어 수집한다며 둘이 죽으면 딱 3백개가 된다고 말한다. 치요는 천재 조형사 사소리가 사람으로 만든 생체 꼭두각시를 만들었고 지금 보이는 것은 그 중 하나인 히루코라며 사쿠라에게 작전을 지시한다. 꼭두각시와 싸울 때 장치의 무기에 대해 잘 알고 있어야 한다며 히루코가 많이 바뀐 상태라 자신도 잘 알 수 없으니 최대한 가까이 접근해서 괴력으로 히루코를 파괴하라고 말하고 독이 있으니 공격을 완전하게 피해야 한다고 말한다. 작전대로 사쿠라는 사소리에게 접근하여 히루코를 박살내고 결국 본체가 밖으로 나온다.

칸쿠로와 테마리는 가아라를 구하기 위해 길을 나서지만 피곤해하는 일행 때문에 잠시 휴식을 취하고 에비조는 3대 카제카게 실종에 대해 얘기해준다. 한편 사쿠라와 치요는 너무나 어린 얼굴의 사소리에 놀란다. 나루토는 데이다라의 도발에 정신없이 뒤쫓고 카카시는 가이팀의 지원이 없는 상태에서 나루토를 쫓아간다. 치요가 사쿠라를 꼭두각시처럼 조종하는 탓에 공격이 불발로 끝나자 사소리는 3대 카제카게로 만든 생체 꼭두각시를 선보인다. 사쿠라는 사소리에게 오로치마루에 대한 정보를 듣겠다 다짐하고 사소리는 사쿠라가 공격을 피하자 독연기로 공격한다.

나루토와 일대 일로 맞붙기 위해 데이다라는 카카시를 떨구어내려 하지만 실패하고 카카시는 점점 동굴에서 멀어지자 불안해진다. 한편 가이팀은 자신의 카피와 싸우느라 힘들어한다. 사쿠라는 사소리에게 잡힌채로 독연기에 당하지만 연기를 마시지 않고 참는다. 그리고 사스케가 떠난 뒤 나루토에게 한 약속을 떠올리며 스스로 기폭찰을 터트리고 빠져 나와서 어떻게 해서든 오로치마루에 대해 입을 열게 만들 거라며 사소리에게 소리친다. 치요는 모래마을에 있던 시절 사소리가 처음으로 만든 꼭두각시 아빠와 엄마를 꺼내서 사소리를 공격하고 사소리는 3대 카제카게를 최강으로 만들어줬던 사철 공격을 준비한다.

3대 카제카게의 생체 꼭두각시는 생전에 그를 최강으로 불리우게 했다는 사철을 쓰기에 이른다. 이는 생전의 차크라를 그대로 유지하는 생체 꼭두각시를 만들 수 있는 사소리만의 기술. 치요는 사쿠라에게 이 곳은 자신이 맡을테니 도망가라고 하고 사철 공격을 꼭두각시 ‘아빠’로 막지만 아빠는 사철로 무용지물이 된다. 두 번째 공격을 꼭두각시 장치로 만든 자신의 손으로 막은 치요는 어려서 부모를 잃고 외로워하는 손자를 위해 꼭두각시술을 가르쳐주었던 일과 아빠와 엄마를 만들어 외로움을 달래던 사소리를 떠올리며 피한다. 치요는 사쿠라에게 다시 한번 도망치라고 하지만 사쿠라는 자력을 쓰는 3대 카제카게에 영향 받지 않는 자신의 몸을 꼭두각시 대신으로 쓰라고 한다.

사쿠라와 사소리의 전투로 동굴이 무너지며 엄청난 소리가 들리자 카카시는 초조해지지만 나루토는 데이다라를 쫓는데 정신이 없다. 가이팀도 이 소리를 듣고 네지로부터 아지트가 무너지고 있으면 사쿠라가 사소리를 맞아 막상막하고 싸우고 있다는 말에 모두 놀란다. 사쿠라는 의료닌자는 무엇보다 공격을 피하는 회피능력이 중요하다는 말과 함께 상대의 패턴을 읽어내어 공격을 예측하기 위한 츠나데와의 수행을 떠올리며 훌륭하게 사소리를 상대한다. 사소리의 행동 패턴을 보며 공격을 예측하고 피하는 사쿠라를 본 사소리는 사철계법을 쓰고 사쿠라는 상처를 입고 사철에 주입해둔 독으로 쓰러진다. 사소리는 쓰러진 사쿠라를 공격하지만 다시 일어난 사쿠라는 꼭두각시를 주먹으로 박살낸다.

죽은 줄 알았던 사쿠라가 일어나 꼭두각시를 박살내자 치요와 사소리는 깜짝 놀란다. 사쿠라는 칸쿠로를 치료할 때 미리 만들어뒀던 해독약 2개를 가져와서 하나를 썼다고 치요에게 말한다. 이상하다 생각하던 사소리는 츠나데를 떠올리고 사쿠라가 해독약을 만들었다는 사실에 분노한다. 데이다라는 카카시를 떼어내기 위해 작은 기폭점토로 공격하고 카카시는 분신을 이용해 당한 척했다가 데이다라가 나루토 앞에 모습을 드러내자 다시 나타나서 나루토에게 진정하고 자신의 작전에 따르라고 한다. 사쿠라는 남은 해독약 하나를 치요에게 맡기고 데이다라는 직접 자신의 몸으로 만든 생체 꼭두각시를 선보인다.

사소리는 처음에는 뜨거운 화염공격 그리고 물공격을 계속한다. 사쿠라는 마침내 상처를 입지만 통증을 참고 겨우 겨우 해독약 지속시간 내에 사소리를 쓰러트리고 꼭두각시 사소리는 조각이 나서 흩어진다. 하지만 사소리는 다시 재조립되어 일어나고 치요는 혼자서 성 하나를 함락시켰다는 십기를 선보인다. 이에 사소리는 백기를 끄집어내고 치요는 사쿠라에게 그만 떠나라고 하지만 사쿠라는 거절한다. 드디어 치요의 10개의 꼭두각시와 사소리의 100개의 꼭두각시의 현란한 싸움이 시작되고 치요는 사쿠라에게 공격기회를 주기 위해 열심히 싸운다. 하지만 결국 치요는 상처를 입고 상처를 입으면서도 차크라를 제압하는 봉인술로 사소리의 몸을 묶는데 성공하지만 독으로 쓰러지고 사쿠라는 해독약을 주사하기 위해 달려간다. 하지만 사소리의 가슴에 나온 생체핵은 다른 꼭두각시로 들어가고 그 꼭두각시는 사쿠라를 찌른다.

사소리의 칼에 찔린 사쿠라는 피를 쏟으며 괴로워하고 치요는 하나 남은 해독약을 사쿠라에게 주사한다. 사소리는 확실하게 사쿠라의 숨통을 끊어놓으려 하지만 치요가 부리는 ‘아빠’와 ‘엄마’에게 가슴에 붙어있던 자신의 생체핵을 찔리게 된다. 치요는 의식을 잃은 사쿠라의 몸에서 칼을 빼고 상처를 치료한다. 급소를 찔러 소용없다는 사소리의 비웃음에 술사의 목숨과 맞바꾸어 목숨을 살리는 전생인술이라며 사소리를 위해 만든 것이라 말하고 이에 사소리는 어린시절의 추억을 떠올린다. 마침내 사쿠라는 깨어나고 사소리는 자신을 쓰러트린 상이라며 자신이 오로치마루에게 심어놓은 스파이를 열흘 뒤 만나기로 한 장소를 가르쳐주고 숨을 거둔다. 한편 나루토는 카카시와 함께 데이다라를 해치울 작전을 시작한다.

사소리는 마침내 숨을 거두고 가이팀은 이 사실을 알고 기뻐하지만 사소리가 죽고도 술법이 풀리지 않자 복제를 스스로 쓰러뜨려야 한다는 사실에 난감해한다. 독에 중독되어 힘들어하는 치요에게 사쿠라는 빨리 마을로 돌아가자고 하지만 치요는 아직 할 일이 남아있다며 거절한다. 한편 가이팀은 점점 더 복제에게 밀리고 네지는 적은 부적을 떼어낼 당시의 자신들을 복제한 것으로 싸움으로 피곤해진 탓에 밀리는 것이라고 말한다. 그 말을 듣고 리는 그 당시의 자신들보다 더욱 강해지면 된다며 수행 당시 썼던 구호 ‘어제의 자신보다 더욱 더 강하게’를 상기한다. 이 말에 의지를 굳게 다진 가이팀은 마침내 심기일전하여 적을 쓰러트린다.

리의 뜨거운 말에 심기일전한 가이팀은 무서운 기세로 가짜를 공격해서 승리를 거두고 서둘러서 카카시팀을 도우러 간다. 한편 치요는 독으로 위급한 몸으로도 고집스럽게 사쿠라와 함께 나루토 일행을 쫓아간다. 조용히 데이다라를 뒤쫓던 카카시는 마침내 만화경사륜안으로 데이다라를 공격하지만 결계를 만드는데 익숙하지 않아 오른팔은 날려버리지만 데이다라를 놓치고 만다. 하지만 나루토는 기습공격으로 가아라를 탈환하는데 성공한다. 겨우 몸을 숨긴 데이다라는 달아나려 하지만 나루토에게 들키고 만다. 나루토는 데이다라를 찾아서 공격하지만 이미 바꿔치기술로 몸을 숨기고 달아난 후다. 이에 분노한 나루토에게서 구미호의 차크라가 새어나오기 시작하는데...

나루토 몸에서 흘러나오기 시작한 차크라가 나루토를 감싸고 나루토는 폭주한다. 카카시는 그것이 지라이야가 말했던 ‘구미호의 탈’임을 깨닫고 꼬리가 하나였을 때 제압해야 한다는 말을 떠올리며 지라이야가 든 봉인으로 나루토를 진정시킨다. 이를 지켜본 데이다라는 몰래 도망가려 하지만 네지의 백안에 들켜 가이팀과 맞닥트린다. 가이팀에 쫓기던 데이다라는 기폭점토로 만든 새를 찾아 폭발을 일으키지만 카카시가 동술을 이용해 폭발을 다른 공간으로 보내는 덕에 모두 무사하다. 가아라의 죽음을 확인한 나루토는 눈물을 흘리며 분노를 쏟아내고 이를 본 치요는 가아라에게 다가가 전생인술을 펼친다.

치요는 전생인술로 가아라를 되살리려 하지만 차크라가 부족해 고전한다. 이에 나루토는 자신의 차크라를 대신 쓰라고 하고 치요는 카카시에게 들었던 말을 떠올리며 나루토에게 호카게가 되어 새로운 미래를 만들어가라 말하며 가아라를 구해주라고 부탁하고 숨을 거둔다. 마침내 가아라가 깨어나고 가아라는 자신을 구하기 위해 달려온 사람들을 보고 놀란다. 그리고 치요가 전생인술을 써서 자신의 목숨과 맞바꿔서 가아라를 살려냈다는 것을 안 사람들은 모두 숙연해진다. 그리고 모두 그런 치요를 위해 가아라의 말에 따라 묵념을 한다.

가까스로 몸을 숨긴 데이다라는 떨어져나간 팔을 찾아나서고 제츠와 함께 시체를 찾으러 온 토비는 사소리가 죽었다는 사실을 알아낸다. 한편 모래마을 사람들은 모두 나와서 뜨겁게 가아라를 환영하고 모두 치요의 명복을 빈다. 가이팀과 카카시팀은 가아라남매의 만류에도 마을로 돌아갈 것을 서두른다. 왜 가아라를 인주력을 노리는 놈들이 있는 위험한 곳으로 보냈냐는 시즈네의 질문에 츠나데는 인주력이기 때문에 보냈다고 대답한다. 한편 토비 일행은 죽은 줄 알았던 팔이 떨어져나간 데이다라와 만난다. 이별의 순간 가아라는 쑥스러워하는 나루토에게 먼저 악수를 청하고 가이팀과 카카시팀은 길을 나선다. 한편 마을의 숨은 실력자 단조는 한 소년에게 사이라는 이름을 내리며 카카시팀에 배치도게 손을 썼노라며 임무를 내린다.

모래마을 사건도 해결되고 평화로운 날이 이어지는 나뭇잎마을, 모래마을에 파견됐던 가이팀과 카카시팀이 돌아오지만 카카시는 사륜안을 쓴 여파로 쓰러진 상태로 일주일 이상 요양해야 한다는 진단이 떨어진다. 사쿠라는 츠나데에게 사소리에게 들은 정보를 말하고 츠나데는 새로운 멤버로 팀을 재편성하겠다고 말한다. 시즈네는 나루토가 위험하다며 보내지 말라고 극구 말리지만 츠나데는 나루토와 사쿠라의 굳은 의지가 임무를 성공시킬 거라고 일축한다. 이 얘기를 숨어서 들은 나루토는 새로운 멤버를 보충하겠다며 친구들을 찾아나서 시노 키바 히나타를 만나고 멋대로 졸라대지만 임무가 있다고 거절당한다. 시카마루를 쫓아가서 졸라대는 나루토 앞에 나타난 쵸지가 도와주겠다고 말하지만 그 순간 사이의 공격이 시작된다.

사이는 공격을 멈추고 다시 만나게 될 거라며 사라진다. 시즈네는 계속해서 나루토를 보내는 것에 반대하지만 츠나데는 자신이 알아서 하겠다며 걱정말라고 한다. 그 때 마을의 고문인 호무라와 코하루가 나타나 나루토를 임무에서 빼고 마을에서 감시해야 한다고 말한다. 하지만 츠나데는 혹시 무슨 일이 생기면 자신이 마을을 지키겠노라고 단언한다. 이에 호무라와 코하루는 새로운 팀에 자신이 추천한 자를 넣어달라 하고 단조를 부른다. 3대 호카게와 대립관계였던 강경파로 암부에 뿌리라는 조직까지 만들었던 단조의 등장에 츠나데는 긴장하고 리더는 자신이 선발하겠다고 말한다. 츠나데가 리더로 선발한 자는 호카게의 직속 암부 중 한 명으로 드디어 새 팀이 한자리에 모이는 시간, 나루토는 사이를 보고 경악한다.

새로운 팀이 만나는 자리, 사이를 본 나루토는 흥분해서 사이를 공격하려 하고 새로운 동료라는 야마토의 말에 놀란다. 야마토는 천지교로 가서 아카츠키가 심어놓은 스파이를 잡아오는 임무에 대해 설명하고 나루토는 가슴이 설렌다. 한편 지라이야는 입원중인 카카시를 찾아오고 츠나데도 야마토를 데리고 병원으로 향한다. 새롭게 팀의 대장을 맡은 야마토에게 지라이야와 카카시는 ‘구미호의 탈’에 대해서 얘기한다. 한편 떠나기 전 인사를 하러 온 사쿠라와 얘기를 나누던 츠나데 앞에 단조가 나타난다. 강경파의 수뇌로 온건파인 3대 호카게와 적대관계였던 단조는 바짝 츠나데를 약올리고 떠난다. 그리고 나루토와 사쿠라는 야마토 사이와 함께 새로운 팀으로 임무를 완수하러 떠난다.

길을 나선 나루토는 사이의 도발에 사스케를 거론하며 사이를 절대 팀원으로 인정할 수 없다고 선언하고 이에 사이는 나뭇잎을 버리고 오로치마루에게 간 사스케와 같은 취급 받고 싶지 않다고 말한다. 분노하여 공격하려는 나루토를 말린 사쿠라는 미소로 사이를 방심케 하고 주먹을 날린다. 보다 못 한 야마토는 목둔 인술을 펼쳐서 둘을 말리고 야마토가 초대 호카게만의 비술을 쓰는 것을 본 사쿠라는 크게 놀란다. 그날 밤 모두 온천이 딸린 여관에서 묵어가게 되는데 사이는 온천에서도 나루토를 도발하여 화나게 만든다. 여관에서 화려한 진수성찬을 맛보고 잠자리에 든다. 다음날 아침 사쿠라는 혼자 어딘가로 가는 사이를 보고 의아해한다.

사이가 그림 그리는 것을 본 사쿠라는 그림 제목이 뭐냐고 묻지만 사이는 한번도 그림에 제목을 달아본 적이 없으며 아무 것도 느끼지 못 하기 때문에 제목을 달래야 달 수가 없다고 대답한다. 뒤이어 온 나루토에게도 자신은 나루토에게 아무 감정이 없다고 말한다. 사쿠라는 사이의 짐에서 직접 그린 그림책을 발견하고 보여달라고 하지만 사이는 형의 그림책으로 다 완성되지도 않았고 아무에게도 보여주지 않기로 했다는 수수께끼 같은 대답을 한다. 온천을 떠나 출발한 나루토 일행, 야마토는 정보가 거짓으로 함정일 수도 있다며 깊은 숲 속을 가로질러 위험한 길로 간다. 그날 밤 목둔 인술로 멋진 집을 만들어낸 야마토는 스파이를 속이기 위해 자신이 사소리로 변장해서 스파이를 만날 것이며 스파이를 생포하는 것이 목적이므로 절대 해쳐서는 안 된다며 작전을 일러준다. 그리고 작전에 따라 자신과 사쿠라가 파트너로 한 팀이며 나루토와 사이가 파트너로 한 팀을 이룰 것을 지시한다.

나루토는 사이와 한 팀이라는 말에 발끈하고 사쿠라는 자신이 나루토와 팀을 이루겠다고 하지만 야마토는 의료닌자는 다쳐서 안 된다며 거절한다. 다음날 카카시팀은 야마토의 지휘 아래 실전에 대비하여 모의훈련을 한다. 야마토가 스파이로 분장하여 아이들의 반응을 살피는 것. 나루토는 그림자분신을 이용해 야마토를 잡지만 야마토는 이미 눈치채고 바꿔치기술을 써서 빠져나간다. 사이는 나루토와 가짜 야마토를 초수위화로 묶어두고 야마토를 잡는 데에 성공한다. 사이는 화가 난 나루토에게 사스케를 비난하는 발언까지 하지만 나루토는 사스케를 구하기 위해 뭐든 할 것이라 말한다. 형이 있으면 나루토의 감정을 알지 않을 것이냐는 사쿠라의 말에 사이는 이미 형은 죽었으며 자신은 감정이 없다고 대답한다. 그리고 카카시팀은 계속해서 천지교로 향한다.

천지교 부근까지 온 야마토는 목둔 인술로 사소리의 모습으로 변신하고 목소리까지 사소리에 맞춘 뒤 천지교로 향한다. 아이들이 숨죽이며 지켜보는 가운데 나타난 사소리의 부하는 놀랍게도 카부토였다. 카부토는 오로치마루의 아지트는 여러 곳으로 계속 이동하며 현재 있는 위치와 사스케도 함께 있다는 말을 한다. 전에 말한 것을 달라는 카부토의 말에 들킬 것을 직감한 야마토는 카부토를 공격하려 하지만 오로치마루가 나타난다. 그리고 오로치마루를 경계하는듯하던 카부토는 갑자기 야마토를 공격한다. 본모습을 드러낸 야마토에게 카부토는 오로치마루가 사소리가 건 술법을 풀어줬으며 자신은 오로치마루의 사상에 공감했다고 밝힌다. 오로치마루는 야마토에게 숨어있는 아이들을 불러내라고 말하고 야마토의 신호에 따라 나루토 일행은 오로치마루 앞에 나선다.

사스케를 돌려달라는 말에 카부토는 비웃으며 나루토를 자극하고 오로치마루는 사스케에 대해서 알고 싶은 자신이 직접 입을 열어서 말하도록 만들어보라고 말한다. 그 말에 분노한 나루토의 몸에서 구미호의 차크라가 흘러나오며 구미호의 탈을 형성한다. 구미호의 차크라가 구미호의 탈을 만들 때 그것은 구미호의 몸에 엄청난 상처를 입힌다는 것을 알게 된 지라이야는 츠나데와 함께 초대 호카게의 세포를 물려받아 목둔 인술을 쓸 줄 아는 야마토에게 나루토를 부탁했던 것. 그리고 오로치마루의 발언에 따라 모두 야마토가 초대 호카게의 유전적 요소를 주입했던 자신의 실험에서 살아남은 생존자란 것을 알게 된다. 자신의 사스케와 나루토의 실력을 겨뤄보게 하고 싶다는 오로치마루의 말에 분노한 나루토의 모습은 점점 구미호에 가까워진다.

오로치마루를 앞에 두고 흥분한 나루토는 구미호의 탈을 쓴 상태가 되고 카부토는 나루토를 공격하려다 나루토의 차크라에 되려 당하고 만다. 나루토의 분노는 다리를 파괴하고 피하는 오로치마루와 함께 다리 건너편으로 간다. 사쿠라는 카부토와 부딪혀 정신을 잃게 되고 사이는 사쿠라를 구하지 않고 외면한다. 겨우 야마토의 손에 구해진 사쿠라는 정신을 차리고는 벌어진 사태에 깜짝 놀란다. 오로치마루는 아직 사스케한테는 멀었다고 놀리듯 말하고 자신이 힘이 없어 떠나는 사스케를 잡지 못 했다는 자책에 시달리던 나루토는 괴로워한다. 야마토는 목둔분신을 이용해 정찰을 보내지만 그 곳에는 마침내 네 번째 꼬리까지 드러나며 거의 구미호의 모습으로 변해버린 나루토가 있었다.

네 번째 꼬리가 생겨난 이후 더욱 더 엄청난 양의 사악한 차크라가 뿜어져나오고 이를 알게 된 야마토는 불안해한다. 나루토의 엄청난 힘에 사이와 야마토분신은 접근조차 하지 못 하고 나루토의 오로치마루의 싸움이 시작된다. 불안해진 사쿠라는 야마토에게 어떻게 된 일이냐며 묻지만 야마토는 이런 일에 대비해서 자신이 뽑힌 거라며 걱정하지 말라고 한다. 쓰러졌던 카부토는 사쿠라와 야마토에게 어떻게 오늘 일을 알고 왔냐며 사소리가 오늘 오지 못 할 상황이 생긴 것 아니냐고 죽었다는 말에 기뻐한다. 거의 구미호가 된 나루토는 엄청난 고밀도의 차크라를 뿜어내고 오로치마루는 삼중나생문으로 방어하지만 한 순간에 뚫리고 만다. 나루토와 오로치마루의 엄청난 싸움에 모두 압도되고 점점 더 구미호에 가까워지는 나루토의 모습에 사쿠라는 불안해진다.

오로치마루는 쿠사나기검으로 나루토를 공격하고 나루토는 검에 밀려 다리 건너편으로 다시 넘어온다. 그 와중에 사이는 계속 오로치마루의 행동을 살피며 수상하게 행동하고 사쿠라는 나루토의 모습에 크게 충격을 받고 만다. 쿠사나기검도 나루토의 몸을 관통하지 못 하고 오히려 그 검을 튕겨낸다. 사쿠라는 괴물처럼 변해버린 나루토의 모습을 보면 눈물을 흘리며 달려가 자신이 사스케를 구할테니 그만하라고 외친다. 싸움으로 몸에 무리가 온 오로치마루는 다시금 새로운 몸을 만들어내고 돌아갈 준비를 한다. 나루토는 사쿠라를 알아보지 못 하고 공격하고 야마토는 목둔술로 힘겹게 나루토를 막는다. 카부토는 사쿠라를 치료해주며 살려주는 대신 아카츠키를 하나라도 더 처리해달라는 말을 남기고 사라진다. 사이는 오로치마루에게 접근해 자신은 단조의 사자로 단조가 오로치마루에 전하는 말이 있다고 한다.

야마토의 목둔 인술로 나루토는 겨우 자신의 모습으로 돌아오지만 몸은 이미 만신창이가 된 상태다. 사이는 오로치마루에게 접근하여 단조가 오로치마루에게 전하는 말이 있다며 단조가 부탁한 물건을 전하고 이를 본 오로치마루는 사이를 데리고 카부토와 함께 떠난다. 사쿠라는 혼신을 다해서 나루토를 치료하고 야마토에게 나루토를 막은 술법을 가르쳐달라고 하지만 야마토는 초대 호카게의 세포를 물려받은 자신만이 쓸 수 있는 술법이며 나루토의 목걸이가 도움이 되었다고 한다. 겨우 정신을 차린 나루토는 그 동안 있었던 일을 기억하지 못 하고 야마토는 사이가 오로치마루와 함께 떠났다며 단조로부터 극비 임무를 받았을 가능성을 제기하고 단조가 나뭇잎을 부수려 하는 것일지도 모른다고 말한다.

혼란스러워하는 나루토에게 사쿠라와 야마토는 단조는 3대의 의지를 물려받은 현 체제를 무너트리고 자신이 호카게가 되어 전면에 나설 생각이며 그를 위해 나뭇잎 부수기와 같은 큰 사건이 필요한 것으로 오로치마루와 손을 잡을 생각일 것이라 말한다. 나루토는 사이의 임무가 단조와 오로치마루 사이의 다리 역할이라는 말에 깜짝 놀란다. 야마토 분신의 미행을 눈치챈 오로치마루는 일을 꾸며 가짜 사이 시체를 남기지만 야마토 분신은 속지 않는다. 야마토는 힘들어하는 나루토를 내버려두고 추적을 계속하자고 말한다. 나루토는 다시 굳은 의지로 함께 추적에 나서지만 나루토 때문에 다친 사쿠라가 정신을 잃고 만다. 야마토는 쉬어갈 것을 제안하고 나루토를 따로 불러내서 사쿠라를 다치게 한 것은 바로 너라고 말한다.

Set in an Alternate Universe from the main continuity, the OVA tells the story of Naruto and his misadventures at the high school he attends as a transfer student. From the first day, he swiftly establishes a fierce rivalry with Sasuke, picks fights with every person he can, and fends off gangsters who would seek to defeat him. The story also outlines the three girls' reactions to Naruto's antics, as well as teasing the famous NaruHina ship somewhat.

야마토의 말에 나루토는 그제야 자신이 구미호의 힘을 빌어 엄청난 짓을 저지른 것을 자각한다. 야마토는 자신은 인주력의 힘을 제압할 수 있는 특별한 능력을 가지고 있으니 도와주겠노라며 구미호의 힘을 빌리지 말고 자신의 힘으로 사스케를 찾으라고 말한다. 사쿠라는 조금 전에 주웠던 그림책을 보다 이상한 점을 발견하고 나루토와 야마토를 부른다. 대사가 전혀 없이 그림만으로 이루어진 그림책은 앞뒤 표지에 사이를 닮은 검은머리 소년과 정체를 알 수 없는 흰머리 소년이 페이지를 더해갈수록 새로운 적과 만나 그를 쓰러트리고 무기와 옷을 뺏는 내용이지만 마지막 페이지는 미완성으로 남아있다. 사쿠라는 흰머리 소년이 사이가 말한 형이 아닐까 생각한다. 한편 오로치마루 일행은 마침내 오로치마루의 아지트에 도착하고 사이는 그 곳에서 사스케를 만난다.

사스케는 나루토를 거론하며 자신을 자극하는 사이의 말에도 냉정하게 대답하고 관심을 주지 않고 사륜안으로 사이를 공격한다. 사이는 극심한 공포를 느끼고 자신으로 하여금 공포를 느끼게 한 사스케에 놀란다. 한편 나루토 일행은 야마토분신의 도움으로 아지트에 도착한다. 야마토는 사이에게 썼던 추적용 씨앗을 나루토와 사쿠라에게도 먹이고 그리고 땅을 파서 지하로 접근한다. 아지트를 둘러싼 바위를 목둔인술로 파괴하고 아지트로 진입한 나루토 일행은 씨앗의 힘을 빌어 사이를 찾아 나선다. 한편 사이를 방에 가둔 카부토는 오로치마루에게 받은 호카게 직속 암부 구성원 리스트를 방에 두고 온 것을 기억하고 다시 사이의 방으로 향한다.

나루토 일행은 마침내 사이를 찾아내고 사이는 스스로 입을 연다, 단조의 명령으로 나뭇잎마을을 치기 위해 오로치마루와 결탁하고 오로치마루의 정보를 빼내는 임무를 맡고 왔다고. 사쿠라는 분노하지만 사이는 자신은 명령에 따를 뿐이라고 한다. 하지만 사쿠라는 그림책을 거론하며 사이는 감정을 다 죽이지 못 한 것이라고 말한다. 야마토는 그림책의 마지막에서 형과 사이가 만나 싸우는 것 아니냐고 하지만 사이는 선물로 주려 그리던 것이지만 형이 죽는 바람에 선물하지 못 했다고 한다. 나루토 일행은 사이를 묶어두고 다시 잠입하려 하지만 사이는 사스케와 만났으면 사스케가 나루토를 부정했다고 한다. 하지만 나루토는 사스케는 귀한 친구며 겨우 만들어낸 유대감이라며 자신은 오로치마루의 손에 난도질 당해도 사스케를 되찾고 말겠다고 한다.

이상한 변화에 눈치 챈 카부토에게 습격을 받은 카카시팀. 불시의 습격으로 사이를 뺏기지만, 사쿠라에게 그림책 이야기를 들은 사이의 마음속에는 변화가 일어난다. 전투태세에 돌입한 나루토 일행을 놀래키는 사이의 경악스러운 행동은…!? 그리고 카부토로부터 들은 정보를 토대로 사스케를 찾을 수 있을 것인가. 사스케를 찾기 위해 두 팀으로 나뉜 카카시 팀. 나루토와 사쿠라의 마음속에는 사스케와의 아련한 추억과 이별의 기억이 되살아난다.

만신창이가 된 몸이 회복하기도 전에 열심히 사스케를 찾아 나서는 나루토. 그런 서투르고 필사적인 모습은 사이의 마음속에 형에 대한 기억을 불러일으키는 모습이었다. 예전의 기억을 되살려 마침내 미완성의 부분을 완성시킨 사이는 처음으로 마음 속에서 우러나오는 미소를 보여준다. 그러나 갑자기 덤벼드는 오로치마루의 습격으로 평온함도 잠시 뿐. “사스케는 반드시 구해낼거야”라고 약속하고, 나루토에게 뒤를 맡기고 그 자리를 떠나는 사이. 그러나 야마토는 사이가 남긴 짐 속에서 무시무시한 진실을 발견한다.

사이가 맡은 진짜 임무가 “사스케 암살”이었다는 것을 알고 아연실색하는 카카시팀. 사이가 보여준 미소가 진심이었다고 믿고 싶은 나루토지만, 연기를 했을 가능성도 부정할수 없다. 한편 그 무렵, 사이는 사스케가 있는 곳에 도착하고, 암살이냐 구출이냐의 기로에서 사이가 선택한 결말은…아지트의 일부를 붕괴시키면서 교전에 돌입하는 사이와 사스케. 그리고 차크라를 이용하여 사이가 있는 곳으로 간 나루토 일행은, 마침내 비원(悲願)이었던 사스케와 재회한다.

염원이었던 사스케와 재회한 나루토 일행. 그러나 사스케의 마음은 3년이라는 시간이 흘렀어도 변함이 없었다. 형인 이타치를 향한 복수가 첫번째 목적으로, 나루토 일행과는 벌써 연을 끊었다고 말하는 사스케. 가차 없이 나뭇잎 마을 일행에게 달려든다. 압도적인 성장을 보여주는 사스케에게 서서히 밀리는 나뭇잎 마을 일행. 숙주의 열세를 감지한 구미호는 내면세계에서 나루토에게 가세할 것을 호소하지만, 사스케는 한층 더 진화한 사륜안의 힘으로 내면세계에 침입하여 제지를 호소하는 구미호를 제압한다.

필사적인 나루토의 호소에도 불구하고, 사스케의 복수를 향한 각오는 변하지 않는다. 더 이상의 설득은 무의미하다고 판단한 야마토는 실력행사로 사스케를 구속하려고 시도하지만, 오로치마루의 개입으로 사태는 급격한 결말을 맞이한다. 또다시 사스케를 되찾을 수 없었다는 후회와 자신의 무력함에 풀 죽어 있는 웅크리고 있는 나루토의 뒤에서 상냥하면서도 위압적인 말이 들려온다…. 오로치마루의 환생까지의 기한은 약 반년. 마침내 진정한 결속을 이룬 신생 카카시 팀은 가슴속에 새긴 맹세를 되세긴다.

나루토는 이상한 손을 가진 소년이 절을 파괴하는 꿈을 꾼다. 한편 사이는 사람들과 친해지기 위해 책에서 별명과 애칭을 부르면 좋다는 글을 읽고 사쿠라에게 호박이라고 불렀다가 얻어맞는다. 세 사람은 함께 카카시 병문안을 가고 카카시는 나루토만이 가능한 수행으로 자신을 능가할 수도 있다고 말한다. 그러던 중 아스마팀이 카카시의 병실로 찾아오고 아스마는 카카시와 얘기가 있다며 아이들을 불고기집으로 보낸다. 불고기집에서 쵸지에게 뚱땡이라고 부르려던 사이는 나루토의 만류로 위기를 벗어나고 이노에게 특징과 반대로 예쁜이라고 불러 사쿠라의 분노를 산다.

드디어 몸이 회복되어 퇴원한 카카시는 나루토와 함께 수행에 들어간다. 카카시는 나선환을 능가하는 최강의 술법을 만들기 위해서는 차크라의 성질변화와 형태변화가 필요하다며 형태변화는 이미 익히고 있으니 성질변화를 익히자고 한다. 차크라의 성질변화의 종류는 다섯가지, 종이를 이용한 테스트를 통해서 나루토의 성질변화가 바람인 것으로 밝혀지고 카카시는 바람의 성질변화를 익히고 두 가지 변화를 동시에 조합시킬 수 있는 훈련에 들어가겠다고 말한다. 하지만 그러기 위해서는 많은 시간이 필요한데 그 시간을 줄일 수 있는 방법을 생각했다는 것. 그것은 바로 그림자분신의 경험이 본체에 축적되는 것을 이용한 것으로 다중그림자분신을 만들어 훈련을 하여 시간을 단축시키는 것이다. 나루토는 수많은 그림자분신을 만들어 카카시의 지시대로 손바닥위에 나뭇잎을 올리고 차크라만으로 잘라내는 연습에 들어간다.

나루토는 수행에 열심이지만 쉽지 않자 바람의 성질을 가진 아스마에게 찾아가서 도움을 청한다. 얇고 예리하게 칼을 갈 듯이 하라는 요령을 듣고 돌아온 나루토는 수행을 계속한다. 츠나데는 국경 주변에서 일이 생겼다는 말에 아카츠키의 소행인지 긴장하여 아스마와 10조를 보내고 카카시에게는 지라이야와 합류하여 아카츠키의 동향을 살필 것을 명령하고 나루토에게는 D등급 임무를 맡긴다. 수행중에 임무를 맡은 나루토는 툴툴거리다 아스마가 3대호카게의 아들이라는 말에 깜짝 놀라며 친근감이 느껴진다고 한다. 어디서든 수행은 계속할 수 있다는 아스마의 말에 용기를 얻은 나루토는 의욕으로 가득 차서 길을 떠난다.

무덤도굴 사건을 맡아 길을 떠난 나루토 일행. 대단한 실력을 가진 닌자들의 유해가 악용되는 것을 막기 위해 숨겨진 무덤으로 만든 곳이 도굴당했으며 밖에서 열린 흔적이 없어 심상치가 않다. 마침내 임무를 의뢰한 불의 절 일행과 만나기로 한 곳. 불의 절 사람들이 오지 않자 야마토와 사쿠라는 사람들을 찾으러 가고 나루토는 사이와 남는다. 나루토가 겁을 먹었다고 생각한 사이는 책에서 읽은대로 과도하게 위로해주려 하지만 나루토는 그런 사이를 오해하고 혼자 일어섰다가 멧돼지에게 쫓겨 숨겨진 무덤으로 들어가게 된다. 관이 없어진 것을 본 나루토는 정체를 알 수 없는 바람성질의 차크라를 가진 소년을 도굴꾼이라 생각하고 싸우게 되지만 소년은 불의 절의 일원. 불의 절에 간 나루토는 꿈에서 본 절과 같은 모습에 놀란다.

불의 절로 온 치리쿠, 소라와 나루토일행은 네 군데의 숨겨진 무덤에 묻힌 사람들에 대한 이야기를 듣는다. 불의 나라의 영주를 지키기 위해서 결성된 12 수호닌자. 치리쿠와 아스마도 한 때 이 12수혼자의 일원이었다. 하지만 이들 중 일부는 무력으로 쿠데타를 일으켜 나뭇잎마을을 해체시키고 전쟁을 일으켜 세계 통일을 꿈꾸었고 결국 다른 수호닌자와 충돌을 일으켜 쿠데타를 꾀하던 6명의 닌자도 죽지만 4명의 수호닌자도 희생되고 말았던 것. 한편 연습에서 제대로 힘을 쓰지 않는 소라를 본 나루토는 소라에게 싸움을 걸게 되고 둘이서 한참 싸우던 중 소라를 보는 사람들의 차가운 시선을 보고 놀란다. 자리를 뜨고 다른 곳에서 울분을 토하던 소라는 나루토에게 자신의 힘이 거슬리지만 아버지의 복수를 하기 위해 참아야한다고 말한다. 한편 남은 세 무덤 중 한 곳이 파헤쳐지고 시체가 없어졌다는 소식이 들어온다.

츠나데는 무덤 4곳이 다 도둑맞았다는 소식에 시체를 노린 일이라는 심증을 굳히고 사이를 카카시팀에 남겨둔 단조에게도 감시를 붙인다. 나루토 일행은 확 트인 들판에 도착하고 적은 관 4개를 보란 듯이 들판으로 끌고 간다. 함정일 거라 생각한 야마토는 나뭇잎마을의 닌자가 표적인가 생각하고 치리쿠를 남겨두고 뒤쫓아간다. 관은 다시 땅속으로 사라지고 후엔의 설계도에 따라 후도가 술법으로 다른 곳의 땅을 옮겨온다. 지형이 바뀐 덕분에 나루토 일행은 모두 땅속으로 가라앉으며 뿔뿔이 흩어져 빠져나가지 못 하고 그대로 땅속에 갇히고 만다. 소라, 사쿠라와 함께 있던 나루토는 지형이 변한 곳에 멋대로 갔다가 깊은 땅속으로 빨려들어가고 사쿠라와 소라도 땅속으로 떨어진다.

후도와 야마토는 일전을 벌이고 후도는 자신의 공격이 성공한 줄 알고 야마토를 두고 떠난다. 소라는 나루토를 찾겠다며 혼자 가버리고 나루토와 맛난 후우카는 뺨을 핥고는 바람의 차크라 성질을 가졌냐며 입을 맞춘다. 후엔과 마주친 사이는 후엔이 가방에 추적기를 붙이는 바람에 계속해서 여러 가지 함정을 만나서 고전하지만 결국 무사히 달아난다. 사이는 위험에 처한 사쿠라를 구하기 위해 몸을 날리고 사쿠라는 자기 대신 다친 사이를 치료해준다. 후우카는 나루토의 나선환에도 멀쩡하고 토둔에 화둔 수둔 뇌둔까지 여러 가지 차크라성질을 써서 공격해오며 나루토를 깜짝 놀라게 만든다.

후리도는 소라에게 친근하게 말을 걸지만 소라는 후리도에게서 무덤의 흙냄새를 맡고 공격한다. 나루토는 다섯 가지 차크라속성을 다 쓰는 후우카에게 놀란다. 한편 후리도는 소라의 팔에 찬 물건을 없애고 소라는 자신 안에서 끓어오르는 힘을 느끼고 정신을 잃게 된다. 후리도는 깨어난 소라에게 이것이 진정한 너의 힘이라며 큰 힘을 어떻게 쓸지 생각해야한다면서 소라의 아버지를 알고 있다고 말한다. 후우카는 나루토의 공격에 머리카락이 잘못되자 분노하며 나루토를 잡아 입을 맞추며 차크라를 빨아들이지만 구미호의 차크라에 놀라 떨어진다. 소라는 나루토의 비명소리를 듣고 나루토에게 달려오고 사쿠라 사이 야마토와도 만나게 된다. 치리쿠가 지원부대로 달려오자 후리도는 부하들을 데리고 모습을 감추고 야마토는 소라에게 사이 대신 마을로 가서 팀의 일원이 되어달라고 한다.

츠나데는 아스마로부터 국경마을 습격사건에 대한 보고를 받고 여러 가지 가능성에 대해 생각하고 대책을 세운다. 그리고 한 때 아스마도 포함되어 있던 12 수호닌자의 사건에 대해 얘기한다. 12 수호닌자 중 일부가 불의 나라를 군사대국으로 만들겠다며 쿠데타를 일으키려 했고 12 수호닌자는 둘로 갈라져 싸우게 됐고 결국 숨겨진 무덤의 주인 4명과 쿠데타를 일으킨 일당이 죽었던 것. 야마토는 소라가 적의 목표일 가능성이 있다며 마을에 두고 카카시팀으로 두고 싶다고 말하고 츠나데도 이를 승낙한다. 나루토는 소라의 마을 안내를 맡게 되지만 혼자 돌아다니던 소라는 쵸지 키바와 싸움을 일으킨다. 아버지의 죽음에 의문을 품고 있던 소라는 아스마에게 아버지에 대해 묻지만 아스마는 너희 아버지는 신념을 지키기 위해 싸우다 죽었다고만 말한다. 한편 숨겨진 무덤을 털었던 일당은 호박일족의 마을을 공격한다.

야마토는 새로운 팀원으로 포메이션 연습을 하려고 하지만 결국 아스마의 말대로 개별수행을 하기로 하고는 아스마에게 나루토와 소라의 수행을 맡긴다. 아스마는 두 사람이 던진 칼이 나무에 큰 구멍을 낸 것을 지적하며 잡념이 들어갔다며 다시 바람의 차크라의 정확도를 높이라고 지시한다. 한편 치리쿠는 츠나데에게 놀라운 사실을 알린다. 소라는 예전 쿠데타를 일으켰던 카즈마의 아들로 10년 전 어마어마한 힘으로 폭주하여 불의 절을 엉망으로 만들었다는 것. 소라는 아스마가 두른 허리띠를 보고 늘 하얗고 깨끗한 허리띠를 하고 있었던 아버지의 얘기를 꺼내고 카즈마를 없애야했던 아스마는 복잡한 마음으로 소라의 부서진 발톱을 선물한다. 한편 소라 앞에 나타는 후리도는 아스마가 소라의 아버지를 죽였다고 한다.

츠나데의 명령을 받은 암부는 단조와 단조와 접선중이던 비마을 닌자로 보이는 자를 연행한다. 츠나데가 단조를 추궁하던 중 호무라와 코하루가 나타나고 비마을 닌자라 생각했던 자는 단조의 명령을 받고 비마을에서 정보를 수집하던 자임이 밝혀진다. 호무라와 코하루에게 보고를 올리던 단조의 정보원에 따르면 불의 절에 나타난 4인조의 목표는 소라라는 것을 알게 되고 단조는 소라를 없애자고 한다. 때마침 뒤따라와 얘기를 듣던 소라는 분노하며 아스마에게 아버지를 죽인 것이 당신이냐고 묻고 아스마가 그렇다고 대답하자 어마어마한 힘을 내뿜는다. 아스마는 소라의 손에서 나오는 힘에 놀라고 소라가 위험한 것을 알고 나타난 나루토는 소라 대신 뿌리의 칼을 맞고 크게 다친다. 소라는 후리도를 만나고 후리도는 카즈마에게 불의 나라를 하나로 해야한다며 아버지의 복수를 하라고 부추긴다. 병원에서 퇴원하던 나루토는 불길한 차크라를 느끼고 츠나데를 공격하려던 소라를 막고 뒤쫓아간다.

갑자기 마을에 큰 정전이 일어나고 츠나데는 2급 경계태세를 발동한다. 아스마에게 소라의 습격을 알린 츠나데는 소라를 잡아오라고 이른다. 후리도 일행은 거침없이 마을로 다가와 토둔으로 닌자들을 쓰러트리고 마을 전체를 방어결계로 감싼다. 마을 전체가 방어결계가 걸려 이제 마을에서 그 누구도 나갈 수 없게 묶인 상황, 위기감이 감돈다. 후리도는 불의 나라를 영주 중심 체제로 만들기 위해 호카게를 해치우겠다 선포하고 공격을 한다. 소라는 아스마에게서 놈들이 마을을 섬멸할 것이라는 말에 놀라고 아스마는 소라에게서 카즈마가 썼던 왕장이라는 단어를 듣고 사건의 배후를 짐작한다. 쿠데타의 의지를 잇는 자가 사건의 배후에 있음을 알아낸 것이다.

이노는 몰려든 시체들을 보고 호박일족임을 알아보고 모두 후리도일행이 시체를 무기로 쓰기 위해서 마을을 습격하고 사람들을 죽였다는 사실을 알고 경악한다. 아스마는 코노하마루루에게 위급한 사실을 알리고 발전시설로 향하고 그 곳에서 숨겨진 무덤의 주인이었던 4인이 되살아나는 것을 본다. 나루토는 소라를 쫓아가고 3대 호카게의 명령으로 아스마가 자신의 아버지를 죽였다는 소라의 말을 부정한다. 소라는 나루토를 따돌리고 후리도를 찾가가고 나루토 앞에 후우카가 나타난다. 아스마는 뇌둔술사였던 4명이 전생술로 살아나 최고의 뇌둔술인 번개인을 쓰려는 것을 알게 되어 사쿠라와 야마토에게 다른 뇌둔술사를 막으라고 하고 자신은 키타네와 싸움을 시작한다. 한편 끝없이 밀려드는 시체들의 공세에 나뭇잎닌자들은 지쳐간다. 후리도는 소라에게 빛으로 나뭇잎을 태워없애겠다고 말한다.

왜 마을 사람들까지 죽여야하냐는 소라의 말에 후리도는 문제는 왕장이 아니라 왕장을 믿는 사람들이라며 카즈마도 호카게를 믿는 아스마의 손에 죽었다고 네 개의 번개가 완성되면 함께 마을을 떠날 거라고 한다. 시체들의 공격으로 마을은 위험에 빠지고 시카마루는 직접 현장으로 달려간다. 나루토는 후우카와 계속해서 전투를 벌이지만 수세에 몰리고 키타네는 아스마를 번개묶기로 묶어두고 떠난다. 소라는 마을 사람들을 죽게 할 수 없다며 칼을 겨누지만 후리도는 글너 물러터진 점이 문제라며 너도 아버지처럼 죽고 싶냐며 사정없이 소라를 때려눕힌다. 후엔은 독나방을 이용해 환각을 일으키지만 미리 대비해서 해독제를 준비한 사쿠라의 손에 쓰러진다. 한편 토둔으로 대결을 벌이던 후도와 야마토, 밀리는듯하던 야마토의 준비된 마지막 공격으로 후도는 최후를 맞고 이에 따라 시체부대도 쓰러진다.

후도 후엔의 죽음으로 전생술이 풀리지만 마을을 태워버리는 술법에 대비하기 위해 아이들은 아스마 일행을 찾아나선다. 나우마 세이토 토우는 이미 자리를 차지하고 라임라이트를 발동할 준비를 한다. 후리도는 계속 아버지 얘기로 소라를 자극하고 소라는 아버지의 정의는 살육이 아니라 하지만 후리도는 너는 살육을 위해 태어났다고 단언한다. 후우카와 싸우던 나루토는 머리에 집착하는 후우카를 보고 후우카의 힘의 비밀이 머리칼에 있음을 눈치채고 머리칼을 공격해 후우카를 쓰러트린다. 후리도는 소라에게 출생의 비밀을 밝힌다. 미수와 미수를 봉인한 인간인 인주력의 이야기, 그리고 15년 전 구미호요괴가 나뭇잎을 공격했을 때 흘러나온 차크라를 어린 소라의 몸에 봉인했다는 것이다. 아스마는 결국 키타네를 쓰러트리고 라임라이트를 쓸 수 없게 된 것을 안 후리도는 소라의 봉인을 해제한다.

후리도의 말에 충격을 받은 소라는 이상하게 변해가고 붉은 빛까지 내뿜는다. 아스마는 후리도가 소라의 아버지 카즈마라는 것을 알고 놀라고 후리도는 구미호과 나뭇잎마을을 습격했을 때 흘러나온 차크라를 모아서 5년간 배양하여 소라에게 이식했다고 말한다. 나루토는 자신과 같은 아픔을 가진 소라를 미처 알아주지 못 한 자신을 탓하며 소라를 위로하지만 상처받은 소라는 자신에게 믿을 것은 힘이라며 마음을 닫는다. 소라의 몸에 구미호의 탈이 나타나고 사쿠라를 공격하려는 순간 이노 쵸지 키바 시카마루가 나타난다. 하지만 네 사람의 공격도 소용이 없고 소라는 점점 구미호로 변해간다.

소라는 꼬리가 셋이나 나오면서 의식을 잃고 아이들은 소라를 말리려 하지만 소용이 없다. 아스마는 왜 자기 자식에게 그런 짓을 했냐고 하지만 후리도는 모든 것이 정의를 위해서라고 모두 각자의 왕장을 지킨 것이 아니냐고 하지만 아스마는 왕장이란 그런 것이 아니라고 한다. 나루토는 끊임없이 소라의 의식을 되돌리려고 하지만 오히려 소라의 차크라에 반응하여 나루토마저 구미호의 차크라에 휩싸인다. 후리도는 그 모습을 보며 구미호 요괴가 마을을 괴멸시킬 것이라고 말한다. 야마토의 목둔으로도 나루토를 막을 수 없지만 나루토는 자신을 유혹하는 구미호를 뿌리치고 소라의 의식을 되돌리기 위해서 애를 쓰고 의식을 거의 잃은 소라는 사람들에게 소외당해서 울던 어린 시절의 자신을 떠올린다.

구미호의 힘을 뿌리친 나루토는 큰 상처를 입어 쓰러지지만 사쿠라의 치료도 거부하고 소라에게 향한다. 후리도와 아스마는 계속해서 싸우고 마침 병원을 나온 사이의 도움으로 아스마는 나무에 묶인다. 나루토는 처음 만났던 일과 함께 지냈던 일을 떠올리라며 소라에게 호소하고 후리도는 결국 아스마의 손에 죽음을 맞는다. 방대한 차크라의 힘은 소라의 몸에서 밖으로 빠져나와 자신에 맞는 그릇을 찾으려하고 나루토는 의식을 잃은 소라에게 필사적으로 진심을 전해 마침내 소라의 마음을 이끌어낸다. 정신을 차린 사이는 마을 사람들의 따뜻한 배웅 속에 마을을 떠난다. 아스마는 시카마루와 장기를 두며 장기말을 나뭇잎에 비유하며 자신의 희생말이며 진짜 왕장은 호카게가 아니라며 때가 되면 알게 될 것이라 말한다.

아스마는 예전에 아버지와 뜻이 밎지 않아 다퉜던 일을 떠올리며 이제야 당신의 말을 이해하겠다고 말한다. 장로들로부터 비난당한 츠나데는 일에 열중하고 카카시로부터 불의 나라로 정체를 알 수 없는 2인조의 공격이 있을 거라는 보고를 듣는다. 한편 아카츠키의 일원 히단과 카쿠즈는 2미 유기토를 쫓아 싸움을 벌이고 유기토는 미수의 모습으로 변해서 싸우지만 결국 쓰러지고 만다. 나루토는 당장 수행을 하겠다며 고집을 부리지만 카카시가 말리고 아스마는 무슨 중요한 할 말이 있는 듯 카카시를 부르지만 쿠레나이가 오자 가버린다. 2미를 처치한 히단과 카쿠즈는 나머지 할당량인 나루토를 찾기 위해 불의 나라로 향한다.

나루토는 퇴원하자마자 수행을 시작하고 결국 무리해서 정신을 잃지만 굴하지 않는다. 츠나데는 아카츠키에 대비해 시즈네와 대책을 세운다. 다음 수행은 바람의 성질변화를 이용하여 폭포를 가르는 것. 나루토는 그림자분신을 이용해 아스마의 조언을 떠올리며 수행에 열심이지만 쉽지가 않다. 한편 히단 카쿠즈는 불의 절로 가고 치리쿠는 둘을 맞아 용감하게 싸우지만 결국 죽음을 맞고 히단과 카쿠즈는 현상금이 걸린 치리쿠의 시체를 가지고 환전소로 향한다. 나루토는 카카시와 야마토의 만류에도 무리해서 많은 그림자분신을 만들어내서 더욱더 수행에 열을 올린다.

나루토는 계속해서 수행에 열심이지만 나루토의 차크라를 제어해줄 야마토는 지쳐간다. 한편 치리쿠의 시체를 가지고 환전소로 가는 카쿠즈가 못 마땅한 히단은 계속해서 툴툴거린다. 사쿠라는 힘들게 수행하는 나루토를 위해서 직접 만든 병량환까지 준비하고 이루카는 그런 훌륭하게 자란 제자들을 보며 뿌듯해한다. 츠나데는 불의 절의 습격사실을 알리고 아카츠키를 잡기 위해 닌자들을 내보낸다. 아스마는 치리쿠가 죽었다는 사실을 알고 충격을 받고 밤낮없이 수행에 매진하던 나루토는 마침내 폭포를 가르는 일에 성공한다. 수행방법의 효과에 놀라는 야마토에게 카카시는 사스케가 그렇게 만든 것이라 말한다.

마을을 떠난 닌자들은 포위망을 펼치고 아카츠키 일당을 찾지만 아카츠키는 흔적도 없고 츠나데는 속이 탄다. 불의 절에 도착한 아스마, 시카마루, 코테츠와 이즈모는 참혹한 불의 절의 모습에 놀라고 치리쿠의 시체가 없어졌다는 말에 현상금 때문에 치리쿠를 데려갔으리라 생각하고 환전소로 향하기로 한다. 불의 절의 고승은 아스마 일행을 위해 불경을 외워주고 아스마일행은 다시 길을 떠난다. 폭포를 가르는 데 성공한 나루토는 기진맥진하여 라면을 먹으러 가지만 단골 라면집이 장국면으로 메뉴를 바꾸어 라면집 딸과 옥신각신 한바탕 소동을 벌인다. 히단은 계속 카쿠즈에게 시비를 걸고 카쿠즈는 지금은 네 장난에 어울려줄 수 없지만 일이 다 끝나며 자신의 손으로 너를 죽여주겠다고 말한다. 라면을 다 먹고 카카시는 재미있는 것을 보여주겠다고 나루토에게 말하고 나선환을 펼치려 하고 이를 본 나루토는 카카시가 깜짝 놀란다.

카카시는 나루토에게 형태변화와 성질변화 둘 다를 갖추는 것은 힘들고 4대조차 나선환에 번개의 성질변화를 조합시키지 못 했고 나선환은 아직 개발단계로 새로운 술법을 만드는 것은 나루토 자신의 몫이라며 4대 호카게를 능가할 닌자는 너밖에 없다고 믿는다고 말한다. 나루토는 그림자 분신을 이용해 수행을 계속하지만 힘들고 지쳐만 간다. 한편 카쿠즈는 히단을 데리고 환전소에 도착하여 시체를 내어주고 현상금을 챙긴다. 시카마루는 금연중인 아스마를 걱정하지만 아스마는 시카마루를 안심시킨다. 새로운 술법을 만들기 위해 애쓰던 나루토는 구미호의 탈까지 나오지만 야마토와 카카시는 포기하지 않고 나루토를 돕는다.

이노 쵸지 팀은 환전소에 가지만 아카츠키의 흔적을 찾지 못 하고 매복하여 기다리기로 한다. 한편 불사신인 히단은 급소에 찔리고도 멀쩡한 모습이다. 히단은 카쿠즈의 도움도 만류하고 혼자 싸우겠다고 하고 아스마는 봉은의 전술대로 자신을 희생해서라도 싸울 생각으로 나선다. 시카마루는 그런 아스마를 보며 예전에 장기를 가르쳐주며 봉은을 쓰는 시카마루에게 자신은 희생말을 쓰는 그런 전술을 받아들일 수 없다고 했던 아스마를 떠올린다. 시카마루는 작전을 세운 뒤에 그림자 묶기를 써서 아스마와 환상의 호흡으로 히단을 공격한다. 시카마루를 공격하려는 히단에게 아스마는 화둔술로 공격한다.

아스마의 화둔을 맞은 히단, 하지만 아스마도 화상을 입는다. 히단은 아스마에게 이미 너는 저주받았다며 의식을 시작하겠다고 한다. 히단은 자신의 다리를 스스로 찌르고 아스마는 동일한 부위에 같은 상처를 입는다. 아스마의 위기상황, 시카마루는 급히 그림자 목조르기를 통해 가까스로 히단의 움직임을 막는다. 히단은 카쿠즈의 도움을 거부하고 시카마루는 작전을 세우기 위해 몰두한다. 예전에 아스마가 했던 말, 동료를 의지하라는 말을 떠올리며 히단의 말 행동 모든 것을 떠올리고 분석하여 마침내 해결책을 찾아낸다. 화둔을 맞으면서까지 이상한 도형 위로 간 행동, 아스마의 얼굴에 상처를 내고 흐르는 피를 핥는 모습에서 히단이 그림 위에서 거는 술법으로 적의 몸을 자신과 연결시켜 똑같은 행동을 하게 만들 수 있다는 것을 알아내고 그림자술법으로 히단의 몸을 그림 밖으로 나오게 하려고 하고 히단은 급히 카쿠즈에게 도움을 요청한다.

시카마루가 그림자술법으로 꼼짝 못 하게 잡고 있는 동안 아스마는 히단의 목을 자르는데 성공한다. 남은 적은 카쿠즈 하나라고 잠시 안심하지만 불사신 히단은 여전히 죽지 않고 시카마루는 그림자 술법을 써서 한계에 다다르고 아스마도 부상한 상태. 거기다 카쿠즈가 잘려나간 히단의 목과 몸을 이어붙이고 전격적으로 싸움에 나선다. 카쿠즈는 손쉽게 코테츠 이즈모를 제압하고 시카마루는 공격하기 건 아스마의 대화를 떠올린다. 시카마루는 자신이 전면에 나서는 작전을 주장하지만 아스마는 너무 위험하다며 자신들이 지키고 있는 것과 싸우는 이유, 그 진짜 의미를 알지 못 하면 전면에 내세울 수 없다고 말했던 것. 시카마루는 자신의 좋은 작전을 세우지 못 해서 아스마가 위험에 처했다고 자책하고 아스마는 결국 히단의 자신의 가슴을 찌르는 공격에 당해서 쓰러지고 만다.

결국 아스마는 쓰러지고 위기의 순간 이노와 쵸지 팀이 도착한다. 시카마루는 아스마를 병원으로 후송하려 하지만 카쿠즈가 놓아주려 하지 않는다. 그러나 2미를 봉인한다며 빨리 오라는 페인의 연락에 결국 히단과 카쿠즈는 떠난다. 이노가 의료인술을 써서 치료하려 하지만 상처가 너무 깊고 아스마는 자신은 이미 틀렸다며 아이들에게 마지막 말을 남긴다. 이노와 cy지 시카마루에게 각각 당부의 말을 남긴 아스마는 예전에 말했던 왕장이 무엇을 뜻하는지 시카마루에게 귓속말로 일러준다. 죽음이 임박한 아스마는 마지막 담배를 입에 물고 아이들은 아스마와 함께 했던 추억을 떠올리며 눈물을 흘린다. 아스마는 결국 숨을 거두고 시카마루는 처음 만난 날처럼 담배연기에 눈물을 흘린다.

나루토는 새로운 술법을 만들어내기 위해 애쓰지만 나선환을 만드는 것만도 힘든 일이라 성질변화를 더하기가 쉽지 않다. 안타까워 마음에도 없는 사쿠라를 사이는 일부러 자극하고 화가 난 사쿠라는 나루토를 옹호한다. 나루토는 카카시에게 오른쪽을 보며 동시에 왼쪽을 볼 수 있는 거냐 반문하고 카카시는 그림자 분신을 만들어 양쪽을 보는 모습을 보여준다. 이를 본 나루토는 분신을 둘 만들어 두 번째 분신에게 성질변화를 맡기는 방법을 생각해낸다. 아카츠키 멤버들은 2미의 봉인에 나서고 결국 돈이 목적 아니냐며 투덜대는 히단에게 페인은 아카츠키의 목적을 설명한다. 먼저 돈을 벌고 그 돈을 바탕으로 전쟁 청부조직을 만들어 자신들의 필요에 따라 전쟁을 좌지우지하고 이를 통해 다른 닌자마을을 무너트리고 최종적으로 세계를 정복한다는 것. 시카마루는 아스마의 말도 전할겸 직접 쿠레나이에게 아스마의 죽음을 알리겠다고 하고 나루토 일행에게도 슬픈 소식이 전해진다.

아스마의 눈물의 장례식, 시카마루는 참가하지 않고 혼자 마을을 돌아다닌다. 시카마루의 아빠는 장기를 청하여 이런저런 얘기를 나누고 다 털어놓으라고 충고한다. 눈물을 흘리던 시카마루는 장기판을 통해 작전을 세운 뒤 쵸지와 이노를 찾아가고 시카마루의 말을 기다리던 둘은 크게 기뻐하고 셋이 함께 마을을 빠져나가려 한다. 개죽음을 당할 셈이냐며 세사람을 말리는 츠나데, 하지만 시카마루는 이대로 납득하지 못 한 채 살아가는 것은 살고 싶지 않다고 한다. 츠나데는 닌자의 삶에는 늘 죽음이 따라다니는 법이라며 극복할 줄 알아야한다며 셋만으로 보낼 수 없다고 한다. 그 때 카카시가 나타나 자신이 10조를 맡아 함께 가겠다고 말하고 아이들과 함께 출발한다.

사쿠라는 츠나데의 얘기를 듣고 자신들이 10조의 지원군으로 나서야한다는 것을 알고 츠나데는 24시간안에 새 술법을 완성하지 못 하면 다른 팀을 보내겠다고 전하라고 말한다. 시카마루는 카카시가 함께 한 경우의 새로운 작전을 세운다. 사쿠라의 말을 전해들은 나루토는 더욱 의지를 불태운다. 환전소로 가는 길에서 놈들의 흔적을 찾지 못한 시카마루 일행은 이노의 이혼술을 이용해 히단과 카쿠즈의 행적을 알아내고 시카마루의 작전대로 공격한다. 히단과 카쿠즈는 기폭찰과 차크라칼을 절묘하게 이용한 시카마루의 작전에 속아 결국 꼼짝없이 그림자흉내 수리검술에 걸려 꼼짝도 못 하게 된다. 시카마루는 작전대로 두 사람을 밀어붙이지만 잘려나갔던 카쿠즈의 칼이 독자적으로 움직여 작전이 어긋나지만 쵸지가 육탄바늘전차로 카쿠즈를 공격한다.

나루토는 더욱 수행에 열을 올리고 야마토는 그런 나루토에게 성질변화의 우열관계에 대해서 설명해준다. 5가지 성질변화는 서로 우열관계로 연결되어 있는데 사스케의 화둔은 나루토의 풍둔보다 우세이지만 치도리와 같은 뇌둔은 풍둔에 열세라는 것. 나루토는 이 말에 자신은 정말 사스케와 상성이 좋았나보다고 말한다. 야마토는 곧 수행이 끝날 거 같다는 나루토에게 조금만 더 시간을 달라며 시험해보고 싶은 것이 있다고 한다. 한편 카카시는 조용히 토둔을 쓰려는 카쿠즈의 등뒤로 접근해 뇌절로 심장을 관통하지만 카쿠즈는 죽지 않고 시카마루도 결국 히단의 그림자흉내술을 풀게 된다. 카쿠즈의 몸에서는 알 수 없는 이상한 가면이 나와서 그 중 하나가 쓰러지고 카카시는 자신의 뇌절로 죽은 것이 그 가면이라는 것을 알게 된다. 카쿠즈는 이내 풍둔까지 쓰고 그런 다음 뇌둔까지 써서 시카마루일행을 공격해온다. 카카시는 성질변화를 세가지나 가진 카쿠즈에게 놀라고 카쿠즈는 다시 화둔으로 공격해온다.

카카시의 뇌절을 맞고도 쓰러지지 않는 카쿠즈를 보고 모두 놀란다. 그리고 카쿠즈의 몸에 심장이 5개 있어서 뇌절로 죽은 것은 5개의 심장 중 하나라는 것을 알게 된다. 카쿠즈는 자신이 싸웠던 닌자들의 심장을 빼앗은 거라며 하나 줄어든 것을 너희의 심장으로 보충하겠다고 말한다. 히단은 일부러 아스마의 욕을 해서 쵸지를 자극하고 시카마루는 멋대로 뛰어나가 위험에 처한 쵸지를 구하지만 쵸지와 이노는 카쿠즈의 손에 잡혔다 겨우 풀려란다. 시카마루는 둘을 갈라놓은 뒤 히단의 발을 묶어두고 카쿠즈부터 해치워야한다며 자신이 히단을 맡겠다고 한다. 시카마루를 우습게 보던 히단은 결국 시카마루의 그림자흉내술에 걸려 다른 곳으로 이동하고 카쿠즈는 강하다며 자신의 심장이 멈추기 전 다른 이의 심장을 뺏어서 목숨을 연장해왔다는 무서운 비밀을 밝힌다. 숲으로 끌려간 히단은 그림자술의 위력이 덜해진 것을 지적하며 시카마루의 얼굴에 상처를 내어 피를 손에 넣은 뒤 저주를 시작한다.

카쿠즈의 몸에서 나온 풍둔과 화둔의 가면이 하나로 합쳐져 화둔으로 공격해오고 카쿠즈는 줄어든 심장은 너의 심장으로 채우겠다고 말한다. 카카시는 몸바꿔치기로 위기를 모면하고 다시 공격하지만 풍둔과 화둔이 합쳐진 술법을 수둔만으로 막지 못 해 고전하다 결국 카쿠즈 본체에 잡히고 카쿠즈는 카카시의 심장을 꺼내가려 한다. 한편 히단은 피를 이용한 술법으로 자신의 심장을 찔러 시카마루를 쓰러트리고 뒤돌아가지만 시카마루는 되살아나서 히단을 공격한다. 시카마루가 미리 챙겨둔 캡슐에 카쿠즈의 피를 담아 그 피를 히단의 무기에 묻혀 저주로 카쿠즈를 공격하게 만든 것. 시카마루의 술법이 약해진 것을 눈치챈 히단은 다시 시카마루를 공격하고 심장을 두 개 잃은 카쿠즈는 다른 심장으로 대체한 후 심장은 됐으니 카카시를 죽이겠다고 나선다. 위기의 순간 나루토 일행이 나타난다.

위기의 순간에 나타난 나루토일행, 사쿠라와 사이는 시카마루 지원에 나서고 나루토는 카쿠즈를 공격하지만 아직 새 술법은 완성정도는 절반 정도다. 사쿠라는 츠나데가 시카마루를 칭찬했던 일과 아스마와 시카마루가 불의 의지에 대해서 나눴던 대사를 떠올리며 철저한 계산끝에 공격에 나섰을테니 시카마루는 괜찮을 거라 확신한다. 시카마루의 힘이 떨어진 것을 눈치챈 히단은 시카마루를 공격하려하지만 모든 것은 시카마루의 계산대로, 미리 함정을 파고 히단을 숲속까지 끌고 왔던 것. 시카마루는 자신은 죽지 않는다며 소리치는 히단을 기폭찰로 공격한다. 나루토는 카카시의 설명을 듣고 그림자 분신으로 공격하고 카카시는 그런 나루토를 보며 술법을 익힐 때 나루토에게서 본 4대 호카게의 모습을 떠올린다. 나루토는 그림자분신과 함께 풍둔 나선수리검을 펼치고 카쿠즈는 본능적으로 위협을 느낀다.

나루토는 나선수리검으로 카쿠즈를 공격하지만 미완성단계에 직접 가서 부딪혀야하고 술법 발동시간이 짧은 특성상 공격에 실패하고 만다. 위험한 다리를 건널 필요 없다며 함께 싸우자고 하지만 나루토는 위험한 다리를 혼자 건너고 싶다고 말한다. 한편 시카마루는 기폭찰로 히단의 몸을 조각내고 구덩이에 빠진 히단은 시카마루에게 사신의 심판이 내릴 거라고 외치지만 시카마루는 히단을 구덩에 파묻고 만다. 카쿠즈는 이미 술법의 특성을 파악하고 양동을 펼치는 그림자분신을 무시하고 술법을 직접 거는 나루토를 공격한다. 하지만 이를 예상한 나루토는 그림자분신을 본체로 가장하고 본체가 그림자분신인척 양동을 펼치고 있었던 것. 나루토의 나선수리검은 어마어마한 위력을 발휘하고 마침내 카쿠즈는 쓰러지고 만다.

마침내 카쿠즈는 쓰러지고 아이들은 마을로 돌아온다. 시카마루는 아스마의 묘에서 쿠레나이를 만나 아스마가 늘 자신을 지켜주었다며 아스마의 아이가 태어나면 자신이 그 아이를 지켜주겠노라고 한다. 아버지와 장기를 두던 시카마루는 왕장이란 나뭇잎마을을 짊어진 미래의 아이들이라고 한다. 한편 카쿠즈에게 나선수리검을 쓴 후 나루토의 팔은 큰 상처를 입고 츠나데는 카쿠즈의 검시를 통해 놀라운 사실을 알게 된다. 나선수리검의 공격이 세포 수준까지 공격을 하여 경락계 하나하나가 다 끊어진 상태로 그 여파로 나루토의 팔도 부상을 입은 것. 츠나데는 카카시에게 절대로 나루토가 그 술법을 다시 쓰지 못 하게 해야한다고 한다. 나루토는 자신을 걱정하는 사쿠라에게 사쿠라와 함께 사스케에게 가까워진 기분이 들어서 좋다고 말한다. 한편 오로치마루는 카부토에게 어떤 이를 데려오라고 말하고 카부토는 그 장본인인 구렌을 만나러 간다.

오로치마루의 아지트를 찾아나선 나뭇잎마을의 암부가 성공을 눈앞에 두고 습격을 받아 대충의 장소를 약도로 그려 나뭇잎마을로 보낸다. 편지를 받은 츠나데는 탐색대를 짜서 보내기로 한다. 한편 구렌은 카부토가 전한 오로치마루의 말에 따라 가둬두었던 개조닌자들을 서로 싸우게 한다. 카카시는 나루토에게 강한 술법일수록 위험성이 크다고 하지만 나루토는 걱정하지 말라고 한다. 아카츠키를 찾으러 떠났던 지라이야는 츠나데가 새 술법의 위험성에 대해 걱정하는 이야기를 듣게 된다. 한편 오로치마루의 아지트에 있는 소년 유키마루는 사스케에게 자신이 돌아갈 곳이 어디냐며 묻는다. 카카시는 탐색대로 뽑힌 시노 키바 히나타와 함께 오로치마루의 아지트를 찾아 길을 나서고 지라이야는 또 다른 새로운 술법이 필요하다고 걱정하는 나루토에게 함께 여행읠 떠난 수행을 하자고 제안한다.

카부토는 오로치마루의 명령에 따라 유키마루를 데리고 길을 떠난다. 한편 개조닌자들이 싸우고 쓰러져 어느 정도의 숫자가 남자 구렌은 싸움을 중지시키고 남은 이들에게 부하가 되라고 명령하고 데리고 떠난다. 나루토는 여탕 엿볼 생각에 정신없는 지라이야한테 실망하지만 지라이야는 3년 전과 변함없이 사스케를 생각하는 나루토의 모습에 감동을 받는다. 마침내 아지트를 찾은 카카시일행, 하지만 그 곳에는 싸우다 쓰러진 개조닌자들뿐이고 기지가 무너진다. 하지만 아지트를 나간 자들을 뒤쫓기 위해 다시 길을 나선다. 지라이야는 두꺼비 가마리키를 소환해내어 두가지 술법을 결합한 콜라보인술을 나루토에게 전수하려 하지만 가마리키와 사이가 좋지 않은 나루토는 계속 가마리키와 투닥거린다. 한편 오로치마루는 사스케를 불러 힘이 얼마나 커졌는지 시험해보고 싶다고 말한다.

카부토는 유키마루를 데리고 아지트를 떠나 호수로 가서 이상한 테스트를 한다. 카카시는 결정체 안에 갇혀 죽은 기괴충을 파쿤에게 맡겨 츠나데에게 분석을 부탁한다. 가마리키와 나루토는 수행 내내 서로 다투다 결국 결별을 선언하고 나루토는 자신과 궁합이 잘 맞는 다른 녀석을 찾겠다면 가마키치와 가마타츠를 불러낸다. 사스케는 오로치마루가 준비한 천명의 닌자를 한번에 쓰러트리고 이타치에 대한 원한을 토로한다. 오로치마루의 다음 그릇이 되기 원했던 구렌은 이를 지켜보고 놀라고 오로치마루는 부탁이 있다며 그 일이 잘 되면 다음 그릇에 대해 다시 생각해보겠다고 말한다. 나루토는 가마타츠의 이상한 행동을 따라하는 가마키치의 수행방식에 크게 실망하고 우연히 온천에서 나루토를 만난 유키마루는 생각해주는 사람이 있는 곳이 돌아갈 곳이라는 말에 기뻐한다. 가마타츠의 마음을 읽고 거기에 어떻게 응답하느냐가 중요하다는 가마키치의 말에 나루토는 다시 수행을 결심한다.

나루토는 가마키치 가마타츠와 수행을 계속하고 조금씩 가마타츠와 마음이 통하는 것을 느낀다. 수행중 급한 정보를 받은 지라이야는 잠든 나루토를 두고 떠나고 나루토는 가마키치 가마타츠와 함께 마을로 돌아간다. 한편 츠나데는 파쿤이 전해준 기괴충이 든 결정의 분석에 들어간다. 시노는 자신의 벌레가 살아남아있다면 적의 술법에 내성이 있는 귀중한 존재가 된다며 살아남은 벌레를 찾으러 혼자 떠나고 아카마루는 개호루라기 소리를 들었다고 하지만 어째서인지는 알 수가 없다. 한편 린지패거리가 미리 손을 잡고 있었던 것을 눈치채고 있었다고 말하는 고즈와 린지 사이에 긴장감이 감돌지만 고즈는 린지의 뜻에 동참할 뜻을 비춘다. 마을로 돌아온 나루토와 두꺼비 일행, 나루토는 가마타츠에게 물대포를 부탁하지만 두꺼비 둘 다 수둔을 쓸 줄 모른다는 사실에 깜짝 놀란다.

구렌은 오로치마루의 명령에 유키마루를 데리고 떠난다. 시노는 알을 품고 있는 벌레를 발견하고 부화에 들어간다. 나루토는 수둔도 못 한다는 가마타츠와의 수행을 재개한다. 츠나데는 야마토에게 나루토에게 비밀로 하고 사이 사쿠라와 카카시팀 지원을 떠나라고 한다. 린지 일행은 카카시팀의 존재를 눈치채고 구렌은 몸이 약한 유키마루 때문에 늦어지자 화가 나지만 유키마루는 구렌을 잘 따른다. 비가 와서 동굴에서 몸을 피하던 카카시 일행, 키바는 박쥐를 보고 개 호루라기소리의 비밀을 알아낸다. 개 호루라기 소리와 같은 초음파를 쓰는 박쥐, 자신들이 적에게 감시당하고 있다는 것을 눈치챈 것. 유키마루는 구렌에게 엄마도 결국 돌아오지 않았다고 한다. 구렌은 그런 유키마루에게 동백을 결정에 넣어서 준다.

나루토의 말대로 물을 마시고 물대포를 뿜는 연습을 하는 가마타츠, 하지만 수행에는 진전이 없고 결국 나루토가 억지로 코를 막아 물대포를 나오게는 만든다. 우연히 사이를 만난 나루토는 자신만 빼놓고 임무를 간다는 것을 알고 츠나데를 쫓아가 열심히 생각하면 마음이 전해질 거라고 하고 지라이야의 편지를 받은 츠나데는 결국 나루토가 가는 것을 허락한다. 한편 시노는 부화에 성공하지만 벌레의 수가 너무 작아 수를 단숨에 불리겠다며 혼자 떨어진다. 구렌은 린지로부터 카카시일행에 대한 얘기를 듣고 찾아내서 해치우겠다고 한다. 카카시는 불필요한 전투를 막기 위해 박쥐의 냄새를 피해 숲속을 전진한다. 나루토는 빨리 술법을 완성해야한다고 가마키치를 조르고 가마키치의 말대로 가마타츠의 입속에 들어가 수행을 계속하고 유키마루는 나가려는 구렌을 붙잡고 자신의 부적을 지어준다. 한편 숲속을 전진하던 카카시 팀은 마침내 적의 존재를 포착한다.

수행을 하는 나루토는 마침내 진전이 있지만 찾으러 온 사쿠라 손에 이끌려 마을을 떠난다. 한편 불시에 습격해온 린지 일행, 고즈가 먼저 카카시를 공격하고 남은 히나타와 키바는 키기리의 연막 때문에 앞도 안 보이고 후각까지 쓸 수 없게 된다. 키바가 자리를 피하고 히나타가 유권으로 누라리를 공격하지만 누라리에게는 먹혀들지 않는다. 카카시는 고즈의 엄청난 힘에 다소 고전하고 히나타가 위험한 것을 안 키바는 아통아로 공기를 날려버림으로써 시각과 후각을 되찾고 부상당한 히나타를 도우러 간다. 린지와 다른 부하들은 둘을 공격하려는 하지만 벌레들을 몰고 나타난 시노 때문에 후퇴하고 카카시도 뒤이어 나타난다. 모든 것을 지켜보고 있던 구렌은 자신이 나서서 싸울 것을 결심한다.

츠나데는 시노의 기괴충 분석을 통해 적의 술법이 오래 전 소문이 돌았던 정둔이라는 사실을 알고 오로치마루가 전생을 위해 손을 썼다는 것을 알게 된다. 카카시를 찾아나선 나루토일행, 나루토는 다시 유키마루와 만나고 생각해주는 사람이 있다는듯한 유키마루의 말에 꼭 붙어있으라고 말한다. 구렌은 스스로 나서서 정둔으로 카카시일행을 가둬버리고 나루토일행은 뒤늦게 도착해서 커다란 결정덩어리를 보고 놀란다. 구렌은 분신을 만들어서 각각 전투를 벌이고 결정 때문에 백안이 오히려 약점이 된 히나타는 결국 구렌의 인질이 되고 만다. 구렌은 카카시 일행에게 인질로 잡은 히나타를 보여주고 카카시 일행은 놀란다. 한편 나루토는 야마토의 목둔으로도 결정을 파괴할 수 없다는 것을 알자 가마키치와 가마타츠를 불러내서 두꺼비 철포로 거대한 결정덩어리를 공격한다.

나루토는 결정을 부수고 진입하는데 성공하지만 히나타가 인질로 잡힌 것을 알게 된다. 카카시의 지시대로 공격하여 히나타를 손에 넣고 구렌은 달아나지만 가마타츠의 실수로 히나타를 가둔 결정덩어리에 금이 간다. 마침 파쿤이 도착해 정둔에 대해서 알리고 히나타를 가둔 결정덩어리가 부서지지만 히나타는 멀쩡하다. 차크라를 써서 자신의 몸을 보호했던 것. 히나타의 부상에 적을 쫓을 것인가 말 것인가 고민하지만 결국 사쿠라와 사이를 히나타 곁에 남겨두고 적을 쫓기로 한다. 박쥐를 이용해서 추적하던 중 시노는 다른 방법이 있다고 말하고 나루토의 분신을 이용해 분신을 이용한 박쥐가 린지에게 알리기 위해서 가는 것을 모두 쫓아간다. 한편 카부토는 배에 고즈 유키마루 구렌만 태우고 호수로 가고 싫어하는 유키마루를 달래서 약을 먹이고 실험을 시작한다. 그리고 마침내 유키마루의 비명에 맞춰서 호수에 엄청난 일이 일어나려 한다.

유키마루의 비명과 함께 3미가 나타나려 하고 이를 나루토일행과 린지일행도 느낀다. 나루토일행은 박쥐를 쫓아 안개가 낀 곳으로 향하고 이를 알게 린지는 키호의 술법을 이용해 연막을 피워 시야를 막는다. 카카시는 나루토를 혼자 호수로 보내고 유키마루는 3미를 불러내는데 성공하지만 3미는 제어가 되지 않고 멋대로 날뛴다. 구렌은 카부토의 말에 따라 정둔으로 3미를 가두는 데 성공하고 카카시 일행은 연막에 꼼짝없이 잡혀있다 위험에 처할뻔하지만 뒤이어 달려온 히나타의 도움을 받는다. 3미는 결국 구렌의 결정을 벗어나 미쳐 날뛰어 구렌과 싸움을 벌이고 나루토는 미수를 알아본 가마키치의 말과 구렌과 함께 있는 유키마루를 보고 놀란다. 그리고 구렌은 위기에 처한 유키마루를 구하기 위해서 온몸을 던진다.

3미가 불러온 엄청난 물결에 휩쓸려 모두 뿔뿔이 흩어진다. 그 와중에 나루토는 오로치마루의 환각을 보고 키바를 공격할뻔하고 카카시는 안개가 환각을 불러일으킨다는 것을 알게 되고 3미를 봤다는 나루토의 말에 크게 놀란다. 구렌은 겨우 정신을 차리고 유키마루가 아픈 몸으로 자신을 돌보고 있었다는 것을 안다. 유키마루는 구렌이 깨어나자 다시 쓰러진다. 히나타로부터 안개에 차크라가 섞여있다는 얘기를 들은 카카시는 유키마루를 찾으러 가겠다는 나루토를 말리고 안개밖으로 나서서 감시를 할 것을 명령한다. 파쿤을 통해 소식을 들은 츠나데는 3미를 봉인할 방법을 찾고 이노 텐텐 리, 시즈네를 3미를 봉인하기 위해 파견하기로 한다. 한편 나루토는 사쿠라에게 지라이야가 한 ‘생각해주는 사람이 있는 곳이 돌아갈 곳’이라는 말을 들려주고 두 사람은 사스케를 위해 돌아갈 곳을 지켜주겠노라 다짐한다. 그리고 나루토는 다시 어딘가로 달려간다.

지원군은 서둘러 현장으로 향한다. 한편 사쿠라는 나루토가 없어졌다는 것을 알게 되고 카카시와 야마토는 나루토를 찾아나선다. 구렌은 나루토가 정찰하러 온 것으로 생각하고 공격하고 나루토는 구렌에게 유키마루를 데려가겠다며 구렌을 찾아 나타난 유키마루에게 오로치마루는 나쁜 놈이며 부하인 구렌 또한 제대로 된 인간일 리가 없다며 같이 가자고 하지만 유키마루는 구렌이 자신이 돌아갈 곳이라며 자신을 지켜준다고 한다. 때마침 나타난 카카시와 야마토 구렌은 사라지고 나루토는 크게 야단을 맞는다. 카카시는 유키마루가 미수를 제어하는 힘이 있으며 오로치마루가 인주력으로 만들 것이라 말하고 나루토는 절대로 그렇게 하게 두지 않겠다며 다짐한다. 그리고 돌아온 나루토 앞에 반가운 지원군이 기다린다.

3미를 봉인하러 아이들과 달려온 시즈네는 카카시로부터 유키마루 얘기를 듣고 놀란다. 한편 자신을 의심하는 고즈에게 린지는 고향에 두고온 동생 때문에 돈이 필요하다고 말한다. 카부토는 자신이 돌아갈 곳은 구렌 곁이라는 유키마루에게 손찌검을 하고 구렌은 유키마루를 감싸고 돈다. 한편 원래 카부토의 지시로 잠입해있던 린지는 자신에게 일을 맡겨달라고 위협하고 카부토는 이를 받아들인다. 시즈네는 츠나데의 지시를 전달한다. 3미를 봉인하고 유키마루를 보호하는 것으로 히나타 이노 사쿠라와 함께 자신이 3미 봉인을 맡겠다고 한다.카카시는 팀을 둘로 나뉘어 시노 나루토 사이와 자신이 한 팀으로 정둔술사를 맡고 나머지는 야마토와 함께 봉인팀을 지키는 역할을 맡기로 한다.

시즈네와 사쿠라일행은 미수를 봉인하기 위해 결계 사방봉진을 펼치고 나머지는 두팀으로 갈라진다. 리는 연막 대처법이라며 엉뚱한 소리를 해서 사람들을 황당하게 만들고 고즈와 구렌은 카카시팀을 공격한다. 린지 일행이 나타나 키기리가 연막을 피우고 리는 급한 마음에 연막 속으로 뛰어들어간다. 앞이 전혀 보이지 않지만 가이와 수행을 계속해온 리는 적의 인기척을 감지하고 공격한다. 린지가 두고 가버리는 바람에 앞을 보지 못 하는 키기리 누라리 키호는 오히려 리와 텐텐의 공격에 속수무책이고 마지막으로 키바의 공격에 무너지고 만다. 한편 구렌은 카카시를 공격하고 시노는 싸움은 나루토와 카카시에 맡기고 정둔술사를 해치울 벌레를 키우는데 열중한다.

자신의 장난 때문에 화가 풀리지 않은 데이다라를 두고 토비는 혼자 다른 곳으로 가다가 카카시와 구렌의 싸움을 보게 된다. 카카시는 구렌의 파정강룡에 맞서 뇌절을 쓰지만 구렌의 공격을 받고 위기의 순간 정둔에 내성이 있는 시노의 벌레가 나타난다. 카카시 일행의 협공에 수세에 몰린 구렌, 그 때 고즈가 나타나 자신의 몸을 던져 구렌을 구하고 죽음을 맞는다. 한편 야마토팀은 리와 텐텐은 봉인팀 호위를 맡고 야마토와 키바는 카카시를 지원하기 위해 나선다. 시즈네팀은 3미를 찾아내는데 성공하여 봉인준비에 들어가고 린지는 이를 막으려 하지만 리의 방어에 물러난다. 한편 구렌은 유키마루를 찾으러 가다 풀피리소리에 자신이 유키마루의 어머니를 죽였다는 사실을 알고 경악한다. 이 때 나타난 카부토는 유키마루를 걱정하는 구렌을 비웃으며 그래서 이 일에 널 선택한 것이라며 모든 것을 유키마루에게 알리겠다고 협박하여 구렌과 유키마루를 3미가 있는 곳으로 데려간다.

구렌을 놓친 카카시팀은 구렌을 다시 찾기 위해 분주하고 나뭇잎의 3미 봉인술을 본 카부토는 유키마루에게 약을 먹이고 3미를 조종하게 만들려 하지만 구렌이 한번만 더 기회를 달라고 매달린다. 구렌의 카부토의 작전대로 봉인팀을 공격하고 리와 텐텐이 이를 막는다. 3미를 찾은 봉인팀은 그물을 내려 자물쇠를 채우는 데까지 성공하지만 린지가 기습공격을 하고 때마침 나타난 나루토가 이를 막는다. 유키마루를 걱정하는 구렌은 몸을 날려 봉인을 막는데 성공하고 3미는 엄청난 힘으로 또 다시 큰 파도를 일으킨다. 모두 물에 휩쓸려 쓰러진 후 3미는 구렌에게 다가가고 구렌을 걱정한 유키마루는 엄청난 힘을 발휘하여 3미를 조종하려 한다.

모두 큰 파도에 휩쓸려 호숫가로 밀려나고 카부토는 구렌이 위기에 빠지자 유키마루가 힘을 발휘하여 3미를 제어한 것을 보고 기뻐한다. 유키마루는 구렌에게 달려가고 구렌은 그런 유키마루를 보고 유키마루의 돌아갈 곳이 되어주겠다고 다짐한다. 린지는 구렌을 찔러서 쓰러지게 하고 유키마루에게 구렌이 죽게 될 거라고 부추겨서 3미를 제어하려 하지만 어린 몸에 차크라가 다 된 유키마루는 쓰러지고 3미는 유키마루를 공격하려 한다. 구렌은 몸을 날려 유키마루를 구하려 하고 유키마루가 와있는 것을 눈치챈 나루토도 합류해서 3미를 막는다. 눈을 노린 구렌의 공격이 성공해 한숨을 돌리려던 찰나 3미는 두 사람을 삼켜버리고 카카시는 쓰러진 유키마루를 발견하고 데려간다.

카카시는 유키마루를 데려와 치료를 부탁하고 히나타 등과 나루토를 찾으러 간다. 한편 삼미 뱃속에서 눈을 뜬 나루토는 구렌과 마주치고 구렌은 정신을 잃는다. 정신을 차린 구렌에게 나루토는 자신이 인주력으로 유키마루를 자신처럼 만들지 않겠다고 하고 구렌은 유키마루를 향한 자신의 진심을 말한다. 그러던 중 작은 삼미떼가 나타나고 두 사람은 황급히 몸을 피한다. 카부토는 키기리 일행 앞에 나타나 곧 죽게 될 거라 겁을 준 뒤 살려달라 매달리는 세사람의 몸을 변형시키고 유키마루를 찾아오라고 한다. 한편 나루토는 그림자분신을 이용해 출구를 찾기 위해 나서고 유키마루는 나루토와 구렌이 삼미 뱃속에 있다고 말한다.

카카시는 유키마루의 얘기를 듣고 나루토와 구렌을 찾아나선다. 누라리 일행은 카부토가 준 힘으로 키바 텐텐 리를 공격하고 유키마루는 출구가 없다며 출구를 만들어줘야한다며 동백꽃을 많이 가져다달라고 한다. 구렌을 두고 뱃속을 돌아다니던 나루토는 사스케를 보고 뒤따라가지만 사스케의 공격을 받는다. 나루토의 비명을 듣고 3미의 안개가 환각을 불러일으킨다는 것을 알게 된 구렌은 몸을 던져 나루토를 구하고 사스케를 되찾겠다는 나루토의 말에 놀란다. 그리고 위기에 처하자 다친 자신을 구해준 유키마루의 어머니를 죽인 사실을 고백한다. 그 때 유키마루가 흘려보낸 동백꽃을 보고 두 사람은 다시 함께 탈출을 시도한다.

동백을 흘려보내도 나루토가 나타나지 않고 삼미가 깨어나자 카카시는 사이에게 유키마루를 데려가라고 하고 봉인팀은 사방봉진에 들어간다. 누라리일행은 사이를 공격하고 유키마루를 찾아 데려가고 카부토는 봉인이 성공해 오로치마루의 일에 지장이 있을 것을 우려해서 유키마루를 희생할 결심을 한다. 키기리 일행은 카부토가 없자 가버리려 하지만 카부토가 준 힘 때문에 부작용이 일어나고 린지가 가진 약을 얻기 위해 오로치마루에 충성을 맹세한다. 린지는 구렌을 위해서라며 유키마루를 협박해 약을 먹이고 삼미를 제어할 것을 강요한다. 키기리일행은 나뭇잎 닌자들을 공격하고 달라진 힘에 모두 고전한다. 봉인팀의 봉인은 위기에 빠지고 3미를 빠져나온 나루토와 구렌은 3미를 제어하는 유키마루의 비명을 듣고 놀란다.

츠나데가 보낸 카츠유의 차크라로 봉인팀은 힘을 얻고 나루토는 유키마루의 어머니를 죽인 일로 힘들어하는 구렌에게 자신이라면 포기하지 않고 계속 생각하겠다고 말한다. 삼미는 엄청난 차크라로 날뛰고 봉인팀은 이를 막기 위해 안간힘을 쓴다. 카카시는 키기리, 시노는 누라리, 야마토는 키호와 전투를 벌인다. 카부토의 힘으로 강해진 적에 다소 고전하던 세 사람은 결국 승리를 거둔다. 유키마루의 힘이 밀리자 린지는 유키마루에게 주사를 놓으려 하지만 나루토와 구렌이 나타나 막는다. 구렌과 유키마루의 감동적인 재회를 본 린지는 구렌이 유키마루의 어머니를 죽인 사실을 밝히지만 그래도 유키마루는 구렌과 함께 할 것을 약속한다. 나루토는 이를 비웃는 린지를 공격하고 이제 린지로 변장했던 카부토가 모습을 드러낸다.

죽은 줄 알았던 누라리 키기리 키호는 몸이 합쳐져 거대한 괴물이 되어 공격하고 카부토는 린지를 이미 죽였으며 유키마루와 구렌을 이용했다는 사실을 밝힌다. 나루토는 구렌과 유키마루를 먼저 보내고 카부토와 대결을 벌이지만 카부토가 사혼술로 불러낸 린지가 구렌의 앞길을 막는다. 린지의 박쥐 때문에 정둔이 통하지 않자 구렌은 자신의 몸을 던져 린지와 함께 최후를 맞고 이를 본 유키마루는 엄청난 힘을 발휘하여 삼미를 폭주하게 만들고 나루토는 가마키치와 가마타츠를 불러낸다. 그리고 가마키치와 가마타츠의 도움으로 화둔에 풍둔을 더해 3미에 큰 타격을 입힌다.

유키마루는 큰 상처를 입고 의식을 차리지 못 하고 3미를 제어하는 능력도 잃어버린 상태다. 나루토는 그런 유키마루를 보면 구렌의 죽음이 자기 탓이라며 힘들어하고 츠나데는 보고를 듣고 교대할 닌자를 보내고 귀환명령을 내린다. 그날 밤 오래 전 자신을 살려준 구렌을 구하려는 고즈의 힘이 구렌을 깨우고 유키마루는 구렌을 찾아 나간다. 유키마루를 찾아나선 나루토는 유키마루의 수정이 멀쩡한 것을 보고 구렌이 무사하며 둘이 만났다는 것을 알게 된다. 다음날 아침 암부가 도착하고 나루토 일행은 마을로 향하고 토비의 안내를 받아 호수로 온 데이다라는 3미를 유인하고 결국 3미는 두 사람의 손에 잡힌다. 한편 오로치마루의 몸은 한계에 다다르지만 사스케의 몸을 차지할 생각에 기뻐한다. 나루토는 유키마루에 대해 묻는 사쿠라에게 계속 생각하면 마음이 전해질 거라면 사스케가 돌아올 곳이 없어지지 않도록 계속 생각하자고 말한다.

전생의식을 목전에 둔 오로치마루는 사스케를 자신이 차지하기 위해서 꾸민 일들에 대해서 뒤돌아본다. 그리고 완벽하게 준비를 마치고 사스케의 몸을 차지할 생각에 흥분한다. 한편 츠나데는 삼미를 감시하던 암부들의 연락이 끊겼다는 이야기에 부대를 보내고 감시하던 암부들이 모두 사라졌다는 이야기에 아카츠키의 소행이 아닐까 의심한다. 카부토가 오로치마루의 약을 가지러 자시를 비운 사이에 사스케는 오로치마루를 공격하며 당신은 자신보다 약하니 몸을 내어줄 필요가 없다고 한다. 이에 오로치마루는 뱀의 모습으로 변하여 사스케를 공격한다.

어린 시절 부모를 잃은 소년 오로치마루는 부모의 묘에서 백사의 허물을 발견하고 호카게에게서 백사는 재생과 행운의 상징이라는 말을 듣게 된다. 그리고 많은 사람들의 죽음을 지켜보면서 죽음에 대해서 생각하며 오래 살 수 있는 방법을 모색하다 육체활성술을 연구하게 된다. 그러다 금지된 술법에 손을 대고 불로불사의 술법을 연구하다 3대 호카게에게 들켜 마을을 떠나게 된다. 마을을 떠나 아카츠키로 활동하던 중에 이타치를 만나 이타치의 동력에 매료되어 이타치의 몸을 빼앗으려 하지만 우치하의 사륜안 때문에 실패한다. 약을 가져오던 카부토는 거대 백사의 허물을 보고 놀라고 이타치는 카부토에게 전생의식을 보여준다. 오로치마루가 전생의식을 하려 사스케를 자신이 만든 이공간으로 불러들이지만 사스케는 오히려 그 이공간을 파괴하고 오로치마루를 흡수해버린다.

드디어 남아지트에 도착한 스이게츠와 사스케, 하지만 뜻밖에도 허술한 경비와 조용한 분위기다. 두 사람 앞에 나타난 카린, 사스케는 오로치마루를 죽였다는 이야기를 하고 자신과 함께 가자고 하지만 카린은 완강히 거부한다. 사스케의 말에 따라 스이게츠가 갇혀있던 수감자들을 풀어주러 간 사이 카린은 완전히 태도를 바꿔서 사스케를 유혹하며 스이게츠를 떼어놓고 둘이만 함께 가자고 말한다. 차크라를 감지하는 능력을 가진 카린은 예전에 사스케와 탈출한 실험체들을 잡는 작전에 나섰다가 사스케의 차크라에 반하고 말았던 것. 카린은 결국 툴툴거리면서도 사스케를 따라나선다.

드디어 남아지트에 도착한 스이게츠와 사스케, 하지만 뜻밖에도 허술한 경비와 조용한 분위기다. 두 사람 앞에 나타난 카린, 사스케는 오로치마루를 죽였다는 이야기를 하고 자신과 함께 가자고 하지만 카린은 완강히 거부한다. 사스케의 말에 따라 스이게츠가 갇혀있던 수감자들을 풀어주러 간 사이 카린은 완전히 태도를 바꿔서 사스케를 유혹하며 스이게츠를 떼어놓고 둘이만 함께 가자고 말한다. 차크라를 감지하는 능력을 가진 카린은 예전에 사스케와 탈출한 실험체들을 잡는 작전에 나섰다가 사스케의 차크라에 반하고 말았던 것. 카린은 결국 툴툴거리면서도 사스케를 따라나선다.

카린까지 합류하여 쥬고를 데리러 북아지트로 향하는 세 사람, 카린은 북아지트는 끔찍한 실험체들이 모여있는 곳이라며 위험성을 경고한다. 그리고 쥬고는 주인의 오리지널로 자신이 가진 충동을 평소에 억누르고 있지만 이성을 잃으면 얼굴도 성격도 끔찍한 살인마로 변하게 된다는 것도 알려준다. 북아지트에 도착한 세 사람, 하지만 북아지트는 폭동이 일어나서 정신없는 상태다. 카린은 스이게츠를 따돌리려 엉뚱한 곳을 알려주고 사스케와 둘이서 쥬고가 있는 곳으로 향한다. 쥬고는 문이 열리자마자 사스케를 죽이려고 들고 사스케는 주인으로 막으며 싸울 생각은 없다며 할 얘기가 있다고 한다. 한편 나루토와 사쿠라는 츠나데에게 불려가서 츠나데와 지라이야에게 사스케가 오로치마루를 죽였다는 소식을 듣고 기뻐하지만 사스케가 마을에 돌아오지 않을 거라는 말에 충격을 받는다.

사스케는 쥬고에게 내보내주겠다고 하지만 쥬고는 그 녀석이 없이는 나갈 수 없다고 한다. 얌전한 평소와 달리 폭주하면 사람을 닥치는대로 죽이는 쥬고는 일부러 사람을 멀리하고 살았지만 키미마로를 만나고 자신이 막아주겠다는 말에 키미마로를 따라나선 후 서로를 의지하며 친하게 지냈던 것. 쥬고는 사스케와 밖으로 나가서 싸움을 벌이고 카린은 왜 쥬고가 제 발로 오로치마루에게 갔냐는 스이게츠의 말에 억누를 수 없는 살인충동 때문에 갱생하러 들어갔을 거라고 말한다.

제 3차 닌자대전 당시 호카게는 적의 지원이 이루어지고 있는 칸나비 다리를 파괴하는 것이 관건이라고 생각하여 4대 호카게 미나토와 어린 시절의 카카시 그리고 우치하 일족의 오비토와 의료닌자 린의 4인 소대를 보내기로 한다. 임무를 명령받고 나가는 날 카카시는 뛰어난 실력을 바탕으로 상급닌자가 되고 린에게는 의료팩 미나토에게는 특제 표창을 선물받지만 딱딱하게 규칙만 내세우는 카카시가 못마땅한 오비토는 애써 모른척한다. 미나토는 상급닌자가 된 카카시는 새로운 팀으로 함께 움직이고 자신은 따로 활동하게 된다고 말한다. 국경지역으로 가는 중 카카시는 치도리를 선보이지만 미완성으로 허점이 보인다며 미나토는 술법을 금지시킨다. 미나토와 헤어진 세 명을 발견한 적이 정보를 캐내기 위해 린을 데려가고 카카시는 규칙을 내세우며 구하러 가자는 오비토의 말을 거절한다. 규칙을 어기고 임무를 포기하고 동료를 구했다가 모함을 받고 죽은 아버지 때문에 상처를 입은 카카시는 규칙을 어길 수가 없었던 것. 하지만 오비토는 규칙을 지키지 않는 닌자는 쓰레기지만 동료를 모른척하는 것은 그보다 더한 쓰레기라며 혼자 린을 찾아나선다.

혼자 전선으로 온 미나토는 금빛 섬광이라는 이름에 걸맞는 눈부신 실력으로 적을 제압한다. 오비토는 린을 찾아나서지만 적에게 들켜 위기에 처하고 뒤늦게 찾아온 카카시 덕에 목숨을 구하지만 대신 카카시는 왼쪽 눈을 잃는다. 하지만 의지를 불태우던 오비토는 마침내 사륜안을 개안하고 그 덕에 보이지 않는 적을 해치우는데 성공하고 린이 잡혀있는 동굴로 간다. 하지만 만만치 않는 상태 캇코는 동굴을 무너뜨리고 오비토는 동료를 구하려다 바위에 깔리고 만다. 안타까워하는 카카시에게 오비토는 자신의 사륜안을 주겠다고 하고 린을 부탁하고 린은 오비토의 왼쪽 눈을 카카시에게 이식한다. 사륜안을 갖게 된 카카시는 수많은 바위닌자들에게 둘러싸여 위기의 순간에 처하자 린을 보내고 목숨을 걸고 싸운다. 위기의 순간에 달려온 미나토 덕에 목숨을 구한 카카시와 린, 그 후 카카시는 사륜안의 카카시로 널리 이름을 떨치는 영웅이 된다.

이타치와 키사메는 페인으로부터 오로치마루의 죽음과 그것이 사스케의 짓이며 사스케가 동료들을 모아 이동중이라는 얘기를 듣는다. 한편 사스케는 스이게츠 등과 함께 우치하 일족이 이용하던 무기상에게 가서 무기를 조달한다. 지라이야는 오랜만에 만난 나루토와 라면을 먹으며 회포를 풀고 카카시등은 사스케를 데려오기 위해 이타치를 찾아야한다며 기존의 7조에 시노 히나타 야마토 키바를 더한 팀을 짜서 사스케를 데려오기 위해 이타치를 찾아 비를 맞으며 마을을 나선다. 한편 데이다라는 사스케와 구미를 자신의 손으로 잡겠다며 토비를 데리고 길을 나선다.

사스케와 이타치를 찾아나선 나루토 일행, 카카시는 냄새를 추적할 닌자견을 붙여주고 사스케와 이타치를 찾기 위한 작전을 지시한다. 한편 사스케 일행도 뿔뿔이 흩어져서 이타치를 찾기 위해 나선다. 스이게츠는 카쿠즈의 장부담당을 찾아내서 정보를 캐내고 쥬고는 동물들에게 정보를 부탁한다. 사스케와 떨어지지 않으려던 카린을 마을을 둘러보고 그러던 중 사쿠라가 함께 있던 닌자견이 사스케의 냄새를 맡지만 결국 놓치고 만다. 한편 나루토와 야마토 앞에는 카부토가 나타난다. 오로치마루가 죽은 뒤 정체성의 혼란에 빠져있다 나루토처럼 극복해보겠다며 오로치마루의 시체 일부를 몸에 심은 카부토는 자신을 일깨워줘서 고맙다며 나루토에게 아카츠키에 대한 수집한 정보를 주고 간다. 한편 나루토와 사스케를 노리던 데이다라는 사스케를를 발견하고 토비를 데리고 신나게 날아가서 사스케와 마주한다.

드디어 마주한 데이다라, 사스케는 이타치의 소재를 물으며 얘기하면 살려서 보내주겠다고 한다. 사스케의 사륜안을 본 데이다라는 먼저 C1원으로 공격을 하지만 사스케는 빠른 속도로 피하고 움직이는 폭발물의 공격도 바꿔치기술로 피한다. 이에 데이다라는 C2를 사용한 공격을 시작한다. C2드래곤을 타고 공중에서 공격하며 토비에게 땅속에 지뢰설치를 맡기는 것. 사스케의 공격거리까지 파악하고 공격권을 피해 날며 공격하는 데이다라, 사스케는 주인을 발동하고 한쪽 날개까지 방어에 쓰며 고전하고 데이다라는 승리를 확신한다. 하지만 사스케는 칼을 땅에 꽂아서 발판으로 이용하여 날아올라 데이다라를 공격한다. 위기의 순간에서 가까스로 목숨을 건진 데이다라는 이타치를 처음 만났을 당시를 떠올린다. 아카츠키에 들어갈 마음에 없었던 데이다라는 이타치의 환술에 걸려 패배하고 말았던 것, 분노한 데이다라는 이타치를 처리하기 위한 비장의 카드였던 C4카루라를 쓰기로 한다.

사스케를 해치우기 위해 C4카루라를 쓰는 데이다라, 거대한 데이다라 모양의 폭발물이 움직이기 시작하고 불발되는가 싶더니 사스케의 몸은 스스르 사라지고 만다. 데이다라는 승리를 확신하지만 사스케가 나타나 가슴을 찌른다. 공기중에 눈에 보이지 않는 초소형폭탄을 살포해 이를 들이마신 생물체를 몸속에서부터 파괴하는 카루라, 하지만 사륜안을 가진 사스케의 눈에는 폭탄이 보였고 일부러 죽은 척했던 것. 하지만 사스케가 찌른 데이다라의 몸은 가짜로 데이다라는 사스케의 몸을 C4로 감싸고 뛰어내리고 폭탄은 큰 폭발을 일으킨다. 하지만 토둔을 쓰는 데이다라의 술법이 자신의 뇌둔앞에 무력해진다는 것을 알고 있었던 사스케는 치도리를 자신의 몸에 써서 폭탄을 없앤다. 엉망이 된 몸으로 마주한 두 사람, 사스케는 데이다라가 부르짖는 예술은 안중에도 없다며 이타치의 행방을 묻고 자신과 자신의 예술을 인정하지 않는 사스케 이타치 형제에 분노한 데이다라는 자신의 몸을 폭탄으로 만들어 자폭한다.

스이게츠는 두루마리로 만다를 소환하고 만다에게 환술을 걸어 시공간인술로 빠져나온 사스케를 만난다. 만다는 카루라 때문에 죽고 사스케도 쓰러진다. 아카츠키에 데이다라의 자폭사실과 사스케 토비가 죽었다는 얘기가 전해지지만 이타치는 사스케가 죽지 않았다고 한다. 한편 폭발현장에 온 나루토 일행은 사스케와 데이다라의 싸움이 있었다는 것과 데이다라가 죽고 사스케가 시공간인술로 몸을 피한 사실을 알게 된다. 그리고 키바가 후각을 이용해 사스케의 냄새를 찾아서 달려간다. 한편 페인과 코난 앞에 나타난 의문의 사나이는 사스케의 눈이 이타치 이상이 될 거라며 목적을 달성할 얼마 남지 않았다고 선언한다. 그는 토비로 위장하고 있던 우치하 마다라였다.

지라이야는 아카츠키의 리더가 있는 곳을 알았다며 츠나데와 한잔 하자며 함께 밖으로 나간다. 한편 카린은 나루토 일행의 차크라를 느끼고 다시 급히 길을 나선다. 카린은 개를 이용해서 추적중이라는 것을 눈치채고 새들에게 사스케의 냄새가 묻은 옷을 나눠준다. 키바가 냄새가 흩어진다고 하자 카카시는 사스케 곁에 탐지능력이 있는 자가 수를 쓴 것이라는 것을 알고 냄새를 계속 뒤쫓는다. 흩어져서 냄새를 뒤쫓던 나루토는 이타치와 마주치고 이타치는 얘기를 하러 온 것뿐이라며 나루토에게 왜 사스케에게 집착하냐고 묻고 나루토는 너보다 자신이 더 사스케를 형제로 생각한다고 대답한다. 지라이야는 비마을에 아카츠키의 리더가 있다며 폐쇄적이고 내란으로 양분된 마을의 한쪽 리더가 아카츠키의 리더인 것 같다며 혼자 들어가서 조사해보겠다고 말한다. 너무 위험한 일이라 걱정하면서도 츠나데는 차마 말리지 못 하고 두 사람은 나루토의 아버지 4대 호카게와 어머니에 대해서 얘기하며 옛생각에 잠긴다

지라이야 오로치마루 츠나데의 어린 시절, 지라이야는 실력도 늘지 않고 번번히 혼만 나고 3대 호카게는 지라이야에게 소환술을 보여주고 지라이야는 자신도 소환수를 갖기 위해 수행에 열을 올리고 묘목산으로 들어가게 된다. 그곳에서 가마분타와 만나고 자신을 기다리던 후카사쿠와 만나게 된다. 예언을 내리는 왕두꺼비선인의 말에 따라 지라이야는 수행을 하며 에언을 기다리고 마침내 청년이 되어 왕두꺼비선인의 예언을 듣는다. 왕두꺼비선인은 지라이야에게 제자를 두게 될 것이라며 그 제자는 닌자세상의 변혁을 이끌 아이로 그 변혁은 안정 파괴 둘 중 하나로 지라이야는 그 변혁자를 이끌 사람으로 큰 선택을 할 때가 올 것이라고 말한다. 지라이야는 왕두꺼비선인의 에언대로 세상을 돌아다니며 세상을 돌아다니며 책을 쓰며 여러 사람들을 만나게 된다. 그러던 중 3차닌자대전이 시작되고 츠나데 오로치마루와 함께 전장을 누비며 전설의 세닌자로 불리게 된다.

여행에서 돌아와 닌자 3차대전에 참전한 지라이야는 츠나데 오로치마루와 함께 나뭇잎마을 전설의 세 닌자로 불리며 혁혁한 공을 세운다. 그러던 중 비마을에서 야히코 코난 나가토 전쟁고아 세명을 만나고 지라이야는 그들이 자립할 때까지 함께 생활하게 된다. 나가토에게서 신화 속 이야기로만 생각했던 윤회안을 보고 그가 예언속의 변혁자라 생각한 지라이야는 3년간 아이들에게 인술을 가르치고 떠난다. 다시 전쟁에 참가한 지라이야는 아이들의 죽었다는 소식을 듣고 슬퍼하고 4대 호카게 미나토의 공으로 마침내 긴 전쟁은 막을 내린다. 그리고 아이를 가진 미나토는 지라이야의 처녀작 ‘근성닌자전’에 나오는 주인공의 이름 ‘나루토’를 따서 자신의 아이 이름으로 삼겠다고 한다.

비닌자마을에 잠입한 지라이야는 마을 여기저기를 돌아다니며 정보를 캔다. 비마을 사람들은 모두 페인을 존경하며 예전 비마을 우두머리였던 한조의 얘기라면 질색을 한다. 비를 맞으면 누가 어디서 무엇을 하는지 금방 알아차린다는 말에 지라이야는 개구리로 작은 술집을 만들고 말단 닌자 두 사람을 술집으로 유인한다. 술집으로 유인한 두 닌자를 잡은 지라이야는 정보를 캐내기 위해 간지럼으로 고문하고 개구리로 변한 동료를 본 비닌자는 페인에 대한 정보를 털어놓는다. 페인은 얼굴도 알려지지 않았으며 존재 자체도 확실하지 않은 존재로 혼자 몸으로 한조를 해치운 실력자라고 한다. 한편 침입자의 존재를 눈치챈 페인은 코난에게 침입자를 찾아줄 것을 부탁하고 침입자를 찾아 나선다

지라이야는 나루토의 팔괘봉인에 맞는 열쇠를 갖고 있는 케로토라를 불러내서 도장을 찍고 자기에게 무슨 일이 생기면 나루토의 몸에 들어가라고 말하고 미나토가 나루토의 몸에 구미의 음의 차크라를 봉인한 것은 무슨 이유가 있을 거라며 구미의 출현은 천재지변이 아니라 누군가 소환해낸 것이라며 초대 호카게와의 싸움에서 죽었다고 알려진 우치하 일족의 창시자 우치하 마다라를 거론한다. 그리고 페인을 직접 만나기 위해 비닌자의 모습을 하고 나가지만 이를 지켜본 코난은 페인에게 침입자의 정체가 지라이야란 것을 알리고 지라이야와 싸움을 벌인다. 뒤이어 쫓아온 페인, 지라이야는 페인이 나가토란 사실을 눈치채고 페인은 자신은 인간에서 신이 되었다며 봉인한 미수를 이용해서 엄청난 병기를 만들어서 전쟁을 끝낼 것이라며 자신은 세상을 성장시키기 위해 아픔을 가르쳐줄 거라며 궤변을 늘어놓는다.

가마켄을 소환한 지라이야는 선인모드로 싸울 것을 선언하고 페인이 사라지자 결계전술을 쓴다. 이에 페인은 머리가 셋 달린 개를 불러내서 응수하고 2대 선인을 불러내기 위해 가마켄이 대신 싸우지만 상대는 갈수록 수가 늘어나며 가마켄은 부상을 입는다. 결국 가마켄은 쓰러지고 지라이야는 개들을 두꺼비 뱃속으로 끌여들여 해치우지만 페인은 계속해서 소환수를 불러낸다. 그리고 지라이야는 마침내 후카사쿠와 시마 2대선인을 불러내서 선인모드로 싸움을 시작한다. 시마와 후카사쿠는 윤회안을 가진 자가 상대며 예전에 지라이야의 제자였다는 말에 깜짝 놀란다. 모습을 감춘 페인이 시마가 생물탐지로 찾아내고 지라이야는 자신이 선택을 내려야한다는 왕두꺼비선인의 예언을 떠올리며 페인에게 너는 세상에 파멸을 가져올 자로 없애는 것이 스승의 선택이라고 말한다.

선술을 쓰며 공격하는 지라이야, 하지만 세명의 상대는 보지도 않고 공격을 피하고 모든 술법을 흡수하는등 공격이 통하지 않는다. 후카사쿠는 세명이 눈을 함께 공유해서 공격을 피한다는 것을 눈치채고 지라이야는 일단 자리를 피한다. 그리고 세명이 영상을 공유하는 이상 따로 따로 공격해야한다고 결정하고 각자 다른 술법을 쓰는 셋의 시선을 뺏고 환술로 잡아서 모두 숨통을 끊어놓는다. 하지만 페인을 처치했다고 생각하고 빠져나가는 지라이야를 기습하는 페인, 그리고 조금 전에 죽였던 세 명의 페인까지 다시 살아나 여섯 명의 사람이 나타나 페인육도 등장이라며 페인은 자신들 6명을 모두 일컫는 말이라고 한다. 그리고 지라이야는 그들 중 한명을 보고 놀라는데...

지라이야는 페인 육도라는 여섯 명 중 야히코의 얼굴을 보고 놀란다. 이미 죽었다는 야히코가 윤회안을 하고 나타난 것. 지라이야는 다시 정체가 뭐냐고 묻지만 상대는 자신들은 페인으로 신이라고 대답할뿐. 결계로 한명을 끌여들여 해치운 지라이야는 그 자가 젊은 시절 여행중에 마주친 후마일족의 남자라는 것을 알고 깜짝 놀란다. 그리고 페인의 정체를 알 수 있는 기회는 지금뿐이고 선택을 해야할 때라며 후카사쿠와 시마의 만류에도 불구 다시 싸움에 나선다. 시마에게 시체를 나뭇잎에 전해줄 것들 부탁하고 밖으로 나간 지라이야는 페인 육도의 얼굴이 전부 만난 적이 있는 자라는 것을 확인하고 페인의 정체를 알아내지만 목이 다쳐 정체를 알리지도 못 하고 정신을 잃는다. 죽음의 순간, 자신의 삶을 돌아보며 슬퍼하던 지라이야는 미나토와 쿠시나 그리고 나루토를 떠올리고 나루토가 예언의 아이라고 확신하고 후카사쿠의 등에 암호로 메시지를 남기고 숨을 거둔다.

사스케는 마침내 이타치와 마주치고 이타치는 사스케에게 우치하의 이타치에 혼자서 찾아오란 말을 남긴다. 아지트로 향하던 사스케 일행은 나루토의 그림자분신과 마주치고 사스케를 찾은 나루토 일행은 사스케를 뒤쫓는다. 사스케 일행 앞에 나타난 키사메가 이타치의 명령이라며 사스케 혼자 가야한다고 말하자 사스케는 일행을 남겨두고 혼자서 이타치와의 약속장소로 향하고 스이게츠와 키사메는 대도로 요란한 싸움을 벌인다. 한편 나루토 일행 앞에 나타난 토비는 사스케를 쫓아가려는 나루토일행을 막아서고 포메이션 B로 돌파하려 하지만 실패하자 나루토는 마음이 급해진다.

이타치와 싸우기 위해 찾아가는 사스케, 그런 사스케는 어린 시절의 일들을 떠올린다. 뛰어난 실력에 늘 자신에게 다정했던 형, 하지만 이타치는 암부의 일을 하면서 우치하 일족과 갈등하게 된다. 그리고 자신의 그릇을 알아보기 위해서라며 우치하 일족을 몰살시킨 우치하는 사스케에게 만화경 사륜안과 일족에 대한 비밀을 알려주고 떠났었다. 가장 친한 친구를 죽이면 우치하 일족에서 만화경 사륜안을 쓰는 사람은 셋이 될 것이라고. 사스케는 이타치의 가슴에 칼을 꽂고 이타치 외에 만화경 사륜안을 쓰는 자가 누구냐고 밝히라고 말한다. 이타치는 나뭇잎마을 창시자 중 하나로 처음으로 만화경 사륜안을 개안한 우치하 마다라의 이름을 댄다.

이타치는 마다라가 살아있다고 말하며 우치하 마다라와 만화경 사륜안에 대해서 얘기를 시작한다. 만화경 사륜안은 구미를 제어할 수 있는 동력이지만 개안하면 결국 실명하게 되는 동력. 우치하 일족의 창설자의 마다라에게는 남동생이 있었다. 서로 경쟁하며 실력을 키우던 두 사람은 각자 소중한 친구를 죽이고 만화경 사륜안을 개안하여 우치하 일족을 이끌며 마다라는 일족의 리더가 된다. 하지만 실명을 하게 되자 절망한 마다라는 동생의 두 눈을 뺏게 되고 그 후 마다라의 눈은 결코 빛을 잃지 않으며 새로운 동력까지 가지게 된다. 그 힘을 바탕으로 센쥬일족의 리더인 초대 호카게와 함께 새로운 조직을 창설한 마다라는 마을 방침을 두고 초대 호카게에 대립하다 패배한 뒤 아카츠키를 조직하여 숨어 있었던 것. 이타치는 사스케의 눈을 빼앗아 마다라를 넘어서 우치하 일족의 정점에 이르겠다는 야망을 토해내며 만화경이 없는 사스케는 자신에게 이길 수 없노라 선언한다. 사스케는 용감히 싸우지만 이타치에게 잡히고 이타치는 사스케의 눈을 빼앗으려 한다.

츠쿠요미를 쓴 이타치는 만화경 사륜안을 가진 자신에게 사스케는 절대 이길 수 없다며 환술 속에서 사스케의 한쪽 눈을 빼앗고 다른 눈까지 빼앗으려 한다. 하지만 꼼짝도 못 할 거라고 예상했던 사스케는 다시 일어난다. 이타치의 츠쿠요미를 깨트린 것. 그리고 환상을 현실을 만들 거라는 사스케의 말에 이타치는 그 말을 되돌려주겠다고 말한다. 츠쿠요미가 깨어져 환술전을 포기하고 싸움을 벌이는 두 사람, 이타치가 사스케에게 밀리는듯하는 순간 이타치는 흑염 아마테라스로 공격한다. 눈에 보이는 모든 것을 불태워버리는 아마테라스, 결국 사스케도 쓰러지고 모든 것이 끝나고 이타치가 사스케의 눈을 빼앗으려 달아나는 순간 사스케가 사라진다. 오로치마루 식의 바꿔치기술을 써서 빠져나간 것. 이타치도 지치고 사스케는 차크라를 거의 다 써버린 상태, 하지만 자신만만하게 이타치를 죽이겠노라 선언한다.

죽는 모습을 재현해주겠다며 이타치를 공격하려는 사스케, 그리고 하늘에 구름이 몰려온다. 자신의 차크라가 아닌 대기중의 차크라를 이용하는 술법으로 일부러 화둔을 하늘로 쏘아올리고 이타치가 아마테라스를 쓰기를 기다려 대기를 급격히 따뜻하게 만들어 뇌운을 발생시켜 낙뢰를 이타치게 떨어트리는 것. 하지만 이타치는 스사노오를 발동시켜 이를 막아낸다. 그리고 차크라가 바닥난 사스케의 몸에서 억눌려 있던 오로치마루가 틈을 타서 튀어나오지만 이타치가 휘두른 봉인의 검 토츠카의 검에 찔려서 쓰러진다. 이타치는 사스케의 모든 공격을 야타의 거울로 막아내며 사스케에게 다가가지만 눈을 빼앗으려는 순간 짧은 한마디를 남기고 쓰러져서 숨을 거두고 만다.

나루토 일행은 토비를 공격하지만 토비는 계속 공격을 절묘하게 피하며 나루토 일행의 발을 묶는다. 완벽한 타이밍에도 공격을 피해내는 토비에 대해서 의문을 가지는 나루토 일행, 시노가 기괴충으로 공격하지만 토비는 흔적도 없이 사라졌다가 다시 나타난다. 마침내 나루토 일행은 토비 즉 마다라가 자신의 몸을 자유자재로 없앨 수 있는 능력을 가졌다는 것을 알게 된다. 그리고 토비 앞에 나타난 제츠가 사스케가 이타치를 죽였다는 사실을 알리고 둘은 사라진다. 나루토일행이 급하게 사스케와 이타치의 싸움장소로 찾아가지만 이미 제츠와 마다라가 둘을 옮긴 상태, 나루토는 다시 눈앞에서 사스케를 놓치고 안타까워한다. 큰 부상을 입고 아카츠키의 동쪽 아지트에서 눈을 뜬 사스케, 하지만 마다라의 사륜안을 보고 아마테라스가 발동되고 마다라는 자신의 정체를 밝히고 이타치가 사스케를 지키기 위해서 자신의 동력을 사스케에게 넣었다고 말한다.

마다라는 자신이 진실이 어둠에 묻히기를 바란 이타치가 마다라가 그 사실을 사스케에게 알릴까 아마테라스를 걸어둔 것이라고 한다. 또한 이타치가 우치하일족을 몰살한 것은 나뭇잎의 명령이었다며 나뭇잎마을 창설 초기의 이야기를 한다. 전국시대 우치하 일족과 센쥬 일족은 라이벌 사이었다. 마다라는 우치하 일족을 위해 동생이 스스로 내어준 눈 덕에 영원한 빛을 얻게 되었고 그 힘을 바탕으로 훗날 초대 호카게가 되는 센쥬의 리더 하시라마와 힘을 겨루고 경쟁한다. 싸움이 길어지자 센쥬는 휴전을 제안하고 반대하던 마다라는 결국 휴전을 원하는 일족의 뜻에 따르고 불의 나라와 협정을 맺어 한 나라에 한 닌자마을의 시스템이 생겨나며 평화가 찾아온다. 하지만 초대 호카게 자리를 둘러싼 싸움에서 패한 마다라는 우치하 일족이 주도권 경쟁에서 밀릴 것을 걱정하여 싸움을 시작하려 하지만 일족에게 버림받고 마을을 떠난다. 다시 돌아와 하시라마와 싸움을 벌이지만 지고 죽은 것으로 알려진다. 2대 호카게는 마다라와 같은 반역자가 나오지 않도록 경무부대를 우치하 일족에게 맡기지만 우치하는 점점 권력에서 밀려나고 16년 전 구미의 습격으로 의심을 산 우치하일족은 차별을 당하게 되자 쿠데타를 일으키려 한다. 그리고 나뭇잎은 이타치에게 우치하를 감시하는 스파이역할을 맡긴다.

이타치가 일족을 배신하고 2중스파이로 활동했다는 마다라 말을 믿을 수 없는 사스케, 하지만 마다라는 참혹한 전쟁을 겪은 이타치가 평화주의자였다고 한다. 그리고 마을은 이타치에게 평화를 위해서 우치하 일족을 몰살할 것을 명령하고 이타치는 우치하일족의 쿠데타로 벌어질 수 있는 전쟁을 염려해 그 임무를 맡았던 것. 그리고 나뭇잎마을과 우치하를 노리던 마다라를 찾아와서 일족에 대한 복수를 도와줄테니 마을에 손을 대지 말라고 조건을 제시한다. 하지만 차마 사스케를 죽이지 못 한 이타치는 사스케가 강해질 수 있도록 일부러 자신에 대한 복수를 목표로 가지게 만들고 3대 호카게에게 사스케를 부탁하고 떠난다. 그리고 마을을 떠나 아카츠키에 들어가서 아카츠키를 감시하며 후에 사스케 손에 배신자로 죽어 사스케를 마을의 영웅으로 만들려 한 것. 사스케는 죽기 전 어릴 때 다정했던 형의 모습으로 웃으며 용서해라는 말을 하던 이타치를 떠올리고 나뭇잎마을을 부수리라 결심한다.

나루토 일행은 희미하게 남아있는 사스케의 냄새를 열심히 뒤쫓아보지만 결국 사스케의 냄새는 비와 함께 사라지고 또 다시 사스케를 놓치고 만다. 일족을 죽이던 날 밤 이타치가 흘린 눈물을 떠올리며 마다라의 말을 사실로 받아들인 사스케는 최강의 병기라 할 수 있는 미수를 주겠다는 말에 아카츠키와 손을 잡기로 하고 토비로 위장했던 자신의 정체를 드러낸 마다라는 사스케에게 팔미를 처치하라고 한다. 요게츠일족의 정보로 팔미를 찾아간 사스케일행, 늘 랩을 하며 덩치도 좋고 실력도 뛰어난 팔미 킬러비는 사스케 일행과 싸움을 시작한다. 스이게츠의 대도에도 끄덕하지 않고 쥬고까지 쓰러트린 킬러비의 실력에 모두 놀라고 마침내 사스케가 나선다.

랩을 쓰는 팔미 킬러비와 싸움을 시작한 사스케 일행, 하지만 싸우던 중에 랩을 적는등 황당한 팔미는 실력도 엄청나서 사스케 일행은 힘에 딸린다. 칼을 8개나 다루는 팔미에 사스케는 치도리로 검을 만들어서 대항하지만 궁지에 몰리고 사스케가 뇌둔을 칼에 흘려 겨우 치명상을 피하지만 크게 다치고 카린 덕에 몸을 회복한다. 사스케 일행은 셋이서 한꺼번에 덤비지만 팔미는 몸을 피한다. 하지만 카린 덕에 있는 곳을 들키고 킬러비는 싸움을 시작한다. 사륜안으로 환술을 건 사스케, 하지만 팔미 덕에 환술을 깬 킬러비는 사스케를 공격해 목과 가슴부분을 날려버리고 쥬고는 자신이 어린아이의 몸이 되면서까지 몸과 차크라를 사스케에게 내어주고 스이게츠는 혼자 남아 팔미를 상대하려 한다. 자신을 희생하는 동료들의 모습에 사스케는 아마테라스를 발동해서 팔미를 제어하지만 카린 몸에도 화염이 옮겨붙고 만다. 쥬고는 포기하고 가자고 하지만 사스케는 만화경사륜안으로 화염을 끄고 팔미를 생포해서 데려간다. 한편 멀리서 이를 본 번개마을 닌자들은 라이카게의 동생 팔미가 잡혀가는 모습에 라이카게에 보고하러 달려간다.

할아버지가 돌아가시고 톤베이라는 하인과 자신의 목숨을 구해준 방랑자 우타카타와 사는 소녀 호타루, 그들의 요새에 금지된 술법을 노리고 도적단이 몰려온다. 호타루의 할아버지 츠치구모 일족의 엔노교자는 마을 하나를 날려버릴만큼 무서운 술법을 갖고 있었고 3대 호카게와 밀약을 맺어 그 술법을 금지된 술법으로 하고 어려운 일이 닥치면 도와주기로 했다. 호타루가 위험하다는 말에 나루토 야마토 사이 사쿠라는 요새로 향한다. 위험을 느낀 톤베이는 호타루와 우타카타를 츠치구모 일족의 숨은 산골마을로 도망보내고 남아서 도적단과 싸우다 쓰러지고 나루토 일행이 이를 발견한다. 치료를 위해 사쿠라는 남고 나루토 일행은 다시 호타루를 찾아 떠난다. 호타루는 우타카타에게 스승이 되어달라며 수행을 도와달라 말하지만 우타카타는 스승이라는 말에 거부반응을 보이며 단호히 거절하고 쫓아온 나루토 일행과 만나자 떠나버린다.

호타루에게 나뭇잎의 호위가 붙었다는 사실을 알게 된 도적단과 두목은 호타루가 마을에 도착해 호위가 돌아간 후를 노리기로 한다. 한편 호타루는 호위는 필요없다며 돌아가라고 말하고 야마토가 기지를 발휘해 나루토가 함께 동행할 허락을 맡는다. 그리고 호타루는 우타카타의 이야기를 한다. 위험에 처한 호타루를 구하고 쓰러진 우타카타를 요새로 데려온 호타루는 우타카타에게 제자로 삼아달라고 매달리고 우타카타는 호타루를 떼어낼 심산으로 이것저것 시키지만 호타루는 열심히 따라하며 실력을 쌓아갔던 것. 한편 혼자 떠난 우타카타는 호타루를 쫓는 도적단 4인과 싸우지만 네 사람의 합체인술에 당한다. 마침내 마을에 도착한 호타루와 나루토 일행, 하지만 마을에서는 아무도 보이지 않는다. 나루토가 불이 났다고 거짓말을 해서야 겨우 나온 마을 사람들은 호타루를 보는 시선이 너무나 차갑고 호타루를 두고 돌아서면서도 마음에 걸렸던 나루토는 혼자 마을로 돌아간다.

마을의 책임자는 호타루를 데려가지만 그 곳에는 이미 아카보시 도적단 일행이 기다리고 있었다. 호타루 때문에 피해를 입을까 두려워해서 호타루를 넘겼던 것. 호타루는 속임수를 써서 숲으로 달아나지만 도적단과 마주치고 필사적으로 저항하지만 잡히고 만다. 그 때 죽은 줄 알았던 우타카타가 나타나 호타루를 구해서 달아난다. 한편 나루토와 뒤따라온 야마토와 사이는 호타루가 위험하다는 사실을 알고 급하게 호타루를 찾아나서고 야마토는 츠치구모 일족이 보호할 힘이 없다면 밀약의 뜻에 따라 자신들이 호타루를 지켜야한다고 말한다. 구하려던 게 아니라며 끝까지 호타루에게 진심을 보이지 않는 우타카타, 하지만 호타루는 금지된 술법으로 첫 스승이었던 할아버지의 뜻을 이어 일족을 부흥시킬 거라며 자신의 몸에 있는 무언가를 우타카타에게 보여준다. 놀라는 우타카타 앞에 안개마을의 탈주닌자인 우타카타를 뒤쫓던 추적닌자들이 나타나 호타루를 인질로 잡아 우타카타를 구속하려 하지만 나루토가 나타나 두 사람을 구한다.

야마토는 호타루를 잡은 자들의 가면을 보고 뭔가를 눈치챈다. 하지만 호타루를 붙잡은 암부들은 호타루를 놓아주려 하지 않고 암부들의 절우술 때문에 공격도 원만하게 이뤄지지 않는다. 사실 이 암부들은 안개마을의 암부로 수배중인 탈주닌자 우타카타를 잡으러 온 것. 서로 팽팽하게 대치하는 가운데 안개마을 암부대장 츠루기가 나타나고 야마토는 호타루가 안전해질 때까지 우타카타와 동행하고 그 후에는 손을 떼기로 약속한다. 츠루기는 우타카타에게 마을로 돌아가자고 하지만 스승이 자신을 죽이려 하다 죽었다고 믿고 있으며 그 탓에 스승을 죽였다는 누명을 쓴 우타카타는 이를 거절한다. 요새로 향하는 나루토 일행, 하지만 싸움 도중에 다친 호타루는 쓰러지고 이 일로 호타루의 등을 본 나루토는 츠치구모일족의 금지된 술법이 호타루의 몸에 새겨져있는 것을 알고 경악한다.

요새로 돌아온 나루토 일행, 나루토는 톤베이에게 왜 말리지 않았냐고 비난하고 호타루는 자신이 원한 일이라고 말한다. 대전에서 금지된 술법으로 큰 활약을 했던 츠치구모 일족, 하지만 그 때문에 많은 이들이 죽음을 잃고 대전이 끝난 후 호타루의 할아버지 엔노교자와 마을 사람들로 갈라지게 된다. 그리고 호타루는 스승이기도 한 할아버지의 뜻을 이어받기 위해 스스로 술법을 자기 몸에 심은 것. 톤베이는 금지된 술법은 몸에서 나오면 힘을 잃는다며 빼내는 방법이 있다고 얘기하지만 호타루는 맹렬히 반대한다. 호타루는 할아버지의 제자의 아들인 시라나미가 있다면 술법을 쓸 수 있을 거라며 아쉬워하고 이에 나루토는 자기가 찾아주겠다고 나선다. 열심히 찾아다닌 나루토 앞에 시라나미를 아는 노인이 나타나 나루토는 시라나미를 찾아간다. 한편 우타카타는 제자를 해치려는 스승이 어딨냐는 톤베이의 말에 츠루기가 한 말을 떠올리며 다시 찾아나서고 이를 보고 우타카타에게 가려던 츠루기와 암부들은 갑자기 나타난 소환수에게 목숨을 잃는다.

나루토가 시라나미를 찾았다고 생각한 순간 매복하고 있던 아카보시일행이 나루토를 공격한다. 한편 우타카타를 찾아나선 호타루 앞에 노인으로 변장한 시라나미가 나타나 금지된 술법을 없애는 것에 반대하며 아버지가 죽고 마을을 떠나며 반드시 마을로 돌아오겠다 맹세했다며 일족의 부흥을 위해 함께 힘쓰자며 호타루를 유혹한다. 결국 호타루는 이를 허락하고 비둘기에게 우타카타에 편지를 보내지만 시라나미는 본색을 드러내고 호타루를 쓰러트린다. 우연히 시라나미가 보낸 새에 쫓기는 비둘기를 본 우타카타는 호타루의 편지를 읽고 섭섭해한다. 그리고 차크라를 빼앗는 결계에서도 저항하는 나루토와 아카보시 일행의 이야기를 듣고 상황을 파악한 우타카타는 나루토를 구해서 발자국을 따라 츠치구모 일족의 마을로 향한다. 한편 호타루는 츠치구모 일족의 마을에 도착하여 시라나미가 금지된 술법을 위해 자기 아버지까지 죽이고 자신을 노린다는 사실에 경악한다. 마을로 들어간 나루토는 함정에 빠져 술법에 걸려 조종을 당하는 마을 사람들과 아카보시일행의 공격을 받고 뒤늦게 나타난 야마토 일행에게 뒷일을 맡기고 우타카타와 호타루를 찾아간다.

시라나미는 호타루의 몸에 숨겨진 금지된 술법을 발동시키기 위해서 자연에너지를 끌어모은다. 우타카타는 흘러가는 차크라의 흐름을 느끼고 그 곳에 호타루가 있을 거라며 급히 발길을 옮겨 호타루를 찾아낸다. 금지된 술법을 발동시켜 세계를 차지하겠다는 시라나미는 자신을 비난하는 두 사람에게 우타카타도 자신과 마찬가지 아니냐며 비웃는다. 그리고 호타루는 자신의 도구로서 살아가게 될 것이라고 말한다. 글자속박술에 걸린 나루토와 우타카타는 시라나미를 막지 못 하고 야마토 일행도 마을 사람들을 방패막이로 내세운 아카보시 일당을 상대하느라 애를 먹는다. 엄청난 차크라를 발산하여 벗어난 나루토와 우타카타, 하지만 글자속박술에 걸린 호타루는 시라나미에게서 벗어나지 못 하고 나루토와 우타카타를 공격한다.

호타루는 쓰러진 나루토와 우타카타를 보고 충격을 받아 눈물을 흘린다. 한편 야마토 일행은 기지를 발휘해서 아카보시 일당을 해치우는데 성공한다. 한편 우타카타는 거품으로 시라나미의 손을 잡아 인을 맺지 못 하게 만들지만 호타루의 상태는 더욱 안 좋아진다. 시라나미의 손을 풀어주지만 너무 방대한 자연에너지를 흡수한 호타루의 몸은 폭발을 향해가고 나루토는 호타루의 진실한 마음과 스승의 사랑을 항변한다. 기회를 보고 달아난 시라나미, 나루토는 시라나미를 잡으러 가고 우타카타는 옛날 스승이 자신에 살라고 한 말을 떠올리고 육미의 힘을 빌어 호타루를 구하는데 성공한다. 금지된 술법은 사라지고 우타카타와 함께 수행을 하러 길을 떠난 호타루, 우타카타는 안개마을의 츠루기일행을 만나러 잠시 길을 벗어나지만 그런 우타카타 앞에 페인이 나타나고 결국 우타카타는 페인의 손에 쓰러지고 만다.

마을로 돌아온 나루토는 이타치가 사스케가 마을을 공격하면 어떻게 할 너냐고 물었던 얘기와 이타치가 자신을 죽이지 않고 오히려 힘을 빌려준 사실에 대해서 골똘히 생각한다. 한편 이타치의 죽음으로 복수심에 불타는 사스케는 나뭇잎마을을 혼자서 다 쓸어버리겠다고 마다라에게 공언하고 팔미를 잡아 마다라에게 넘기며 상처를 치료하고 나뭇잎으로 가겠다고 한다. 한편 나루토를 찾아온 후카사쿠는 나루토에게 비마을에 잠입했다가 페인의 손에 쓰러진 지라이야의 죽음을 알리고 사람들에게 자신의 등에 새겨진 지라이야의 메시지를 보여준다. 큰 충격을 받은 나루토는 왜 지라이야에게 그렇게 무모한 짓을 시켰냐고 츠나데를 비난하고 지라이야와의 옛 추억을 되새기며 슬픔에 휩싸인다.

낙심한 나루토는 방을 떠나고 후카사쿠는 페인 육도 중 한명의 시체와 산채로 잡아온 비마을 닌자를 내놓는다. 츠나데는 검시를 지시하고 후카사쿠는 묘목산으로 돌아간다. 지라이야의 죽음에 충격을 받은 나루토는 너무나 슬퍼하고 라면을 사준다는 이루카의 말도 거절한다. 츠나데는 시카마루에게 암호 해독업무를 맡긴다. 한밤중에 나온 나루토는 이루카를 만나고 이루카는 나루토에게 지라이야가 얼마나 나루토를 아끼고 자랑스러워했는지를 말해주면 위로해준다. 암호해독부에서 지라이야가 남긴 암호가 나뭇잎의 암호가 아니며 암호를 풀려면 이 암호에 사용된 열쇠를 알아야하며 그 열쇠는 지라이야를 잘 아는 사람이라야 알 수 있을 거라는 말에 시카마루는 카카시 츠나데를 거쳐 나루토를 만나러 간다. 침울한 나루토를 데리고 쿠레나이를 만나러 간 시카마루는 나루토에게 더 이상 어린아이로 있을 수 없지 않냐며 이제 자신들이 받는 게 아니라 주는 입장이 되어야한다고 말한다.

시즈네는 검시를 시작하고 이비키는 비마을 닌자 심문에 들어가고 지라이야가 남긴 암호를 해독하기 위해 총력을 기울인다. 시카마루는 나루토에게 암호를 보여주고 나루토는 숫자 가운데 글자가 하나 있는 것이 이상하다고 말한다. 모두 9라고 생각했지만 지라이야의 글씨체를 아는 나루토는 9가 이나라 글자라고 말한다. 드디어 열쇠를 찾아낸 것, 지라이야 암호의 열쇠는 러브러브 파라다이스였다. 책을 통해 밝혀낸 암호 내용은 ‘진짜는 없었다’ 하지만 직접 싸운 후카사쿠도 의미를 알지 못 하고 검시와 심문도 시간이 걸린다는 말에 나루토는 애가 탄다. 이 때 후카사쿠가 묘목산으로 가서 선술수행을 할 것을 제안하고 나루토는 지라이야의 복수를 하겠다는 일념에 묘목산으로 따라나선다. 후카사쿠는 선술은 내부의 신체에너지 정신에너지를 사용하는 인술과 달리 바깥의 자연에너지를 이용한다고 설명하고 가마키치는 자연과 일체과 되려면 죽어야한다는 말로 나루토를 놀라게 한다.

죽어야한다는 말에 놀란 나루토, 이에 후카사쿠는 실제로 죽는 것은 아니라며 설명을 시작한다. 자연에너지를 끌어들이려면 자연과 일체가 되어야하는데 그러려면 움직이지 않아야한다는 것, 하지만 어려운 수행으로 시간이 많이 걸린다는 말에 나루토는 조급해하고 후카사쿠는 두꺼비기름을 이용한 빠른 방법을 소개한다. 두꺼비기름을 몸에 발라 그것으로 자연에너지를 끌어들이는 것, 하지만 그 방법을 쓸 때 자연에너지가 너무 들어가면 개구리로 변해버라는 것. 가마키치의 죽는다는 말은 인간으로서 죽을 수도 있다는 말이었던 것. 나루토는 후카사쿠의 도움을 얻어 수행에 들어가지만 자꾸 자연에너지를 많이 빨아들여 혼이 난다. 하지만 노력을 통해 두꺼비기름을 써서 자연에너지를 컨트롤하는 방법을 익히고 후카사쿠는 나루토에게 지라이야의 처녀작인 ‘근성닌자전’을 주고 이를 읽던 나루토는 지라이야와의 추억을 생각하며 눈물을 흘린다. 한편 페인은 구미를 잡으러 나뭇잎으로 떠나고 사스케가 잡아온 팔미를 봉인하던 아카츠키는 팔미가 속임수를 써서 다리 하나만 자르고 도망갔다는 사실을 알게 된다.

나루토는 후카사쿠와 선술 수행에 열심이지만 생각처럼 쉽게 되지 않고 후카사쿠는 그런 나루토를 데리고 바위에 올라가 석판에 앉아 움직이지 않으며 자연과 조화가 되는 법을 가르친다. 어려워하던 나루토도 지라이야가 같은 수행을 했다는 말에 마음을 다잡고 수행에 집중한다. 후카사쿠도 놀랄만큼 수행에 열심인 나루토는 큰 향상을 보이고 후카사쿠에게 개구리대련까지 배운다. 한편 킬러 비를 잡고 돌아온 사스케일행, 사스케는 미수가 없이도 괜찮다며 자신있어한다. 한편 사스케일행을 뒤쫓은 제이는 위치를 확인하고 연락을 하려 하지만 들켜서 목숨을 잃고 만다. 동생의 납치 소식에 화가 난 라이카게는 상대가 나뭇잎 마을 출신이란 말에 더욱 화가 나고 다섯 카게 수뢰회담을 준비하라고 명령한다. 설상가상 제이로부터 소식이 끊어지고 라이카게는 킬러 비를 구하기 위해 쿨한 사무이에 지나치게 생각이 많고 복잡한 오모이와 단순한 카루이로 이루어진 사무이소대를 소집한다.

더없이 평화로운 나뭇잎마을의 한 때에 페인이 코난과 함께 나타난다. 사쿠라는 시카마루 시호와 함께 암호 ‘진짜는 없었다’의 의미를 풀기 위해 머리를 짜내고 시즈네는 시체에 박혀있던 막대기의 분석에 들어간다. 그리고 정보부에서는 이노이치가 비마을 닌자의 머릿속을 들여다보기 위해 애쓰지만 방어벽이 있어서 뚫고 들어가기가 쉽지 않다. 한편 묘목산의 나루토는 선술수행에 박차를 가하고 어느 정도 진전이 있자 후카사쿠는 선술의 리스크에 대해 알려준다. 움직이지 않아야 쓸 수 있는 선인모드의 경우 동료가 많아야 쓸 수 있다는 것, 또 실망하는 나루토에게 자신과 융합을 하면 문제가 해결된다고 알려준다. 페인은 양동과 탐색으로 팀을 나눠 작전을 개시하고 마을을 공격한다. 시즈네는 막대기가 고주파 차크라를 받아들이는 수신기라는 결론에 도달하고 이노이치도 마침내 닌자의 머릿속에 근접한다. 하지만 마을은 페인의 공격으로 아수라장이 되고 보고를 받은 츠나데는 아카츠키가 공격해온 것을 알고 비상경보를 발령하고 나루토를 호출할 것을 명령한다.

공격을 받은 마을은 대혼란에 빠지고 묘목산의 나루토는 빠른 속도로 선술을 익힌다. 한편 츠나데가 나루토를 데려오려 한다는 것을 안 단조는 호무라와 코하루를 부추기고 두 사람은 츠나데를 막으려 하지만 초대 호카게가 두 사람에게 마을을 믿고 맡긴 것처럼 이제 당신들 차례라는 츠나데의 말에 조용히 물러난다. 사쿠라는 부상자들이 넘쳐나는 병원에서 진두지휘에 나서고 시즈네는 페인 몸에 박힌 막대기가 차크라를 받아들이는 수신기라며 페인의 비밀과 관련이 있을 거라고 보고하고 츠나데는 정보부와 만나서 함께 페인의 비밀을 밝히라고 지시하고 연락개구리에게 나루토를 부르고 정보를 알리라고 지시한다. 하지만 단조는 연락개구리를 죽여서 이를 막는다. 츠나데는 카츠유를 소환해서 다친 사람들의 치료에 나서고 카카시는 나루토의 소재를 묻다 이루카를 죽이려는 페인을 가로막고 나선다.

카카시와 페인은 싸움을 벌이고 쵸자팀과 쵸지가 카카시 지원에 나선다. 또 한 명의 페인까지 싸움에 합세하여 카카시는 수세에 몰리고 위기의 순간을 맡지만 미리 그림자분신을 내세웠던 덕에 위기를 모면한다. 쵸지 일행이 나타나 싸움에 합류하지만 물체를 자기 쪽으로 마음대로 끌어당기며 또한 모든 인술을 튕겨내는 페인의 능력 때문에 상대하기가 쉽지 않다. 쵸자팀 대원은 모두 쓰러지고 카카시는 술법을 쓰고 다음 술법으로 넘어갈 때 약간의 간격이 생기는 것을 파악하고 쵸지와 쵸자와 함께 협공을 펼치지만 완전히 해치웠다고 생각한 또 한 명의 페인 때문에 실패하고 쵸자는 쓰러지고 만다. 카카시는 지금까지 알아낸 정보를 츠나데에 전해줄 것을 쵸지에게 부탁하고 목숨을 걸고 쵸지를 무사히 보내기 위해 남아있는 모든 차크라를 써서 사륜안을 쓰다 결국 숨을 거둔다. 쵸지는 츠나데에게 페인의 능력에 대해 알리고 츠나데는 아직 쵸자는 살아있다고 알리고 카카시의 죽음에 슬퍼한다.

파괴된 마을을 보고 안타까워하는 츠나데, 한편 단조는 자신의 심복들을 이끌고 지하로 숨어서 일이 끝난 후 호카게 자리를 차지할 야심에 불탄다. 이노이치는 비마을 닌자의 머릿속을 훑어보며 류스이와 유다치가 탑으로 시체를 가져가는 모습을 보고 시즈네가 찾아와 검은 막대기를 보여주며 차크라 수신기라고 말한다. 이 때 축생도 페인이 들어오고 이노이치는 비마을 닌자 머릿속에서 시체였던 여자가 페인의 모습으로 움직이는 것에 놀란다. 한편 나루토는 후카사쿠와 융합을 시도하지만 구미가 거부하는 바람에 융합이 불가능하자 분노한다. 이노이치와 시즈네는 페인의 정체를 밝히기 위해 다른 곳으로 옮기고 이비키가 축생도페인을 잡아 고문하지만 시체 같은 축생도 페인은 고통조차 느끼지 않는다. 시즈네와 이노이티는 시체였던 여자가 페인으로 나타난 점 한명 당 한 계통 술법밖에 못 쓰는 페인이건만 소환술을 쓰는 페인이 이미 죽었는데 소환술을 쓰는 다른 페인이 나타난 점에 집중하여 페인의 정체를 밝히려 애쓴다.

파괴되는 마을을 보며 안타까워하던 코노하마루는 함께 마을을 구하자고 하지만 사람들을 피난시키는 중요한 임무가 있다는 우돈과 모에기의 말에 사람들을 찾아 나선다. 한 노파를 찾아 피난시킨 코노하마루는 페인을 발견하고 페인이 알 수 없는 술법을 써서 중급닌자 둘을 손쉽게 해치우는 것을 보고 도망치려 하지만 들킬뻔한다. 위기의 순간 에비스가 나타나 페인의 시선을 끌며 코노하마루를 도망치게 하려 하지만 코노하마루는 쓰러진 에비스를 보고 나루토와의 추억을 생각하며 용기 있게 나타난다. 한편 어차피 안 되는 일이라며 말리는 후카사쿠의 말에도 불구하고 나루토는 후카사쿠 등의 메시지는 절대 포기하지 말라는 지라이야가 자신에게 보낸 메시지라며 절대 포기할 수 없다고 말한다. 그리고 움직이지 않아야하는 선술에서 움직이며 에너지를 찾으라니 오른쪽을 보면서 왼쪽을 보라는 것과 마찬가지 아니냐는 후카사쿠의 말에 힌트를 얻는다. 잡은 사람의 머릿속을 읽어보는 능력을 가진 페인에게 잡힌 코노하마루는 나루토가 가르쳐준 나선환으로 페인에게 한방 먹인다.

키바는 엄마와 함께 검시실로 들어온 페인을 공격하고 다이나믹 마킹으로 냄새를 묻혀 뒤를 쫓는다. 시노가족은 코난과 마주쳐 전투를 벌이지만 코난은 종이분신에 기폭찰을 써서 응수한다. 천도페인은 츠나데를 찾아가고 츠나데는 그가 야히코라는 것을 알아본다. 천도페인은 곧 전쟁이 벌어질 것이며 자신들이 전쟁을 컨트롤할 것이고 살려줄 수도 있다며 나루토를 내놓으라고 요구한다. 시즈네와 이노이치는 여러 가지 정보를 종합해서 여섯명 중 본체는 없으며 어딘가에서 본체가 뒤에 숨어서 육도 페인을 조종하고 있을 것이라는 결론을 내리지만 머릿속을 훑어보는 페인이 나타나 시즈네의 머리에서 나루토가 묘목산에 있음을 알아내고 시즈네는 목숨을 잃는다. 천도페인은 아픔을 알라는 말을 남기고 모든 페인이 동시에 사라지더니 코난의 만류에도 새로운 술법을 펼치려 한다. 한편 연락책인 코스케가 당한 것을 안 후카사쿠는 나뭇잎마을 근처에 간 시마에게 자신들을 소환할 것을 부탁하고 시마는 나뭇잎마을에 일이 벌어진 것을 눈치챈다. 마침내 신라천정을 펼치는 페인, 나뭇잎마을은 폐허가 되고 만다.

페인의 신라천정 때문에 마을은 폐허가 되고 만다. 츠나데가 자신의 모든 차크라를 카츠유에게 보낸 덕에 사람들은 목숨은 있지만 츠나데는 힘을 잃고 만다. 나루토와 후카사쿠는 엉망이 되어버린 마을의 모습에 놀라고 만다. 분노한 츠나데는 절대 용서할 수 없다며 페인을 향해 달려가지만 선인모드로 무장한 나루토가 나타나 자신이 처리하겠다며 마을 사람들은 가세하지 말라 이른다. 그리고 카카시의 차크라가 느껴지지 않는 것을 안 나루토는 카카시가 마을에 없냐는 말에 츠나데가 대답하지 않자 카카시의 죽음을 직감한다. 츠나데는 안전한 곳으로 몸을 피하고 나루토는 카츠유를 통해 페인의 정보를 들으며 가마분타 가마켄 등과 함께 페인과 전투를 벌인다. 나루토의 나선환에 후카사쿠와 시마의 개구리울음까지 가세해 싸움은 격렬해지고 나루토는 풍둔 나선수리검을 쓸 준비에 들어간다.

페인은 자신도 지라이야의 제자였음을 밝히며 나루토에게 너의 죽음이 평화로 이어진다고 하지만 나루토는 나선수리검으로 큰 타격을 입히고 시카마루는 카츠유로부터 나루토가 혼자 싸우고 있으며 나서지 말라고 했다는 소리에 화가 난다. 두꺼비들은 소환수를 맞아 싸우느라 힘겹고 후카사쿠는 시야가 연결된 페인의 고리를 끊어야한다며 묘책을 내어놓는다. 모래바람을 일으켜 시야를 가린 다음 가마분타의 입속으로 나루토와 축생도페인을 빨아들여 그 안에서 축생도페인을 처치한 것. 하지만 나루토의 선인모드가 풀려버리고 만다. 시마는 융합을 하자고 하지만 후카사쿠로부터 구미 때문에 융합을 할 수 없다는 말을 듣는다. 하지만 나루토는 이미 묘목산에 분신을 만들어두고 분신들이 선술차크라를 모으고 있었던 것. 역소환한 분신 덕에 나루토는 다시 선인모드로 들어간다. 그러나 죽은 이도 살려내는 페인 때문에 해치운 페인도 되살아나고 모든 술법을 흡수하는 페인과 물건을 마음대로 튕겨내는 페인 때문에 고전한다. 나루토는 기지를 발휘해 인술을 흡수하는 페인에게는 변신술만을 흡수하게 만들고 공격하고 연기 속에 숨긴 분신을 써서 두 명의 페인을 해치운다. 하지만 천도페인이 신라천정을 펼치고 두꺼비들은 크게 다친다.

사람들이 나루토가 혼자 페인과 싸우고 있다는 사실에 놀란다. 달려나가려던 히나타는 나가봐야 나루토에 방해만 될 거란 말에 좌절한다. 후카사쿠와 시마는 환술을 쓰기 위해 준비에 들어가고 5초의 간격을 노리려던 나루토는 술법을 흡수하는 페인에게 잡혀 힘을 빠져나가지만 그것을 역이용해 자신을 잡은 페인이 선술차크라를 너무 빨아들여 개구리바위로 만들어버린다. 남은 페인은 천도 한명, 환술을 쓰려던 후카사쿠는 페인의 기술에 당해 숨을 거두고 만다. 그리고 시카마루 일행은 페인의 수수께끼를 풀어야한다며 얘기하다 이노아빠가 비마을닌자 머릿속에서 본 내용을 떠올려 페인을 조종하는 본체가 마을 가까이 가장 높은 곳에 있을 거라는 것을 알아낸다. 페인은 나루토를 잡아 손에 검은 봉을 꽂아 꼼짝 못 하게 만들고 자신은 평화와 정의를 구현하는 것이 목적이라며 미수병기를 만들 것이라고 한다. 끝없이 이어지는 증오의 연쇄속에서 잠시의 평화를 만들어내는 것, 그것이 자신의 바램이라고 말한다.

페인을 조종하는 나가토는 힘겨운 싸움으로 많이 쇠약해진 상태지만 포기하지 않고 나루토는 지라이야는 진심으로 사람들이 서로 이해할 수 있을 거라 믿었다고 항변한다. 히나타는 어린 시절 나루토와의 추억을 떠올린다. 약하고 겁많고 재능도 부족한 자신과 달리 늘 맞서 싸웠던 나루토를 동네 소년들과의 갈등이 생겼을 때 나서서 도와준 나루토를, 그리고 중급닌자시험에서 네지와의 대결에서 힘과 용기를 주었던 나루토를. 그리고 과감히 나서서 페인과 맞서지만 페인에게는 역부족, 쇠약해진 나가토가 기침을 하는 사이 공격을 한번 성공시키지만 페인의 공격에 당해 큰 타격을 받는다. 하지만 쓰러져서도 다시 일어나서 나루토를 구하려는 히나타, 어째서 죽을 걸 알면서 그 정도 힘으로 자신에게 맞서냐는 페인의 물음에 히나타는 한번 내뱉은 말은 반드시 지키는 것이 자신의 닌자의 길이라고 대답하고 결국 페인의 일격에 쓰러지고 만다. 페인은 자신의 부모도 딱 이런 식으로 자기 눈앞에서 나뭇잎 닌자들 손에 죽임을 당했다며 말하고 분노에 휩싸인 나루토는 구미화하기 시작한다.

히나타가 쓰러지는 것을 본 나루토는 분노하고 그 큰 분노 때문에 구미화하기 시작한다. 나루토는 구미화를 막기 위한 봉인으로 걸고 있던 목걸이마저 부셔버리고 급격하게 구미화한다. 페인은 그런 나루토에 맞서 싸우지만 구미의 힘 때문에 쉽지가 않다. 어느덧 나루토의 몸에 구미의 꼬리가 6개가 나오고 마을 밖에서 임무 수행중이던 야마토는 이 사실을 알고 급히 마을로 향한다. 나가토는 엄청난 힘으로 지폭천성을 펼쳐서 나루토가 있는 땅까지 포함해서 커다란 달을 만들어 하늘에 띄워 나루토를 격리시킨다. 한편 히나타마저 잃고 괴로워하며 해답을 알려달라는 나루토에게 구미는 괴로운 것을 없앶주겠다며 유혹하고 나루토는 구미의 꾀임에 넘어가 구미를 봉인시킨 부적을 떼려고 한다. 그 순간 나루토의 손을 잡고 말리는 한 사람, 그것은 바로 4대 호카게, 미나토였다.

여덟 번째 꼬리까지 나오면 나루토의 의식세계에 나타나도록 봉인식을 해두었던 4대 호카게가 나타나 나루토에게 아버지란 사실을 밝힌다. 구미를 봉인당한 탓에 사람들의 미움을 받았던 나루토가 울며 하소연하고 미나토는 내 아들이라면 구미를 다룰 수 있을 거란 말과 함께 페인은 조종당하는 것이며 16년 전 구미로 마을을 습격한 흑막이 있다며 그 정체는 아카츠키의 가면 쓴 남자라고 한다. 평화와 정의에 대한 해답을 모르겠다는 나루토에게 나루토라면 찾을 수 있을 거라며 봉인식을 다시 해준다. 구미에서 벗어난 지폭천성에서도 빠져나와 나루토는 페인에게 본체에게 데려다달라고 하고 페인이 거절하자 선인모드를 이용해 본체의 위치를 알아내고 자신의 모든 힘을 쏟아부어 페인과 맞서 싸우며 해답도 갖지 못 한 주에 뭘 할 수 있냐며 포기하라는 페인의 말에 자신이 포기하는 것을 포기하라는 말과 함께 마지막 나선환을 던진다.

나루토는 혼신을 다한 나선환으로 마지막 페인을 쓰러트리고 선인모드를 이용한 역탐지로 본체의 위치를 찾아 카츠유의 만류에도 혼자 찾아나선다. 다행히 히나타는 목숨을 구하고 가이가 리와 함께 따라나서려 하지만 카츠유가 말린다. 본체를 찾아나서던 나루토는 시카쿠 이노이치 일행과 마주치고 이노이치의 만류에도 불구하고 혼자 본체를 찾아간다. 마침내 본체인 나가토를 찾아낸 나루토 나가토는 나루토의 몸에 차크라를 수신하는 검은 막대기를 박아넣지만 나루토는 피하지 않는다. 그리고 자신의 여전히 나가토를 용서하지 못 하고 밉다고 말하고 지라이야가 말한 사람이 진심으로 이해하는 세상을 만들기 위해 증오를 없애는 해답을 맡긴다고 했던 얘기를 하고 나가토는 진심으로 이해하는 세상은 있을 수 없다며 지라이야의 헛소리일뿐이라고 응수한다. 나루토는 지라이야의 제자인 두 사람이 왜 이렇게 되었는지 모르겠다며 다른 아카츠키처럼 단지 살육을 즐기는 놈들이 아니란 건 알겠지만 두 사람에 대해 알 수가 없으니 두 사람의 이야기를 듣고 결정을 내리겠다고 하고 나가토는 자신들의 아픔을 얘기해주겠다고 한다.

본선을 앞두고 사스케는 카카시와 수행에 들어가고 나루토는 지라이야에게 소환술을 배운다. 하지만 뜻대로 잘 되지 않고 잠에 빠지다 지라이야가 한 4대 호카게의 유산이라면 본선 통과도 할 수 있을 거라 생각했다는 말을 듣지만 그 유산이 4대의 아들인 자신이라는 것은 모른다. 코노하마루에게 초조해하는 거냐며 지라이야에게 술법을 배운 게 아니냔 말에 나루토는 지라이야가 한 유산 얘기가 생각나 3대 호카게 이루카 앙코에게 물어보지만 모두 모른다고만 한다. 그러다 우연히 만난 가이에게서 굉장한 비기일 거라는 말과 함께 4대 호카게의 유산에 대한 팜플렛을 발견하고 호네가미하라로 향한다. 이 말을 엿들은 쵸지가 10조를 데려오고 사쿠라까지 따라나서 5명은 호네가미가하라로 향하고 그 곳에서 선인으로 변신한 가이를 만난다. 모두 가이란 걸 알아보지만 나루토 혼자 정말 선인으로 믿고 가이는 아이들에게 이 연습장을 4대 호카게보다 빠른 기록으로 통과하면 4대 호카게의 유산을 주겠다며 통과에 필요한 비법서를 주고 간다. 첫 번째 관문에서 거대거미를 만난 아이들 하지만 시카마루가 비법서에 나온 시의 첫구절로 힌트를 얻어 무사 통과한다. 하지만 아이들에게는 아직도 많은 관문이 남았고 나루토의 말실수로 비기를 탐내는 비마을 닌자들까지 아이들을 뒤쫓는다.

서로 먼저 통과하겠다며 티격태격대는 7조와 10조, 두 번째 관문인 동굴에서는 수면가스가 나오지만 시카마루가 ‘들국화를 바쳐라’라는 싯구절을 풀이해 무사히 통과한다. 그리고 다음 구절은 ‘극히 신속하게 의지를 보여라’ 무슨 뜻인지 알기도 전에 나루토 때문에 배를 타고 강으로 접어든 아이들, 아이들 앞에는 폭포가 기다리고 있다. 이번에도 시카마루의 기지로 위기를 모면하고 관문을 통과한다. 드디어 마지막 최종관문, 이노와 쵸지는 시카마루를 위해서 사쿠라와 나루토를 잡고 시카마루 혼자 보내려고 하지만 시카마루는 이를 허락하지 않는다. 함께 큰 신전으로 들어간 아이들 앞에는 수도 없이 많은 두루마리가 있고 어느 게 진짜일지 고민하던 중, 비마을 닌자들이 원한의 비로 나루토 일행을 공격하지만 때마침 술법의 완성도를 시험해보고자 하던 사스케가 닌자들을 쓰러트린다. 아직도 신전 안에 있는 나루토 일행, 나루토는 바보라고 놀리는 앵무새 때문에 화가 나고 시카마루는 ‘증오를 거쳐서 다가온 자에게 길은 열리지 않는다’는 마지막 구절을 풀이해 나루토가 웃으면서 앵무새에게 다가가게 하고 마침내 비밀의 방이 열린다. 그리고 다시 선인으로 변장한 가이가 나타나 비법서의 표시된 몇글자만 읽어보게 하고 그 답은 ‘닌자의 비법에 지름길은 없다’ 나루토를 제외한 아이들은 실망했다가도 관문을 통해 깨우친 것을 떠올리며 뿌듯해하고 혼자 아무 것도 모르는 나루토만 또 엉뚱한 소리를 한다.

페인은 나루토에게 자신의 아픔을 얘기해주기로 한다. 비마을에 살던 나가토, 어느날 밤 음식을 찾으러 집에 들어온 나뭇잎닌자들은 피하려던 나가토 가족을 적으로 오인하고 부모님을 죽이고 만 것. 큰 아픔을 겪은 나가토는 혼자 집을 나서고 떠돌이개와 함께 떠돌다 굶어 죽으려던 찰나 코난에게 구해져 야히코와 만나게 된다. 전쟁고아로 도둑질을 하며 악착같이 살아가던 두 사람과 함께 나름 행복하게 지내지만 한조와 전설의 세 닌자의 싸움에 휘말려 떠돌이개가 죽고 절망하던 야히코는 이런 세상이라면 자신이 세상의 신이 되겠다는 말을 뱉고 그 때 야히코의 꿈은 나가토의 꿈이 된다. 야히코는 강해져야한다며 전설의 세 닌자의 제자가 되기 위해 길을 떠나자는 야히코, 세 사람은 전설의 세 닌자를 찾아 떠나고 전쟁터에서 온갖 위험을 겪으며 힘든 길을 가던 아이들은 마침내 전설의 세 닌자와 만나게 된다.

마침내 전설의 세 닌자와 만난 나가토 일행, 지라이야는 아이들을 돌봐주기로 하고 처음에는 마음을 열지 못 하던 나가토도 마음을 열게 된다. 그러던 중 위험에 처한 야히코를 구하기 위해 윤회안의 힘으로 닌자를 죽인 나가토는 괴로워하고 지라이야는 그런 나가토를 달래준다. 3년 뒤 지라이야가 떠나고 페인을 리더로 세력을 키워가던 이들 앞에 한조가 접근해 전쟁중인 나뭇잎 바위 모래와 평화협정을 얻어내자고 하고 이를 받아들이지만 이것은 이들에게 비마을을 빼앗길까 두려워한 한조의 함정. 한조는 단조와 손을 잡고 코난을 인질로 잡고 나가토에게 페인을 죽이라고 한다. 야히코는 코난을 구하기 위해 스스로 나가토의 칼에 몸을 던지고 코난과 함께 살아가라고 말하고 죽는다. 절망한 나가토는 윤회안의 힘을 쓰고 페인의 뒤를 이어 리더가 되어 조직을 이끌게 된다.

야히코의 죽음 이후 동료들의 죽음까지, 나가토는 인간은 살아있는 그 자체만으로 남을 상처준다며 인간이 있는 한 미움과 증오도 존재하면 이 저주받은 세상에 진정한 평화따윈 없다고 말한다. 나루토는 너희들을 용서할 수 없지만 자신은 지라이야가 믿었던 것을 믿어보겠다고 말한다. 그리고 이에 반발하는 나가토에게 자신이 저주를 풀고 평화를 찾아내고 말겠다고 대답한다. 이 말에 놀란 나가토, 그것은 나가토가 예전에 지라이야에게 했던 말로 지라이야가 그 말에 영감을 받아 첫작품 근성닌자전을 쓰며 실었던 글, 그리고 그 글의 주인공 이름은 바로 나루토였다. 나가토는 나루토에게 어떻게 네 자신이 변하지 않을 거라 믿을 수 있냐고 하고 나루토는 자신도 아픔이 있었다며 그래도 자신이 포기하면 스승의 유품에 흠을 내는 거라며 소설의 속편은 앞으로 살아가는 자신의 삶이라고 하며 자신이 세상을 평화롭게 만들고 비마을도 평화롭게 만들 거라며 믿어달라고 한다. 나가토는 나루토의 말에 마음을 바꾸고 코난의 만류에도 불구하고 윤회천생술을 쓴다.

나가토는 자신이 할 수 있는 최소한의 속죄라며 마지막 힘을 짜내어 마을 사람들을 살려내고 나루토에게 뒷일을 부탁한다. 아버지 사쿠모를 만나서 예전에는 분하고 힘들었지만 지금은 아버지를 이해하며 자랑스럽다는 말을 건넨 카카시도 다시 살아난다. 코난은 나루토에게 자신에게는 야히코와 나가토가 전부였다며 아카츠키를 나올 것이며 두 사람의 꿈이 너에게 맡겨졌다면 자신도 비마을도 나루토를 믿고 두 사람의 꿈을 쫓아가겠다며 두 사람의 시신을 가지고 떠난다. 힘든 몸으로 마을로 향해가던 나루토 앞에 카카시가 나타나 나루토를 업고 마을로 향하고 마을에서는 모든 사람들이 달려나와 기쁘게 나루토를 반긴다. 구미가 봉인되어 있다는 이유로 사람들에게 냉대를 받던 나루토, 하지만 어떤 상황에서도 포기하지 않고 변함없는 닌자의 길을 보여주며 그 동안 열심히 노력하며 쌓아온 일들을 보고 사람들도 나루토를 인정하고 있었던 것. 이루카는 4대 호카게가 마을 사람들이 나루토를 영웅으로 봐주기를 바라며 숨을 거두었다고 했던 말을 떠올리며 지금 자신의 눈앞에 영웅이 있다고 한다.

페인전으로, 바위산으로 변해버린 나뭇잎 마을. 다시 회복시키기 위해, 이루카는 아카데미 주변을 정리하려다, 교문 앞 나무에 걸려 있는 그네가 그대로 인 것을 알게 된다. 아카데미 시절, 말썽꾸러기 나루토가 자주 타고 놀던 그네였다. 이루카는 그 시절을 되새겨 본다. 당시 새내기 교사였던 이루카는 호카게 히루젠이 떠맡긴 문제아 나루토 때문에 애를 먹었다. 부모님이 구미호에게 살해 당한 과거를 가진 이루카지만, 그 미움을 억누른 채, 어디까지나 한 학생으로서 거리를 두고 나루토에게 다가가려고 하지만……

사사건건 우등생 사스케에게 대들어, 반대로 반에서 놀림감으로 하루하루를 보내고 있는 나루토. 그러나 이루카는 자신의 부모님을 앗아간 16년 전의 구미호 습격 사건의 후유증으로, 나루토에게 교사로서 대하는 것이 잘 되지 않았다. 철없는 장난에도 충고가 잘 되지 않았고, 마침내 나루토는 더 이상 아카데미에 가지 않겠다고 선언하고, 학교에 오지 않게 된다. 이루카는 자신감을 잃고, 삼대 호카게에게 담임을 제외시켜 달라고 부탁하지만… 히루젠은 그런 이루카를 차갑게 밀쳐낸다.

나뭇잎마을 숲에서는 어젯밤, 침입하려고 했던 다른 나라 닌자와의 전투가 있었다. 아직 숲이 위험한 상태인 것을 모르고, 나루토는 반 친구들과 친해지기 위해, 닌자의 시체에서 전리품을 빼앗으려고 숲으로 들어갔다. 이루카는 바로 뒤쫓아가, 데리고 나오려고 했지만, 나루토는 매몰차게 거절한다. 이루카는 나루토가 품고 있는 고독을 보고, 놀라는데… 그 때, 동료의 밀서를 찾고 있는 적, 닌자들이 나루토와 이루카를 공격한다…!

페인전 직후, 불의 나라의 수뇌전에서는 수뇌 앞에 의견 순대로 단조, 시카쿠, 등의 중역이 모여, 나뭇잎 마을의 부흥을 위한 회의를 열었다. 단조는 쓰러진 츠나데를 대신하여 새로운 호카게를 선출해야 한다고 제안하지만…. 한편, 나뭇잎 마을에서는, 카카시와 나루토가 츠나데의 병문안을 갔다. 나루토는 의식이 돌아오지 않은 츠나데를 바라본다. 그런 나루토의 모습을 본 카카시는 제7반 결성 직전에 일어났던 일들을 떠올린다.

닌자들은 마을의 부흥작업을 위해 분담하여 일을 시작한다. 야마토의 목둔둔갑술(木遁忍術)로 공터에 건물을 짓지만, 재생하기까지는 아직 멀게만 느껴졌다. 그런 중, 나루토와 사쿠라는 그리운 인물을 만나게 된다. 그는 파도의 나라에서 만났던 목수, 타즈나와 이나리였다. 둘은 다른 친한 목수들과 함께, 나뭇잎 마을의 부흥을 위해서, 찾아왔다고 했다. 재회를 기뻐하는 나루토 무리들은 파도의 나라의 임무 직후에 일어났던 사건을 떠올린다.

이나리, 타츠나와 오랜만에 다시 만나 기쁨을 나누는 나루토와 사쿠라. 두 사람은 물의 나라 임무 직후에 말려든 사건을 회상한다. 약 3년전, ‘도망친 타조를 잡아 데리고 온다’라는 D급 임무를 마친 제7반이 들린 역참마을에는, 츠카토라는 남자가 원통하게 죽은 친척의 원수를 갚기 위해 범인(카타즈)에게 복수하려고 하고 있었다…

나뭇잎궤멸의 정보는 모래마을에도 닿았다. 모래마을에 유사한 일이 일어날 경우를 대비해, 혼자 묵묵히 괴뢰를 준비한 칸쿠로. 거기로 가아라와 테마리가 찾아 왔다. 동맹국인 나뭇잎마을의 참상을 걱정하는 칸쿠로와 테마리에게, “그 마을은 우즈마키 나루토가 있어” 라고 중얼거리는 가아라. 그의 뇌리에, 나뭇잎 마을 붕괴 후에, 나루토 일행들이 나뭇잎 마을의 제 7반과 함께 갔던 그 임무에서 생긴 일이 되살아난다…

츠나데의 간병을 하고 있는 사쿠라에게 방문한 나루토. 싸우고 난 뒤지만, 지친 모습이라고는 조금도 볼 수 없는 나루토의 밝은 모습에, 사쿠라는 옛날 마을에서 일어났던 난동의 순간을 떠올린다. 3년 전, 사쿠라가 갑자기 고열로 쓰러진 적이 있었다. 그 증상은 어느 마을에서 발생했던 “닌자의 차크라를 열로 바꿔 버리는 알 수 없는 바이러스”에 있는 증상과 흡사했고, 사쿠라와 마지막으로 접촉했던 나루토에게는 그 마을을 방문했던 기록이 있었다….

마을의 부흥을 위해, 필요한 닌자 무기를 마련하기 위해 ‘나뭇잎닌자도구연구소?분실’을 향하는 텐텐과 네지. 그 둘은 마을과 떨어 진 곳에 마련되어 있는 그 시설을 향하면서, 이전에 연구소를 방문했을 때 일어났던 사건을 되새긴다. 당시, 부상 치료를 위해 임무에 참여하지 않은 리를 대신해 나루토를 포함하여 3명이 한 팀이 된 텐텐과 네지, 나루토는 연구소를 향하다가, 평소와 분위기가 다른 닌자 무기 연구자 이오와 그 조수 쇼세키가 맞이하는데….

어느 숲 속, 난리 법석 떠는 아기 타조들 앞에 품격 있는 날개를 가진 타조가 앉아 있다. 그 타조의 이름은 콘돌. 콘돌은 예전에 나루토 일행 제7반이 포획했던 타조다. 그러나 도망가기를 무수히 반복하고, 거듭 된 수업을 통해, 콘돌은 이제 인간의 언어를 사용할 수 있는 닌자 타조로 성장한다. 흥미진진해 하는 아기 타조들을 앞에 두고, 콘돌은 나루토와 반복됐던 투쟁의 역사를 이야기 하기 시작한다….

중급 닌자 시험 가아라전에서 당한 상처가 아물지 않아, 록리가 입원생활을 할 수 밖에 없던 무렵. 뜻밖의 일로, 나루토는 리를 위해, 가이가 작성한 특제 청춘 드링크를 다 마셔 버린다. 당황한 가이에게 드링크의 추가 작성을 의뢰하지만, 그 때문에 필요한 약인 ‘죠후쿠초(徐福草)’ 재고는 떨어져 버렸다. 다음 임무 수행지가 죠후쿠초의 생식지라임을 안 나루토는, 리를 위해, 죠후쿠초의 입수를 결심하지만….

마을을 빠져 나간 사스케를 데려오기 위해, 아카츠키로부터 몸을 지킬 술법을 익히기 위해, 지라이야와 함께 수업 여행을 떠나는 나루토. 사륜안(写輪眼)의 특기인 환술에 대항할 술책을 터득하려고 생각한 지라이야는, 예전에 신세를 졌던 마을에 나루토를 데리고 가게 되었다. 마을을 둘러 싸고 있는 숲에는 특수한 자기장이 있어, 뇌 속의 차크라에 영향을 주어 사람들을 환술과 비슷한 상황에 빠지게 한다. 도착한 지라이야는 안면이 있는 소년 타니시와 재회하게 되는데….

비 마을의 수괴 한조의 오른팔인 닌자 칸다치로 인해 인질을 놓치고, 완전히 지배 아래에 놓여지게 되었다. 마을을 구하려고 나서는 나루토와 지라이야지만, 비닌자의 보복을 두려워 하는 타니시가 나루토 일행의 정체를 알아 채고, 작전을 엉망으로 만들어 버린다. 광분하여, 인질을 공수의 제물로 바치려 하는 비닌자들. 힘을 합쳐, 마을 사람들을 구하려는 나루토와 지라이야이지만, 칸다치의 공수・왕소라고둥의 능력에 내몰리게 된다.

고양이과의 발바닥 스탬프를 수집한 책 ’육구대전(肉球大全)’을 완성하기 위해, 사스케 일행 제7반의 최후의 한 장을 가져 오도록 의뢰한 무기 상인 네코 바아. D랭크 임무를 위해, 카카시를 제외한 7반의 임무를 수행하려 하지만, 그 최후의 타깃은 고양이계의 뒤를 이은 초대물 고양이・ 네코마타였다. 난공불락(難攻不落)의 요새에게 도움을 받고, 많은 닌자 고양이들을 거느리는 네코마타의 근거지에 잠입하기 위해, 나루토 일행이 찾은 비책이라는 것은? 그리고 그 임무에는 충격적인 비밀이 숨겨져 있었다….

때는 나뭇잎 마을이 붕괴되었을 직후 무렵. 호시탐탐 마을을 노리는 다른 나라의 닌자들의 견제로, 나루토는 상급 닌자 하야마 군에 참가하여 북쪽 국경 순찰을 하게 된다. 그러나 군에는, 닌자에게는 보이지 않는 철냄비를 매고 있는 노인이 있다. 이름은 코스케. 만년 하급 닌자의 별명을 가진 코스케는 오십년을 하급 닌자로서 일하고 있었다. 야영을 계속 하면서 경계를 하는 나루토 일행들이지만, 습격을 가하는 적의 규격은, 예상을 훨씬 뛰어 넘었다.

임무를 마치고 돌아오는 나루토 일행 제7반은, 암부에 끌려가는 아름다운 여인은 목격한다. 이름은 하나레. 여자 예인으로 분장하고 나뭇잎의 정보를 찾으려고 하는 쿠노이치라고 한다. 하나레의 임무 내용과 배후로 있는 마을을 조사하려고, 재빠르게 정보부의 면면에 의해, 하나레의 심문이 시작되었지만, 완강한 하나레는 절대 입을 열려고 하지 않는다. 이노이치가 직접 하나레의 뇌 속을 정탐하는데, 거기에는 왠일인지 어릴 적의 카카시의 모습이 비춰지고 있었다….

중급닌자 시험 본선이 한창일 무렵, 나루토에게 패배한 네지는 의무실에서 상처를 치료하고 있었다. 걱정된 텐텐이 병문안을 간 그 때- 구렁이로부터 나뭇잎 마을이 붕괴되는 사건이 일어났다. 마을이 혼란에 빠지자, 객석에서 달려오는 네지와 텐텐은 상처 투성이로 쓰러진 휴우가의 장로를 발견한다. 장로는 시합관전으로 왔던 구름 마을의 닌자 두명에게 의해 히나타가 납치 되었다는 것을 말하고, 네지에게 백안의 탈환을 명한다. 텐텐과 키바와 아카마루가 임무에 가담하고, 기본 소대에서의 A랭크 임무가 시작 된다.

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수련을 마치고 돌아오는 길, 바위에 붙어 있는 기묘한 부적를 발견한 나루토. 깊이 생각하지 않고, 떼어내어 돌아간다. 그날 밤, 나루토가 자는 머리맡에 남자 유령이 나타나. 깜짝 놀랐지만, 유령 쪽도 자신이 귀신이 된 것에 놀란 모양이다. 유령은 기억상실이었다. 부적에 남겨 있는 문자에서 유령의 이름이 “키스케”라는 것은 알았지만…. 한편 그 즈음, 나뭇잎 마을에서는 새로운 경비망을 실현하고자, 중대한 회의가 열리고 있었다.

다이묘의 여동생이 소중하게 다루는 황금동상을 되찾아 오기 위해, 도둑을 뒤쫓는 제7반. 양쪽으로 갈라지면서, 연락 수단을 남기고 카카시가 떠난 곳에서, 눈 앞에 도적단이 나타난다. 지시대로 카카시에게 연락하려는 사쿠라였지만, 공훈에 조바심이 난 나루토와 사스케가 뛰어 들게 된다. 그 결과, 황금동상은 되찾았지만, 연락수단은 빼앗기고, 사쿠라가 인질로 끌려갔다. 거기다 난처한 일로, 적의 술법으로 나루토와 사스케의 손은 고무볼처럼 부풀고, 완전히 사건에 얽매이게 되는데….

오랫동안 도적단의 피해로 고통 받아 온 마을에 파견가게 된 제7반과 제10반의 여러가지 장면들. 절벽에 있어 타고난 요새로 동화된 도적의 아지트를 공격하기 위해, 상급 닌자 카카시와 아스마는 잠입 경로를 확보하러 떠난다. 남은 하급 닌자들만 남았지만- 그들 눈 앞에서 도적단의 배반자 토우후우가 적에게 붙잡혀 있었다. 피할 수도 없는 상태에 긴장한 하급 닌자들. 지장(知将)으로 불리는 바지가 거느리는 수십명의 도적과 인질, 견고한 요새를 앞에 두고 ‘책사(策士)’ 시카마루가 쓴 방법은….

"나루토의 경이로운 성장에 초조함을 느끼는 사스케. 이타치를 당해 낼 수 없는 무능함에 안절부절 하며, 나루토와의 대립은 깊어져 갔다. 이대로는 임무에 지장을 초래할 수 있다는 츠나데의 판단으로, 사스케와 나루토에게 각자 임무를 주고, 냉각 기간을 가지도록 하고….

나루토와 사쿠라는 수뇌 집안의 딸 나호를 마을까지 데려다 주는 임무를 맡았지만, 왠일인지 나호는 호위를 사스케에게 부탁하고 싶다고 떼를 쓴다. 한편, 불의 나라 국경안으로 잠입한 닌자를 정찰하러 나선 사스케와 카카시는, 말도 안되는 사실과 맞닥뜨리고 만다.

흔적도 없이 붕괴한 나뭇잎마을의 형태에 어안이 벙벙한 구름마을의 사무이 소대. 어찌 되었든 라이카게로부터 부탁받은 서한을 호카게에게 전하려고 하지만, 단조가 나타나 자신이 새로운 호카게라고 말하고, 서한을 받아든다. 한편, 부랴부랴 달려가, 키바에 의해 쓰러진 츠나데를 대신하여 단조가 호카게가 되었다는 것, 게다가 탈주닌자로서 사스케를 처리하라는 허가를 내렸다는 말을 들은 나루토와 사쿠라. 화를 내며 단조에게 철회시키러 가겠다며 날뛰는 두 사람을 카카시는 제지한다.

구름마을의 카루이, 오모이에게 사스케와 관련한 정보를 전달하라고 재촉 당하는 나루토. 두 사람이 스승을 생각하는 마음이 가득해, 한번은 정보를 전달 하였지만, 역시 동료를 내모는 일은 할 수 없다고 생각해 단념한다. 그 대신, 직성이 풀릴 때까지 때리라며 자청해서 말한 나루토를 항해, 사정없이 주먹으로 때리는 카루이. 저항없이 맞고 있는 나루토를 발견한 사이의 가슴 속에 있는 것은… 한편, 호카게가 된 단조는 5카게 회담에 출석하기 위해, 뿌리의 사람 중으로부터 농간의 호위를 부른다.

각 마을의 사람들이 마중 나와, 5카게 회의를 위해 여행을 떠나는 5카게들. 같은 회장으로 향하는 단조는, 도중, 의문의 닌자들의 공격을 받는다. 전투에서 그들을 물리친 단조는, 무엇보다도 이번 회담을 성공시키기 위해, 호카게로서의 지반을 굳히자고 생각했다. 한편, 라이카게에 사스케의 구명탄원을 하기 위해, 야마토, 카카시와 함께 여행을 떠나는 나루토. 5카게 회담 개최전에 라이카게와 접촉 할 수 있도록, 사무이 일행들의 미행을 개시하지만…

라이카게와 대면한 나루토, 카카시, 야마토. 사스케 말살로 시작된 복수의 연쇄를 막기 위해, 땅에 엎드려 사죄하는 사스케에게 처리 철회를 탄원하는 나루토이지만, 라이카게는 전혀 서로 빼앗지 않았다. 무력감에, 눈물을 흘리며 고개를 떨구는 나루토. 반면 5카게 회의 개최국인 철의 나라에 잇달아 도착하는 5카게들. 각자 생각을 움켜진 채, 서로를 의심하는 위태한 상황 속에서, 5카게 회의의 막이 열렸다.

아카츠키와 대항하기 위해, 닌자 연합군의 결성을 요구하는 미후네. 연합군의 지휘를 호카게가 쥐길 원한다고 제안하지만, 그것은 단조의 계략에 의한 것이었다. 단조는 오른쪽 눈으로 사람을 의식하에 동술을 능숙하게 조작할 수 있는 우치하 시스이의 눈을 숨겼다. 한편, 나뭇잎 마을에서는 사이가 사쿠라를 방문했다. 보고를 받으며 나루토의 행동에 놀란 사쿠라에게, 사이는 사스케와 마찬가지로 사쿠라도 나루토를 힘들게 하고 있는 것은 아닐까 묻기 시작한다.

갑자기, 나루토 앞에 나타난 마다라. 카카시와 야마토는 전투에 투입했지만, 나루토에게 흥미가 생겼다고 말하는 마다라는, 나루토 일행들에게 이타치의 몸에 일어난 진실을 말하기 시작한다. 한편, 철의 나라에서는, 사스케 일행들의 투입을 깨달은 사무라이들과 매와의 싸움이 전개되고 있었다. 차례차례 사무라이들을 쓰러트리면서, 표적인 단조를 찾는 사스케이지만, 그의 눈 앞에, 분노를 끓게 하는 이라카게와 구름마을의 닌자들이 가로 막는다.

마다라에게서 이타치의 진실을 듣고, 망현한 나루토 일행들. 게다가 마다라는 전설의 육도선인과 그 후손자인 두명의 아들로 비롯하여 긴 세월 속에 계속되는 미움의 저주인 우치하 일족의 관계를 밝혔다. 한편, 철의 나라에서는 단조를 구하려는 사스케와 맞서 싸우는 라이카게, 서로의 몸을 베며 격렬한 사투를 거듭했다. “천조(아마테라스)”의 흑염을 대수롭지 않게 여기고 공격을 가하는 라이카게이지만, 갑자기 두사람 사이에 카제카게, 가아라가 나뉘어 들어온다….

가아라, 테마리, 칸쿠로, 다루이에 의해 총공격을 ‘스사노오(須佐能乎)’로 막고, 후로아를 파괴하는 사스케. 감지능력을 가진 카린을 데리고 단조가 있는 회장을 향했지만, 공격의 혼란으로, 단조 일행은 회장으로부터 모습이 사라졌다. 바로 뒤쫓아 가는 사스케였지만, 미즈카게가 그 앞을 가로 막았다. 미즈카게와 츠치카게 두 사람 앞에서, 사스케는 새로운 싸움에 돌입한다.

갑자기, 눈 앞에 나타난 우치하 마다라로 놀란 4인의 카게들. 마다라는 구해 낸 사스케를 시공간 닌자기술로 격리하려고 스스로를 내건 “달의 눈계획”를 자세하게 말하기 시작한다. 마다라는 구미호의 근원이 된 ‘십미’를 부활 시키고, 수숧 구 인주력이 되어, 세계를 환술에에 걸리도록 하려 했다고 말한다. ‘남은 2마리의 미호를 달라’는 요구를 거부하는 4인의 카게들에게, 마다라는 제4차 닌자계 대전을 선언한다.

마다라의 선전포고를 받은 카게들은 라이카게를 닌자 연합군으로 결성. 재빠르게, 수뇌의 승인을 받았다. 그 때, 철의 나라의 여관에서는 나루토 근처로 사쿠라 일행이 도착했다. 사쿠라가 말한 ‘중요한 이야기’의 내용에 놀란 나루토이지만… 또 같은 시각, 먼 땅에서는 연가 닌자 킨짱이 제자로 들인 키라비 주변에 초대한 손님, 호시가케 히사메가 도착했다….

팔미 입수를 위해 찾아온 히사메와의 사투를 벌인 키라비. 미호의 차크라와 싸우지만, 대식가 사메하다는 다음으로 비의 차크라를 받아, 칼날이 거대해져 버렸다. 사메하다는 적대하는 자의 차크라를 빼앗아, 칼의 소유자인 스타미나 능력을 갖게 되었다. 사메하다로부터 강대한 스타미나를 받은 히사메는 ‘꼬리없는 미호’의 참다운 실력을 보여 주었다. 한편, 그 즈음, 도망간 단조를 쫓는 아오는, 단조 부하인 후가 건 무서운 함정에 빠지게 된다.

사이의 먹분신술로 사쿠라가 말하지 못한 진실을 들은 나루토 일행들. 사스케를 생각 해, 혼자서 사스케를 죽이는 걸로 결정한 사쿠라의 장렬한 각오에 나루토는 단지 말문이 막힌다. 그곳에 도착하여, 5카게 회담에서 일어난 사건을 대강 전해준 모래 삼형제, 가아라는 자신의 방침을 전하고, “사스케의 친구로서 나루토가 해야할 일”을 묻는다. 한편 그 즈음, 추격자로부터 급하게 피하는 단조 일행들 앞에, 갑자기 마다라가 나타난다.

카제카게들로 정보를 받고, 다음 행동을 결정하는 카카시 일행들. 카카시가 사쿠라를 그만두게 하려고, 야마토와 나루토는 먼저 마을에 돌아가기로 했지만, 계속되는 사건으로 고단한 나루토는 과호흡 발생을 일으키고 쓰러지게 된다. 그 즈음, 사스케는 인연의 적 단조와 맞닥뜨린다. 단조의 오른손에 보이는 무수한 사륜안에 격노하는 사스케는 “이타치가 우치하 일족을 말살 시킨 것이 사실이냐”라고 진실을 확인하려 한다.

공격이 통하지 않는 단조의 불가사의한 술법에 농락 당한 사스케. 도중 단조의 주인(呪印)에 움직임이 봉쇄 되는 것도, 스사노오(須佐能乎)를 완성 시켜, 한층 더 공격을 건다. 그 중에 완성한 한 순간의 힌트에 주목하고, 단조의 기술 분석을 시작한 카린. 틀리지 않다고 확신을 얻은 마다라. 단조가 사용하는 우치하 일족 중에서도 금술(禁術)인 동술 이자나기- 대가와 바꿔, 환상과 현실의 틈을 컨트롤 할 수 있는 궁극의 환술(幻術)이었다.

맞부딪히며 서로 공격한 것처럼 보이는 사스케와 단조. 승부는 이자나기(イザナギ)를 사용하는 단조의 승리로 보였지만, 단조는 일순간의 틈을 찌른 사스케의 환술에 빠져 있었다. 이자나기의 유효 시간이 이미 다 된 것을 모르고 중상을 입은 단조. 그리고 제어 할 수 없게 된 초대 호카게의 세포가 폭주를 시작한다. 목적을 위해 어떻게 든 목숨을 지켜내려는 단조는 카린을 취하는데.

동료들과 함께 사스케의 행방을 찾기 사쿠라와 친구들. 예리한 후각으로 사스케의 거처를 밝혀내는 키바. 그러자 사쿠라는 갑자기 모두를 잠 구슬(眠り玉)로 잠재우려 한다. 사쿠라가 처음부터 사스케를 혼자서 쓰러트리려는 것을 알고 분개하는 키바와 리. 그러나 사이가 카카시의 목숨보다 사쿠리, 리, 키바를 그 자리에 잡아두려고 한 일 때문에 서로의 사이가 갈라지고 만다. 그리고 그 틈을 타서 움직이기 시작하는 사쿠라. 사스케가 있는 곳으로 계속 달려가는 사쿠라의 마음속에 그리운 기억이 되살아 난다.

과호흡으로 인한 발작때문에 부득이 하게 숙소에서 휴식을 취하는 나루토. 사스케의 친구로서 해야 할 일은 무엇인지 생각에 잠기는데. 나루토의 머리 속으로 어릴 때부터 있었던 여러 일들이 상기되었다. 지금은 아무것도 몰랐던 어릴 때와는 다르다. 소중한 것을 얻는 기쁨과 그것을 잃어버리는 아픔을 체험한 나루토가 이끌어 낸 대답은--. 나루토는 숙소를 뛰쳐나와서 사쿠라와 카카시의 뒤를 쫓아 사스케를 향해 달려간다.

사쿠라는 사스케가 있는 곳에 도착해 사스케와 함께 동행하여 마을을 나온다고 선언한다. 그 행동을 의심하는 사스케는 '자신의 희망은 나뭇잎 마을을 부수는 것'이라고 전한 뒤, 빈사상태인 카린의 목숨을 끊는다면 사쿠라의 행동을 믿겠다고 제안한다. 너무 바뀌어버린 사스케의 언동에 숨이 막혀오는 사쿠라. 쿠나이를 움켜쥐고 카린의 앞에서 머뭇거리는 모습을 본 사스케는 살의가 깃든 치도리를 사쿠라에게 날리려하는데 -그러나 카카시가 아슬아슬하게 달려온다.

일촉즉발의 상황, 사스케에게서 사쿠라를 탈환하는 나루토. 사스케의 행동을 탓하는 나루토에게 자신의 손으로 단조를 죽인 사실을 말하는 사스케. 우치하 일족을 모독한 나뭇잎 마을의 모두를 죽여 버리고, 우치하를 정화한다고 선언하는 사스케. 그 깊은 어둠에 사쿠라는 말을 잃는다. 카카시는 스승의 위치에 있는 사람의 임무로서 둘을 피신시키고 사스케와 싸우려고 하지만 – 짧은 틈 사이에 나루토에게 제지당하고 만다. 제지를 무시하고 사스케를 목표로 돌진 해가는 나루토. 함께 달려드는 사스케. 지금 혼신의 나선환과 치도리가 맞닥뜨리다.

"일류 닌자끼리 라면 주먹을 교환한 것 만으로도 서로의 마음 속을 알 수 있다". 한때 사스케가 "종말의 계곡"에서 했던 말처럼 사스케의 마음 속을 읽는 나루토. 그리고 그것은 사스케도 마찬가지였다. 나루토는 자신들은 일류 닌자가 되었으며 자신들이 싸운다면 둘 다 죽게 될 것이라고 말한다. 죽을 각오를 가지고 모든 증오를 자신에게 부딪치라고 말하는 나루토. 자신에게 대해서 왜 그렇게 집착하는지 묻는 사스케의 질문에 대한 나루토의 답은 .

라이카게에 이끌려 구름 마을로 귀환하는 비. 감격하는 카루이, 오모이와 오랜만에 대면하게 된다. 비에게 끌려 그 곁을 떠나려고 하지 않는 사메하다지만.. 그 행동의 뒤에는 아카츠기의 의도가 있었다. 한편 그 무렵, 카린을 데리고 재워두었던 동료들을 깨워 나뭇잎마을로 가려고 하는 나루토와 동료들. 그러나 눈을 뜬 사이의 혀에는 주인이 없어져있었다. 단조가 죽었기 때문에 술수가 풀린 것이다. 같은 이유로 단조의 죽음 알게 된 나뭇잎마을의 뿌리. 나뭇잎마을에 조용한 동요가 넓어져간다.