나루토가 밖으로 나온 사실을 알게 된 마다라가 드디어 움직인다!!...전장에서는 단을 결계로 막는 일에 성공한다. 또한 히자시와 가쿠토를 물리치고 봉인만이 남은 상황이다. 수없이 많았던 하얀 제츠도 남은 것은 1명 뿐. 닌자들은 승리의 기분에 휩싸인다. 그러나 그 전장에 조용히 나타난 마다라의 공수술로 갑자기 거대한 외도마상이 모습을 드러낸다. 어마어마한 힘으로 대지를 짓밟는 외도마상에게 닌자들은 연이어 당하고 만다.

보름달이 떠오른 밤, 전장을 향해 숲을 박차고 달려가는 구미 차크라모드의 나루토와 킬러비. 갑자기 정신세계의 구미가 나루토에게 “네가 정말로 모두의 미움을 없애고 받아들일 수 있겠는가” 라고 묻는다. 사스케 1명도 구하지 못했던 네가 무엇을 할 수 있겠냐고 물어오는 구미의 말에 나루토는 사스케와 처음으로 만났던 어린 시절을 떠올리며 증오에 휩싸여 있던 사스케를 여전히 구해내지 못한 사실을 재차 확인하게 된다. 그런 나루토를 구미는 더욱 자극하는데….

키바, 시노, 히나타들이 있는 부대에도 하얀 제츠가 나타난다. 부대 주위를 결계로 막고 있어 침입 할 수 없지만, 가까운 탄광에 있는 결계에 빈틈이 있는 장소가 있는 듯 하다. 그곳을 탐색하러 간 키바들은 침입해 온 하얀 제츠에게 공격을 당하고, 폭발이 일어나 뿔뿔이 흩어지고 만다. 다행히 무사히 재회한 3사람이지만 “이 중에 가짜가 있을지도 몰라” 라는 시노의 한마디에 서로를 신용할 수 없게 되고, 따로따로 행동하게 된다.

밤이 되고, 제5부대 무사들이 지키고 있는 칸쿠로의 꼭두각시인형 안에 잡혀있는 데이다라. 포로가 된 데이다라와 교섭을 하기 위해 찾아온 쿠로츠치에 의해 데이다라는 사스케가 살아있다는 사실을 알게 된다. 쇼크를 받은 데이다라는 사무라이 안에 숨어있던 하얀 제츠의 협력으로 꼭두각시 인형 안에서 탈출한다. 데이다라를 쫓는 쿠로츠치, 미후네, 칸쿠로. 그리고 한층 더 진화된 초궁극예술을 완성시키기 위해 도망가던 데이다라의 앞에 뜻밖의 인물이 나타난다.

제4차 인계대전에 의해 닌자들이 모두 출전해 버린 나뭇잎 마을에서는 코노하마루가 마을을 지키기 위한 준비를 하려고 한다. 그러나 마을에 남겨진 엄마들은 평상시처럼 있으면 된다고 말한다. 과연 이대로 괜찮은가….? 라고 의문을 가진 코노하마루에게 나뭇잎 마을을 노리는 위험한 닌자들이 목격되었다는 정보가 들어온다. 마을을 지키기 위해, 불의 의지를 지키기 위해, 코노하마루가 일어선다! …그러나 마을의 엄마들은 그런 코노하마루의 말을 믿어주지 않는다.

전장으로 향하는 나루토와 비의 앞에 츠나데와 라이카게가 두 사람을 막기위해 나타난다. 나루토를 가게 해달라고 라이카게를 설득하는 비. 모두가 죽는다면 자신만 살아남아도 의미가 없다고 말하는 나루토. 그러나 나루토가 가려고 한다면 죽여버리겠다는 라이카게의 주먹을 나루토를 감싼 비가 대신 맞선다. 맞붙는 두 사람의 주먹. 주먹을 맞부딪쳐도 내 마음은 알 수 없냐는 비의 한 마디에 라이카게는 두사람이 만났던 때를 떠올린다.

나루토를 보내지 않으려는 라이카게와 싸움이 시작되지만 츠나데는 나루토를 보내주기로 결심하고, 비는 형제에게 들은 잊을 수 없는 한 마디가 있다면 마다라에게 지지 않는다고 말한다. 그리고 나루토의 아버지와 어머니는 나루토에게 미래를 맡겼다. “그러니까 절대 지지 않아!” 라고 라이카게를 설득하는 나루토. 그런 나루토를 시험하기 위해 차크라를 맥스 모드로 올려 죽일 기세로 주먹을 휘두르는 라이카게. 과연 나루토는 라이카게에게 인정을 받고 친구들에게 나아갈 수 있을까?!

밤이 찾아옴과 동시에 모습을 감춘 닌자도 7인방이었지만 카카시 제3부대의 부대원들은 언제 닥칠지 모르는 공격에 대비하여 적을 경계하며 휴식을 취하고 있었다. 지쳐버린 봉인부대 대신 “뿌리” 의 봉인술을 쓸 수 있는 사이에게 봉인을 부탁하는 카카시. 그러나 그 술은 실패해버리면 자신을 봉인해 버릴 위험이 있어, 사이는 술을 펼치기를 망설인다. 그리고 해가 뜰 무렵, 다시금 예토전생술에 의해 되살아난 아케비노지닌이 나타나고 둔도 “카부토와리”에 의해 닌자들이 점점 쓰러져간다.

닌자도 7인방을 쓰러뜨리기 위해 분산된 소대의 하나, 오모이와 봉인반의 마키가 있는 부대는 예전에 대도 “사메하다”를 쓰는 스이카잔 후구키와 폭둔술사 가리를 마주친다. 그리고 가리와 싸우던 소대 대장은 돌연히 나타난 작둔술에 의해 목숨을 잃고 만다. 마키들의 앞에 나타난 작둔술사 파쿠라는 마키에게 있어서는 모래마을의 영웅이자 스승이었다. 안개마을의 닌자를 증오하며 조종당하고 있는 파쿠라를 막기 위한 마키의 싸움이 시작된다.

나루토와 츠나데가 강한 신뢰감으로 이어져 있다고 느낀 비는 그 이유가 궁금해진다. 한편, 본부를 향해 돌아가던 라이카게도 “나는 나루토에게 걸겠어!” 라는 츠나데의 말을 떠올린다. 나루토와 츠나데가 만나기 전, 츠나데는 번화가에서 사랑하는 사람을 잃은 슬픔에 잠겨 술에 빠져 있었다. 한편, 임무를 위해 부하와 함께 그곳에 다다른 라이카게. 사실 두 사람은 거기서 처음 만난 것이었다! 나루토를 계기로 펼쳐지는 츠나데와 라이카게의 과거는?!

라이카게의 부하 카라이가 적의 인술에 의해 목숨을 잃을 위기에 처하고 만다. 빨리 치료를 하지 않으면 폭발해 버리고 마는데, 아마이의 의료인술로는 치료할 수 없다. 부하를 버릴 수 없는 라이카게는 그 거리에 있는 의료의 달인 츠나데에게 도움을 요청하게 되고 팔씨름에서 이기면 도와주겠다는 츠나데에게 승리한다. 라이카게를 도와주기로 한 츠나데지만 헌원중의 술에 당한 것이라는 소리를 듣고 경악한다. 츠나데는 혈액공포증. 과연 부하를 무사히 구해낼 수 있을까…!?

카카시 제3부대가 닌자도 7인방에게 공격당한다. 7인방이 나타났다는 소식을 듣고, 그 곳으로 달려간 카카시의 앞을 장도 “누이바리” 를 쓰는 쿠리아라레쿠시마루와 폭도 “시부키”를 휘두르는 무나시 진파치가 막는다. 살육을 즐기는 비정한 둘에게 분노를 감추지 못하는 카카시였지만 혼자서 둘을 상대하다가 궁지에 몰리고 위험에 빠진다. 그런 카카시의 앞에 당당하고 고귀한 “푸른맹수” 마이트 가이가 나타나 우정콤비 vs 비정콤비 간의 격전이 시작된다.

닌자도 7인방 뇌도 “키바”술사 링고 아메유리가 오모이 부대를 습격한다! 아메유리의 공격에 동료인 유루이를 잃은 오모이는 반격에 나서려고 하지만, 부대를 지휘하는 누루이는 후퇴명령을 내린다. 도망치기만 하는 오모이들. 그것에 거부감을 드러낸 오모이는 명령을 무시한 채 유루이의 원수를 갚기 위해 아메유리와 격전을 시작한다. 뇌도 “키바”에서 나오는 뇌격에 손발이 묶여버린 오모이는 예전 비에게서 전수받은 검술을 펼치는데!?

TV애니 방송 500회 돌파 기념으로 총 6화 오리지널 스토리 방송! 나루토 일행들에게 임무가 내려졌다. 그 임무는 “불의 나라 국경 근처의 신성지역인 토니카 마을에서 일어난 마을 사람들의 참살 사건의 범인을 찾아 응징하라!”는 것이다. 오랜만에 받은 임무에 들뜬 나루토. 하지만 그 마을에 도착해서 본 광경은 많은 집들이 무참히 파괴된 격렬한 싸움의 흔적들. 왜 이 마을은 습격 당한 것일까? 그리고 이 마을을 습격한 인물은 대체 누구인 것인가?

마을에서 조사를 시작하는 나루토 일행들 앞에 카부토가 나타났다. 예토전생으로 데이다라와 나뭇잎마을의 닌자 하야테가 공격해 오고, 카부토는 그를 붙잡으려는 나루토 일행들과 싸우다가 간신히 도망친다. 한편, 근처 마을로 피신한 뚱뚱한 남자 도쿠와 마을 아이들. 어린아이 미나는 왠지 모르지만 항상 이상한 멜로디를 흥얼거린다. 나루토 일행들도 근처 마을에 방문하여 토니카 마을의 ‘홀’의 전승과 ‘힘’에 대해 알게 된다. 카부토의 출현은 전승과 ‘힘’이 관련 있는 걸까?

마을에서 살아 남은 도쿠 일행들을 보호하기 위해, 나루토와 사쿠라는 시세루의 집에서 머물기로 한다. 함께 지내면서 친해진 나루토와 아이들이지만, 마을의 폭격으로 부모님을 잃은 아이들은 외로움에 견딜 수 없어 울고 만다. 도쿠와 시세루 두사람의 존재가 그런 아이들에게 가족으로 느껴질 때 즈음, 나루토는 호흡이 곤란해질 정도로 몸이 좋지 않아진다. 모두 걱정하며 지켜보지만, 미나는 그런 나루토에게 “나가! 나가!”라며 계속해서 소리친다.

나루토 몸 속에서 나타난 것은 나루토의 복제 구미! 복제 구미를 조종하는 카부토는 구미 차크라가 손에 들어와 기뻐하고, 복제 구미는 ‘힘’을 얻기 위해 공기가 진동 할만큼 거세게 포효한다! 압도적인 힘 앞에서 쓰러진 나루토. 기술이 없는 도쿠와 아이들. 막다른 처지에 몰려 있을 때, 카카시와 가이, 리, 히나타, 시카마루 등 나뭇잎 마을 사람들이 도착한다! 강력한 힘으로 마을을 파괴하려던 복제 구미를 과연 막을 수 있을 것인가?!

복제 구미에게 패하고, 제단 안쪽 깊숙한 방에 갇혀버린 나루토와 도쿠. 두 사람 앞에 카부토와 의외의 인물이 나타난다. 카부토 일행들의 목적은 고대 유적 ‘사에즈리’의 열쇠가 되는 ‘소리’를 얻는 것. 모든 소리가 한데 모일 때, ‘홀’의 전승인 강대한 ‘힘’이 카부토 일행에게 가게 된다. 몇 개의 ‘소리’는 아직 행방불명. 아이들은 도쿠를 구하기 위해 남아 있는 ‘소리’를 들고 와 카부토와 협상하려 한다.

전승이 된 ‘천상의 창’이 나타나고, 세계를 멸망시키려는 ‘힘’을 방출 시키기 시작한다. 그 ‘힘’에 의해 복제 구미는 더욱더 흉악한 모습으로 변하여 막강한 ‘힘’으로 땅을 파내고 ‘홀’을 파괴한다. 그 ‘힘’ 앞에 아무 것도 할 수 없는 나루토는 날아오는 공격이 몸을 관통하고 죽음에 처하게 되지만, 희미한 인식 중 ‘힘’을 빌린다고 말하는 구미의 속삭임과 함께, 그 사람의 소리가 들려 온다. 과연 장렬한 싸움의 행방은? 그리고 도쿠 일행은 무사히 살아 남을 수 있을까?!