瀕死的鳴人由我愛羅和小櫻護送去搶救時，綱手堅信代表「希望」的鳴人一定能挺過來，同時回憶起一段過往。當時是鳴人陪自來也外出修煉的兩年後，綱手與就任風影不久的我愛羅，代表木葉村與砂忍者村重辦一場「聯合中忍考試」，意圖藉此試探各大國的反應以及「曉」的動向。我愛羅冒著被曉組織以及對自己就任風影心懷不滿的「反對勢力」共同盯上的風險，決定以砂忍者村為主辦方的名義在自村中舉辦，打算藉此引蛇出洞。最後雙方同意將第一場筆試定在木葉村的忍者學校，而第二場生存戰則定在砂忍者村的「魔之沙漠」。綱手派遣暗部向五大國各村遞送考試邀請函，並委派卡卡西前去封閉的雨忍者村遞送邀請。

當土、水、雷三大國均拒絕參與後，只有木葉村、砂忍者村、雨忍者村、草忍者村、以及瀧忍者村參加此次考試。當時統領雨忍者村的培因命令小南挑選麾下的一批年輕下忍到木葉參加考試，以此掩蓋半藏勢力被推翻的現況，還藉此機會調查木葉的祭品之力。砂忍者村代表團中包括我愛羅的弟子小祭在內的27名下忍，而瀧忍者村代表團則由七尾祭品之力·楓與兩名隨從組成的一班。木葉村代表團中包括紅班、凱班、以及由小櫻臨時加入而湊齊三人的阿斯瑪班；總計123人參與這次聯合中忍考試。

第一場限時30分鐘的筆試由鹿丸擔任監考官，為了考驗每組隊伍的團隊精神以及勝任隊長的資質，首先將各個三人小隊分別拆分至三間不同的隔音密閉教室，並在試卷上準備不同分的三個問題，表示會以三人小隊的總分與整體平均成績判定；無論是總分過高或是低於平均成績都不合格。如此另闢蹊徑的安排一時讓所有考生不知所措，由於不知身在別間教室的同伴會如何作答，在難以聯繫上同伴的情況下只能各自另想辦法。

寧次想出讓所有考生都得100分而全員通過的計策時，即使受到對手考生有意阻擾，但還是成功讓其他兩間教室中的同伴回答正確題目。而考試結束前，鹿丸放出作為心理考驗的最後一題：「發生緊急情況時要由小隊中的誰留下來當誘餌？」表示三人小隊的答案必須一致。大部分隊伍都集體猜出「交白卷」的正確答案，其餘有意想犧牲一名同伴來過關的隊伍則全部淘汰。手鞠擔任第二場考試的監考官，命令所有通過筆試的考生必須在規定時間內趕至砂忍者村的魔之沙漠。

作為中忍考試監督官的我愛羅頻繁受到反對勢力的暗殺企圖，但無論如何都不會放棄監督官一職或是向對方屈服。包括木葉11人在內的30名考生在規定時限內趕到魔之沙漠，然而第二場考試前夜的晚間聚餐中彼此起衝突，肚子餓的丁次陪井野和小櫻冒著沙塵暴外出找食物，卻受到巨大蠍子攻擊，而楓在不暴露祭品之力身份的情況下展現強大實力救下眾人。隔天，30名考生紛紛簽下同意書參與考試，開始一場限時三天、搜集天地卷軸的生存戰。

砂忍體術忍者紫羅帶領兩名隊員決定全力協助同村下忍過關，同時靠幻術將身在附近的寧次、小李和天天誘導至別處。當凱班意識到是幻術而解開時，紫羅便將三人困入流沙中而繼續協助同村下忍。然而所有被紫羅解救的下忍們卻決定恩將仇報，諷刺不會忍術或幻術的紫羅沒資格指使他們。當紫羅小隊陷入絕境時，所幸凱班靠天天的梯子逃離流沙陷阱，及時趕到而嚇跑所有砂忍，而小李經過了解而發現自己和紫羅屬同一類人。

紫羅表示兒時一無所有的自己是得到我愛羅的支持與協助才得以成為忍者，參加考試也是為了回報我愛羅的恩情。而小李回想起自己兒時遭受同齡人排擠的經歷與艱辛的修煉過程，獨自追上剛剛逃走的下忍們而決定為紫羅討回公道。但紫羅還是站出來勸阻，一番莊重的宣言使所有背叛過他的下忍們集體歸順，自願放棄他們的卷軸當作賠禮且認同紫羅為一份子。小李隨後提出與紫羅公開比試，各自以體術忍者的身份一決高下。

在對決中，小李吃力地抵抗拳速和防禦更勝一籌的紫羅，而寧次看出紫羅利用自身的體術查克拉、利用貓頭鷹原理而發動悄聲無息的攻勢。即將不敵的小李情急之下回憶起自己的訓練及凱教導的動腦筋，硬是防住紫羅的攻勢且直開八門遁甲的第三生門。而紫羅同樣打開相似於八門遁甲的自創招「七天呼法」，靠增大肺活量而使全身活性化。小李不得不開到五門才取勝，但紫羅也因此對小李刮目相看。與此同時，我愛羅隱約察覺到楓的祭品之力身份。

考試進行到第二天，由風見、步樂彌和無暗組成的草忍三人小隊一路上連續打敗多個小隊，但搜集到卻全是已擁有的天之書，最後將目光轉向手持地之書的牙、志乃和雛田。牙小隊起初不慎輕敵而正中對方下懷，導致手中的地之書被搶走，風見小隊集體乘上一頭通靈鼴鼠而脫逃。而牙發誓會奪回卷軸，但好不容易趕上趕上敵人卻步入對方準備的流沙陷阱，命懸一線的三人靠赤丸的敏銳而逃出生天，隨後立刻乘勝追擊。

步樂彌四處佈下異味而隱去他們的前進路線，本讓牙小隊一時在沙漠中暈頭轉向，但牙最終受鳴人絕不放棄的毅力影響而全力追蹤，最後找到敵人的位置。察覺到敵人即將靠近的風見小隊同樣決定折返決一勝負，牙小隊小隊首先靠蟲分身迷惑敵人，隨後找準時機現身摧毀對方的通靈鼴鼠，無計可施的風見小隊集體在牙的三頭狼攻擊之下落敗，使牙小隊成功湊齊天地卷軸而奔向終點。

天天逐漸不滿自己在隊上總是擔任補助工作而陷入煩惱，當隔天走入沙漠中央的一處遺跡時，受到由紫陽花、睡蓮和楓蓉組成的雨忍三人小隊伏擊；而三人同時奉小南的命令暗中搜集木葉祭品之力或強者的情報。兩方交戰過程中，天天注意到紫陽花與自己一同使用召喚兵器的時空間忍術，之後不慎與她一同掉進崩塌的遺跡內部中受困。

為了逃出生天，天天和紫陽花只能化敵為友、合作逃生，由於天天對於生長在封閉雨忍者村的紫陽花並不了解，而紫陽花在沒有透漏國家內情的情況下、堅信雨忍者村在培因的引領下能迎向新生。在外有各自的同伴合作解救她們，天天和紫陽花順著棲息在遺跡中的巨大蟻群找到出口，但卻同時和外面的同伴共同遭遇蟻群包圍。當紫陽花力氣用盡時，天天回想起自己的修煉，靠卷軸召喚出大量水而衝破遺跡，各自獲救後握手言和，答應在第三場考試中再會。

小櫻、井野和丁次一路上不慎丟失水和食物、加上還未集齊卷軸而陷入進退兩難的境地。三人隨後遭遇一隻巨大毒蠍襲擊，小櫻奮力一拳打死毒蠍，卻也讓手留下傷。井野用自己努力學會的醫療忍術治療小櫻時，回想起自己為了和鹿丸和丁次並肩而行，為了盡快確定自己的位置而同樣拜綱手為師的艱苦學習過程。與此同時，由雨乃、光司與志志雄組成的砂忍醫療小隊，感知到她們三人的所在位置而決定奪取卷軸。

雨乃小隊追上小櫻三人後打算提供治療來換取她們的卷軸，不但展現出比小櫻三人更勝一籌的實力，甚至靠志志雄的偏光砂陣隱去存在。井野雖然靠感知術精確找出找出對方所在，但雨乃小隊仍靠醫療水遁·水海蜇迅速復原傷勢。幾近無計可施的小櫻三人受到井野在絕境中掌握的山中一族秘傳忍術，用心轉身之術傳遞她們三人的想法，最後成功一舉擊敗雨乃三人。分出勝負的兩隊互相給予治療，答應在接下來的第三場考試中再決一勝負。

小櫻半路上因使用查克拉過度而力盡昏倒，源於她將大量查克拉存於百豪之術、而只將一小部分查克拉用於治療和戰鬥上面，因此每次都只能僅剩使用。然而這時，她們三人遇到另一個由詛咒傀儡師沙夜率領的砂忍小隊，其利用相似於心轉身的傀儡模仿術相繼控制住井野和丁次的身心，最後留下小櫻一人對敵。而當時跟在大蛇丸身邊修煉的佐助，考慮將大蛇丸身邊的水月和香燐收為隊友，並刻意促成水月逃跑以證實他和香燐的實力強弱。

井野耗費全力使自己和丁次脫離控制，過程中摧毀沙夜的傀儡、迫使她利用自己的「本體」進行戰鬥。小櫻三人瞬間被砂嵐之術掀起的沙塵龍捲、加上沙夜靠詛咒砂人偶之術製造出的大量砂子傀儡包圍，隨著力盡的丁次和井野相繼受傷，使小櫻再次陷入孤身一人的窘境。直到小櫻憑藉自身想變強而追上鳴人和佐助、加上為了保護同伴的強大意志，硬是擠出體內百豪蘊藏的查克拉而一拳結束戰鬥，不但迅速治好井野和丁次，並與他們二人並肩而行。

當各小隊即將靠近作為終點站的中央塔時，作為反對勢力首領的不義利用魔之沙漠的地利掀起巨大沙塵暴，藉以混淆砂忍者村感知部隊偵測。各小隊因此陷入伸手不見五指的困境，其中小祭、浴衣和御興不慎落入流沙，而身在附近的楓冒著身份暴露的危險，使用七尾的力量將三人救出後給予治療。勘九郎和手鞠中斷考試後率領部隊營救各處的考生們，而我愛羅同樣前來營救時注意到楓的救人之舉。這時，不義的共謀者法一靜待沙塵暴停止後開始行動。

法一曾學習過砂忍者村初代祭品之力·分福的封印術，沿路襲擊小祭、浴衣和御興來誘使我愛羅上鉤後，以彈琵琶形式施展類似於魔像之鎖的「法力封印術·仙除離吸」­，打算慢慢將我愛羅體內的守鶴抽出。而同身為祭品之力的楓感應到危險，打算營救我愛羅卻同樣中封印術而無法動彈。另一邊躲過沙塵暴的寧次小隊面臨缺失地之書，卻正好注意到跑來求救卻幾近脫水昏倒的小祭，得知我愛羅遭到襲擊。

眼看我愛羅和楓即將被抽離尾獸，只能靠楓使用「忍法·蟲薰」製造出大型繭拖延時間，而寧次決定做出鳴人會做的判斷，帶領小李、天天和小祭折返回去救人。楓的兩名隨從華嚴和妖狼隨後趕到，為了救出楓而只能與寧次一行人達成共識。即使法一在自己身邊立下「法力結界·千矢柱」來反彈任何物理攻擊，但寧次藉助同伴掩護而進入繭中，靠白眼看出該封印術精確命中祭品之力的查克拉穴位，最後靠柔拳相繼解救我愛羅和楓，並使法一遭到力量反噬而落敗。