Gedreven door wraak en woede, zorgen de pas herenigde broers Savage Opress en Maul voor terreur en geweld in het sterrenstelsel. Als de Sith-broers Hondo Ohnaka en zijn piraten onder dwang rekruteren, zetten Obi-Wan Kenobi en Adi Gallia de achtervolging in, met een dodelijke confrontatie tot gevolg.

Anakin, Obi-Wan, Ahsoka en Rex reizen naar Onderon, een wereld onder de controle van de Separatisten. Daar zullen ze een groep rebellen trainen – inclusief Lux Bonteri – om samen de hoofdstad van Iziz terug te veroveren van de heerschappij van een onbetrouwbare koning.

Onder toezicht van Ahsoka infiltreren de Onderon-rebellen de hoofdstad en voeren ze een reeks aanvallen uit op doelwitten in de stad. Terwijl de Separatisten-koning onder steeds grotere druk komt te staan om de groeiende opstand aan te pakken, kiezen de rebellen een nieuwe leider.

Na een mislukte poging van de rebellen om de ware koning van Onderon, Ramsis Dendup, te redden, dient een onverwachte bondgenoot zich aan om Dendups executie tegen te houden en de rebellen te helpen.

Als een grootschalige opstand Onderon doet ontbranden, brengen de rebellen de koning van de planeet, die samenspeelt met de Separatisen, een beslissende klap toe. Helaas voor de rebellen, komt deze overwinning tegen een hoge prijs.

Ahsoka begeleidt een groep jongelingen naar Ilum, waar ze les krijgen van Yoda en een essentieel overgangsritueel zullen meemaken: de constructie van hun lichtsabels. Ze worstelen met zowel fysieke als innerlijke uitdagingen als ze te maken krijgen met de gevaarlijke taken die hen te wachten staan.

Als de jongelingen terugkeren uit Ilum met Ahsoka, wordt hun schip aangevallen door Hondo’s bende van piraten. De kinderen moeten hun vindingrijkheid gebruiken en improviseren met valstrikken om de bandieten tegen te houden.

Nu Ahsoka gevangengenomen is door Hondo's piraten, moeten de jongelingen samenwerken om te infiltreren in de schuilplaats van de piraten. Met gebruik van hun verstand en moed proberen ze Hondo Ohnaka te bedriegen en een gewaagd reddingsplan uit te voeren.

Als generaal Grievous een aanval uitvoert op de piratenbasis op Florrum, vechten Ahsoka en de jongelingen zij-aan-zij met Hondo en zijn piraten om de strijdmachten van de Separatisten terug te dringen.

R2-D2 maakt deel uit van een team bestaande uit droids van de Republiek die gekozen zijn voor een belangrijke missie onder leiding van kolonel Gascon. Het doel is een encryptie-module in handen krijgen van een dreadnought van de Separatisten. De droids moeten tal van obstakels overwinnen om te slagen voor deze cruciale opdracht.

Nadat een asteroïde hun shuttle beschadigd heeft, maken R2-D2, kolonel Gascon en de andere droids een noodlanding op een verlaten planeet waar ze hun weg moeten vinden door een verwilderde uitgestrektheid van leegte om de missie te volbrengen.

Nadat ze een bijna verlaten stad vinden, ontmoeten kolonel Gascon en zijn droid-team de onderdanige afwasser, Gregor, wie onmiskenbaar een clone is met een serieus geval van geheugenverlies. Gascon is vastberaden de clone te bevrijden van de slavernij, terwijl de droids een shuttle van de Separatisten invorderen.

R2-D2 and his team must stop a sabotaged Jedi cruiser from destroying a crucial Republic conference.

Savage and Maul forge an alliance with Death Watch to target a common enemy: Obi-Wan Kenobi.

Backed by the criminal underworld, the Sith and Death Watch launch an attack on Mandalore.

Using Duchess Satine as bait, Darth Maul lures Obi-Wan into a trap.

Anakin and Ahsoka investigate a deadly bombing at the Jedi Temple.

As the Republic military takes over the Temple bombing case, Ahsoka finds herself at odds with Admiral Tarkin.

The fugitive Ahsoka escapes to the criminal depths of Coruscant.