Clone trooper Tup lijkt plots slachtoffer van een mentale aandoening die leidt tot de schokkende daad dat hij een Jedi meester doodt. Omdat hij helemaal niet beseft wat hij heeft gedaan, wordt hij verdoofd naar Kamino afgevoerd voor verder onderzoek. Anakin en ARC trooper Fives begeleiden Tup, maar onderweg worden ze overvallen door Seperatisten.

Nadat Tup een Jedi meester heeft gedood, ligt hij ijlend op een gesloten afdeling van Kamino. Hij en Fives worden onderzocht om te zien wat de aanleiding voor deze schokkende daad geweest kan zijn. Fives wil precies weten wat er eigenlijk achter Tup zijn toestand steekt en ontdekt met hulp van de medische droïde AZI-3 een geheim dat diep verborgen ligt in het kloonprogramma van de Republiek.

Het lichaam van Clone Trooper Tup zal naar Coruscant worden vervoerd, waar de artsen van de opperkanselier het zorgvuldig zullen onderzoeken. Fives overtreedt het protocol en negeert bevelen om achter de waarheid te komen en ontdekt dat er in het brein van alle Clone Troopers een organisch onderdeel van onbekende herkomst zit.

Fives blijft op zoek naar antwoorden met betrekking tot de besmetting van de clones en weet een audiëntie met Opperkanselier Palpatine te bedingen. Maar de situatie loopt snel uit de hand wanneer Fives wordt beschuldigd van een aanval op de Kanselier. Hij moet het drukke stadscentrum van Coruscant in vluchten terwijl hij op de hielen wordt gezeten door Clone Troopers.

Als Padmé Amidala op Scipio is om middelen bij elkaar te krijgen voor een liefdadigheidsmissie vraagt Rush Clovis, een oude vriend, of ze hem kan helpen corruptie in de Bankengroep bloot te leggen. Ze moeten premiejager Embo omzeilen om met de belastende informatie van de planeet te kunnen ontsnappen.

Eenmaal terug op Coruscant sluit Clovis - die bekendstaat als verrader van de Republiek - een dubieuze deal om de leider van de Bankengroep te kunnen worden. Anakin begint Clovis steeds meer te wantrouwen en te haten, wat funest is voor zijn relatie met Padmé.

Nadat hij een deal heeft gesloten met Graaf Dooku om de noodlijdende Banken Clan te redden, Ontdekt Clovis dat hij slechts een zetstuk is in de plannen van Dooku. Clovis heeft een oorlog ontketend op Scipio, en zo de Republiek geforceerd om zich ermee te bemoeien.

De vredige wereld van Bardotta en zijn mystieke gewoontes worden bedreigd door een eeuwenoude voorspelling en de hoogste spirituele leiders zijn verdwenen. Koningin Julia van Bardotta roept de hulp in van haar steun en toeverlaat in de Senaat, Jar Jar Binks. De Jedi-raad erkent het belang van Bardotta's spirituele evenwicht en stuurt Mace Windu om Binks te vergezellen en onderzoek te doen.

Jar Jar Binks' dierbare koningin Julia van de planeet Bardotta is ontvoerd door de bloeddorstige Frangawl-clan om een duistere en eeuwenoude voorspelling te vervullen. Vertegenwoordiger Binks en Jedi-meester Windu moeten de vermiste koningin vinden voordat de clan de macht kan overnemen.

Als een Jedi patrouille een lichtzwaard vindt dat toebehoord heeft aan de lang geleden overleden Meester Sifo-Dyfas, stellen Yoda, Obi-Wan Kenobi en Anakin Skywalker een onderzoek in naar zijn toenmalige verdwijning. Daarop geeft Darth Sidious aan Darth Tyranus het bevel alle sporen uit te wissen die kunnen leiden naar de ontdekking van de samenzwering van de Sith.

Yoda raakt erg van slag als hij een stem van een overledene hoort: de stem van Qui-Gon Jinn. Het is onmogelijk dat een Jedi na zijn overleden zijn identiteit kan behouden en daarom is de Jedi-raad bang dat Yoda in de greep is van invloeden van de duistere kant. Om achter de waarheid te komen, ontsnapt Yoda uit de Jedi-tempel om de stem te volgen.

Met The Force als gids reist Yoda naar een eeuwenoude wereld in het hart van het sterrenstelsel, een van de plekken waar de Kracht is ontstaan en de bron van midi-chlorianen. Yoda doorstaat lastige proeven opgelegd door de Vijf Priesteressen, mysterieuze Force-hanteerders die het geheim van onsterfelijkheid kennen.

After many grueling trials, Yoda next travels to the ancient Sith home world of Moraband, where he must face an ancient evil determined to rule the galaxy.