Circa un anno dopo l'incidente di SAO, un nuovo gioco, Gun Gale Online, spopola in Giappone. E' principalmente frequentato da giocatori professionisti e un giorno uno di essi sembra essere ucciso nel mondo reale da un giocatore online attraverso un'arma che lui chiama "Death Gun". Kazuto Kirigaya viane quindi contattato da Kikuoka Seijiro della Divisione Virtuale del Ministero degli Affari Interni che gli chiede di iscriversi a GGO per investigare.

Tempo addiatro Sinon, all'interno di un dungeon, sconfiggendo il mostro posto a guardia di esso, ottiene una Ultima Ratio Hecate II, che oggi utilizza in una missione che la vede battersi con un osso duro di nome Behemoth, che mette a dura prova le sue abilità di cecchino.

Viene svelato il passato di Sinon e del perché abbia fobia delle armi da fuoco nella vita reale. Intanto Kirito si prepara per la prima visita a GGO.

Kazuto si collega per la prima volta e fa subito conoscenza di Sinon, che lo accompagna all'armeria dandogli consigli circa le armi che dovrebbe acquistare per potersi iscrivere al BoB.

Kirito e Sinon si iscrivono al Torneo BoB e Kirito deve affrontare i primi scontri di GGO.

Le qualifiche per il Bullet of Bullets proseguono. Alla fine Kirito e Sinon finiranno per essere nemici?

Il passato di SAO torna a galla e i ricordi perseguitano Kirito, specialmente quelli relativi all'agguato alla gilda delle Bare Sorridenti, che si era concluso con l'uccisione di alcuni giocatori avversari, anche per mano sua.

Il BoB ha finalmente inizio e i trenta giocatori sparsi per il campo di gioco si affrontano fra inseguimenti ed agguati. Mentre Kirito e Sinon si appostano per vedere come si concluderà uno scontro, fa improvvisamente la sua comparsa colui che Kirito sta cercando: Death Gun.

Kirito e Shinon e lavorano insieme per sconfiggere Death Gun. Il primo ostacolo sta nel fatto che non conoscendone il vero nome non possono individuarlo sulla mappa. Nel frattempo, Asuna scopre il rischio a cui Kirito è esposto.

Sinon e Kirito devono nascondersi da Death Gun che si trova sulle loro tracce. Sinon ha un crollo psicologico e Kirito tenta di consolarla, raccontandole del suo passato a Sword Art Online.

Mentre Asuna si fa spiegare da Kikuoka come stanno le cose e qual è la missione di Kirito, Sino e il ragazzo immaginano come possa operare Death Gun per uccidere i giocatori nel mondo reale.

Lo scontro finale fra con Death Gun ha inizio, mentre Asuna si reca in ospedale da Kirito.

Kirito affronta Death Gun e proprio quando è sul punto di soccombere riesce a ricordarne il nome e a sconfiggerlo. Così il BOB si conclude vedendo per la seconda volta nella storia due vincitori. Ma come predetto da Death Gun, non è ancora finita e i pericoli si celano ancora nel mondo reale.

Tornata al mondo reale, le cose non sono così facili per Shinon, perché dovrà affrontare la sua più grande paura. Più tardi, lei e Kirito si incontrano con Kikuoka Seijirou, che fa un rapporto approfondito di tutto ciò che è accaduto, rivelando loro nuovi dettagli.

In ALO viene comunicata la scoperta della spada "Excalibur" e Kirito non può ovviamente lasciarsela portar via. Così organizza una missione per recuperarla. Ma la situazione è più intricata del previsto.

La squadra si addentra nel dungeon con lo scopo di sconfiggere il Re dei Giganti che minaccia tutta ALO. Non senza difficoltà riescono a farsi largo fra i nemici e durante il percorso incontrano una fata di nome Freyja imprigionata in una gabbia di ghiaccio, la quale chiede di poterli accompagnare nella loro missione.

Kirito e gli altri affrontano il gigante malvagio Thrym. Non sarà per nulla facile, ma nel mezzo della battaglia qualcuno correrà in loro aiuto.

In un prossimo aggiornamento di ALO, i livelli dal 21 al 30 stanno per essere sbloccati. Asuna, Kirito e Yui sognano di poter vivere ancora una volta nella loro casa al livello 22.

Asuna sente delle voci su un giocatore molto dotato, Zekken, e decide di sfidarlo a duello. Ma quando fa log out, la madre le comunica che dovrà cambiare scuola in modo da garantirsi un futuro certo e una carriera brillante.

Dopo averci pensato per un po', Asuna finalmente si unisce ad un gruppo chiamato Sleeping Knights. Con loro partecipa a diverse avventure, anche se ne mondo reale, sua madre non sarà contenta del tempo che trascorre in quello virtuale.

Grazie all'aiuto di Kirito e Klein, Asuna e gli altri riescono ad entrare nella stanza del boss del 27° livello, per tentare di sconfiggerlo e vedere i propri nomi incisi sul Memoriale dello Spadaccino.

Asuna incomincia a cercare Yuuki nel mondo reale e fa una scoperta che la lascia di pietra.

Kirito costruisce un apparecchio che consente a Yuuki di andare a scuola insieme ad Asuna. Alla fine Asuna trova anche il coraggio di confrontarsi con la propria madre.

Le condizioni di Yuuki si aggravano improvvisamente e Asuna deve correre in ospedale prima che sia troppo tardi.

Sono passati sei mesi dalla feroce battaglia contro l'Amministratore. Alice ha portato Kirito nel suo paese d'infanzia, il Villaggio di Rulid, dove vivono pacificamente. Guardando il mondo che ha salvato con Kirito, Alice riflette su tutto quello che è successo.

Le armate del Dark Territory attaccano il villaggio di Rulid. Alice si precipita al villaggio sul suo drago volante, ma alcuni abitanti non possono fuggire dai Goblin perché costretti dal loro sacro Compito a difendere il villaggio.

La misteriosa organizzazione che ha attaccato la Ocean Turtle è in realtà un reparto speciale in missione segreta della National Security Agency americana. Il leader della squadra, Gabriel, che ha già combattuto in passato contro Kirito e Sinon, è intenzionato a mettere le mani a tutti i costi sull’anima creata dal Soul Translator, Alice.

Shaster, il capo dei cavalieri oscuri del Dark Territory, era intenzionato a portare la pace dopo la morte di Administrator. Tuttavia, i suoi sogni vengono infranti dal ritorno dell'imperatore Vecta nel mondo delle tenebre.

L'armata delle tenebre si sta avvicinando al grande portale ad Est, la barriera che separa il mondo umano dal Dark Territory. Alice, determinata a combattere per proteggere il popolo innocente, si unisce all'esercito di difesa del mondo umano insieme a Kirito.

Il Final Load Test ha inizio e il Grande Portale a Est è distrutto. L'esercito delle tenebre, guidato da Gabriel, diventato l’Imperatore Vecta, avanza verso il mondo umano. Le truppe di difesa del mondo umano si preparano allo scontro.

Il Cavaliere Integratore Renly Synthesis Twenty-seven è al comando delle truppe di supporto, ma terrorizzato dalla battaglia imminente, fugge via. Di conseguenza i goblin dell’esercito delle tenebre riescono a raggiungere la tenda dell’unità di rifornimento dove si trova Kirito.

Il potente attacco del Cavaliere Integratore Alice colpisce duramente l’esercito del Dark Territory, che scappa in ritirata. Mentre l’esercito degli umani si riorganizza per curare i feriti, il capo degli ogre riesce ad avvicinare Alice e le svela che lei è la sacerdotessa di luce.

L'imperatore Vecta è deciso a catturare la sacerdotessa di luce a tutti i costi. I pugilisti, combattenti resistenti alle armi da taglio, seguiti dagli adepti delle arti oscure e dalle truppe di supporto, dovranno catturare Alice senza farle alcun male.

Asuna entra in Underworld usando il super account della dea della creazione Stacia. Grazie alla sua arte sacra che si manifesta con un'aurora colorata, riesce a dominare il terreno e sembra veramente la manifestazione di una dea.

Asuna ha creato una gola senza fondo tra gli umani e l’esercito nemico. I cavalieri oscuri e i pugilisti tentano di raggiungere l’estremità opposta usando delle corde come ponti, Mm Bercolli guida i Cavalieri Integratori contro le truppe nemiche.

Dopo aver ricevuto un account da Gabriel, un gran numero di giocatori americani entra in Underworld. Questi iniziano ad uccidere una dopo l'altra le fluctlight artificiali, senza fare distinzione tra esercito umano e forze oscure. Asuna capisce che vengono dal mondo reale e cerca disperatamente di fermarli.

Sinon effettua il log-in in Underworld con il super account della dea del sole Solus. Dopo aver aiutato Asuna, ormai circondata dall'esercito di giocatori americani, si getta all'inseguimento del dio oscuro Vecta, grazie alla sua abilità "Volo illimitato".

Asuna e l'esercito del mondo umano combattono coraggiosamente contro le migliaia di giocatori americani che hanno fatto log-in in Underworld, ma la differenza numerica è troppo alta e gli umani cadono uno dopo l'altro. Quando Asuna, ormai ferita e completamente esausta, è in procinto di arrendersi, assiste improvvisamente all'arrivo di Lisbet e dei rinforzi giunti da ALO.

Bercoulli insegue Vecta, che ha portato via Alice. Dopo una lunga battaglia mortale, Bercoulli rilascia la sua tecnica segreta, la lama inversa, e sconfigge Vecta. Tuttavia Bercoulli stesso, ferito gravemente, muore fra le braccia di Alice. La ragazza è distrutta dalla morte del maestro, ma decide di dirigersi verso l'altare al confine.

La talpa all'interno della Rath è Yanai, uno dei ricercatori. Dopo aver lavorato in passato per Nobuyuki Sugo, l'uomo si è introdotto alla Rath e ha trasmesso informazioni sensibili all'agenzia di sicurezza nazionale statunitense. Nel frattempo, in Underworld, Sinon si scontra con Gabriel, che dopo aver perso Vecta ha effettuato nuovamente il log-in.

Asuna e gli altri vengono sconfitti da Vassago e dall'armata di giocatori sino-coreani. Vassago trova Kirito e lo scaraventa giù dalla sedia a rotelle per provocarlo, ma Kirito non riprende conoscenza. Klein, furioso, assale Vassago, ma il suo attacco viene fermato.

Eiji, un tempo nemico di Kirito, combatte contro Vassago, ma viene sconfitto. Nel sud di Underworld Sinon ferisce Gabriel, ma crolla esausta. Leafa, allo stremo delle forze, perde i sensi dopo aver sterminato i giocatori americani.

Kirito riesce finalmente a sfuggire dall'incubo che lo teneva bloccato ad Aincrad. Con la Spada della Rosa Blu in una mano e la Spada del Cielo Notturno nell'altra affronta Vassago, armato di un enorme coltello capace di assorbire l'energia vitale dei giocatori morti.

Asuna e Alice si stanno dirigendo verso il World End Altar per effettuare il log out da Underworld. Kirito affronta Gabriel, diventato l'incarnazione del male, per permettere alle due amiche di raggiungere il posto in tempo.

La fase di accelerazione critica è cominciata. Mentre Alice riesce ad effettuare il log out da Underworld, Kirito, che ha impiegato troppo tempo a sconfiggere Gabriel, viene lasciato indietro. Nel mondo reale intanto, Higa e Kikuoka scendono attraverso un condotto per tentare di arrestare l'STL e annullare la fase di accelerazione di emergenza.

L’Agenzia per la Sicurezza Nazionale statunitense, che dietro le quinte aveva orchestrato l’invasione dell’Ocean Turtle, insabbia il caso. Rinko annuncia al mondo Alice come la prima vera intelligenza artificiale, e Alice risponde senza scomporsi alle domande incalzanti dei giornalisti. Shinon e Leafa però non hanno ancora avuto nessuna notizia di Kirito e Asuna.

Kazuto, dopo aver saputo da Rinko che Alice è scomparsa, vuole recarsi immediatamente alla sede di Roppongi. Ma un attimo prima di uscire, un fattorino suona alla porta e gli consegna una grossa scatola di cartone.