故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以成为神奇宝贝训练家，并从神奇宝贝学家大木博士手中领取一只神奇宝贝。小智为了要成为一流的神奇宝贝大师而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其他人晚了一步。好不容易从博士那里领来没人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和皮卡丘建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但皮卡丘却受了重伤……

小智带着受了重伤的皮卡丘来到常磐市的神奇宝贝中心，却遇到了专门绑架神奇宝贝的火箭队——武藏与小次郎，以及他们的神奇宝贝——阿柏蛇及瓦斯弹，外加一只喵喵。但是小智和小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用脚踏车发电的皮卡丘终于恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水……

白天更加漆黑的常磐森林，充满了许许多多的昆虫神奇宝贝，小智收服的第一只神奇宝贝─绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只神奇宝贝─比比鸟之后，火箭队为了夺取皮卡丘的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤，绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。

武士少年对小智提出了神奇宝贝的挑战，致使刚被比比鸟收服的独角虫逃离了，连着两次上场的比比鸟也因此而落败；铁甲蛹的坚硬赢了大甲的攻击。大针蜂的群体攻击使得小智们落荒而逃，而铁甲蛹也被大针蜂给夺走了，小智为了夺回铁甲蛹与大针蜂再次正面冲突，此时的铁甲蛹又进化了；借着巴大蝴的秘技─睡眠粉，小智一群人平安地度过了这次危机，而小智更朝着成为神奇宝贝大师的旅途继续努力。

小智和小霞离开常磐森林，来到了尼比市，与尼比道馆的小刚进行第一次决斗，皮卡丘的特训之后，终于赢了小刚的大岩石，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴——小刚，一同踏上成为神奇宝贝大师之路。

神奇宝贝的研究员——李科，以及破坏捣蛋的火箭队，聚集在拥有月亮石的月见山；在一场保卫战之后，小智等人和皮皮们终于赶走了坏人，在月见山过着幸福快乐的生活。

为了获得华蓝道馆的徽章，小智与小霞展开了一场战斗，但却遇上了火箭队的捣蛋；皮卡丘再次发挥实力，让小智获得了第二个徽章。

小智与连赢九十八场的小明相遇了；穿山鼠连胜比比鸟及巴大蝴，火箭队却偷走了穿山鼠，在一串战斗当中，历经严格训练的穿山鼠，终于连胜一百场。

小智三人在森林中迷路，白茫茫的雾中见到一位少年被围起来欺负。原来他们都是神奇宝贝学校的学生。小智为了替小淳出气，打败优点骄子。

迷路的小智等人掉落河里，获救后一路又是陷阱又是坑洞，最后到地图上没记载的神奇宝贝村。许多受伤被抛弃的神奇宝贝就在这里疗伤。好心收留它们的女孩名叫小翠。小智为她打败图谋不轨的火箭队，最后小翠叫妙蛙种子跟随小智离开，磨练自己。

小智三人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到神奇宝贝中心，在那里遇见佑大。他就是抛弃小火龙的饲主。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。

杰尼龟军团和火箭队连成一气欺负小智等人。皮卡丘接近死亡边缘被关起来。小智为了买疗伤的药而奔走。眼看约定的时间刻刻逼近……

小智一行人走出森林来到沙滩。在那里遇见了住在灯塔的神奇宝贝研究家正辉。他在那里等候全世界只有一只的神奇宝贝。最后浓雾的另一边出现巨大影子，传说中的神奇宝贝真的存在吗？

小智一行人终于来到枯叶市。首先到神奇宝贝中心填饱肚子，在那里，小智等人目击了好几只身受重伤的神奇宝贝。原来他们是向枯叶市道馆的训练家挑战而被打伤的。皮卡丘对付进化型的雷丘，看似完全没有胜算。小智他们会成功拿到第三个徽章吗?

小智等人来到停泊国外船只的港口。在那里得到神奇宝贝训练家派对的招待券，他们不知这是火箭队的阴谋，傻傻上船了，还在那里与人交换神奇宝贝……

小智等人在船上受到火箭队攻击。就在一片混战中，船不知不觉漂到湾外，还遇到暴风雨。船员与乘客们都搭救生艇逃脱了，只有小智等人与火箭队昏迷在船上。眼看船只渐渐沉没，神奇宝贝逃亡剧开始了……

小智等人与火箭队被暴鲤龙的龙之怒给吹跑，还与自己的神奇宝贝们分散。他们在岛上互相寻找对方。这座岛有许多巨大无比的神奇宝贝，这里到底是哪里呢？

渡假村蓝普尔其，柳爷爷的梦想是乘着一艘船游览世界一周，于是小智等人便帮忙柳爷爷工作。但是火箭队和附近的金婆婆想尽办法破坏。最后火箭队等人又被打飞出去了。而柳爷爷也开始了他的梦想。

小智等人来到一个码头都市，在那里遇见与金婆婆长相一模一样的银婆婆。她矢志要让这小地方成为超越蓝普尔其的渡假地，在海上大兴土木，而引来玛瑙水母和毒刺水母的反击。

小智等人来到一个港都，那里正在举办夏天庙会。小刚一到那里就感受到少女的呼唤。火箭队的小次郎也是同样经验。两人为了少女而失魂落魄，原来那少女是两千年前的亡魂。神奇宝贝鬼斯与她陪伴，搞得大伙吓得魂都飞了。

小智等人来到海边，遇到一群渡海的巴大蝴。巴大蝴正迎接恋爱的季节，连小智的巴大蝴也找到可爱的女朋友高兴得要命。但是火箭队的人居然又出现了，想捉走巴大蝴去卖，巴大蝴去英雄救美吧。

金黄市的道馆训练家是娜姿，她的神奇宝贝凯西会用超能力，把皮卡丘耍得团团转。惨败的小智等人还差点被变成娃娃囚禁起来，幸亏被一个老人救起，那个人指点小智获胜的方法。

为了打败娜姿的超能力神奇宝贝，小智按照老人指示来到耸立在雾中的神奇宝贝塔，想收服这里的幽灵神奇宝贝。最后虽然没收服成功，但是离开时有只鬼斯通自愿跟上来，也算是小有收获吧。

小智有了鬼斯通跟踪，又壮起胆子去向娜姿挑战。可是临阵时鬼斯通又不见影，跟在一旁的小刚与小霞成了代替小智受罚的倒霉鬼，被变成娃娃，小智忍无可忍，再度挑战……

小智遇见猴怪想加以收服，反而遭受攻击。此时火箭队过来搅局，踹了猴怪一腿，使得猴怪气愤进化成火爆猴，不管小智怎么逃，火爆猴都一再追上来，最后小智只好向火爆猴挑战。

来到彩虹市，小智在香水店批评女人用的香水，不只被赶出门，还不准进入道馆。原来香水店就是彩虹道馆！这时武藏献计让小智扮女生去当门徒，他们扮演小智的父母。火箭队在道馆内偷走东西后就纵火，小智救出臭臭花，获得彩虹徽章。

彩虹市在三天前开始，就发生许多小孩失踪，神奇宝贝昏沉的奇怪案件。小智等人循线追查，发现是三天前进化的索利柏的影响。这时火箭队也出现来抢走索利柏，双方又一场混战。

小智等人来到顶尖饲育家们聚集的美容街，武藏与小次郎在这里开店把神奇宝贝打扮得怪模怪样，并企图趁机偷走珍贵的神奇宝贝。小刚带领小智来找小雪，得知火箭队的作为，而与小智等人一起跟火箭队火并起来。

神奇宝贝的格斗选手权大会，P－1大赛要召开了。为了让爱美的父亲不再沉迷于格斗，小智带着火爆猴想去打打爱美爸爸的艾比郎。不过火箭队这次又跑来捣蛋……

在黑云市，皮卡丘来到电厂附近就感冒了。小智带他去神奇宝贝中心治疗，因为全市突然停电而无法医治，为了救皮卡丘，小智跑去电厂查明原因，在那里遇到了许多臭泥……

地鼠群使得工地现场一片混乱。不知为什么，前来赶地鼠的神奇宝贝训练家们，包括小茂的在内，他们的宝贝球都叫不出神奇宝贝，这到底是怎么回事呢？

小智一行人来到一所遍地机关的忍者屋。那是粉红色徽章的浅红道馆。道馆的馆主阿桔一再派出了有剧毒的神奇宝贝，小智要怎样运用战斗呢。

拉拉美族的富子被陷害受伤，小智只好代她骑着小火马参加比赛。火箭队跟都利夫达成协议，要帮助都利夫得到冠军，而在一路乱设陷阱，使得比赛一团混乱。

小智以为他们来野生原野区了，见到神奇宝贝就想收服，被君莎给阻止，原来他们只是在边境而已。小智在这里认识跟袋龙住在一块的达山，以及前来寻子的达郎的爸妈。

小智等人来到野生原野区认识西泽，看到传说中的神奇宝贝迷你龙。迷你龙在三十年前引来一堆训练师大肆猎捕神奇宝贝，导致野生原野区的神奇宝贝几乎绝迹，这件事成了西泽心中的痛。

小智等人为了到阳光镇，必须过一座大桥才行，可是照规定，桥上只准单车通行，幸好乔伊拜托小智三人送药到对岸去，并借出单车，但却碰上了暴风雨来袭……

突来的倾盆大雨使得小智一行人不得不找地方避雨。虽然小霞满腹牢骚，小智等人还是踏入了那间建立在空旷原野上的阴森小屋。可是小霞的预感果然没错，小屋里有奇怪的动静，这该不会是鬼屋吧？害怕的小智等人其实只是来到演艺屋，百变怪的训练师伊美蒂居住的小屋。小智对百变怪深感兴趣，提出让皮卡丘与百变怪来神奇宝贝决斗。

小智一行人到达神奇宝贝中心，那里的神奇宝贝球传送机一直在造成问题，因为传送的神奇宝贝永远不会到达另一边。小智一行人决定与秋叶原教授用来调查问题的电脑宝可梦3D龙共同一探究竟，却发现火箭队和另一只3D龙是罪魁祸首。

想成为神奇宝贝大师的小智，以及与小智共同旅行的小霞和小刚。三人经过一个美丽的森林，入内小憩一会儿。在大伙休息得正舒服时，皮卡丘注意到草丛中的影子。那双注视着他们的，原来是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深处追去，不顾小智的呼喊……

小智等人在林中小径遇见一个备有水与食物的盘子，被人用绳子绑在树干上的神奇宝贝伊布。乍看之下像遭人抛弃的野狗，可伊布脖子上却绑着〞石头镇三段14号，太一〞刻着训练师名字与地址的金属牌。打开地图发现石头镇就在前面不远。小智等人带着伊布按照地址寻找，来到超级大豪宅。里面还传出欢迎的鼓掌声，这里面真的有伊布的训练师吗？

旅行久了是会肚子饿的。小智等人来到某个村子觅食。可是这个村子的面包店跟青菜店全都没有粮食，餐厅也是什么都没有。无计可施的小智等人因为饿得太厉害无法走动时，村子长老出现招待他们大吃一顿。小智等人在长老家中了解村子是因为遭到干旱而落此现况。为了报达这一饭之恩，小智等人决定到河川上游调查原因。

小智等人来到黑暗市，被卷入亚斯道馆跟卡兹道馆的纠纷。小智劝和不成，反遭攻击，幸好皮卡丘大展神威，制伏他们。这时候乔伊出面……

为了让大家看他表演魔术，马健使出险招，想利用椰蛋树的催眠能力，谁知火箭队埋伏在后，一番乱斗，害得椰蛋树丛失控向城市奔去……

发高烧的喵喵被清美救起，因而对清美一见钟情，想施恩于清美制造机会留下来当店门口的招财猫。可是清美的神奇宝贝派拉斯却是个胆小鬼，战斗意志太弱，怎么也无法进化成派拉斯特……

小智等人来到霓虹镇。镇上的人因为睡觉太少，连君莎在内都变得脾气火爆。受不了镇上的吵杂，来到森林的小霞遇到一只不能唱歌的胖丁，经过一番努力，胖丁终于唱歌了，可是听众全部睡着……

小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败，与火箭队等人一起掉进古代神奇宝贝沉睡的洞窟。一阵混乱之后，化石翼龙飞出洞窟咬走小智，火恐龙为了救小智，进化成喷火龙与化石翼龙决斗……

皮卡丘吃果实卡住无法呼吸，小智急着抱它求救。杜医生才刚治好皮卡丘，又有许多神奇宝贝因车祸受伤需要治疗。医院人手不足，在场的小智等人就被找来当助手了……

小次郎的父母假死引离家出走的小次郎出面继承遗产。小次郎一直顽抗，而武藏与喵喵见钱眼开，强迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁美嘉是怪人……

小霞跟火箭队的宝贝球都被带着大葱鸭的圭太给骗走。后来可达鸭自己逃出，在可达鸭带领下，小智，小刚，小霞带着君莎去逮捕圭太。为了教训圭太，小智要求做神奇宝贝比赛。大葱鸭出人意料的打败妙蛙种子……

小智在大傻谷骚动中捡到一个蛋，波克比。小智，小刚，小霞，还有喵喵举办淘汰赛，约定由获胜的人得到波克比。喵喵没有神奇宝贝，一人扮演两种角色，与小智小刚进行神奇宝贝决斗……

妙蛙种子的进化祭典开始了。由长老妙蛙花主持，被吸引过去的妙蛙种子不愿进化，激怒了所有妙蛙花与妙蛙草……小智出面劝阻是否有效呢？

武藏与小霞在玩偶镇为了得到娃娃节的娃娃而在比赛中大打出手。面对有小智与小刚的神奇宝贝支持的小霞，武藏无计可施，派出最新收服的大舌头，使比赛有出人意料的发展．．．

儿童节那天小智等人让自己的神奇宝贝陪伴育幼院的小孩玩耍。阿勉要求跟喵喵玩，原来他曾经在森林被喵喵救过。可是其它学童没见过喵喵，都说阿勉骗人，于是火箭队决定派喵喵来给阿勉一个快乐的儿童节．．．

森林中有座警犬卡蒂狗训练所。火箭队三人为了得到训练所众多的卡蒂狗，竟用气体改变君莎与小智等人的声音，并使卡蒂狗们鼻子失灵，企图以假乱真，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人…

天才摄影师阿彻被火箭队所骗，想为皮卡丘拍照。不适应相机快门声音的皮卡丘一直闪躲。阿彻执着地跟着小智，对掉进火箭队挖的陷阱的小智伸出援手时，发现陷阱底下有个洞，小智与皮卡丘掉入洞内的水道，被水冲走。阿彻奋不顾身拯救小智，还与小智一起击退火箭队。

小智受到小霞刺激，去接受神奇宝贝检定考。火箭队的武藏与小次郎也到考场考试。这两人由于成绩不佳，脑羞成怒，竟动了向考场报仇的念头。他们闯入考场与小智和教官一片大乱斗，最后当然又被打跑了…

火箭队的亚马多与小三郎开设抚养家，利用替人照顾神奇宝贝的机会，搜集优秀的神奇宝贝。小智与火箭队的人不巧在那仓库碰面，而且被亚马多发现，两队人马都被送到警局。幸亏及时逃出的小霞找到阿彻拍的证据照片，才证明小智等人的清白。

为了获得第七个徽章，小智等人来到了红莲岛。但是那地方已经成为观光胜地，到处都没看到道馆。但是解开一个怪叔叔提出的谜题后，小智终于找到了红莲道馆！原来那怪叔叔就是夏伯，道馆的训练家啊!

火箭队为了得到鸭嘴火龙在红莲道馆乱发射冰冻炮，害得岩石裂开，岩浆流出，眼看就要形成一场大灾难。夏伯命令鸭嘴火龙，小智等人也拿出自己的神奇宝贝来帮忙阻止岩浆流出。危机解除后，夏伯再给小智一次挑战机会，喷火龙与鸭嘴火龙便展开大对决…

小智等人遇到求救的卡咪龟，来到海中不知名的龟神奇宝贝王国。岛上的众龟全部不明原因昏睡，火箭队趁机来抢走龟王水箭龟…火箭队与乌龟群的大战就此展开…最后还查出了大伙昏睡原因是胖丁的歌声!

小智等人来到华蓝道馆，小霞被抓去表演水中芭蕾人鱼公主。火箭队也闯来捣乱，想抢走水系神奇宝贝，但是被进化的白海狮打败。虽然如此，表演还是大受欢迎！

皮卡丘被制造火箭的皮皮给抓去当发动机。跟着小智偷偷到火箭的胖丁跟皮皮们发生争吵，打昏了好几个皮皮。最后火箭发动了，小智跟火箭队还在火箭上面呢！他们命运将会如何呢？

小智等人来到常盘道馆挑战，遇到小茂。小茂先进入挑战，遇到火箭队老大拿出的神秘的神奇宝贝，遭到惨败。轮到小智挑战时，火箭队的两人一猫代替道馆训练家接受小智的挑战。当然，他们被小智打败了，小智于是得到第八个徽章。

马戏团长阿津找小智扮演吸盘魔偶。因为她的吸盘魔偶训练不当，不肯表演。火箭队的人不知情地把小智扮演的吸盘魔偶抢走。小智表露身份逃回去，火箭队的人又卷土重来，想再次抓走吸盘魔偶，而遭到阿津的吸盘魔偶跟小智妈妈的吸盘魔偶连手攻击，被哑剧制造出来的墙壁给困死…

武藏为了报复14年前被拿走宝贝娃娃的事，跟踪帮助红唇姐回去圣诞老人小岛的小智一行人，计划抢走所有礼物以做报复。乘龙解救了圣诞老人与小智等人的危机，虽然误会冰释了，两人还是大打出手。最后武藏三个当然是惨遭修理啦！

小智一行人的旅途，被风雪阻碍地待在雪山当中，为了拯救皮卡丘，使得小智与小刚等人分散。神奇宝贝们共同度过寒冷，更借着神奇宝贝们的帮助而越过雪山．．．

小智等人来到大木研究所，在那里遇到了小茂，众人一起顺便了解大木博士的研究生活。想要抢夺皮卡丘的火箭队这时又来捣乱，在研究所广大的庭院中迷路许久以后，他们终于遇上小智等人，可是双方还来不及大打出手，火箭队二人一猫就被横冲直撞的一群肯泰罗给撞飞了!

为了解开大木博士苦思不解的疑惑，小智一行人来到了风光明媚的比努海岸。借着西野森教授所饲养的呆呆兽及武藏所收服的大舌贝，让大木博士等人解开这进化之谜

小智等人来到比努海岸做特训，小智在海中脚抽筋遇难时，幸好被敏川特与马奎尔救起。这一人一皮卡丘的组合，背后有着感人的故事。敏川特是否能战胜这20年一度的大海浪，为比努海岸创造一个的传说呢？

小智等人来到村雨植物园，妙蛙种子在那里喜欢上臭臭花，小刚在那里喜欢上园主林子。林子有个烦恼，为了继成家业，应该进化的臭臭花迟迟没进化成霸王花。刚好火箭队又来捣乱，在小刚的鼓励下，林子拿出她的臭臭花应战．．．

南野导演为了拍摄由神奇宝贝们演出的电影，所有的神奇宝贝均一一地跃上大屏幕，以胖可丁及可达鸭领衔主演的爱情剧，在火箭队及小智们一番对战下而热热闹闹地开拍着。

神奇宝贝电影即将于好来坞上映，大伙热热闹闹地来到这喵喵不堪回首的伤心地。昔日的喵喵为了得到佳人的芳心，努力地朝"人类"迈进，学习人类讲话，学习人类走路，但仍是无法获得佳人芳心而只能独鸣悲歌。

为了习得四天王希巴的大绝技，小智们一同来到了山中；借着希巴替大岩蛇解除痛苦，而使得山中亦获得平静，让小智一行人了解到，与神奇宝贝们的心灵沟通比战斗收服来得更重要。

小智等人在独立特训的时候，遇到神奇宝贝考古学权威，天才少女怀特博士。考古挖掘现场挖出了超古代神奇宝贝的胡地与耿鬼，特大号的他们一闹起来，无人能挡，莫非世界就要毁灭了？

向神奇宝贝联盟迈进的路上，遇见了被火箭队夺走徽章的斋藏及嘎啦嘎啦，小智一人更再次阻止火箭队的捣乱，顺利地将斋藏的徽章取回，更让斋藏及嘎啦嘎啦重修旧好。

神奇宝贝联盟传递的圣火，竟然被火箭队给盗走了；失去了圣火因而无法举行开会仪式的达马岚其会长，拿出了火焰鸟的火苗，就在联盟即将展开之际，火箭队又再次地出现了…

小智朝神奇宝贝大师迈进的第一战：石英大会的水之场地，以华丽战斗技巧的多武，派出了椰蛋树，海刺龙及大嘴蝠，均一一被小智的大钳蟹打败而取得了大胜利，小智的大钳蟹更进化成了巨钳蟹…

在第三场战斗之前，火箭队又利用巧妙的化妆术骗走了小智的皮卡丘，幸好小刚没有被武藏的伪装所迷惑，抢回了皮卡丘；与小正对战时，巨钳蟹反被风速狗的龙之怒绝技所打败，借着皮卡丘的十万伏特融合着水产生更大的威力，而小智更赢得了比赛，迎向第四回合的挑战

一直与小智竞争的小茂，在比赛当中落败而使得小智心生惧意，同伴们的支持，让小智重新站上舞台，更与姑娘镇的熏子对战；连胜两次的小智没想到被喇叭芽以柔克刚的攻击连续落败，最后以臭臭泥，小智方得取得了胜利…

小智连战连胜。在战斗之外的闲暇时刻，偶遇同是参赛者的阿弘，两人成为好朋友。这时候神奇宝贝们却被闯入的火箭队抢走了。于是小智和阿弘联合起来展开大追逐，所谓不打不相识，两人因为共患难而加深友情，成为志同道合的好战友。

小智受到火箭队的阻扰，迟到十分钟才抵达会场。杰尼龟、皮卡丘都被打败了，最后小智把希望寄托在喷火龙的身上。可是喷火龙打倒小火龙之后，看到雷恩一个小不点的个子，居然战意全失，在会场上睡起觉来，使得小智输掉比赛。

小智受到打输的影响,沮丧得连饭都不想吃。但是他从电视上知道第六场比赛开打的时候,马上就赶去会场。第六回合开始了,阿弘要怎样运用六个神奇宝贝战斗呢?征霸石英大会的人究竟会是谁?

小智回到真新镇以后,大木博士立刻为了奖励小智在比赛中的优异表现而在研究所召开宴会。这次火箭队又照惯例的出场了,原来他们想把宴会中出席的神奇宝贝全部抓走!于是宴会现场一片恐慌……

小智的比比鸟进化成比雕后离队

小智等人为了替大木博士拿东西决定前往橘子群岛的岱柑岛。但是怎样去呢?这个问题就考倒小智等人了。正好这时某家店在办抽奖活动,被小智凑巧抽中飞行船的机票。虽然有办法去岱柑岛了,可是任谁作梦也没想到,飞行船的服务员是火箭队…到底,什么样的旅行在等着他们呢?

小智一行人好不容易抵达岱柑岛,在那南国艳日的阳光中,开始寻找内木博士的研究所。唯一线索在岛上的神奇宝贝中心,到了那里,被晒成黑铜色的乔伊出来迎接,带领小智等人到博士的研究所,找到博士与不可思议的神奇宝贝球。

小刚离队

小智等人在飞行船上睡着了,不知飞行船正向树叶一样开始下降。坠落到树林繁茂的岛上以后,小智等人到处找人求救,却一个人也没看到。这里是无人岛吗?就在这么想的时候,一大团的观光客出现了。小智他们跟着观光客走,在观光船的港口看到到处都是"欢迎到碰柑岛"的招牌。就在观光地走着走着,小智看到被小孩子欺负的小乘龙的影子…

小智等人来到夏干道馆向训练家敦美挑战。在竞赛的时候，火箭队又出来捣乱。在一场混乱后重新开始比赛，乘龙的表现出人意料，打败了水箭龟。

亚马多和小三郎利用素利普的超能力，催眠金柑岛上所有神奇宝贝加以捕捉。小智为了救回皮卡丘，和君莎等人一起对抗素利普的超能力，处于劣势的小智等人会有何下场呢?

小智一行人这次来到椪柑岛、发现正美漂流到海上的瓶中信、为了让哥哥得到灵感希望能够得知大岩蛇的消息、经过小智一行人的努力、终于让哥哥阿功找到大岩蛇、得到制作水晶制品的灵感。

小智一行人这次来到了罕见的平柑岛、岛上的神奇宝贝全部都是粉红色的、火箭队一行人自然不会放过这个千载难逢的好机会、在小智等人齐心协力之下将他们赶走、继续让粉红岛保持神秘、留给这些粉红神奇宝贝一个宁静的生存空间。

小智三人意外的碰上一组采访化石盔化石的电视台工作人员、表示愿意帮忙、不信岛上老人田所先生的规劝：破坏小岛将会引发大灾难、谁知当化石盔一碰上红色的月光就复活了、小岛也因而沉没、好在他们及时做了竹筏、逃过一劫。

小智一行人这次来到豪华友轮上、看到各种神奇宝贝说唱逗趣、煞是热闹、谁知又碰上武藏一行人来捣蛋、想要把神奇宝贝抢走、在大家奋力合作下、终于保住了轮船、也让凯儿和她的神奇宝贝雷丘关系更加亲密。

小智一行人这次来到一个岛上休息，认识了同样是水系神奇宝贝收藏家的小桩，小霞和小桩提议拿自己的神奇宝贝较量一下，原以为可达鸭已经进化成了哥达鸭，原来是一场误会。

小智一行人在海上遇到快速划着独木舟前进的乔伊、原来她在橘子群岛上到处为神奇宝贝看病、却碰上火箭队的阻挠、最后在鲤鱼王进化成的暴鲤龙搭救之下、终于突破困境、实时为小海狮看病。

橘子群岛的奈普鲁岛上正中央耸立着一座雪山，奈普鲁道馆就在那上面。由于道馆留下的约定，小智只好硬着头皮爬上山。路上遇到的朋友小丹，自愿与小智一起爬山。这个道馆训练家隐瞒身份确认小智的能力以后，才提出和小智比赛的要求。这时火箭队出来捣乱，又照惯例的帮了小智倒忙。

为了出场橘子联盟大赛，小智等人获得了第二个徽章。接下来要去的是七个岛上结很多文旦的果实七岛。小智等人抱着轻松心情到岛上，却因为意外的事件被岛上居民奈奈当成了小偷。解开误会后，小智等人得知奈奈正在烦恼文旦小偷的问题。到底这个文旦小偷是谁？

在橘子群岛旅行的小智一行人为了暂时休息，来到了斯达奇岛。在那里的海边神奇宝贝中心和大木博士连络后，知道正好在斯达奇岛近海发现的沉没船上有类似三百年前橘子连盟冠军奖杯的宝物。而那个奖杯就放在小智等人现在所在的斯达奇博物馆内。于是小智等人计划隔天一早就去观看，谁知火箭队已经听到这个消息…

小智等人今天依然在橘子群岛旅行。跟踪他们的火箭队也是。火箭队一如往常老是被小智等人击败，可是这次喵喵飞走的方向跟武藏和小次郎不同。喵喵着陆的地方是神秘猫之岛，那里的岛民传说在白色满月的夜晚〞喵喵神〞会出现，而崇拜喵喵神像。岛民们把偶然掉到岛上的火箭队的喵喵当成传说中的喵喵神，开始祭拜…

小智一行人来到马扣克岛，救了一只受重伤的飞天螳螂。原来他是捍卫头目之位失败被赶出来的老战士。火箭队来到岛上使用卑劣手段捕飞天螳螂，老战士奋不顾身想回去救同伴，感动小智等人…

小智一行人来到无人岛，决定在那里休息一天。刚好火箭队也来到岛上渡假。这次火箭队利用大食花的睡眠粉，想把一行人迷昏后偷走神奇宝贝。谁知飞天螳螂跟喷火龙都没有睡着，还把大伙都吵醒…

小智等人来到小橘子岛，适逢关都四天王之一的科拿小姐到岛上演讲。面对小霞极度崇拜的科拿，小智自负的认定也许自己能够打败科拿。于是科拿给不知天高地厚的小智上了一课……

小智等人来到洋贝拉市，认识了椰米莉与赖而夫。这两人水火不容，可是所养的神奇宝贝，尼多朗与尼多兰却深深相爱。小霞坚持要撮合这两个相爱的神奇宝贝，可是她使用的办法却惹来反效果…

小智等人在大平原遇见了放牧小磁怪的佛得先生，并与其同行。刚好这时传来附近的城市停电的消息。急着前往供电的佛得先生遭到火箭队的阻扰，受伤无法前往。小智遂自告奋勇要带领小磁怪到城里……

小智等人掉入火箭队的陷阱，在地下道中遇到了神秘生物。小智急着想救妙蛙种子回来，可是因为蛮横的市长选举将近，竟然用水泥把地下道出口封起来。在在地下道内寻找妙蛙种子的小智等人与火箭队，他们会怎么样呢?

柚子岛的道馆训练家阿义对小霞一见钟情。在与小智的道馆挑战赛中，宣称要将胜利的成果献给小霞。但是杰尼龟出人意料的使出水炮绝招，粉碎了阿义的梦想…

火箭队设计把皮卡丘抢过来。为了不让皮卡丘逃走，把皮卡丘跟喵喵绑在一起。可是谁也没想到，抓到皮卡丘以后，喵喵和皮卡丘却受到大比比鸟攻击，被叼走了。就这样，拯救皮卡丘和喵喵的两班人马开始行动……

小智接受神奇宝贝训练家小英的挑战，拿出喷火龙对抗快泳蛙。喷火龙轻视小智等级太低，依然不肯听从命令。果不其然，这场战斗输得很难看，喷火龙也被冷冻光线给冻成冰块。小智日以继夜的照顾喷火龙，感动了喷火龙的心。第二天恢复健康后，喷火龙又和小智向小英的快泳蛙挑战，而且打赢了!

小智等人来到了蜜柑岛。杰尼龟灭火失败，还被卡咪龟消防队救了一命。小智看到杰尼龟不甘心的样子，就央求让卡咪龟和杰尼龟比赛一场。这场比赛让卡咪龟和杰尼龟成了好朋友。当然，火箭队又跑来插一脚，浪费了大伙不少时间，差点赶不上去镇上救火……

小智等人来到香橘岛，因为海浪汹涌，不只无法离开，还面临了饥饿问题。岛上的人们也面临同样状况。好不容易期待的食物运到了，火箭队的人竟把食物夺走。卡比兽因而一改平日的温和，和驾驶机器人的喵喵决斗，把火箭队打到天上去……

橘子联盟之中，拥有最后一个道馆的岛屿，龙神岛。为了得到琉璃徽章，小智要向最后一个道馆挑战了。道馆的规矩是派两个神奇宝贝做接力战斗。小智选择的皮卡丘和喷火龙一开始就自己人内斗，使得比赛陷入苦战。后来喷火龙几乎被打倒，皮卡丘才决定帮助喷火龙，两个一起团结起来打败琉璃子的神奇宝贝。

很多的鲤鱼王聚集在一起，丹柑岛是鲤鱼王的进化与出生之岛。小建遇到来岛上进行观察的神奇宝贝观察家绿川，和绿川一同观察鲤鱼王。凑巧火箭队一伙人也跑到岛上来，想抓走鲤鱼王，成立暴锂龙军团。他们不只滥捕滥抓，还企图抓走皮卡丘，于是乌龙的大混战又展开了。

小智和小建吸入霸王花的麻痹粉病倒在床。无独有偶，火箭队的武藏也误吸霸王花的花粉。小霞寻找解毒的水草时遇上火箭队的喵喵和小次郎，双方为了争夺水草大打出手。

得到橘子联盟的全部徽章后，小智终于要挑战橘子联盟的胜利者杯了。比赛方式是六比六，即利用六只神奇宝贝来决斗。小智拿睡着的卡比兽跟大木博士换来一只肯泰罗。在和首席训练家勇次的对战中，第一场皮卡丘获胜，第二场杰尼龟获胜，第三场的肯泰罗却打败了。接下来的乘龙，会有什么样的表现呢?

胜利者杯的激烈战斗到下半场，勇次的快龙把小智剩下的神奇宝贝全部打倒，最后成了皮卡丘和快龙的对决。在皮卡丘临机应变的反击下，原本就已体力不支的快龙终于被打倒!

得到胜利者杯之后,小智一行人坐在小乘龙的背上，忽然遇到一大群乘龙。小乘龙的妈妈也在其中。照理来说母子相会应该很感人，可是乘龙群却对小智等人及小乘龙非常敌视。原因是有盗猎集团专门在猎捕乘龙。打跑盗猎集团之后，与乘龙群化解歧视，小乘龙终于回到母亲的身边了。

小智和小霞等人来到凸橙岛想去出岛搭船回乡，却得知出岛太危险无法出航。遍地的顽皮蛋不时在爆炸，使得出岛的居民向外逃跑，当然也没有船只出航。小智等人遇到顽皮蛋，情况危急时，地鼠训练师强哥出来拯救，原来他是岛上居民请来去除顽皮蛋的……

小智回家了,家里多了一个意料不到的人迎接他们。应该留在内木博士研究所的小刚不知出了什么事,对过去表现不敢触及的异常态度。小霞推测小刚被内木博士甩了。这时火箭队又来攻击了,在大木研究所发生危机时,小茂出现了,他击败火箭队,还向小智挑战。

小智的皮卡丘败给小茂的伊布。从大木博士口中得知小茂已经出发旅行到西部,向城都联盟挑战时,小智决定也要向城都联盟挑战。就在出发前的践别宴餐会上,火箭队出现了。跟平时一样,火箭队最后又被大家的神奇宝贝赶跑……

终于来到了城都地区的第一个城镇——若叶镇。小智一行人去拜访了城都地区的神奇宝贝博士——空木博士。可是他误把火箭队的武藏当成乔伊小姐,傻呼呼的让武藏拿走小锯鳄。这只小锯鳄是明天要送给新人训练家的。小智深知事情严重,主动要求帮忙君莎小姐把小锯鳄抢回来。打倒火箭队以后,小智正式登记参加城都联盟。

小智遇到若叶镇的新人训练家奈奈。奈奈向小智提出挑战,结果输得一踏涂地。火箭队看上奈奈,利用奈奈设下一个棒球陷阱,伺机抢走菊草叶和皮卡丘。奈奈知道上当受骗,遂和小智连手打倒火箭队。

赫拉克罗斯的森林突然受到大甲攻击。原来是火箭队贪图大甲森林的树汁，赶走大甲，使得大甲群往赫拉克罗斯的森林移动。为了恢复森林的平衡，小智打败火箭队，让大甲得已回到原来的栖息地。

小智等人来到一座山谷，遇见顿甲训练家衣其小姐。衣其小姐的顿甲有寻找玛瑙的能力，被财迷心窍的火箭队抢走。于是小智等人找到火箭队，双方一场激战。当然，火箭队自然是被打败了。于是衣其小姐找回了她的小顿甲，并且和小智做神奇宝贝战斗，以做答谢。

迷惑森林有许多恶作剧的神奇宝贝,使进入森林的人们迷路走不出去。小智一行人也在森林中迷路。先是遇到小茂,被嘲笑一番,接着遇到怪婆婆铃金。跟铃金借来的咕咕是只能力不足的咕咕,根本没有能力带路。这时候又巧遇火箭队,跟火箭队打没多久,火箭队就被幻觉骗走了。紧接着换小霞发生危险。咕咕喜欢小霞,因而发挥潜力,带领小智等人走出森林。

小智一行人在东门镇遇到训练美丽花准备参加神奇宝贝表演大会的阿丽。火箭队追踪小智等人随后来到这个地方，想用表演发财，失败后又想重操旧业，偷走参加大会的神奇宝贝。当然，这个阴谋又被皮卡丘和阿丽的美丽花粉碎了。

火箭队的武藏、小次郎、喵喵以怪盗猫八自居，到处犯案。君莎带着警察神奇宝贝线球一起出动调查。小智等人刚好旅行到镇上，遂答应君莎一起逮捕神奇宝贝小偷。在小智和皮卡丘及君莎的线球协助下，火箭队又被打得落慌而逃了。

阿札拉镇是有钱人的高级住宅区。住在那里的布卢却老是很不高兴，还离家出走。小智等人因为找到离家出走的布卢，而被请入有钱人家里作客。在那里目睹了有钱人溺爱宠物的千奇百怪的行为。火箭队见布卢是难得一见的神奇宝贝，就发动烂计划想偷走布卢。哪知布卢却大发神威，和小智等人一同打跑火箭队。

小刚在公园遇见应该住在深山的小惊角鹿。没多久，一大群惊角鹿就猛冲过来，吓得大伙鸡飞狗跳。紧接着没多久，火箭队也加入搅局，想捕捉惊角鹿群图利。殊不知，这群惊角鹿只是小鹿制造出来的幻影。火箭队拿出秘密武器想活捉小鹿，而与小刚展开对战。最后在皮卡丘的活跃下，成功的救出小鹿，把小鹿送回原来生活的地方。

小智在雪山山麓遇见了一只菊草叶，想把它收服成自己的神奇宝贝。可是这只菊草叶很好胜，即使明知没胜算，也绝不服输，而搞得自己伤痕累累。小智好心将菊草叶送到神奇宝贝中心，却被火箭队把菊草叶带走了。于是两队人马又展开追逐战。

小智等人来到吉野市，小智发现新的神奇宝贝〞沼王〞，想加以收服，却反而被沼王抢走了GS球。后来在君莎的阻止下，小智等人才知道在吉野市沼王属于保育动物，不可随意猎捕。既然无法出手，就只好跟着沼王等沼王自己丢弃GS球了。在这等待与跟踪的过程中，小智他们经历一趟沼王的神奇之旅。

前往桔梗市的途中，必须经过一条河才行。但是过河的唯一的桥被火箭队弄坏了。就在小智等人无计可施时，一位少女驾驭着许多芭瓢虫飞过来了。她是利用笛子控制芭瓢虫为农作物授粉的小真。火箭队得知这把笛子存在，就使出卑鄙手段抢夺。然而其实控制芭瓢虫的并不是笛子，而是人类与芭瓢虫真正交流的心灵。

小智一行人在快乐镇遇到了幸福蛋，这个幸福蛋的主人是乔伊小姐，但是遇到穷途末路的火箭队的武藏，它却高兴得把仓库里的东西都奉送给武藏。原来很久很久以前，这个幸福蛋与武藏是同班同学，也是互相扶持的好友。然而幸福蛋一口气搬出这么多东西给火箭队，是很明显的违法行为。武藏为了保护幸福蛋，自动出面要挟以仓库的东西交换皮卡丘，来解开幸福蛋的嫌疑。当然，结果是又被小智等人修理了一顿。

到桔梗市时小智一行人先到喇叭芽之塔。这时候火箭队又出现了。他们以破坏喇叭芽之塔做威胁，要小智将皮卡丘交出来。为了保护大家的喇叭芽之塔，小智又跟往常一样，用他的神奇宝贝把不学好的火箭队教训一顿。

在桔梗市的桔梗道馆赛，是小智打入城都连盟的第一场比赛。阿速因为热爱飞行的感觉而立志当最优秀的鸟神奇宝贝训练家。面对阿速的空战优势，小智也不甘示弱的拿出有他的压轴王牌，脾气古怪的喷火龙，最后以智取胜，赢得他在城都连盟的第一个徽章。

小智一行人来到高级别墅区遇见了一只迷路的玛力露。这个玛力露跟主人走失，一直哭个不停。在忽然降下的倾盆大雨和响个不停的雷鸣声中，小霞、皮卡丘与玛力露一起掉到谷底去了。在小霞与皮卡丘忙着安抚柔弱的玛力露时，又巧遇爱捣蛋的火箭队。正好小智也来到附近，打败火箭队后，总算把玛力露送回主人美雪小姐的身边。

火箭队的机器人怪怪阿柏号被贪玩的尾立与波克比闯入。两个贪玩的小不点在怪怪阿柏号里面玩耍，一路撞出一条路和一个隧道，向城市的方向奔去，让追在后面的小智一行人与火箭队疲于奔命。幸好最后在尾立们的协助下，让怪怪阿柏号停下来了。可是小智要如何收拾波克比惹出的烂摊子呢？

喷火龙山谷是野生的喷火龙们的修行之地。小智的喷火龙来到那里以后显得完全不堪一击，甚至还被轰出来。火箭队旁观整件事的经过，勾起了过去惨痛的记忆，而决定牺牲小我来成就喷火龙，故意自导自演让喷火龙打败他们，找回以往的信心。最后，喷火龙山谷终于接纳了小智的喷火龙。小智就在这个山谷与喷火龙告别了。

小智一行人快到阳光镇时差点渴死，幸好美丽的千莎伸出援手。来到了镇上，又碰到千莎。小刚按惯例又对美人献起殷勤。一阵聊天之后，晓得千莎也要参加向日花怪选美比赛，可是她的向日葵不只不笑，还总是闷闷不乐的样子。于是小智等人决定替帮助过他们的千莎解决一个心头上的问题。

菊草叶在战斗中被小智用皮卡丘替换下阵，误以为小智只疼爱皮卡丘，而气得在战斗中跑掉了。小智不只输掉一场比赛，还得忙着找回耍脾气的菊草叶。幸好遇到乔伊小姐的帮忙，小智才了解菊草叶的心理。此一同时，皮卡丘追上菊草叶，拼命的解释，想带回菊草叶。不怀好意的火箭队此时出现想一箭双雕，抢走皮卡丘和菊草叶，但还是被赶上来的小智给打败。

小智一行人在草原遇到另外一位也叫千纱的小姐。她正在研究利用毽子草的特性来预测天气。在起风之前，毽子草会围起来，像浦公英一样随风飞舞。可是有只毽子草很奇怪，怎样都不飞。细看之下原来是一个走路草。小智决定达成走路草飞起来的心愿。此时捣蛋的火箭队又来了。当然又是跟小智大打出手，然后被打败。一波未平一波又起，紧接着一个好大的龙卷风来了....

火箭队带着怪兽在街上出现了。小智想加以阻止，却又误入陷阱无法行动。此时天蝎跟天蝎人出现了。为了守护城市而战的天蝎人，他的真正身份其实是玩具店的老板。他有个心愿就是让自己的女儿由香当下一代天蝎人。面临火箭队的恶势力，小智与天蝎人的苦斗终于打动了由香的心，指挥自己的天蝎挺身而战。

小智一行人在牧场遇到少女香莲，她想带她的咩利羊参加神奇宝贝大会，却一直无法受到母亲爱莲的承认，说她的实力不够。好胜的香莲遂独自偷偷做神奇宝贝战斗训练。她对小智提出战斗的要求，虽然这场比赛以落败收场，但也使得香莲悟出了过去自己错在哪里。在这时火箭队的人来攻击了。香莲的表现果然让妈妈刮目相看。

新吾是个认为计算机万能的神奇宝贝训练家。他带着他的巨钳螳螂，从来没打过败仗，而变得非常自大。新吾的父亲为了点醒新吾，到处找人跟新吾挑战，却从没赢过。小智向新吾挑战，新吾拒不接受。这时火箭队出来了。打倒计算机上没有的小喽喽后，新吾决定和小智一战。他靠着计算机记录分析出小智的行为模式，却还是被小智的赫拉克罗斯的直觉战打败。这才脱离了计算机的迷思。

小智一行人来到森林中遇到了火球鼠。这个火球鼠正遭到训练家浩二追逐。浩二以不择手段的方式追捕火球鼠，令小智义愤填膺。这时连火箭队也加入攻击，使火球鼠陷入空前的大危机了。小智击退这些居心不良的家伙的同时，也获得了火球鼠的友谊，而收服了火球鼠。

小智一行人来到桧皮镇。那个地方的人把呆呆兽当神明一样的崇拜。小智他们不小心踩到呆呆兽尾巴，遭到全镇疯狂大围捕。幸好后来出现一个穿着呆呆兽布偶的人所救。告别那个人后，为了完成大木博士交代的差事，小智开始寻找钢铁先生，这才晓得救他们的人就是钢铁先生。钢铁先生为了守护呆呆兽到井边去了。小智一行人又赶到呆呆兽之井，发现滥捕呆呆兽的火箭队，双方又大打出手。

小智一行人从钢铁先生口中得知后山的圆柑果实可用来制作不同的神奇宝贝球.于是钢铁先生的孙女带领小智来到了后山.但是就在这个时候,贪心的火箭队想把圆柑果实一网打尽.小智他们有办法阻止火箭队吗?

小智一行人抵达了桧皮道馆.道馆训练家是使用虫系神奇宝贝的高手.小智一开始就轻忽了虫系神奇宝贝的力量而轻敌.结果几乎要被打败,小智他能反败为胜吗?

大葱鸭不见了.原来它跑到了桐树林,小智他们也来帮忙找寻.但是,火箭队却想把大葱鸭给抢走.到底小智他们能比火箭队先找到大葱鸭吗?

小智他们今天来到了神奇宝贝交换大会,遇见一位拥有果然翁的小孩.他也想用他的果然翁来和别人的神奇宝贝交换.但是小智他们真的有办法顺利的替他找到愿意和他交换的人吗?

小智一行人遇上了神奇宝贝消防大赛,当初小智一行人在橘子群岛遇见的卡咪龟消防队也来参加,在参赛队伍中意外的发现以前的杰尼龟军团,在君莎带领下也来参加.到底胜利是属于谁的呢?

小智一行来到一间乌波的育幼院.但当他们在参观时园长临时有事却不知找谁来照顾一群乌波.小刚这时自告奋勇要帮忙.但是园长才离开没多久,乌波们却到处乱跑,到底小智他们能把乌波找回来吗?

小智一行人在路上又碰到了胖丁,结果小智他们因为胖丁歌声又睡着了,跟在小智他们附近的布卢也因为歌声而睡着了.结果胖丁用他的笔把他们的脸乱画一通.布卢醒来后非常生气,一生气就把胖丁自以为是麦克风的笔给抢走了.到底这场混战会演变成如何呢?

通过大岩蛇洞窟的小智一行人,继续往下个城镇旅行.没想到却发生了包包失踪事件,小智和乔依护士的随身物品都失踪了.到底是谁偷走的呢?原来是戴鲁比干的好事,小智要怎么让戴鲁比变好呢....

小智一行人前往满金市途中,突然有一只小锯鳄出现在他们的面前跳舞,小智看到就想要收服,但是身为水系的小霞也要小锯鳄,于是小智和小霞决定比赛,赢的人就可获得小锯鳄.但是火箭队却过来帮倒忙…到底小锯鳄奖落谁家呢?

小智收服小锯鳄之后,开心的继续旅行.途中遇到钢铁系中最强的宝贝--盔甲鸟,派出火球鼠对抗,可是盔甲鸟强大的力量让火球鼠招架不住.到底最后的胜利者是谁?盔甲鸟还是火球鼠?

小智一行人来到河边.他们便拿出水系神奇宝贝让他们在水里活动,这时突然岩石后面传来一阵歌声~小锯鳄跑过去看.原来是一只玛力露丽在唱歌.小锯鳄对他一见钟情,便对他示爱,没想到被拒绝,小锯鳄会成功吗??

继续往满金市前进的小智一行人,在经过森林时发现猫头夜鹰.小智身边也正缺了一只鸟系神奇宝贝.小智费尽心思想要收服猫头夜鹰,到底最后结果如何呢?

小智一行人前往满金市途中,和火箭队对打.没想到激怒了一群圈圈熊.圈圈熊的破坏死光将小智一群人分散了.小智小刚和武藏一起,小霞则跑到了小次郎和喵猫那里.到底他们能再相会吗?中途会发生什么有趣的事吗??

小智一行人来到经常闹鬼的地区,超能镇.镇上的人都饲养超能力神奇宝贝来驱赶鬼斯通.饲养超能力神奇宝贝麒麟奇的杰莉偶遇小智等人,就带领他们到超能镇玩.谁知才到镇上不久,就传出奇怪的巨大耿鬼掳走超能力神奇宝贝的消息.小智等人赶到一看,发现不是出现了什么无敌的巨大耿鬼,而是火箭队打造了外貌像耿鬼的机器人,在抢超能力神奇宝贝.在杰莉的麒麟奇的协助下,飞天的皮卡丘又打跑了火箭队了.

据说满金市市郊神奇宝贝培育店的神奇宝贝占卜书很准.小霞与小刚俩人也挡不住好奇,买了一本.然而书上却说小霞属于暴鲤龙类型,打破了小霞对自己的美好幻想,气得要找老板理论.此时,火箭队的小次郎查出自己是征服世界的火焰鸟类型,信以为真,带着部下喵喵与武藏打算到培育店打劫神奇宝贝.然而店主的老婆婆与老公公却撕下伪装,原来他们也是火箭队的成员,以前出场过的亚马多与小三郎.小次郎在小智等人口中得知占卜书是捏造的,小次郎因而顿失斗志,于是火箭队又被打败了.

小智一行人来到大都会,满金市.刚抵达时,三人就为了应该先做什么而争论不休.好不容易取得共识,到满金道馆挑战.谁知当天道馆放假了.三人遂决定到百货公司吃大餐.可是满金市真的太大了.三人走到几乎迷路.这时带着皮皮的女孩小茜自告奋勇要带路,答谢三人替他找回皮皮.可是谁晓得,这个小茜是个更严重的路痴.迷路了很久来到百货公司后,火箭队看上罕见的皮皮,然后被打得满地找牙.这时候双方自我介绍,才知道小茜是满金道馆的训练家.小智的挑战是否能成功呢?

道馆挑战刚开始时,小智还占上风.但是在小茜的王牌,大奶罐出马以后,情势就逆转了.惨败的小智决定对大奶罐做彻底研究,而应小茜之邀到大奶罐牧场帮忙.在那里,小智又遇到企图偷大奶罐的火箭队.卑鄙的火箭队出动滚滚号机器人,简直是大奶罐的打滚功的翻板.在打倒火箭队的同时,小智灵机一动,决定用同样的战略对付大奶罐.小茜为了答谢小智的帮忙,破例在道馆外再比一场.这次小智的战略果然奏效,打败了大奶罐.

小智在满金市的餐厅被广播节目制作人找去上特别节目.原来获得满金道馆徽章的人,都会被邀请到节目中做特别来宾接受访问.由于火箭队弄乱了预定的播出带,为了避免节目开天窗,在制片的请求下,小智等人与火箭队一起现场演出广播剧,超越时空的战斗.

小智与奈奈报名参加自然公园举办的捕虫大会.但是在比赛时,奈奈与他的菊草叶,却为一点小事情吵了起来.这时候图谋不轨的火箭队又偷偷潜入会场,企图抓走皮卡丘与昆虫神奇宝贝.当然,这伙人最后还是被小智与奈奈给打败,奈奈也和菊草叶恢复感情.

小智一行人为了过河,向一位拥有渡船的老人借船.老人为了帮助孙女完成研究,要求小智一行人想办法抓到胡说树,才可借船.于是小智就去找胡说树了.可是胡说树不只躲藏的功夫很高,还会用所有绝招来反击.更糟糕的是,中途连火箭队都跑出来抢了.在一团混乱之后,老人的孙女完成了研究,小智等人再度踏上旅行.

小智一行人旅行途中遇到大木博士,一起来到了发现有很多古代神奇宝贝化石的阿露福遗迹.大木博士的学生在这里做研究,说发现了活着的菊石兽跟多刺菊石兽.同一时间,火箭队等人采集阿露福泉水,也在泉中发现这些活化石,而大肆捕捉.小智等人为了保护古代神奇宝贝,又与火箭队大打出手.

波波屋是利用传信波波送信与邮件的一种店铺.老板的孙子小渡喜欢波波,也想继承家业,但是他爷爷却有意在这一代就收起来,不想让孙子受苦.小智认识了小渡,与小渡成为好友的时候,发生了火箭队滥捕波波的意外状况.于是小智与小渡连手打倒了火箭队,同时也让小渡的爷爷改变了主意.

安娜小姐的诊疗所在森林深处,她是专门使用超音蝠为人治疗的医生.小智一行人为了躲雨而跑进来遇见了安娜小姐,小刚的老毛病又犯,跟安娜献殷勤.按照惯例,小智等人所到之处,火箭队也随之而到.因为某些缘故,小刚与安娜小姐与火箭队误入机关,掉到大宅的地下迷宫.后来在两队人马的同心协力下,才勉强脱困.

格斗道场的场主看上小智的妙蛙种子的格斗素质,安排让妙蛙种子与孙女的柯波朗决斗,企图点醒孙女对格斗术上的迷思.就在妙蛙种子与柯波朗对战时,士郎带着沙瓦郎来踢馆.躲在一旁的火箭队也出面想抢走珍贵的神奇宝贝,三两下就被士郎的沙瓦郎打倒.为了打倒沙瓦郎,妙蛙种子与柯波朗展开特训,才让柯波朗击倒了沙瓦郎.

小智一行人在丛林的温泉游玩,但是放出来玩球的菊草叶跟火球鼠跟小锯鳄却为了追逐滚出去的球,越跑越远,到最后竟然迷路了.这时候火箭队的武藏一心想圆温泉梦,拉着小次郎与喵喵到处找温泉,却迟迟找不到.碰到三只追球的神奇宝贝,误以为温泉就在附近,一直跟在后面,哪知道却跟着迷路,误入洞窟,差点出不来.

小智一行人来到了钓金鱼王大赛.小霞便报名参加,谁知小霞遇到了一位使用快泳蛙的训练家时夫,被他嘲笑小霞的神奇宝贝是弱者.小霞咽不下这口气,决定要在钓鱼大赛中击败时夫.到底小霞和她的蚊香蛙能击败这次的强敌吗?

小刚遇见了以前送他六尾的小雪,二个人要参加一年一度的神奇宝贝选美比赛.结果没想到火箭队又跑出来破坏整个会场.小智一行人有办法解决这次的危机吗?

小智等人来到一个地方,发现了叫壶壶的神奇宝贝.而且发现不同的壶壶可以做出各式各样不同的药.于是小智等人带着喇叭芽波奇去寻找.但是壶壶们都被火箭队的人抢走了.小智他们有办法找回壶壶吗?

小智一行人在途中遇见了小茂,小茂的伊布已经进化成月精灵了。碰巧发生地方上的电力都消失了.仔细调查后发现是火箭队占据了发电厂才会使镇上电力都消失了。小智他们和小茂有办法把发电厂的电力抢回来吗?

小智一行人在途中遇见了一个男孩士郎和安瓢虫,他是森林巡逻队的见习生.这时火箭队突然出现把波克比和皮卡丘抓走了.士郎和小智在强风中拼命追逐火箭队,他们有办法救出波克比和皮卡丘吗?

小智在旅途中到了果然翁之村，那村里有很多的果然翁，但没想到小智一行人才刚到村里就发现有三人组正在到处捣乱，小智就在怀疑那三个人，会不会就是火箭队，于是到了混乱现场，但捣乱的人并不是火箭队，而是....到底小智能不能解决这次事件呢？

小智一行人与久违的百变怪训练家伊美蒂重逢,伊美蒂正为了她的第二只百变怪而伤脑筋.这时,火箭队出现并且把她的百变怪给夺走了.到底小智他们有没有办法救出百变怪呢?

金代夫人为了寻找她离家出走的布卢而出外旅行.但是没想到火箭队竟然把布卢给抢走了.正当小智等人想要去救布卢时却遭受到喵猫机器人的攻击,这时布卢突然进化布卢皇了....到底他们接下来会怎样呢?

小智一行人来到了神奇宝贝忍术学园,遇见以前在浅红道馆认识的馆长的妹妹阿雅.阿雅正在为她的阿利多斯做忍术特训.这时,火箭队把忍术学园学生们的神奇宝贝都抢走了.小智他们有办法救回被抢走的神奇宝贝吗??

小智一行人遇见了小广和他的阳阳玛.小广和他的阳阳玛感情非常好,但是阳阳玛常恶作剧把镇上的玻璃都震碎,让小广伤脑筋.没想到火箭队又出现,并且把他的阳阳玛带走并且利用它来做坏事.到底小智等人有办法把阳阳玛抢回来吗?

小实和他的毽子花在做影子分身的特训,他们俩个都是第一次参加神奇宝贝大会.但是,这个时候火箭队又闯了进来,在会场引起大恐慌!小智他们能阻止这次的事件吗?

小智一行人来到一处果园.没想到果园主人误以为皮卡丘是偷水果的小偷,幸好小智等人查出原来是皮丘们饿的受不了才偷吃.此时,火箭队又跑出来想把果园中全部的水果抢走.皮丘们这时跑出来要保护果园.到底小智他们有办法阻止火箭队的计划吗?

小智一行人突然受到火箭队的攻击,虽然勉强把火箭队给赶跑了,但是这时波克比却不见了.只留下波克比和神秘的神奇宝贝的脚印.到底小智等人有办法找回波克比吗?

小智一行人终于抵达圆朱市了.但是他们竟然迷路了,把烧焦塔当成道馆冒然闯入.这时,尾随的火箭队突然出现,正想要做坏事时被一只耿鬼赶跑了.原来这只耿鬼是道馆训练家小松拥有的.难道小智的对战对手就是他吗?

小智在圆朱市道馆的比赛开始了.小松的神奇宝贝是难缠的幽灵系神奇宝贝,虽然他们以最佳状态来挑战了,可是火球鼠和皮卡丘却一个一个被打倒.但小智不到最后关头他绝不投降,小智他一定要把鬼魅徽章拿到手,小智他能够挑战成功吗?

小智一行来到了樱花和她的姐妹们所举办的茶会.樱花和她的姐妹们各自拥有不同伊布的进化型神奇宝贝.这时火箭队出现并且破坏茶会,小智他们有办法对付火箭队吗?

小智一行人来到了一座森林,当他们在森林中行走时小智的徽章竟然被黑暗鸦给抢走了.虽然小智一行拼命的追逐黑暗鸦,但是黑暗鸦非常的狡猾,躲躲闪闪的根本就很难抓住.到底小智他们有办法把重要的徽章抢回来吗?

小智一行人在旅行的途中却发现天空出现了不可思议的景色.据说这种现象是好几年才会出现一次的.在这片天空下的荒地里,住着一群没有水也能生存的铁炮鱼.这时,火箭队又出现了,并且想把铁炮鱼一次抓走.小智他们能保护铁炮鱼们不让火箭队破坏它们的栖息处吗?

小智在森林里遇到了可爱的熊宝宝,但是在熊宝宝加入成为同伴后,小智们的食物突然快速的减少,犯人也好像不是火箭队.小智不懂到底是谁做的,小智一定要把真凶找出来,到底小智能够查出来吗?

小智一行人在路上遇见了好久不见的天才神奇宝贝摄影师阿彻.阿彻正在寻找传说中的神奇宝贝急冻鸟.这时,天上突然掉下结冰的向日种子,而且附近的气温竟然开始变冷.到底这些异象和阿彻寻找的急冻鸟有什么关系呢?

小智一行人与阿彻继续追逐急冻鸟.中途遇见带着小山猪要寻找温泉的一对父子,小智他们也帮忙一起寻找温泉.但是火箭队这时忽然出现把小山猪给抢走了,小智他们能把小山猪抢回来吗?

小智一行人与阿彻继续追逐急冻鸟.他们到达了一座大雪山,并且进入寻找.但是他们忽然碰上暴风雪的袭击,严厉的寒冷使得他们不停发抖.此时,在风雪中突然出现了蓝色的大翅膀...到底阿彻能拍到急冻鸟的相片吗?

小智一行人遇见一群利用风速狗运送火焰之石的人,他们并且也答应顺便带小智他们前往下一个城市.但是中途却被火箭队的人抢走了火焰之石,有人还因此受了伤.到底小智他们有办法把火焰之石从火箭队手中抢回来吗?

小智一行人来到了一个城市,这个城市的每个孩子都拥有一只土龙弟弟.小智他们遇到了一个小孩叫小翼,他却没有土龙弟弟,于是小智等人便帮忙小翼寻找土龙弟弟.在此同时,其它孩子的土龙弟弟却被火箭队给抢走了.到底小智他们能解决这次的风波吗?

火箭队突然出现并把皮卡丘给关在笼子里,而笼子的钥匙在果然翁身上.但是果然翁却突然下落不明了,小智他们拼命的寻找果然翁,但是火箭队却是一再的阻挠小智一行人.到底小智他们能找回果然翁并且拿回笼子的钥匙吗?

小刚突然生病病倒了.小智和小霞为了慎重起见,决定停下来扎营来照顾小刚.但是煮饭,洗衣,照顾神奇宝贝等工作,这些事都让小智多到做不完.正当小智手忙脚乱时,火箭队又跑来偷袭小智他们.到底小智他能克服这道难关吗?

小智一行人遇上了神奇宝贝相扑大会,他们也马上报名参加.可是参加的神奇宝贝都是有蛮力的大个子.这时,小智决定要拿卡比兽来一决高下,小智他们有办法赢得胜利吗?

小智一行人遇见了一位叫蓝贾的先生,他忽然找上了皮卡丘说话,原来他好像可以和神奇宝贝说话.这个时候,一群不怀好意的人把蓝贾先生抓走了,并且想利用他来赚钱.小智他们能救出蓝贾先生吗?

小智他们来到一个遗迹.地下遗迹有一个宝藏,那是可以随心所欲控制神奇宝贝的假面具和令牌.这时,火箭队突然出现了,他们抢走了宝藏,想要来控制皮卡丘.小智他能不让火箭队的诡计得逞吗?

小智一行人来到一座小镇,这时他们发现街上的墙壁和其它东西都被人乱画涂鸦,他们听说犯人是三只图画犬做的.火箭队也知道这件事并且想把那三只图画犬抓起来,到底最后会演变成怎样呢

小智一行人在前往浅葱市途中时,忽然碰上一位女孩子,并且她竟然对小刚一见钟情.这对经常主动示爱的小刚来说,显得有点意外,这女孩身上还带着一只可爱的尼多娜...到底这整起事件是女孩的一厢情愿,还是小刚人在福中不知福呢?

小智一行人来到了山丘上的一座风力发电厂,结果没想到火箭队竟然抢先一步占领了发电场,并且把小智的菊草叶夺走了.小智拼命的追逐,但火箭队一直使用神奇宝贝阻挠.到底小智有办法救出菊草叶吗?

月桂叶突然不见了,因为它以为受到小智的讨厌而逃走了.于是小智一行人开始拼命寻找月桂叶,当小智发现它时,这时火箭队又来搞破坏了.到底小智能否把月桂叶救出来并且能和好呢?

小智一行人遇到了一个人叫小勇,他想朝神奇宝贝杂耍等方面目标前进.但是他的个性很内向,自己的天然雀也训练不出预测未来的能力.这时火箭队又出现了,并且把小勇的天然雀抢走了.到底小智能否帮小勇把天然雀抢回来呢?

小智他们来到一场神奇宝贝热气球大赛.他们在小飞父子的协助下也参加了这场比赛.但是比赛过没多久,却遭受到火箭队的干扰,而且还受到了暴风雨袭击,情况可说是非常混乱.到底小智他们能获得优胜吗?

小智一行人遇到了一位行迹可疑的男子,并且帮他保管迷唇娃.但没想到这只迷唇娃其实是一位动作明星所拥有的.这时,火箭队也出现想抢走迷唇娃,到底小智他们有办法保护住迷唇娃吗?

小智一行人来到一座岩山附近遇见一位女孩,为了要在岩山中开穴道,她拼命的追逐铁甲暴龙,小智他们也帮忙捕捉,没想到火箭队竟把铁甲暴龙给抢走了.到底小智他们能成功吗?

小智一行人突然被一片巨大的黑影给覆盖着,原来是一艘巨大的飞船通过小智们的上空.船舱内,小智他们遇见一对姊妹,她们的神奇宝贝是叫做变隐龙的神奇宝贝.就在这时,火箭队开始攻击飞船,且企图想要夺走飞船,到底小智他们能阻止火箭队吗?

小智一行人来到一间以治疗水系神奇宝贝而闻名的神奇宝贝中心,这里有很多治疗中的神奇宝贝.这时,火箭队也跑来,并且想夺走这里的神奇宝贝,小智他们能阻止火箭队吗?

小智一行来到了一座沙漠中的绿洲,这里有一种拥有神奇力量的大奶罐,是属于神奇宝贝的乐园.此时,火箭队又想抢走这里的神奇宝贝,绿洲里的神奇宝贝遇上了危险了.小智能维护绿洲的和平吗?

小智等人终于来到了浅葱市.好久没有到道馆挑战了,小智兴奋地敲浅葱道馆的大门.在里面等着他的,是一个勇敢迎接小智等人的娇小女孩.为了得到徽章,小智提出挑战的要求,可是突然被眼前出现的美少女给阻止.原来这个美少女才是真的道馆训练家.接受挑战的女孩叫做可夏,是道馆的见习生.道馆训练家阿蜜很遗憾的说现在不能举行道馆比赛.为什么?其中到底有什么原因呢?

小智一行人暂时放弃浅葱市的道馆战.接下来是去湛蓝道馆挑战了!于是一行人就坐船来到湛蓝市.途中,沿海的路上传出搏斗的声音,一行人好奇瞧瞧.原来是一个穿着道服的中年人跟豪力在做猛烈的特训.这个中年人很厉害,详细探问,竟然就是湛蓝市的道馆训练家!知道是这么强的对手,小智吓得浑身冒冷汗…到底,他有没有办法从这个中年人手中得到徽章呢?

小智从当地人口耳相传中得知,漩涡列岛的海底潜藏有神秘神奇宝贝的踪影,而兴奋的搭船往该岛前进.可是,那艘船又被火箭队找上了.皮卡丘为了解决火箭队,发出攻击,不小心破坏了船身的一部份.海上的漩涡涡流激烈,小智等人就这么被抛入海中.这样下去,大家都会被涡流给吞没的!小智等人将会如何呢?

以漩涡列岛大赛为目标,展开漩涡列岛之旅的小智一行人,途中遇到叫做飞太的青年…知道大波波岛的事情.这个岛名奇特的岛屿,据说住在那里的神奇宝贝并不寻常.原来那个神奇宝贝是波波啊.外形看起来很普通,可是…体型却是普通波波的三倍以上,而且不会飞.在这不可思议的岛上,到底发生什么事了呢?小智一行人在飞太带领下,踏入了大波波岛.

小智等人来到漩涡列岛的青岩岛,向下一个城镇前进的途中,来到了青湖所在的山顶.途中,眼前突然出现鱼夫神奇宝贝灯笼鱼与叫做阿义的少年.为什么山中会有灯笼鱼呢?寻问之下得知,青湖是灯笼鱼卵孵化长大的故乡.然后,如同小智等人要踏上旅行一样,灯笼鱼们也要离开故乡,踏上前往大海的旅行.

为了参加漩涡列岛大赛而持续旅行的小智一行人来到了黄岩岛.黄岩岛是名符其实的,岩石呈黄的颜色,生长许多太阳珊瑚的岛屿.小霞为了可以收服垂涎已久的太阳珊瑚而兴奋极了.这时候一幕惊人画面出现了,海面上居然漂来一栋房子.屋顶上是一个活泼的太阳珊瑚跟一个少女.为什么会发生这种令人难以想象的事呢?

为了搭船去举办漩涡列岛大赛的赤岩岛,小智等人来到了欧奇市的港口.可是没有赶上一天一班的船班,一伙人都不知如何是好.这时候,一个女人向一伙人打招呼,她的名字叫露佳.于是大家就决定搭她的船到赤岩岛去.小智等人在老旧的船上,发现古老的海图.这是什么海图呢?难道那地方藏有宝物吗?

小智一行人终于来到漩涡列岛大赛的举办地--赤岩岛.这地方爆满了像小智等人一样过来挑战的神奇宝贝训练家.明天大赛的预赛就要开始了,斗志高昂的小智等人,不知背后有可疑的黑影在追踪他们..后来才晓得,这出现在小智等人面前的可疑人物,原来是神奇宝贝训练家八郎.大伙在猜测他的来意时,他却提出拜托小智等人陪他打一场的要求.八郎的挑战,好像内情并不简单....

小智与小霞都漂亮地赢得了漩涡列岛大赛的预赛,接下来就是正式比赛了.开会典礼在运动场响彻云宵的欢呼中开始.一位穿着华丽服装的美丽女性出现了.她是守护漩涡列岛的文化与传统的海神官麻亚.据她说,将赠送礼物给大会的优胜者.那个只有优胜者才能得到的礼物,到底是什么东西呢?为了得到冠军,小智等人燃起了熊熊斗志

漩涡列岛大赛的下一场比赛竟然就是小智对小霞.可以使用的神奇宝贝只有二只,当二只神奇宝贝都失去战斗能力的时候,胜负就分出了.为了水系神奇宝贝大师的面子,这一战决对要赢,小霞这样发下豪语.另一方面,小智也表现出自己不管在什么样的战斗中都要获胜的决心.双方互不相让的决斗即将展开..到底结果会是如何呢?