갈색시티에 있는 이브이 진화 연구소는 이브이와 그 진화형을 연구하는 기관이다. 그곳의 특별한 이브이는 우연히 멍파치를 만나 연구소를 빠져나오게 되고, 하루가 다니는 학교에 도착한다. 학교에서는 로켓단이 포켓몬들을 강제로 기계에 빨아들이고 있었는데…

과학박물관 관장으로부터 가라르지방의 화석에 대해 조사해달라는 부탁을 받은 지우와 고우. 그들은 하루와 함께 희귀한 화석이 나온다는 가라르지방으로 향하고, 그곳에서 만난 마칸다와 모젤란을 도와 화석을 복원한다. 그런데 복원을 마친 포켓몬들이 갑자기 난동을 부리기 시작하는데…

특훈하던 지우와 파오리는 꼬마돌이 잔뜩 모여 있다는 소식을 듣고 고우와 함께 돌산터널로 향한다. 그리고 그곳에서 우연히 만난 사람과 그의 파트너인 토쇠골을 상대로 포켓몬 월드 챔피언십 공식 배틀을 하게 된다. 그리고 힘겹게 이긴 지우의 파오리 앞에 정체를 알 수 없는 트레이너인 린트가 나타나는데…

채박사의 제자인 완두는 채소를 재배하는 농부다. 그런데 완두팜에 디그다들이 나타나서 채소를 엉망으로 만들자 지우와 고우, 하루는 그 문제를 해결해주기 위해 완두팜으로 향한다. 닥트리오와 디그다를 힘들게 잡은 뒤, 그들이 살았던 언덕에 올라가자 그곳에선 로켓단들이 채소를 재배하고 있었는데....

전 세계를 돌아다니며 더러운 물을 깨끗하게 해준다는 전설의 포켓몬 스이쿤. 스이쿤이 어떤 호숫가에 머물고 있다는 소식을 들은 지우와 고우는 호수로 향한다. 두 사람은 그곳에서 스이쿤을 잡으려는 포켓몬헌터들과, 그들 때문에 다친 스이쿤을 만나게 되는데…

영화 촬영을 구경하러 간 지우와 고우. 그때 로켓단이 나타나서 인텔리레온을 데려가겠다며 난동을 부리지만, 인텔리레온은 로켓단을 멋지게 물리친다. 그 모습을 본 울머기는 인텔리레온을 동경하여 특훈을 시작한다. 특훈을 마치고 내려가던 지우와 고우는 로켓단이 고디탱을 납치했다는 이야기를 듣고 동굴로 향한다. 그런데 함정에 빠지는 바람에 울머기 혼자 로켓단을 상대하게 되는데…

채박사 연구소에서 ‘당신과 루미너스메이즈숲의 이야기’란 책을 발견한 하루. 그 책에는 가라르지방의 포니타와 날쌩마가 그려져 있었다. 호기심이 생긴 하루는 지우, 고우와 함께 가라르지방의 루미너스메이스숲으로 간다. 그리고 숲속을 탐색하던 중, 하루 앞에 포니타가 나타나는데…

파오리의 특훈을 위해 칼로스지방에 도착한 지우와 고우. 기사도 저택에서 사천왕 중 한 명인 간피를 만나 그들은 세 가지 수련을 하게 된다. 첫 번째 수련을 끝내고 두 번째 수련을 시작한 그들은 각자 곳곳에 설치된 함정과 맞닥뜨리지만, 두 번째 수련도 무사히 끝내고, 마지막 수련을 시작하려 하는데…

숙희의 집에서 하룻밤 자게 된 하루는 어떤 청년과 머플러를 한 고라파덕, 숙희가 함께 찍힌 사진을 발견한다. 숙희에게 과거 이야기를 들은 하루는 숙희가 사진 속 청년을 만나고 싶어 한다고 생각한다. 다음 날, 지우와 고우가 그 청년과 같이 있었다는 걸 알게 된 하루는 두 사람과 함께 청년을 찾아 나서는데…

<패닉! 꼴깍몬 공!!> 로켓단 아지트에서 나온 꼴깍몬이 지우와 고우에게 달라붙는다. 채박사 연구소로 돌아가던 그들은 꼴깍몬들에게 둘러싸이고, 여기저기 굴러다니게 되는데...

<컴 온, 깨물부기 거북레이스!> 로켓단 아지트에서 나온 깨물부기가 밖으로 나가고 나옹과 마자용이 뒤쫓아간다. 공원에 도착한 깨물부기는 그곳에서 만난 모부기와 격렬한 거북레이스를 펼치는데…

고릴타가 된 부모님이 동생인 흥나숭을 돌봐달라는 꿈을 꾸다가 잠에서 깬 고우. 꿈인 줄 알았는데 고우의 팔에 흥나숭이 매달린 채 자고 있었다. 지우와 고우는 흥나숭을 파트너에게 데려다주기 위해 멍파치의 후각을 이용해 흥나숭의 자취를 쫓아가는데…

특훈을 하다 지친 핫삼과 파오리를 데리고 포켓몬센터로 향하는 지우와 고우. 그곳에서 지우는 우연히 린트를 만나 공식 배틀을 하게 된다. 지우와 파오리는 지난번의 설욕전을 하려고 하지만 린트와 엘레이드는 절대 만만하지 않았다. 그런 와중에 엘레이드의 공격으로 파오리의 파가 두 동강이 나는데…

채박사 연구소의 수도꼭지를 고치러 온 ‘플러시 마이농 심부름센터’의 디바이와 멀티플 남매. 남매는 마스코트 포켓몬인 플러시와 마이농의 응원을 받으며 무사히 수리를 마쳤지만 멀티플 때문에 디바이가 다치고 만다. 지우와 고우는 디바이 대신 심부름센터 일을 도와주기로 하는데…

인텔리레온을 동경해서 치고 빠지기 특훈을 하는 고우의 울머기. 그러다가 아무도 모르게 뚜벅쵸를 구해주고 누겔레온으로 진화한다. 누겔레온은 자신이 인텔리레온으로 진화했다고 생각했지만, 수면에 비친 자신의 모습이 누겔레온이라 크게 실망한다. 누겔레온은 동굴에 틀어박혀 고우하고도 서먹해지는데...

호연지방의 봉준이 지우와 고우에게 조사의뢰를 한다. 용암마을에 온천수가 나오지 않자 마을 사람들은 재앙을 부르는 앱솔 때문이라며 앱솔을 해치우겠다고 나선다. 그러자 봉준은 진짜 원인을 찾기 위해 지우와 고우에게 조사를 의뢰한 것이다. 지우와 고우는 온천수가 나오지 않게 된 원인을 알아내기 위해 원천이 있는 굴뚝산으로 향하는데…

지우에게 온 한 통의 편지, 그건 아이리스가 배틀을 청하는 내용이었다. 지우와 고우는 곧바로 하나지방의 쌍용시티로 출발하고, 그곳에서 쌍용체육관 관장인 사간과 하나지방 챔피언이 된 아이리스를 만난다. 지우와 아이리스는 하이퍼클래스가 걸린 포켓몬 월드 챔피언십 배틀을 시작하는데…

어느 날, 고우의 플라베베들이 한 번에 플라엣테로 진화한다. 그러나, 고우는 5마리 중에 하얀 플라베베가 없다는 걸 알아차린다. 하얀 플라베베는 타고 있는 꽃의 꽃잎이 하나 떨어져서 제대로 날지 못한 것이다. 고우와 지우는 새로운 꽃을 찾기 위해 플라베베를 잡은 칼로스지방으로 가게 되는데…

여경과 허수고 형사가 채박사 연구소에 찾아온다. 갈색시티의 주택가에서 전기를 도난당하는 일이 계속 생기는 바람에, 범인을 찾기 위해 채박사 파크에 있는 전기 타입 포켓몬을 보러 온 것이다. 전기 타입 포켓몬들을 확인하던 허수고 형사는 갑자기 지우의 피카츄를 체포하겠다고 하는데…

오랜만에 오박사 연구소에 들른 지우와 고우. 고우는 오박사에게 본격적으로 뮤를 탐색하는 팀, 프로젝트 뮤에서 멤버를 모집하고 있단 얘기를 듣는다. 한편, 지우는 오박사 연구소에 맡긴 초염몽이 최근에 모습이 보이질 않는다는 말을 듣고 고우와 같이 찾으러 나선다. 그러던 중에 지우의 친구이자 라이벌인 바람을 만나는데…

포켓몬센터에 온 지우, 고우, 하루. 장난꾸러기인 흥나숭과 이브이 때문에 세 사람은 조마조마하다. 이브이와 흥나숭은 원래 착한 아이라고 말하는 하루과 고우에게 지우는 이브이와 흥나숭에게 심부름을 시켜보자고 제안한다. 그렇게 흥나숭과 이브이는 처음으로 심부름을 하게 되는데…

로켓단의 아지트에 자리 잡고 사는 모르페코. 엄청난 먹보인 모르페코는 로사의 케이크, 나옹의 과자, 로이가 금고에 숨겨둔 식량까지 다 먹어 치운다. 이대로는 사명을 완수할 수 없다고 생각한 로켓단은 모르페코를 야생으로 돌려보낼 계획을 세운다.

고우는 ‘프로젝트 뮤’로부터 신오지방의 천관산 기슭에 있는 연구소로 와달라는 메일을 받는다. 그리고 드디어 연구소에 도착해, 천관산 북쪽에 펼쳐진 빙하지대에서 알로라나인테일을 잡는 첫 미션을 받게 되는데…

기어르의 새로운 진화형이 발견됐다는 정보를 얻고 하나지방 물풍경시티에 도착한 지우와 고우 그리고 하루. 그곳에서 땅속 깊이 이어진 구덩이를 발견한 흥나숭과 이브이는 뒤도 돌아보지 않고 뛰어든다. 지우와 친구들은 흥나숭과 이브이를 쫓아가고, 하나지방에 와있던 로켓단도 지우 일행을 뒤따라 구덩이로 뛰어드는데…

대여르를 조사하러 가라르지방에 간 지우와 고우. 두 사람은 그곳에서 호흡이 잘 맞지 않는 대여르를 만나게 된다. 피카츄의 공격으로 대여르는 뿔뿔이 흩어지고 고우는 리더를, 지우는 나머지 대여르 멤버들을 구하기로 한다. 고우는 제대로 지휘를 못 해서 풀죽은 리더를 도와주기로 하는데…

사람들이 악몽에 시달리는 사건을 조사하러 신오지방으로 간 지우와 고우. 두 사람은 악몽을 꾸게 하는 원인이 다크라이라고 생각한다. 한편 혼자서 신오지방으로 여행을 떠난 하루는 지우의 친구인 빛나를 만나게 되는데…

하루와 빛나는 숲에서 온몸에 상처를 입은 크레세리아를 만난다. 크레세리아를 치료해주고 잠든 두 사람은 다크라이와 크레세리아가 만나는 이상한 꿈을 꾼다. 잠에서 깬 두 사람 앞에 다크라이와 로켓단이 나타나고, 다크라이를 쫓던 지우와 고우도 숲속으로 들어가게 된다.

지우와 고우는 포켓몬 잡기 어드벤처 레이스에 참가하기 위해 알로라의 무인도로 향한다. 치열하게 레이스를 펼치던 중 피카츄를 노리는 로켓단의 습격을 받아 위험에 처하지만, 전수와 역수의 도움으로 로켓단을 물리치게 되는데…

지우는 신오지방 물가시티 체육관 관장인 전진과 첫 번째 하이퍼클래스 배틀을 하게 된다. 초반에는 전기타입 포켓몬들을 내세운 전진에게 고전을 면치 못하지만, 특유의 끈기와 열정으로 전기기술을 이용해 마침내 승리를 거머쥐게 되는데…

채박사 연구소에서 지우와 고우가 열심히 모은 포켓몬 데이터가 삭제되는 사건이 발생한다. 누구의 소행인지 밝혀내기 위해 한밤중에 연구소를 둘러보던 고우는 하지가 켈리몬을 앞세워 데이터를 삭제했다는 사실을 알게 되는데…

지우와 고우, 하루는 성도지방에서 열리는 일식 축제를 구경하기 위해 일식성으로 향한다. 하루는 그곳에서 자신과 꼭 닮은 일식성의 차기 성주인 해루를 만나 신기해한다. 그런데 성주 자리를 노리는 달호가 하루를 해루로 착각해 납치하는 사건이 발생하는데…

고우와 지우는 첫 번째 트라이얼 미션인 불카모스 황금의 인분을 채취하기 위해 하나지방의 리조트데저트로 향한다. 그곳에서 거신의 유적에 있는 벽화를 통해 불카모스가 화산 지대에 있을지도 모른다는 사실을 알아내는데…

칼로스지방에서 여행을 온 파랑포켓몬마니아 아벨. 그는 우연히 거리에서 만난 지우 일행에게 같이 파랑 활동을 하자고 제안한다. 그런데 아벨은 계획했던 장소를 방문할 때마다 같은 마니아인 블루터스와 사사건건 부딪치기 시작하는데…

지우 일행은 체육관 관장 포플러의 초대를 받아, 대회에 참가하기 위해 아라베스크마을로 향한다. 단델과의 배틀을 기대하며 대회장에 들어선 지우는 배틀 대회가 아닌 케이크 데코레이션 대회가 열린다는 말에 실망을 감추지 못하는데...

성도지방의 작은 마을에서 밤이 계속되고 있다는 소식은 들은 지우와 고우는 원인을 조사하기 위해 그곳으로 향한다. 마을에 도착한 두 사람은 하늘로 돌아간 삐를 그리워하며 하늘의 별을 보고 있는 소녀를 우연히 만나게 된다. 그리고 이번 일이 안농과 관계가 있다는 걸 알게 되는데...

루카리오를 메가진화시키기 위해 칼로스지방의 코르니를 찾아간 지우는 코르니로부터 키스톤을 받는다. 하지만 메가진화를 하려면 루카리오의 메가스톤인 루카리오나이트가 필요하다는 말을 듣고 코르니의 안내를 받으며 메가섬으로 향하는데...

지우는 하이퍼클래스의 두 번째 대전 상대인 채두와 배틀을 하기 위해 가라르지방으로 향한다. 과거 채두와의 배틀에서 1무 1패를 기록했던 지우는 세 번째로 맞붙는 이번 배틀에선 반드시 이기겠다고 다짐하며 임하는데...

한 치의 양보도 없이 치열한 배틀이 계속되는 가운데, 어느새 지우와 채두에겐 루카리오와 괴력몬 한 마리씩만 남게 됐다. 더구나 두 포켓몬 모두 상당한 데미지를 입은 상황이다. 지우와 채두는 결국 메가진화와 거다이맥스를 이용해 마지막 대결을 펼치는데...

고우와 하루가 다니는 학교로 전학을 온 레지나. 레지나에 대해 궁금한 게 많은 같은 반 친구들은 질문을 퍼부으며 우르르 몰려든다. 그런데 그때 레지나의 글레이시아가 나타나 모여든 학생들을 경계하기 시작하는데...

두 번째 트라이얼 미션에서 야생 킹드라 잡기를 선택한 고우는 시드라가 있는 곳에는 진화형인 킹드라도 있지 않을까 해서 지우와 함께 호연 지방으로 향한다. 바다에서 잠수하며 탐색하던 두 사람은 우연히 호연지방의 사천왕인 권수를 만나게 된다.

숲에서 콘테스트 연습을 하려던 빛나는 자신과 똑같이 생긴 소녀가 팽도리를 데리고 가버리자 지우에게 도움을 청한다. 사건을 해결하기 위해 신오지방에 도착한 지우와 친구들은 원래 세계와 똑같은 또 다른 세계가 있다는 것을 알게 되는데…

지우 일행은 디아루가와 펄기아를 이용해 포켓몬들을 자신의 부하로 만들어 세계를 정복하려는 다른 세계의 로켓단을 막기 위해 고군분투 하지만, 포켓몬들이 알로 변하는 희귀한 현상에 마주하게 된다. 과연 지우 일행은 이 위기를 극복할 수 있을 것인가?!