Het is 1962 en Amerika heeft de Tweede Wereldoorlog verloren. Het oosten is het Groot Nazirijk en het westen de Japanse Pacifische Staten. Te midden van deze onderdrukking is er nieuwe hoop: films die een andere wereld tonen. Als haar zus haar een film geeft en wordt vermoord, denkt een vrouw dat de films de sleutel tot vrijheid zijn. Ze wil per se de maker vinden: de Man in het Hoge Kasteel.

Franks toekomst staat op het spel als hij door de Kempeitai wordt opgepakt. Intussen legt Juliana contact met een mysterieuze man die haar een hint over de films geeft, en wordt. Obergruppenführer Smith verrast door ongelukkige gebeurtenissen.

Joe en Juliana moeten snel handelen als een gevaarlijke premiejager, de Sheriff, in Cañon City aankomt. Tagomi maakt plannen met Wegener om waardevolle geheimen van het Rijk door te spelen, en Frank beraamt zijn wraakactie tegen de Japanners.

Joe wordt steeds meer verscheurd tussen zijn plicht en zijn gevoelens voor Juliana. Ed probeert Frank te weerhouden van een onherroepelijk besluit. Smiths onderzoek wordt gehinderd doordat zijn getuige sterft, en Tagomi’s plan mislukt door de dramatische ontwikkelingen bij de toespraak van de kroonprins.

Juliana keert terug naar huis en ontdekt nieuwe aanwijzingen waarmee ze mogelijk het mysterie van de films kan ontrafelen. Intussen ondergaat Joe een moeilijke ondervraging op het nazi-hoofdkwartier. Kido begint zijn onderzoek naar de gebeurtenissen tijdens de toespraak van de kroonprins, en Tagomi en Wegener proberen wanhopig hun geheime overdracht te realiseren.

Joe viert Veteranendag bij Smith en probeert zo meer te weten te komen over de films. Juliana accepteert de baan die Tagomi haar aanbiedt, en blijft zoeken naar antwoorden. Intussen nodigt Smith een oude vriend uit om deze dag te vieren, met verrassende gevolgen.

Juliana doet een opzienbarende ontdekking over de dood van haar zus. Frank blikt terug op recente gebeurtenissen en neemt een belangrijk besluit over zijn toekomst, terwijl Tagomi meer te weten komt over Juliana’s verleden.

Het net sluit zich en Juliana en Frank maken plannen om uit de greep van de Kempeitai te ontsnappen. Joe brengt hen weer in gevaar als hij een nieuwe film probeert terug te krijgen. Intussen wordt Smiths loyaliteit op de proef gesteld als hij een opzienbarende ontdekking doet over zijn familie, en plant Childan zijn wraak door de Kasoura's op te lichten.

De tijd dringt en een wanhopige Frank moet zijn leven riskeren om Joe te redden. Smith komt eindelijk te weten wie hem wilde vermoorden. Tagomi is er kapot van als hij wordt geconfronteerd met de consequenties van zijn plannen, en Kido’s onderzoek neemt een dramatische wending als hij een belangrijke ontdekking doet over de schietpartij.

Er wordt veel duidelijk en Juliana moet de moeilijkste keuze uit haar leven maken. Wegener keert terug naar Duitsland om zijn geheime zelfmoordmissie uit te voeren. Smith riskeert een prooi te worden als hij gaat jagen met de persoon die hem wilde vermoorden, en Kido probeert wanhopig de zaak af te ronden voordat zijn tijd opraakt.

Juliana wordt gevangengenomen door het Verzet en moet de gevolgen van haar verraad onder ogen zien. Ze krijgt antwoorden over het verleden, maar die roepen vragen op over de toekomst - en niet alleen haar eigen toekomst wordt bedreigd. Joe arriveert in New York, maar door zijn reis vertrouwt hij niemand meer. Frank probeert Ed te redden uit een onmogelijke situatie, maar tegen welke prijs?

Juliana ontsnapt ternauwernood aan de dood en ontdekt een familiegeheim dat wereldwijde gevolgen kan hebben. Daardoor neemt ze een besluit dat haar leven verandert… Kido, Tagomi en Frank nemen allemaal gevaarlijke risico's. In New York pakt Joe intussen zijn gewone leven op, maar dat wordt op zijn kop gezet als Smith hem de kans van zijn leven biedt.

Terwijl Juliana zich probeert aan te passen aan de vreemde wereld van nazi-New York, zoekt ze de enige persoon die ze denkt te kunnen vertrouwen: Joe Blake. Frank is boos en opstandig na Juliana's vertrek en voelt zich aangetrokken tot het Verzet en zijn charismatische leider. Joe moet zijn identiteit onder ogen zien als hij eindelijk zijn vader ontmoet.

Juliana ontdekt dat ook in het Rijk het Verzet achter haar aanzit. Smith ziet onder ogen hoever hij zou gaan om zijn zoon te beschermen. Een andere vader, die van Joe, wil dat hij Berlijn een kans geeft. Frank moet ook een besluit nemen: hoever gaat hij om het Verzet te helpen?

Joe ontdekt iets over zijn vader waardoor hij alles in twijfel trekt. De breuk tussen Frank en Ed wordt groter als Frank dieper in het Verzet verzeild raakt. Om haar veiligheid te waarborgen, moet Juliana iemand die dicht bij haar staat, verraden.

Nicole laat Joe een onverwachte kant van Berlijn zien, waardoor hij een nieuwe weg inslaat. Voor haar nieuwe missie dringt Juliana Smiths kring van vertrouwelingen binnen. Tagomi wordt eindelijk herenigd met zijn gezin, maar moet ook onder ogen zien dat hij het weer kan kwijtraken.

Juliana komt steeds dichter bij de Smiths te staan en ontdekt een gevaarlijk geheim. Childan en Ed komen in een lastig parket als ze hun schuld bij de Yakuza willen inlossen. Tijdens een missie voor het Verzet ontdekt Frank een Japans plan waardoor zijn ergste nachtmerrie waarheid zou kunnen worden.

Juliana verzamelt informatie voor het Verzet die een Derde Wereldoorlog zou kunnen ontketenen. Als de politieke situatie in Berlijn onveilig wordt, moet Joe een keuze maken die zijn leven in gevaar kan brengen. Frank komt achter de waarheid over Juliana, waardoor hij gaat twijfelen aan zijn nieuwe Verzetsfamilie.

Tagomi worstelt met een dilemma: bij zijn gezin blijven of teruggaan naar de wereld die hij heeft achtergelaten. Juliana wil zo snel mogelijk het Rijk ontvluchten en sluit daarom een gevaarlijke deal met het Verzet. Wanneer Ed een geheim onthult dat het plan van het Verzet in gevaar brengt, moet Frank besluiten hoe hij omgaat met het verraad van zijn beste vriend.

Tagomi roept de hulp van Kido in om de vernietiging van Japan te voorkomen. Terwijl Smiths leven ineenstort, doet hij een gevaarlijke zet om zijn macht vast te houden. Joe probeert het juiste te doen, maar wordt op een vreselijke manier verraden. Juliana staat voor een onmogelijke keuze die de toekomst van de wereld zal veranderen.

Juliana Crain leert iemand kennen in de Neutrale Zone - een Iers manusje van alles die Wyatt heet - en moet al snel op de vlucht en de hulp van Tagomi inroepen. De Japanners testen een atoombom. Joe Blake wordt op een diplomatieke missie naar San Francisco gestuurd. Kido huurt een nieuwe brigadier in. Nicole Dormer komt in New York aan om een nieuwe propagandacampagne te leiden.

Juliana begrijpt dat het lot van haar en Tagomi verbonden zijn. Tagomi en admiraal Inokuchi zien in dat het Reich een geheim olie-embargo aan de Pacifische Staten oplegt. Reichsmarschall Rockwell en J. Edgar Hoover zweren samen tegen John Smith. Helen begint aan therapie om over het verlies van Thomas heen te komen en neemt een drastische maatregel om haar gezin te beschermen.

Juliana en Tagomi onderzoeken de mysteries van de films en Juliana wordt verenigd met een oude vriend. Childan wil graag terug naar San Francisco, nu de wraakacties zijn gestopt, maar door een mogelijke nieuwe romance wil Ed liever niet gaan. Kido ontvangt informatie die hem op een nieuw pad zet. Smith wordt gevierd door de nazi-hig society op een vertoning van Nicole's nieuwe film over Thomas.

Een nieuwe gemeenschap vecht om te overleven in de Neutrale Zone. Juliana en Joe ontmoeten elkaar weer, terwijl Joe undercover blijft werken voor Himmler. Wyatt bezoekt Juliana in San Francisco. Het verleden van Smith achtervolgt hem. Ed en Childan krijgen problemen op weg naar San Francisco. Als de spanningen tussen het Reich en het Rijk oplopen, merkt Tagomi dat zijn leven in gevaar is.

Terwijl de Reichsführer de Pacifische Staten blijft opjutten, ontkomt Juliana maar net aan een dodelijke situatie en ontdekt ze een schat aan nazi-geheimen. John Smith is in gevecht met zijn politieke tegenstander. De nazi's bereiden zich voor op 'Jaar Nul'. Joe en Juliana komen op een keerpunt in hun relatie.

Met hulp van Wyatt vlucht Juliana naar San Francisco met de gestolen nazi-geheimen. Childan kan eindelijk terug naar huis, maar Ed besluit om in de Neutrale Zone te blijven. Tagomi geeft Kido informatie die hem van gedachten laat veranderen. De carrière van John Smith komt op een keerpunt.

Juliana onderneemt een missie om de nazi's tegen te houden, waardoor ze weer in contact komt met oude vrienden. Thelma en Nicole groeien naar elkaar toe, ondanks de risico's. Smith hoort over de pogingen van de nazi's om naar andere werelden te reizen. Kido eist dat Tagomi eerlijk is over de films en zijn vermogen om te reizen. Kido krijgt belangrijke informatie los uit Childan.

Juliana realiseert zich dat de tijd opraakt, maar heeft moeite hulp te vinden. Tagomi bevindt zich en een gevaarlijke strijd om leven of dood. In therapie overschrijdt Helen Smith een grens. Kido achtervolgt zijn doelwit in de Neutrale Zone.

De missie van Juliana en Wyatt brengt ze verder naar het oosten en naar het centrum van een geheim nazi-project. Tagomi neemt contact op met Smith om de relaties tussen beide kanten te verbeteren. Smith doet een belangrijke ontdekking. Kido vindt afsluiting.

Juliana's poging de nazi's tegen te houden, brengt haar in gevaar. Himmler en John Smith overzien de uitgebreide viering van Jaar Nul. Tussen al zijn successen ondervindt Smith een tegenslag. Kido keert terug naar San Francisco met een prijs en doet iets aardigs voor een vriend. Tagomi neemt een lastige beslissing. Ed keert terug naar San Francisco en gaat naar Childan terug.

Juliana Crain komt in een nieuwe wereld terecht. Na een aanval op handelsminister Tagomi treedt inspecteur Kido hardhandig op tegen de verdachte daders: de Black Communist Rebellion. John Smith leidt een militaire inval van de Neutrale Zone om Wyatt Price en zijn rebellenleger op te pakken. Helen Smiths onafhankelijkheid wordt op de proef gesteld als John zijn dochters komt halen.

John Smith krijgt belangrijke informatie vanuit het Die Nebenwelt-complex, maar thuis worstelt hij met de nieuwe dynamiek in zijn gezin. Bell Mallory en de BCR slaan de handen ineen met de rebellen van Wyatt Price. Kido zoekt toenadering tot zijn vervreemde zoon Toru. Childan schept een band met zijn Japanse assistent. Juliana beseft dat de vijand in de ene wereld een vriend in de andere kan zijn.

Wyatts rebellen en de BCR vallen samen de elite van Tokio aan tijdens de veiling van Robert Childan. Helen keert terug naar het Reich om haar kinderen te beschermen. Kido krijgt een onverwacht telefoontje van de Yakuza. Smith stuurt een huurmoordenaar op Juliana af.

John en Helen houden een etentje voor Himmler en zijn vrouw, plus een nieuwe, gevaarlijke dreiging uit Berlijn: Obergruppenführer Goertzmann. Juliana keert terug naar de wereld van het Hoge Kasteel, in de ruïnes van het zogeheten 'district van besmetting'. Kido wordt gedwongen om zich tegen de kroonprinses te keren. De gevangengehouden Hawthorne Abendsen deelt verhalen uit het Hoge Kasteel.

John Smith wordt geconfronteerd met de keuzes die hij heeft gemaakt. Het Rijk doet een poging tot vredesoverleg met de BCR. Kido arresteert een verrader en dreigt de Japanners onderling te verdelen. Helen krijgt een nieuwe lijfwacht. Juliana en Wyatt herenigen zich met plannen voor de val van het Amerikaanse Reich.

John Smith ontdekt dat men verdwaald kan raken op de niet-ingeslagen weg. Juliana probeert geheime boodschappen van Abendsen te ontcijferen. Onder dreigende onvrede stelt Bell een nieuwe strategie op voor de BCR. Kido moet beslissen waar zijn ware loyaliteiten liggen, ook als dat hem het Rijk kost.

De BCR voert een grootschalige aanval uit op de JPS en Kido heeft het lot van het Rijk in handen. Childan wordt gevangengenomen door de Kempeitai. Helen besluit haar man te steunen door zich weer in het openbaar te vertonen. Juliana en Wyatt komen aan in New York om een gewaagde nieuwe strategie tegen Smith te plannen.

Juliana's instincten over Helen worden op de ultieme proef gesteld. Terwijl San Francisco wordt geëvacueerd, gaat Kido op zoek naar zijn zoon, om vervolgens gevangengenomen te worden. Een brief verandert het leven van Childan en Yukiko voorgoed. De BCR krijgt een onverwachte helpende hand toegestoken van de Yakuza. Abendsen veroordeelt Smith met zijn laatste voorspelling.

De ware loyaliteit van Smith en Helen wordt op de proef gesteld door een oude vijand. De BCR krijgt maar met moeite de orde bewaard in de JPS. Kido wordt gedwongen om zijn gruweldaden onder ogen te zien. Childan en Yukiko worden bedreigd door rondzwervende vrijbuiters.

Op de vooravond van een onvermijdelijke nazi-invasie bereidt de BCR zich voor op het grote moment, terwijl Kido in een race tegen de klok zijn zoon probeert te vinden. Childan biedt alles wat hij heeft om herenigd te worden met Yukiko. Helen moet kiezen of ze haar man zal verraden wanneer ze met Smith per hogesnelheidstrein naar de Poort reist, waar Juliana en Wyatt hen opwachten.