総人口の約8割が何らかの超常能力“個性”を持ち、その“個性”によって社会を守る“ヒーロー”という存在が確立された世界。緑谷出久はヒーローになることを夢見て、多くのヒーローを輩出する名門・雄英高校ヒーロー科入学を目指していた。しかし、彼は何の“個性”も持たない“無個性”。現実の厳しさ、不平等さを痛感する日々を過ごしていた。そんなある日、出久は強盗をして逃亡中だった敵（ヴィラン）に襲われてしまう。そこに現れたのは、人気・実力共にNo.1のヒーローだった！

ヘドロヴィランから出久を救ったのは“平和の象徴”とも称されるNo.1ヒーローのオールマイトだった。出久が「個性がなくてもヒーローになれますか？」と彼に問いかけたその瞬間、目の前に現れたのは、過去の戦いにおける重傷で痩せ細ってしまったオールマイトの真の姿！「ヒーローはいつだって命がけ」その過酷さと自身の夢を叶える厳しさを憧れの人から告げられ、出久は絶望する。そんな中、オールマイトが捕まえたはずのヘドロヴィランが逃走し、下校中の爆豪が取り込まれてしまう！

「君はヒーローになれる。」ヴィランに取り込まれそうになる爆豪を救けようと、考えるより先に体が動いた出久にヒーローの資質を見たオールマイトは、彼に自身の“個性”である“ワン・フォー・オール”を授けることを提案する。その個性は、これまで幾人ものヒーローによって受け継がれてきた「力の結晶」だった。ヒーローになる夢を叶えるため、雄英高校に入学するため、オールマイトから課せられたトレーニングに挑む出久。しかしそのトレーニングは想像以上にハードなものだった！

オールマイトから個性“ワン・フォー・オール”を与えらえた出久は、いざ国内最難関と言われる雄英高校ヒーロー科の入試に臨む。広大な模擬市街地で、そこに多数配置された仮想ヴィランを相手に戦いポイントを競うこの試験。皆が“個性”を生かし次々と仮想ヴィランを撃退する一方、まだ“個性”の使い方を理解していない出久はポイントが稼げない。そんな中、予想できないほどの巨大な仮想ヴィランが出現！ビルが倒壊し、その瓦礫の下には…！出久は“考えるより先に”拳を振り上げ叫ぶ！

雄英高校での学校生活がスタートした。入学初日、1年A組の担任教師・相澤はいきなり生徒たちに「個性把握テスト」を課す。ソフトボール投げや50m走など一見普通の体力測定だが、それぞれがどのように“個性”を活かすかを見るテストだ。さらに相澤は「最下位の者は見込みなしとして除籍処分」というルールを突きつける！負傷を危惧して“個性”を使わない出久は平凡な記録しか出せない。このままでは初日で除籍になってしまう！意を決した出久は“個性”を使おうとするが…。

個性把握テストで“個性”を発動、最小限の負傷で最大限の力を発揮した出久は自らの可能性を示した。翌日、オールマイトによる授業「屋内対人戦闘訓練」が生徒たちに課せられる。2人1組で一方がヒーロー、もう一方がヴィランとして対峙し、制限時間内にヒーロー側が仮想の核兵器を回収もしくは相手を捕獲するという訓練だ。出久はお茶子とヒーロー側のコンビに、対するヴィラン側は飯田と、出久が“個性”を持っていたことに怒り心頭の爆豪。訓練開始と同時に、爆豪が出久に襲い掛かる！

「対人戦闘訓練」で対峙する出久&お茶子のヒーロー組と、爆豪&飯田のヴィラン組。爆豪は怒りにまかせて暴走し、出久に向かって一直線に襲い掛かる。対する出久は、これまでヒーローを目指すうえで蓄えてきた知識と機転の良さで対抗。コンビを組むお茶子と一緒にこの訓練に勝つための作戦を練る。“無個性”だったはずの、自分より下のはずの出久が“個性”を隠し持っていた…。「俺の方が上だ！」それを完全に証明するために、爆豪はコスチュームに隠された強力な攻撃を放つ！

戦闘訓練において、暴走し単独でぶつかってきた爆豪に、出久は“訓練に勝つ”ための作戦で、ボロボロになりながらお茶子と共に勝利を収めた。「出久に負けた」その事実に愕然とする爆豪。そして、轟や八百万をはじめ他の生徒たちも戦闘訓練に臨み、彼らはその“個性”と実力の片りんを見せる。放課後、リカバリーガールの治療を受けた出久は、ひとり家に帰ろうとする爆豪を呼び止め、あることを打ち明ける。それを聞いた爆豪が返した言葉とは…。その一方で、謎の影が雄英高校に迫っていた。

1年A組で学級委員長を決めることに。皆が立候補しての多数決の結果、なんと出久が委員長に決まった。自身も立候補していた飯田は悔しがりながらも、自身が尊敬する兄の話をしながら「自分が人を導くにはまだ早い」と出久を応援する。そんな中、オールマイト目当てのマスコミが校内になだれ込み、生徒たちはパニックに。そこで飯田はある行動に出る！後日、1年A組は校内の屋外施設「ウソの災害や事故ルーム（USJ）」での救助訓練へ。そこに突如謎のヴィランたちが現れる。

救助訓練に臨もうとした1年A組の生徒たちの前に現れた、死柄木弔率いる“敵（ヴィラン）連合”。肌で感じる悪意と「オールマイトを殺す」という言葉に出久は戦慄する。オールマイトが不在の中、相澤は単身ヴィランたちと戦う。しかし、避難しようとした生徒たちはヴィラン・黒霧の“個性”ワープによってUSJ内で散り散りにされてしまう。水難ゾーンに飛ばされた出久、梅雨、峰田にヴィランたちが襲い掛かる！3人は状況を打開すべく、それぞれの“個性”を活かしてヴィラン撃破に挑む！

見事な連携で水難ゾーンのヴィランを撃破した出久、梅雨、峰田は元いた場所に向かう。一方、爆豪や切島、轟たちもそれぞれ飛ばされたゾーンでヴィランたちと戦っていた。そんな中、生徒を守るために単身で戦っていた相澤が、“敵（ヴィラン）連合”の中心と見られる男・死柄木弔の謎の“個性”で負傷、さらに死柄木が連れる“改人”脳無の圧倒的なパワーで窮地に陥ってしまう。13号も倒され、駆け付けた出久たちにも最大の危機が近づいたその時、あの男が現れる！「私が来た！」

USJに駆け付けたオールマイトは、素早い動きで重傷を負い拘束されていた相澤を救出。そのまま脳無との戦闘に突入する。しかし脳無は「ショック吸収」「超回復」という複数の“個性”を持っており、さらに黒霧も加勢してきたことで苦戦。オールマイトの活動限界を唯一知る出久はおもわず飛び出す！すると、そこにヴィランを撃退した爆豪、轟、切島も駆けつけた！危機を脱するも、活動限界が近づくオールマイトはそれでもたちむかっていく。「私は平和の象徴なのだから！」

全発100%以上のラッシュを繰り出し脳無を倒したオールマイト。しかし、活動限界が近づき一歩も動くことができないところに死柄木たちが襲い掛かる。オールマイトの秘密を知る出久は彼を助けるために飛び込んでいく！そこへ駆けつけたのは雄英の教師であるプロヒーローたち！間一髪で出久とオールマイトは危機を免れ、死柄木は逃走。そんな死柄木の背後には、謎の男の影があるのだった…。身を挺し戦った出久たち。彼らの成長はまだまだこれから。最高のヒーローへ、Plus Ultra！

“個性”で人々や社会を守る職業「ヒーロー」を多く輩出する名門・雄英高校の敵＜ヴィラン＞連合襲撃事件から2日後。出久のヒーロー科1年A組の面々は、事件直後にも関わらず意気が上がっていた。日本中から注目されるビッグイベント「雄英高校体育祭」の開催が担任の相澤から告げられたのだ！活躍次第でプロのスカウトの目にも留まるこのイベントに向けて、麗日お茶子は目の色を変えて人一倍やる気満々。それにはひとつの理由があり、出久はお茶子から家族の話を聞かされる。

「君が来たってことを世の中に知らしめてほしい！」オールマイトから雄英体育祭に向け大きな期待を投げかけられ、出久は戸惑う。そんな中、ヒーロー科1-Aの教室に敵情視察のため他クラスから多くの人間が押し寄せてきた。みんなの闘志を目の当たりにし、自分を見つめ直した出久は気合を入れ直す。それぞれが特訓の日々を重ねて、いよいよ体育祭当日がやってきた！第一種目は「障害物競走」。しかしここは雄英高校。ただ障害物競争と呼ぶにはあまりにも過酷なレースがスタート！

「雄英体育祭」が開幕、1年ステージの第1種目「障害物競争」がスタートした。まず生徒たちの前に立ち塞がった巨大な仮想敵＜ヴィラン＞ロボに対し、優勝候補の轟はすさまじい冷気の“個性”を放つなど、その力を見せつける。しかし、爆豪をはじめ、他の生徒たちも負けておらず、それぞれ“個性”を発揮して先行する轟を追う。そして出久は、“個性”を使わず機転を利かせた作戦で勝負！1位をめざしゴールに向かって競り合う爆豪と轟を相手に予想外の猛追を見せる！勝負は最終関門へ！

大逆転で障害物競走1位を獲得した出久。第2種目は、障害物競走の順位によって割り振られたポイントを奪い合う「騎馬戦」。1位で1000万ポイントを与えられた出久は、お茶子、サポート科の発目明、常闇踏陰とチームを組む。2位の轟は「戦闘で左手の炎は使わない」とあくまで右手の氷結だけで戦うことを誓い飯田たちとチームに。開始と同時に、他チームから次々と狙われる出久チームだったが、見事な連携で回避する。一方、爆豪チームは、物間寧人がまとめるヒーロー科1-B組の作戦に翻弄され…。

体育祭1年ステージ第2種目「騎馬戦」終盤戦。轟・飯田・八百万・上鳴チームは、それぞれの“個性”を活かした攻撃で他チームを足止めにし、出久チームに襲い掛かる。出久チームも冷静な洞察力でかわし続けるが、飯田の裏技で形勢が一気に逆転する。そんな中、あくまで「完膚なきまでの1位」を目指す爆豪は、自分を出し抜いた物間に向かって突進！そして、出久も決勝ラウンド進出を目指して、ついに“個性”ワン・フォー・オールを発動させる！果たして、騎馬戦を制するのは…！？

体育祭は1対1のトーナメント戦へ。そんな中、轟は騎馬戦で出久からオールマイトに似た“なにか”を感じ、出久に自らの境遇を語り始める。轟は、No.2ヒーローのエンデヴァーがオールマイトを超えるヒーローにするために個性婚で作った子供だったのだ。母の心を傷つけた父親を否定するため、轟は父親の“個性”である右手の炎を使わずに勝つことを告げる。それを受け、出久も「自分を救けてくれた人のために、ヒーローになるために勝つ」と宣言する。そして出久の1回戦、普通科の心操との戦いが始まるが…。

雄英体育祭本戦の1回戦、出久と普通科・心操人使の戦いがスタート。開始早々、心操の尾白を侮辱する言葉に反論しようとした出久は、心操の“個性”である「洗脳」にかかってしまう。心操から場外負けを指示され、出久の身体は勝手に動き出し、まっすぐ場外へと向かう。しかし、出久の頭の中で何かが反応し、指にワン・フォー・オールを発動させた激痛で正気に戻り、踏みとどまった！心操の“個性”を破った出久は反撃を開始する！一方、1回戦に向かう轟は通路でエンデヴァーに呼び止められ…。

父エンデヴァーへの憎悪を募らせる轟は、1回戦で瀬呂を秒殺。2回戦で出久と対戦することになった。B組の塩崎に対し上鳴は余裕の表情で放電しようとするものの、塩崎の“個性”でこちらも秒殺。飯田は対戦相手の発目明の「対等に戦いたい」というスポーツマンシップに心を打たれ、彼女が作ったサポートアイテムを身に付けて試合に臨むが…。常闇vs八百万、青山vs芦戸、切島vs鉄哲と試合が続く中、爆豪とお茶子の対戦が迫る。爆豪対策を伝えようとする出久をさえぎり、お茶子は言う「決勝で会おうぜ！」

爆豪とお茶子の戦いが始まった。「無重力」の個性で浮かせば勝利に近づくお茶子は、先手必勝とばかりに開始と同時に突進するが、爆豪の「爆破」の前に近づくことすらできない。一方的な展開となり、勝負をつけない爆豪に観客からブーイングが飛ぶ。しかしその爆豪の戦い方は、お茶子の力を認め、警戒してこそのものだった。そんな中、お茶子が試合中に密かに仕掛けていた決死の作戦を繰り出す！「私もデクくんみたいに」勝負をかけて爆豪に突っ込むお茶子だったが…。そして、いよいよ出久と轟の決戦が近づく！

出久VS轟。開始早々、轟は一瞬で勝負を決めようと“個性”で強力な氷結を繰り出すが、出久は自損覚悟で「ワン・フォー・オール」を発動して対抗する。轟の攻撃を“個性”で凌ぐ度に負傷していく出久。「オールマイトのようなヒーローになりたい」その一心でボロボロになりながらも立ち向かってくる出久に、心が揺れ動く轟。むかし母からもらった言葉を思い出し、ついに轟は左手の“個性”を解放する！炎熱を身にまとう。「俺だってヒーローに…！！」お互い100%のぶつかり合いの行方は…！？

封印していた父エンデヴァーの“個性”を使って出久に勝利した轟だったが、まだ心の中には迷いがあった。一方、大怪我を負った出久は、治癒してくれたリカバリーガールに、破滅的な戦い方を戒められる…。一方、準々決勝で爆豪と切島が対戦し、切島の「硬化」を破った爆豪が勝利。そして飯田は、兄のプロヒーロー・インゲニウムへの優勝報告を目指し、轟との準決勝へ。長期戦は不利と見て必殺のレシプロバーストで勝負に出る！同じ頃、インゲニウムが「ヒーロー殺し」と呼ばれる敵（ヴィラン）の凶刃に倒れ…。

爆豪と轟の優勝候補同士による、雄英体育祭1年ステージの決勝戦。試合開始からお互いの“個性”と戦闘センスがぶつかり合う白熱の展開に！しかし、出久との戦い以降、自分がどうするべきかと心の中に迷いが生じた轟は、左の炎を使わず右の氷結だけで攻撃する。そんな轟に対し、本気同士の戦いに勝利する「完膚なきまでの1位」を目指す爆豪は全力で来いと叫び、大技「榴弾砲着弾（ハウザーインパクト）」を繰り出す！そして轟は…！？雄英体育祭の優勝者が、いよいよ決まる！

雄英体育祭が閉幕。テレビ中継されていたことで、出久ら1年A組の生徒たちは一躍有名人に。そんな彼らの次の授業では、生徒が自分のコードネーム、いわゆるヒーロー名を考えることになった。プロとして活躍するヒーローの仕事に同行する「職場体験」をするためだ。生徒それぞれがテンション高くヒーロー名を披露していく中、重傷の兄インゲニウムのことを思う飯田は複雑な表情で…。そして、出久にはあるプロヒーローから職場体験の指名が入る。そのヒーローは、オールマイトの師匠・グラントリノだった。

出久が職場体験のために訪ねたオールマイトの師匠・グラントリノ。一見とぼけた老人だが、一転してすさまじい速さで動くその姿に出久は驚く。いきなりの実戦形式の訓練であっさり抑えられてしまった出久は、グラントリノの言葉をヒントに「ワン・フォー・オール」を自在に使うための特訓に励むが…。一方飯田は、兄の仇である“ヒーロー殺し”ステインを狙い、兄がやられた現場である保須市にやってきていた。そしてそのステインに死柄木弔が接触。死柄木はステインに敵＜ヴィラン＞連合の仲間になれと迫るが…。

個性を全身に張り巡らせる「ワン・フォー・オール フルカウル」をつかんだ出久。まだ不十分ながらも出久の成長を見たグラントリノは、早速出久を敵＜ヴィラン＞退治に連れ出した。そんな中、衝突しながらも手を組むことになった死柄木とステインが保須市に現れる。死柄木が3体の脳無を放ち、街は大パニックに！偶然脳無が襲った電車に乗っていた出久とグラントリノも保須市に向かう。そして、街が混乱する中、信念に従いヒーロー殺しを続けようとするステインに、憎悪に燃える飯田が対峙する！

自分の悪名をとどろかせようと死柄木が放った脳無が暴れ回り、保須市の街は大混乱に。その中でついに兄の仇ステインを見つけた飯田は、憎悪のまま襲い掛かるが難なくかわされ、抑えつけられてしまう。飯田を「ヒーローの贋物」として殺そうとするステイン。そんな絶体絶命のピンチに出久が駆けつけた！出久は「ワン・フォー・オール フルカウル」で立ち向かうが、ステインの「凝血」の個性で追い詰められていく。そこに出久から連絡を受けた轟も現れ、出久と2人でステインに挑む！そんな2人の姿を見た飯田は…！

動けない飯田たちを守るため、身を挺してステインに立ち向かう出久と轟。飯田は2人の姿から自分の心の未熟さを痛感しながらも、力を振り絞って立ち上がる。そして出久のフルカウル、飯田のレシプロバースト、轟の炎熱の連携によりついにステインを倒した！しかし安心したのもつかの間、“空を飛ぶ脳無”が現れ、出久を連れ去ろうとする。それを助けたのは、なんとステイン！「贋物のヒーローと、いたずらに力を振りまく犯罪者も殺す。正しき社会のために。」そんな己の信念を貫くステインの姿だった…。

ステインは倒され、逮捕された。その戦いで飯田は腕に後遺症が残る怪我を負ってしまう。さらに許可なく個性を使って戦った出久、飯田、轟は、警察から処分対象であることを告げられるが…。一方、グラントリノは、弟子であるオールマイトに対し、ステインと敵＜ヴィラン＞連合がつながっていたことを告げ、ステインのカリスマ性により、これまで世間に潜んでいた“悪意”たちが連合に繋がっていくことを危惧する。その言葉に、オールマイトは自らの宿敵である「オール・フォー・ワン」の影を感じるのだった。

出久たちがステインと戦っていたその頃、爆豪やお茶子、八百万たちヒーロー科1-Aの他のメンバーも職業体験で奮闘していた。梅雨ちゃんが海難ヒーロー・セルキーの巡視船での職業訓練に臨む中、密航者が海域に現れたという通報が入る。梅雨ちゃんはセルキーから相棒のシリウスと共に巡視船での待機を命じられ、少し不満顔。しかし、セルキーが乗り込んだ密航者の船は囮で、敵（ヴィラン）のインスマスがもう一隻の船で港に近づいていく！セルキーからの信号を受け、梅雨ちゃんとシリウスはインスマスの船に乗り込む！

職場体験が終わり、出久をはじめ生徒たちが学校に戻ってきた。ヒーロー基礎学の授業で出久は「ワン・フォー・オール フルカウル」を披露してクラスメイトを驚かせる。その放課後、出久はオールマイトから「ワン・フォー・オール」の成り立ちと、それが生まれた根源であり、“個性”を奪い他に与えることができる“個性”を持つ巨悪「オール・フォー・ワン」のことを聞かされる。「オール・フォー・ワン」は、オールマイトらヒーローたちが守る「平和」を壊そうと、自らの後継として死柄木を育てようと、暗躍していた―！

期末テストが迫ってきた！このテストで赤点だと夏の林間合宿には参加できないため、1-Aの生徒たちはそれぞれ猛勉強に励む。そんな中、爆豪は成長を続ける出久に敵対心をムキ出しにする。テストの筆記試験を終え、迎えた演習試験当日。その試験内容は、より実戦に近い教えを重視するため、雄英教師vs2人1組の生徒によるバトルだった！そして出久はなんと爆豪とコンビを組んでオールマイトと対戦することに！早速試験がスタート、切島&砂藤のコンビはセメントスと、梅雨ちゃん&常闇のコンビはエクトプラズムと対決する！

期末テストの演習試験、雄英教師vs生徒のバトルがスタート！梅雨ちゃん&常闇のコンビは、エクトプラズム相手にに苦戦するが、お互いの個性を活かして見事にクリア！続いて轟&八百万は相澤と対戦する。八百万は体育祭から自信をなくし、轟の指示に従うばかり。そこを相澤が奇襲、2人はピンチに！轟は何か言いたげな八百万に、彼女の考える作戦を仕掛けることを提案。轟の言葉で自分を見つめ直した八百万、作戦は成功するのか！？そして飯田&尾白はパワーローダーと、お茶子&青山は13号と合いまみえる！

13号の「ブラックホール」でピンチに陥ったお茶子&青山だが、青山からお茶子へのあるひと言をきっかけに形勢が逆転！上鳴&芦戸は、校長の頭脳の前になすすべなく敗北！続く耳郎&口田はプレゼントマイクの「ヴォイス」で追い詰められるが、ここで口田の個性「生き物ボイス」が炸裂する。障子&葉隠はスナイプとの索敵合戦に勝利。峰田&瀬呂vsミッドナイトは、瀬呂が眠らされ峰田は逃げ惑うのみ。しかし、機転を利かせた作戦と必殺グレープラッシュでクリアする！そしていよいよ出久&爆豪vsオールマイトが始まる…！

出久&爆豪チームvsオールマイトの演習試験がスタート！出久の言葉に爆豪はまったく耳を貸さず、2人はまるで噛み合わない。そこにオールマイトはすさまじい威圧感で襲い掛かる！爆豪は出久を無視してに立ち向かうがまるで歯が立たない。「デクの力を借りるくらいなら負ける方がマシだ」そんな爆豪に出久は言う。「勝つのを諦めないのが君じゃないか！」お互いにさまざまな想いが積もり重なってしまった出久と爆豪。試験をクリアするため、ヒーローに一歩でも近づくため、2人はついに協力し合い、オールマイトに立ち向かう！

期末試験が終わり、夏の林間合宿が近づいてきた。出久たちは合宿に向けてショッピングモールに買い物に出かける。その中で出久に迫る一人の影…死柄木弔。出久の首に手をかけ、死柄木は言葉を投げる。「俺とヒーロー殺し、何が違うんだ？」出久は答える。「僕もヒーロー殺しも始まりはオールマイトだった」。それを聞いた死柄木に≪信念≫が宿る。「オールマイトを殺し、オールマイトのいない世界を創り、正義が脆弱であることを暴いてやる」。出久と死柄木…「全部、オールマイトだ」。ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いは、これから―！！

雄英高校は夏休みに突入！家で自主トレーニングに励んでいた出久は、峰田と上鳴に、学校のプールで林間合宿に向けた体力強化訓練をしようと誘われる。その訓練は、2人が女子たちの水着を見るために仕組まれたものだった―！しかし、そうとも知らない出久が他のＡ組メンバーに声をかけ、峰田と上鳴の悪巧みはあっさり崩れ去る。訓練に励む中、出久たちは、怒涛のように過ぎ去った１学期を思い返すのだった。その頃、敵＜ヴィラン＞連合のアジトでは、死柄木が次の「ゲーム」を始めようとしていた―。

出久たち雄英高校ヒーロー科は、パワーアップのため林間合宿へ出発。しかしその道中、出久たちは途中でバスを降ろされる。待っていたのはヒーローチーム「プッシーキャッツ」だった。そこから宿泊施設まで“魔獣の森”を通って自力で辿り着くよう指示された出久たちに、次々と魔獣たちが襲い掛かる！それぞれが成長ぶりを見せながら進んでいく1-Aメンバーたち。なんとか宿泊施設にたどり着くと、そこにはヒーローを敵視する少年・洸汰の姿があった。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は林間合宿に狙いを定め…。

ついに始まった“個性”強化訓練。それは、生徒それぞれが自分の“個性”の「限界突破」を目指すというシンプルなものであった。1年B組のメンバーも合流し、合宿は激しさを増していく。そんな中、出久は洸汰にとっての“ひみつきち”で、“個性”社会に対する彼の思いを知るのだった。自分と異なる考え方に直面し悩む出久。しかし、答えを出す暇も無く合宿は進行し、レクリエーションの肝試しが始まった。ペアに分かれ、各々が楽しむ最中、突如有毒のガスが森中に広がる。敵＜ヴィラン＞連合・開闢行動隊が出久たちを襲う―！

雄英の林間合宿地に現れた敵＜ヴィラン＞連合・開闢行動隊。そのひとり“血狂い”マスキュラーの魔の手が洸汰に迫る。マスキュラーは、洸汰の両親を殺害した犯人だった。そんな危機一髪の状況に現れたのは、出久！洸汰を守るため、“個性”「ワン・フォー・オール」で立ち向かう。しかし強力な「筋肉増強」の“個性”を持つマスキュラーに追い詰められていく。自損覚悟の100％SMASHですらたいしてダメージを与えられない。本気で襲い掛かるマスキュラーに対し、出久は洸汰を守るために、己の限界を超えていく！！

マスキュラーを倒した出久は、相澤のもとに洸汰を連れて行き、状況を報告。そして重傷を負いながらもマンダレイのもとに急ぐ。相澤から下された「戦闘許可」と、敵の狙いのひとつが爆豪であることをヒーロー科全員に伝えるためだ。その爆豪は轟と共に敵＜ヴィラン＞・ムーンフィッシュと対峙。そして有毒ガスが充満するエリアでは、鉄哲と拳藤がガスの源である敵＜ヴィラン＞・マスタードを発見する。しかし、強力な“個性”と拳銃を持つマスタードに苦戦を強いられる。それでも、勇気を振り絞り、拳藤の“個性”と、鉄哲の拳がうなる！

出久は、暴走したダークシャドウに取り込まれる常闇に遭遇する。常闇を救けるか、爆豪のところに急ぐか…。「2人とも救けたい」と、出久は居合わせた障子と共に、常闇をムーンフィッシュと戦う爆豪と轟のところまで誘導し、ムーンフィッシュを撃退。常闇も自我を取り戻した。一方、お茶子と梅雨ちゃんもトガを何とか退け、出久たちと合流。しかし、一瞬の隙を突かれ、爆豪と常闇を敵＜ヴィラン＞のMr.コンプレスに捕われてしまった！。目標を達成し、退却を始める敵＜ヴィラン＞連合。爆豪と常闇を救け出すため、出久や轟たちは懸命にその後を追う！！

爆豪と常闇が敵＜ヴィラン＞連合に捕まった！お茶子と梅雨ちゃんの“個性”でなんとか追いついた出久たちは常闇を取り戻すも、爆豪はそのまま連れ去られてしまう。林間合宿は最悪の結果で幕を閉じ、雄英はバッシングに晒され、オールマイトは自身のふがいなさを責める。しかし、警察の捜査により敵＜ヴィラン＞連合に関する有力な情報が入る。一方、入院した出久は、お見舞いに来たＡ組メンバーから、八百万が“個性”で作った発信機によって敵＜ヴィラン＞連合のアジトの位置が把握できることを聞かされる。そして切島から爆豪救出に誘われ―！

出久は轟と切島から爆豪救出に誘われるが、その行為は許されるものではなかった。悩んだ結果、救出に向かうことに決めた出久は病院を抜け出すも、飯田が止めに現れる。飯田は3人に、かつて兄の仇討ちのため暴走した自分を重ね、厳しい言葉を投げかける。しかし出久たちの決意は固く、かつ戦闘なしの隠密行動という。結果、飯田と八百万も監視役として同行することになり、発信機が示す神野区に向かう。一方、敵＜ヴィラン＞連合アジトでは、拘束された爆豪が死柄木に仲間になるよう言葉を投げ掛けられていた。爆豪の答えは―！？

死柄木の誘いに対し、爆豪は「オールマイトの勝つ姿に憧れた」と言い放ち拒否する。同時に雄英の責任を問う記者会見が行われていたが、それは敵＜ヴィラン＞を欺く罠だった！アジトにオールマイトをはじめとするプロヒーローたちが集い、攻勢を仕掛ける。さらにプロヒーローの別動隊が、出久たちが突き止めた脳無工場を制圧した。追い詰められる敵＜ヴィラン＞連合。オールマイトの問いかけに対し、死柄木は叫ぶ。「お前が嫌いだ!!」その時、アジトに大量の脳無が出現。そして出久たちの前に“巨悪”オール・フォー・ワンが姿を現す―。

オール・フォー・ワンによりヒーローチームVS敵＜ヴィラン＞連合の形勢は逆転。脳無工場のプロヒーローは全滅、確保した敵＜ヴィラン＞連合と爆豪もオール・フォー・ワンの“個性”で転送されてしまう。その先は出久たちが居合わせた脳無工場だった。爆豪を救けに動こうとする出久を飯田は決死に止める。なすすべなく思えたその時、現れたのはオールマイト！遂に始まるオールマイトVSオール・フォー・ワン。その傍では死柄木たち敵＜ヴィラン＞連合が爆豪に襲い掛かる。そんな中、出久は戦闘を避けつつ、爆豪を救出するための作戦を思いつく！

出久たちが爆豪を救出した！オールマイトはオール・フォー・ワンに渾身の一撃を叩き込むが、無情にも活動限界が訪れ、隠してきた痩せこけた真の姿がテレビに映し出されてしまう。それでも闘志を燃やすオールマイトに対し、オール・フォー・ワンは残酷な事実を告げる。「死柄木弔は、志村菜奈の孫だよ」。志村菜奈は「ワン・フォー・オール」の先代継承者であり、オールマイトの師匠だった。絶望するオールマイト。しかし、平和の象徴として皆を守るため、彼は再び奮い立つ！オールマイトVSオール・フォー・ワン、決着―!!

オールマイトの手によってオール・フォー・ワンは倒され逮捕されたが、オールマイトも力を使い果たし、世界は「平和の象徴」を失った。オールマイトから、その事実と自分を育てることに力を注ぐことを告げられた出久は号泣した。そんな中、敵＜ヴィラン＞の脅威から生徒を守るため、雄英高校の全寮制への移行が決定。オールマイトと相澤は説明のため生徒たちの家を回る。しかし、出久の母は、息子の無事を願う気持ちから雄英に預けることを拒否する。それでも出久はヒーローになる固い決意を見せる。そしてオールマイトは―。

全寮制の初日。入寮を前に、相澤は独断で爆豪を救出に行った出久、轟、切島、飯田、八百万の5人、そしてそれを知りながら止めなかった生徒たちを咎める。相澤の言葉が胸に突き刺さる出久たち。爆豪は皆のそんな気持ちを振り払うように振る舞うのだった。そしてそれぞれが自室を作る中、全員が部屋を披露してセンスを競う「部屋王決定戦」が開催！果たしてA組メンバーはどんな部屋を披露するのか！？しかし、なぜか梅雨ちゃんは参加せず…。そして翌日、プロヒーロー仮免取得に向けた「必殺技」を編み出す授業が始まる！

「仮免試験編」スタート！A組の生徒たちは、残りの夏休みを使って“個性”を伸ばしつつ必殺技を編み出す、圧縮訓練を行うことになる。しかし、腕に爆弾を抱えている出久には無理ができない。悩む出久に対し、オールマイトは言葉を投げかける「君はまだ私に倣おうとしているぞ」。答えが出ないまま向かった開発工房で、出久、お茶子、飯田の3人はサポート科の発目明に再び出会う。相変わらず自由な発目に振り回される3人。しかし、そんな発目の一言や、オールマイトの言葉から、出久はヒントを得て―！

新コスチュームで、脚をメインに使う戦闘方法「シュートスタイル」に辿り着いた出久。他のA組生徒たちも次々と必殺技を完成させていく。そしていよいよ仮免試験当日がやってくる。その会場には、雄英の推薦入学を断ったという夜嵐イナサの士傑高校や、真堂揺をはじめとする傑物学園など、多くの受験者の姿が。そんな彼らと競い合うことになる仮免試験の一次選考は、1540人中100人が勝ち抜けという過酷なものであった！しかも、毎年、試験開始直後に展開される“雄英潰し”のため、受験者たちが出久たちに牙を剥く！

仮免試験の第一次選考は、それぞれに付けられたターゲットにボールを当てることで脱落させるサバイバル！襲い掛かる受験生たちの攻撃を、編み出した必殺技で乗り越えていく出久たち。一方、士傑高校の夜嵐は強力な“個性”で受験者を圧倒し早くも合格を果たす。そして、傑物学園の真堂の“個性”で仲間と分断された出久に、士傑高校のケミィが襲い掛かる！ケミィの妖しげな雰囲気に出久は困惑する。そこにお茶子が駆け付け、他の受験者の攻撃も避けながら出久は反撃の機会をうかがう。しかし、そのお茶子はケミィが変身した姿だった！

仮免試験一次選考、轟は誠刃高校の生徒たちの襲撃を受ける。相手の“轟対策”をかいくぐり、ステージの形状を利用した攻撃で一次選考を突破した。梅雨ちゃん、八百万、耳郎、障子は、聖愛学院の印照才子の作戦に追い詰められる。しかし、八百万は相手の狙いが自分の“個性”「創造」を使いきらせることにあることに気付き、防御ではなく攻撃のために“個性”を駆使して、4人は危機を脱した。そして、爆豪・切島・上鳴は、士傑高校の肉倉精児と対峙。一方、多くの受験者に囲まれた出久・お茶子・瀬呂は、状況を打開するべく動き出す！

士傑高校・肉倉精児の“個性”で切島が肉塊に変えられ、爆豪も反撃する中で隙をつかれ、肉塊にされてしまう。残された上鳴だったが、爆豪と切島をけなす肉倉に対し新コスチュームでの必殺技を繰り出す！肉倉の“個性”がダメージで解除され、爆豪と切島が復活。3人は一次選考を突破した。一方、出久は機転を利かせお茶子と瀬呂と共にクリア！合格枠も残りわずか、A組はまだ9人が突破しておらず、しかも散り散りになっていた。そんな中、青山は自ら犠牲になろうとレーザーを放ち、飯田を救おうとする。そこにA組のメンバーが集結した！

仮免試験の二次選考は救助演習！「敵＜ヴィラン＞によるテロが発生」という神野区での事件を模したような設定に、出久たちは奮い立つ。開始後、さっそく要救助者役の「HUC」のメンバーを救出するも、その手順などに激しいダメ出しを受ける出久。それでも、チームワークや偶然もあり、救出を進めるＡ組の生徒たちであったが、突如、壁が爆発！「テロ」を起こした敵＜ヴィラン＞役として、No.10ヒーロー・ギャングオルカとその部下達が会場に乱入するのであった。ギャングオルカは言う「どう動く!?ヒーロー！」

今回は劇場版につながる特別編！夏休み、少人数に分かれ行われる特別演習に参加することになった出久たち。内容は、オールマイト：敵＜ヴィラン＞役、他の教師陣：人質役という配役での、対敵＜ヴィラン＞を想定した捕縛訓練であった！訓練が開始され、慎重に敵（オールマイト）と接触する出久たちだったが、結局一点突破の爆豪と共に突入してしまう。しかし、現場に居たのは、血だらけで倒れた敵＜ヴィラン＞と、縛られた人質たち、という意外なものであった！飯田は言う「人質たちの中に…敵＜ヴィラン＞を殺した犯人がいる！」出久は推理を進める内に、悲しい真実に思い至り―！

救助演習に敵＜ヴィラン＞役としてNo.10ヒーロー・ギャングオルカが乱入！出久たち受験者は敵＜ヴィラン＞の制圧か、救助を続けるか、各々の役割を正しく判断して動かねばならない。圧倒的な力を持つギャングオルカに対し、立ち向かったのは轟と夜嵐だった！しかし、息が合わず足を引っ張り合う2人。かつて夜嵐は轟と轟の父エンデヴァーと出会った際、その態度に嫌悪感を覚えていたのだ。その場で口論まで始める2人だったが、出久の言葉でようやく自らの過ちに気付く。絶体絶命のピンチの中、“個性”を合わせ、ギャングオルカにある策を仕掛ける！

仮免試験の全行程が終了！雄英ヒーロー科1-Aは爆豪、轟を除く18名が合格。士傑は夜嵐が不合格という結果に終わった。しかし3人は特別講習に向けて意気込む。そして、人知れずケミィに変身していたトガが闇に消え、仮免試験は幕を閉じた。一方、オールマイトは収監施設・タルタロスで、オール・フォー・ワンと対峙していた。全身を拘束されながらも、社会の混乱を言い当てる巨悪に対し、オールマイトは己の決意を言い放つ。そしてその晩、出久は爆豪に呼び出され、あることを問われる。「オールマイトから貰ったんだろ。その“個性”」

「戦えや。ここで今」かつて爆豪を破ったグラウンド・βで、出久は再び爆豪と対峙する。本気で攻めてくる爆豪に対し、出久はとまどいを隠せない。しかし出久は、爆豪が、自分が攫われた事が原因でオールマイトが力を失ってしまったという責任に苦しんでいることに気が付き、全力で受けて立つことを決意する。以前より強さに磨きがかかった爆豪に対し、フルカウル・シュートスタイルで戦う出久。加速する戦いの中で、初めて互いに本音を明かし合いながら、感情が昂ぶった出久は、全体常時身体許容上限8％のワン・フォー・オール フルカウルを発動する！

街角のモーテルで、煙草をふかす男が一人…敵＜ヴィラン＞連合の一員・トゥワイスが街へ繰り出すと、そこには、“平和の象徴”不在で荒れる社会があった。徒党を組み好き放題暴れる犯罪者たち。そんな中、トゥワイスは、謎の男・オーバーホールと出会う。一方雄英高校は後期課程がスタート！始業式でカリキュラムの一つ「ヒーローインターン」を知るＡ組だったが、出久と爆豪は謹慎中。翌日、寮で清掃中の出久は不思議な男と出会う。見たことがある顔であったものの思い出せない出久。やがて謹慎が解け、授業に戻った出久の前に現れたのは―！？

雄英のトップに君臨する三年生、通称・ビッグ３が来た！3人のあまりに個性的なキャラクターに戸惑うＡ組の生徒たち。すると、ビッグ3のひとり通形ミリオが「言葉より実戦」と出久たちとまとめて戦うことに！相澤をもってして「最もNo.1に近い男」と言わしめるほどの実力でＡ組を一網打尽にするミリオは、その力はインターンで培ったと出久たちに語る。出久はインターン先を相談したグラントリノからオールマイトの元相棒を紹介される。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は指定敵＜ヴィラン＞団体の若頭・オーバーホールと接触。ヒーローＶＳ新たな敵＜ヴィラン＞の戦いが、迫る―！

プロヒーローの仮免を取得し、次なるステージに向けて今日も授業に励む雄英高校ヒーロー科1年A組。そんなデクたちが住む寮に、取材で特田種男という新聞記者がやってきた。1-A生徒の寮生活を取材する、というのは表向きな理由で、実は特田は、オールマイトがオール・フォー・ワンを倒した直後の「次は、君だ」という言葉に着目し、彼の後継者が雄英高校にいるのでは？という疑念から特ダネを狙って来たのだった。生徒たちに次々とカメラを向ける特田は、オールマイトと話すデクの姿から、デクが後継者なのでは…と考え―！？

プロヒーローの事務所で活動する「ヒーローインターン」の受け入れ先を探すデクは、オールマイトに彼のかつての相棒（サイドキック）サー・ナイトアイへの紹介を頼む。ナイトアイと袂を分かっていたオールマイトは、ナイトアイの下でインターン活動をしている3年生の通形ミリオを介することを提案する。一方、勢力拡大を目論む死柄木弔率いる敵連合のアジトには、死穢八斎會のオーバーホールが現れていた。「計画がある」と死柄木たちに傘下に入るよう話すオーバーホールに対し、死柄木たちは敵意をむき出しにし激突する。

ミリオの紹介でサー・ナイトアイの事務所を訪れたデク。インターンとして働くために熱意を見せるものの、ナイトアイはデクを雇うメリットがない、と書類に印鑑を押そうとしない。ナイトアイは「自分から印鑑を3分以内に奪えばインターンとして雇う」という試験をデクに与えるが、ナイトアイの“個性”の前にデクの動きはすべて見切られてしまう。「オールマイトはワン・フォー・オールをミリオに譲るべきだった」と言い放つナイトアイ。デクは、自分を選んでくれたオールマイトに応えるべく、意を決してナイトアイに挑む！

ナイトアイの下でインターンとして働くことになったデクは、ミリオとのパトロール中に、怯える少女・壊理と出会う。そこに声をかけてきたのは、ナイトアイがマークしていたオーバーホール！デクとミリオはどう動くのか…？

デクと同じく、お茶子と梅雨ちゃんは雄英ビッグ3の波動ねじれの紹介でリューキュウの事務所で、切島は天喰環の紹介でファットガムの事務所で、それぞれインターン活動を始めていた。そんな中、チンピラのいざこざに遭遇する切島たち。ファットガムと天喰が見事な動きでチンピラを捕獲するが、天喰が撃たれ、無事ではあるものの“個性”が使えなくなってしまう！切島は銃撃犯を追うが、銃撃犯は“個性”をブーストさせる薬物でパワーアップする。大ピンチに陥った切島は、街の人々を守るため、“個性”強化訓練で編み出した新必殺技を繰り出す！

大阪での事件から数日後。デク、切島、お茶子、梅雨ちゃんのインターン組、ビッグ3、相澤やグラントリノらプロヒーローはナイトアイに呼び出され、そこで会議が行われる。天喰が撃たれた銃弾には“個性”そのものを壊す薬物が仕込まれており、薬には人間の血や細胞が含まれていた。薬の出どころは死穢八斎會。若頭のオーバーホールが、対象の分解・修復が可能である自身の“個性”と壊理の体を使って薬を作り出していたのだ！壊理を保護できなかったことを悔やみ責任を痛感するデクとミリオ。彼らは今度こそ壊理を救い出すことを決意する！

壊理を救出するため、プロヒーローと警察が捜査を進める一方、デクたちインターン組は何もできず待つことしかできなかった。ギリギリの精神状態の中、飯田や轟からの友達としての言葉に涙をこらえるデク。そんな中、ナイトアイが死穢八斎會の人間と接触、ついに壊理が八斎會の本拠地にいることを突き止めた。デクたちやビッグ3を含むヒーローチームが結成され、壊理救出作戦が始まる！しかし、そんなヒーローたちの動きをオーバーホールは見抜いており、ヒーローたちに対する刺客として、鉄砲玉 八斎衆を差し向ける。

死穢八斎會の本拠地に突入したデクたちだったが、八斎衆の入中が“個性”によってコンクリート壁を変化させ、行く手を阻む。一刻を争うため、あらゆるものをすり抜ける“個性”でミリオが先行。デクたちは後を追うが、八斎衆から窃野・多部・宝生の3人が立ちはだかる。戦うのは、“サンイーター”のヒーロー名を持つ天喰。「再現」の“個性”で優位に立つが、窃野・多部・宝生の連携で一転して窮地に。天喰は親友・ミリオとの過去を思い出し、ミリオから掛けられた言葉を胸に戦う。「俺は、太陽すら喰らう者（サンイーター）だ」！

死穢八斎會本拠地内を走るデクたち。入中が壁を変化させて“個性”を消せる相澤を狙うが、ファットガムと切島が身代わりとなって、別の部屋に落ちていった。そこで待っていたのは戦闘狂の乱波とバリアの“個性”を持つ天蓋だった。迎え撃つ切島だが、乱波のすさまじいパワーで安無嶺過武瑠（アンブレイカブル）を破られてしまう。「俺はまた何もできねえのかよ…」今の自分と中学時代の出来事を重ねてしまう切島。果たして切島は再び立ち上がれるのか…！？そして、動けない切島を守るために乱波の打撃を受け続けるファットガムだが、彼の秘策とは…！？

デクやナイトアイ、相澤たちは、本拠地内の壁を変化させる入中の“個性”に苦戦し、なかなか前に進めない。そこに、なんと敵連合のトガヒミコとトゥワイスが現れ、ヒーローたちに襲い掛かってきた！連合と死穢八斎會が手を組んでいたことに驚きを隠せないデクたち。しかし、連合の仲間であるマグネを殺し、さらに高圧的な態度を取る八斎會を、トガたちは疎んでいた。そんな八斎會と手を組むことを決めたのは、死柄木。トガとトゥワイスは死柄木の真意を図りかねながらも、死柄木の言葉を受け、ある企みを実行に移す…。

壊理を連れたオーバーホールに追いついたミリオ！しかし、オーバーホールに連れ従う酒木と音本が立ちはだかりピンチに。それでも、自らの弱さを認めながら歩んできたミリオは酒木と音本を撃破し、ついに壊理をその腕に抱き寄せる。壊理を取り戻すため、すさまじい攻撃を繰り出すオーバーホールだが、それでもミリオはその実力でオーバーホールを追い詰めていく。そんなミリオを、“個性”を壊す薬物が仕込まれた銃を手に狙う音本。「透過」の“個性”を持つミリオに銃弾を撃ち込むには…？音本は狙いを別に定め…！

銃弾を撃ち込まれたミリオは、“個性”を失った。それでもミリオは、壊理を守るためにオーバーホールたちとたったひとりで戦う。そこに、間一髪のところで、デクやナイトアイたちが駆け付けた！形勢逆転かと思われたが、オーバーホールは壊理を渡すまいと、部下の音本を分解し自らと融合させて、4本の腕を持つ恐ろしい姿に変貌する。懸命に立ち向かうナイトアイだが、“個性”を発動しても対処しきれず、さらに絶望的な未来を「予知」してしまう。そして、「おまえのせいで人が死んでいく」そうオーバーホールに言われ、壊理がとった行動とは…？

「君を救ける!!」デクが壊理に叫んだその時、八斎會を裏切った敵連合の誘導により、巨大なドラゴンの姿となったリューキュウが天井をぶち抜き現れた。その穴から壊理を連れ逃げようとするオーバーホールだったが、ミリオやデクの思いを受けた壊理の“個性”が突如発動、音本と融合した姿から元の姿に戻され、壊理を手放してしまう。しっかりと壊理を抱きとめたデクは、誰にも心配させることのないくらい、必ず勝って必ず助けるヒーローになるという信念の下、再び巨大な姿へと変貌したオーバーホールを前に、壊理を背負い立ち向かう！

ワン・フォー・オールを100%で解放、それにより負う怪我を壊理の“個性”で巻き戻す。命の危険と隣り合わせな方法だが、「壊理を救ける」という一心でオーバーホールに立ち向かったデクは、戦いに勝利し壊理の救出に成功した。ナイトアイが見た未来を、デクは“捻じ曲げた”のだった。オーバーホールは逮捕、警察車両で移送されるが、その道中に死柄木たち敵連合が姿を現す―！そして、オーバーホールとの戦いで瀕死の重傷を負い、病院に緊急搬送されるナイトアイ。彼がミリオに見る未来とは…？

オーバーホールの手からエリちゃんを救出したデクたちだったが、サー・ナイトアイの死という大きな犠牲を払っての結果だった。師であるナイトアイと“個性”を一度に失ったミリオを見舞ったデクは、それでも前向きなミリオの言葉に逆に勇気をもらうことに。お茶子、切島、梅雨ちゃんらも同じく、今回の事件を受けて決意を新たにし、4人は雄英寮へと帰ってきた。そんな中、爆豪と轟は、以前落ちたプロヒーロー仮免試験への再挑戦のための補講へと向かう。そこには、仮免試験で顔を合わせた夜嵐イナサら士傑高校のメンバー、そしてエンデヴァーの姿があった。

プロヒーロー仮免再試験の補講に臨む爆豪、轟、夜嵐、ケミィに課されたのは、「問題児だらけの小学生たちと心を通わせる」という課題だった！そして会場ではオールマイトとエンデヴァーが顔を合わせ…。

問題児だらけの子供たちの攻撃に対し、爆豪や轟たちが繰り出した秘策とは！？果たして子どもたちと心を通わせることができるのか！？そして一方、青山優雅がデクに理解不能な行動で迫り…！？

雄英高校の文化祭に向けてヒーロー科1年A組はクラスの出し物を考えるが意見はまったくまとまらず…。そしてミリオと共にエリのお見舞いに行ったデクはある提案をする。そんな中、謎の2人の影が…。

文化祭ステージの準備を進める1年A組はバンドメンバーを決めることに。注目のボーカルは果たして…!_? そして動画サイトに犯罪行為をアップする2人組、ジェントルとラブラバは次なるターゲットを定める。

文化祭に向けた準備が進む中、エリが雄英高校にやってきた。文化祭に向けてがんばる生徒たちを見たエリは…。そんな中、デクはサポート科の発目と再会し、ある頼みごとをする。

いよいよ文化祭当日がやってきた！早朝にステージの小道具を買いに出かけたデクだったが、そこで雄英文化祭の襲撃直前のジェントルとラブラバと遭遇！デクは2人を止めるべく立ち向かう―！

文化祭当日、雄英襲撃を目論むジェントル・クリミナルとラブラバを止めようとするデク。敵＜ヴィラン＞として名を轟かせたいジェントルと、ヒーローを志すデクの戦い、果たして勝つのはどっちだ！？

デクはジェントルを倒し、急いで文化祭ステージの会場に向かう。ヒーロー科1年A組を緊張が包む。そして、いよいよ文化祭ステージがスタート！果たしてデクたちは雄英生徒全員を、エリを笑顔にできるのか！？

現役プロヒーローのランキング「ヒーロー・ビルボードチャートJP」最新版が発表！果たしてどのヒーローがランクインするのか？そんな中、敵＜ヴィラン＞連合が新たな動きを見せ始め―！？

新型の脳無・ハイエンドが急襲し、エンデヴァーとホークスが立ち向かう。しかしハイエンドの実力は恐るべきものだった…！果たしてエンデヴァーとホークスは勝利を掴み、人々を救けることができるのか!?

ある日の朝、A組のホームルームが始まろうとしたその瞬間、雄英高敷地内に敵ヴィランが侵入したとの警報が鳴り響く！A組全員が緊急出動、果たして立ちはだかる敵ヴィランとは！？

脳無\"ハイエンド\"をなんとか倒したエンデヴァーとホークスだったが、そこに新たに荼毘が現れる。一方、デクは夢の中で、あの“巨悪”らしき男と、もうひとりの男の姿を目の当たりにする。

デクが不思議な夢を見た翌日の午後、１年A組の生徒は運動場γへ。そこで１年B組との合同戦闘訓練「対抗戦」が始まる！そしてそこには、普通科C組の心操人使の姿も…！"

A組vsB組の対抗戦がスタート！梅雨ちゃんや切島ら４人と同じチームとなった心操は、B組チームに対し新技「ペルソナコード」で応戦する。しかし個性派揃いのB組も反撃に出る！

A組vsB組の対抗戦第２セット、職場体験を共に過ごした八百万と拳藤、そして同じ「闇」を駆使する“個性”を持つ同士の常闇と黒色。ライバル同士の負けられない戦いが始まる！

お互いの"個性"で第2試合は一進一退。そんな中、八百万と拳藤のライバル対決が!

対抗戦第3試合。轟の広範囲の氷結で先手を狙うA組、それに対してB組は正面突破の鉄哲、そして推薦入学の実力者・骨抜の“個性”で応戦。そこからそれぞれ1対1の怒涛の展開へ！

骨抜の“個性”を打開すべく、飯田は新技「レシプロターボ」を発動！一方、轟は鉄哲の正面突破を受け、氷結・炎熱共に鋼質化で防ぐ鉄哲に苦戦する。果たして轟の秘策とは…！？

第4試合、爆豪率いるA組チームと、推薦入学者の取蔭を中心とするB組チームの対戦。爆豪が先行するA組に対し、取蔭による戦略で迎え撃つB組は、爆豪の独断先行を利用しようと…。

対抗戦の最終戦、デクたちA組チームと物間たちに心操を加えたB組チームの戦い。チームを引っ張るデクは先行して物間と対峙するが、物間の言葉を受けたその瞬間、異変が…！

「黒鞭」が発現したデクは我に返り、試合は大乱戦へ！それぞれの“個性”の連携で拮抗した戦いが繰り広げられる中、いよいよデクと心操の直接対決が迫る。対抗戦、決着！

A組とB組の対抗戦が終わった。果たして、心操のヒーロー科編入はあるのか…？そしてデクに発現した“個性”「黒鞭」とは…？数日後、爆豪と轟がプロヒーロー仮免補講最終日に臨む！

A組生徒たちは特別講師を招いてのメディア講習に臨む。そして敵（ヴィラン）の影を受け、プロヒーローインターン活動再開の動きが。そしてA組はクリスマスパーティーでメリる！

年が明け、デク、爆豪、轟の3人はエンデヴァー事務所でのインターンへ。エンデヴァーと合流した早々に、敵ヴィラン事件が発生！駆け出したエンデヴァーを、3人は必死に追う―！

謎の敵(ヴィラン)組織にスパイとして入り込んだホークス。その組織にはなんと以外な人間の姿が…！そしてホークスからのメッセージを読み解いたエンデヴァーはデク・爆豪・轟を鍛え始める!

デクたちと同じく、お茶子と梅雨ちゃんもねじれと共にリューキュウ事務所にインターンへ！そこへ、以前梅雨ちゃんが職場体験でお世話になった海難ヒーロー・セルキーからチームアップの要請が…！

エンデヴァーの下でインターン活動中のデク、爆豪、轟は、必死にその背中を追いかけ、経験を積み上げていく。そんな中、パトロール後に3人がエンデヴァーに連れられたのは、なんと轟家だった！

轟家から帰る道中、“エンディング”を名乗る敵(ヴィラン)が急襲！そしてその傍らには、捕らえられた轟の兄・夏雄の姿が。エンデヴァー、そしてデク・爆豪・轟の3人は夏雄を救い出せるのか!?

デクたちの新年最初の授業、しかしそこに担任の相澤の姿がなかった。塚内警部の連絡を受け、敵(ヴィラン)収容施設・タルタロスに向かった相澤とプレゼント・マイクは、衝撃的な再会を果たす。

死柄木たち敵(ヴィラン)連合の前に突如現れた巨人・ギガントマキアとドクター。オール・フォー・ワンの忠実なしもべの2人は、死柄木がその後継にふさわしいかどうか試練を与える！

義爛を人質にとったリ・デストロ率いる「異能解放軍」の宣戦布告を受ける死柄木たち敵ヴィラン連合。激しい戦闘が始まり、解放軍幹部・キュリオスからの攻撃と“取材”を受けたトガは!?

キュリオスとの戦いで重傷を負ったトガを見つけたトゥワイスだったが、解放軍幹部・スケプティックの襲撃を受ける！トラウマをむき出しにされたトゥワイスの“個性”がいま爆発する―！

ついに死柄木とリ・デストロの直接対決！自身の“異能”を発揮して死柄木に容赦ない攻撃を加えるリ・デストロ。その中で、死柄木に忘れていたはずの記憶がよみがえっていく！

リ・デストロとの戦いの中で、自分と家族に起きたこと、オール・フォー・ワンとの出会い、忘れていた過去をすべて思い出した死柄木。これまでにはない凄みをまとい、死柄木が覚醒する―！

雄英1年生として3学期を迎えたデクは、更なる成長を続ける。超常解放戦線の頂点に立った死柄木は、更なる破壊の力を求める。ヒーローと敵ヴィランの戦いは、新たなステージへ。