때는 학생 운동이 불거지던 1968년. 주인공은 대학 의학부에 재직하고 있는 반백이 된 머리에 몸 여기저기 상처로 가득한 한 청년, ‘하자마 쿠로오’이다. 의사 면허를 얻기 위해 기술과 지식을 공부하는 그는 훗날, 천재적 재능으로 기적을 행하며 사람들로부터 ‘블랙잭’이라 불린다. 어린 시절 폭파 사고로 목숨을 잃을 뻔한 쿠로오를 살린 것은 외과 의사 혼마 죠카로였다. 쿠로오는 그를 동경해 의사를 꿈꾸었으나, 어떤 사건을 계기로 거액의 돈을 받고 일하는 무면허 어둠의 의사 ‘블랙잭’이 된다. 영 블랙잭은 ‘블랙 잭’의 과거 이야기를 그리고 있다. 블랙잭의 의대생 시절과 그 시대에 있었던 사건을 보여준다. 「그 남자가 메스를 휘두를 때 사람들은 기적을 목격한다... 신인가, 악마인가?! 천재 외과의 블랙잭이 오늘도 기적을 일으킨다!」