羽鸟智世受邀前往魔术师学院生活，艾利亚斯也陪同前往成为临时教师。不过阿道夫一开始带他们参观学院的医疗室，他们两人就被迫分开行动，智世要独自去面对陌生的环境…

羽鸟智世在雅丽丝的带路下来到教室，魔法课程的老师是变身的艾利亚斯，虽然智世示范魔法的过程显得十分得心应手，但后续的发展却给其他学生上了一堂震撼的课…

智世刚到学院里就认识了很多同学和老师，陌生又热闹的学院环境让她感到疲惫和不安，直到回到和艾利亚斯的家园之后才放松下来，不料却在采收完南瓜和来访的史帖拉回家途中，又突然置身未知的地方…

智世和艾利亚斯在结束学院一天的课程之后回家度过平凡的家庭生活，智世却瞬间被召唤到艾利亚斯的老师喇合小姐住处，让智世更加了解艾利亚斯的过去，第二天他们再经由快速却危险的“密道”前往学院…

回到学院房间的智世意外地感受到露西的善意，又在无意间听茉莉提起露西家族韦伯斯特的悲剧，接着又遇到佐伊．埃比对她的无视和愤怒，这一连串的事让智世在学院的生活充满未知的挑战…

在智世寻问艾利亚斯为何想要自己当他的新娘时，雅丽丝也对师父雅丽丝把自己当成女儿的关系感到不满，雅丽丝跟智世道出自己的烦恼，智世同时也整理出自己和艾利亚斯的关系…

智世第一次上学院的体育课程，透过课程让她知道体能训练的重要性，不过接下来是更大的挑战“野外求生术课程”，他们被安排前往苏格兰露营，学习如何在不用魔术的情况下在大自然中生活…

智世和学院的同学们来到外地开始露营的实习课，担心智世的艾利亚斯也变出分身如影随行，白天智世看见了许多善良的邻居，不料夜晚就出现了来者不善的不速之客，智世的室友露西因此魔力枯竭……

由于露西·韦伯斯特在露营实习课中昏倒后就昏迷不醒，学院通知她的哥哥前来。就在此时图书馆发现有一本禁书腐朽，怀疑有人把禁书掉包成伪书，而这一切似乎和韦伯斯特家的悲剧有关……

由于露西昏迷不醒学院通知她的哥哥赛斯前来，智世才得知他们的关系，随后露西也终于苏醒。但是当年袭击他们韦伯斯特家族的凶手又出现了， 智世为了救他们兄妹，只好带他们逃进危险的密道……

露西虽有醒来过，却因为还有不明的力量不断吸走她的魔力又陷入昏睡，当她再次苏醒时，竟然急着要去废弃塔做采集的打工，智世和佐伊等人为了阻止她，自告奋勇代替她去采集……

智世他们代替露西前往废弃塔采矿，未料被伪装成带队者的札凯罗尼带进危险的地方，幸好最后平安离开广弃塔，他们一回到学院就遇到了校长，意外得知菲洛美拉她……

学院的袭击事件频传，校长决定在物理上及魔术上封锁学院，这代表外部的人无法进入，老师和学生们也无法出去。学生还得接受新的必修科目的训练，智世他们第一堂课就受到了震撼教育。

学院封锁之后，智世和同学们的相处更加密切，让她更关心菲洛美拉的身心状况。另一方面，学院校长雇用两名魔女去寻找失踪的魔术书，却从她们的调查信中得知那本可怕的魔术书竟然……

学院封锁后，学生们就只能待在学院里读书。不过有人想到了一种游戏让大家转换心情，然而就在进行游戏时，李安又对菲洛美拉的态度十分不满，智世则对菲洛美拉感到更加不舍。

在紫罗兰的主导下，学院里的几个学生来参加试胆大会，他们这次要到七个有传出灵异故事的地点盖章后，就到终点的天文台。两人一组走在学院时，他们也纷纷说了一些心里话。

最近送往医护室的学生剧增，校长不得不公告有犯人偷走禁书袭击学生之事，但是现阶段仍然没抓到还在学院里的犯人，学生们因此感到焦虑和不安，也有许多不同的意见。

校长宣布学院继续封锁，这表示师生们必须在学院过圣诞节，然而就在圣诞节派对这天，原本一直卧病在床的菲洛美拉在吞下智世亲手做的护身符后…

偷走魔术书吸取大家魔力的犯人，唯一要求是开放学院让他离开，智世担心对方会因此彻底崩坏，急着追上去。虽然校长阻挡，但艾利亚斯支持智世并和她一起离开，同时露西也决定要跟着去…

阿尔库俄涅回想起菲洛美拉的父母以及她年幼时的往事，更为现今的她感到心痛。另一方面，智世为了去宅邸救人，不惜召唤神灵进行一场腥风血雨的杀戮战争…

在佐伊挡下人狼的阻挡后，智世一行人总算到达了菲洛美拉所在之处，但是阿尔库俄涅只允许智世及艾萨克和露西三个孩子上去找她，菲洛美拉在攻击智世后，记忆的片段四处分散…

智世他们成功救回差点成为祭品的菲洛美拉，因此惹怒了她的祖母莉兹贝丝。然而它却有出乎众人意料之外的举动，即使是女神也无法收拾，唯有人类之子才能结束这一切…

在菲洛美拉找到自我后，勇敢地反击祖母莉兹贝丝，终于用她的力量带大家回到原来的世界，由于学院开始放寒假，智世会带菲洛美拉她…