羽鸟智世受邀前往魔术师学院生活，艾利亚斯也陪同前往成为临时教师。不过阿道夫一开始带他们参观学院的医疗室，他们两人就被迫分开行动，智世要独自去面对陌生的环境…

羽鸟智世在雅丽丝的带路下来到教室，魔法课程的老师是变身的艾利亚斯，虽然智世示范魔法的过程显得十分得心应手，但后续的发展却给其他学生上了一堂震撼的课…

智世刚到学院里就认识了很多同学和老师，陌生又热闹的学院环境让她感到疲惫和不安，直到回到和艾利亚斯的家园之后才放松下来，不料却在采收完南瓜和来访的史帖拉回家途中，又突然置身未知的地方…

回到学院房间的智世意外地感受到露西的善意，又在无意间听茉莉提起露西家族韦伯斯特的悲剧，接着又遇到佐伊．埃比对她的无视和愤怒，这一连串的事让智世在学院的生活充满未知的挑战…

在智世寻问艾利亚斯为何想要自己当他的新娘时，雅丽丝也对师父雅丽丝把自己当成女儿的关系感到不满，雅丽丝跟智世道出自己的烦恼，智世同时也整理出自己和艾利亚斯的关系…

智世第一次上学院的体育课程，透过课程让她知道体能训练的重要性，不过接下来是更大的挑战“野外求生术课程”，他们被安排前往苏格兰露营，学习如何在不用魔术的情况下在大自然中生活…

智世和学院的同学们来到外地开始露营的实习课，担心智世的艾利亚斯也变出分身如影随行，白天智世看见了许多善良的邻居，不料夜晚就出现了来者不善的不速之客，智世的室友露西因此魔力枯竭……

由于露西·韦伯斯特在露营实习课中昏倒后就昏迷不醒，学院通知她的哥哥前来。就在此时图书馆发现有一本禁书腐朽，怀疑有人把禁书掉包成伪书，而这一切似乎和韦伯斯特家的悲剧有关……

由于露西昏迷不醒学院通知她的哥哥赛斯前来，智世才得知他们的关系，随后露西也终于苏醒。但是当年袭击他们韦伯斯特家族的凶手又出现了， 智世为了救他们兄妹，只好带他们逃进危险的密道……

露西虽有醒来过，却因为还有不明的力量不断吸走她的魔力又陷入昏睡，当她再次苏醒时，竟然急着要去废弃塔做采集的打工，智世和佐伊等人为了阻止她，自告奋勇代替她去采集……

智世他们代替露西前往废弃塔采矿，未料被伪装成带队者的札凯罗尼带进危险的地方，幸好最后平安离开广弃塔，他们一回到学院就遇到了校长，意外得知菲洛美拉她……

学院的袭击事件频传，校长决定在物理上及魔术上封锁学院，这代表外部的人无法进入，老师和学生们也无法出去。学生还得接受新的必修科目的训练，智世他们第一堂课就受到了震撼教育。

学院封锁之后，智世和同学们的相处更加密切，让她更关心菲洛美拉的身心状况。另一方面，学院校长雇用两名魔女去寻找失踪的魔术书，却从她们的调查信中得知那本可怕的魔术书竟然……

学院封锁后，学生们就只能待在学院里读书。不过有人想到了一种游戏让大家转换心情，然而就在进行游戏时，李安又对菲洛美拉的态度十分不满，智世则对菲洛美拉感到更加不舍。

在紫罗兰的主导下，学院里的几个学生来参加试胆大会，他们这次要到七个有传出灵异故事的地点盖章后，就到终点的天文台。两人一组走在学院时，他们也纷纷说了一些心里话。

最近送往医护室的学生剧增，校长不得不公告有犯人偷走禁书袭击学生之事，但是现阶段仍然没抓到还在学院里的犯人，学生们因此感到焦虑和不安，也有许多不同的意见。

校长宣布学院继续封锁，这表示师生们必须在学院过圣诞节，然而就在圣诞节派对这天，原本一直卧病在床的菲洛美拉在吞下智世亲手做的护身符后…

偷走魔术书吸取大家魔力的犯人，唯一要求是开放学院让他离开，智世担心对方会因此彻底崩坏，急着追上去。虽然校长阻挡，但艾利亚斯支持智世并和她一起离开，同时露西也决定要跟着去…

阿尔库俄涅回想起菲洛美拉的父母以及她年幼时的往事，更为现今的她感到心痛。另一方面，智世为了去宅邸救人，不惜召唤神灵进行一场腥风血雨的杀戮战争…

在佐伊挡下人狼的阻挡后，智世一行人总算到达了菲洛美拉所在之处，但是阿尔库俄涅只允许智世及艾萨克和露西三个孩子上去找她，菲洛美拉在攻击智世后，记忆的片段四处分散…

祖母要把菲洛美拉当作祭品，利用她收集的魔力和继承的血脉来召唤回自己的儿子，也就是菲洛美拉的父亲亚当。谁会对她伸出援手，并且破解祖母设下的魔术阵呢…

智世他们成功救回差点成为祭品的菲洛美拉，因此惹怒了她的祖母莉兹贝丝。然而它却有出乎众人意料之外的举动，即使是女神也无法收拾，唯有人类之子才能结束这一切…

在菲洛美拉找到自我后，勇敢地反击祖母莉兹贝丝，终于用她的力量带大家回到原来的世界，由于学院开始放寒假，智世会带菲洛美拉她…