Capítulo 1: O sacerdote Myoue sua esposa Koto e três filhos moram no Templo Enzanji em Quioto. As pessoas das proximidades os acham medonhos então a família resolve partir para a Cidade Através do Espelho. Capítulo 2: A família está feliz, mas Koto tem um sonho de um desastre assolando a cidade, então os pais resolvem deixar as crianças para trás. Capítulo 3: Com o sumiço dos pais, restam às crianças governar a cidade sozinhos. Certo dia, uma garota chamada Koto aparece.

Capítulo 4: Antigamente, Koto vivia com Inari, que trabalhava para o Sumo Sacerdote do templo que também era seu professor. Capítulo 5: Ela percebeu que Inari talvez fosse seu pai de verdade e o coelho da gravura podia ser sua mãe, mas não revelou isso a ninguém. Capítulo 6: Na Cidade Através do Espelho atual, o Conselho dos Três acha que os olhos vermelhos da Koto podem ser um sinal do retorno de sua mãe.

Capítulo 7: Kurama, quem realmente governa a Cidade Através do Espelho, diz à Koto que a mãe deles é o coelho preto. Capítulo 8: Kurama tem desde pequeno uma curiosidade intelectual e adorava quando seu pai o elogiava por suas invenções. Ele quer saber o que pode fazer fora da Cidade Através do Espelho. Capítulo 9: São reveladas as identidades da Dra. Shouko e de Fushimi...

Capítulo 10: A abertura da Estação, o dia em que todos da cidade se livram das coisas desnecessárias comece, e uma caneca que é muito querida para Yase é jogada fora. Capítulo 11: Yase passou toda sua vida cercada de cosias que a fazem lembrar da mãe e Koto tenta recuperar a caneca, mas... Capítulo 12: Koto tenta fazer com que Kurama e Yase façam as pazes e sente uma ligação à mãe dela entre eles.

Capítulo 13: Myoue anda faltando às reuniões do Conselho dos Três e agora se irrita com toda a diversão que Koto tem. Capítulo 14: Mas sua irritação não é realmente direcionada a ela, mas sim a si mesmo e da forma como agia quando ainda se chamava Yakushimaru. Capítulo 15: Ele leva Koto à zona proibida de bicicleta e oferece um plano a ela.

Capítulo 19: Koto leva sua mãe da Terra Santa do Templo para a Cidade Através do Espelho. Capítulo 20: Os três irmãos se regozijam com o tempo ao lado da mãe, mas... Capítulo 21: Koto tenta descobrir o segredo de seu nascimento com a mãe, mas em vez disso, pedem que ela salve seu pobre pai. Sem espaço para os próprios sentimentos, ela desconta no Myoue.

Koto se culpa pela destruição da Cidade Através do Espelho, acreditando que foi causada por ela ter usado seu martelo. Enquanto isso, ela tenta obter uma explicação de Inari a respeito da destruição, que está afetando as memórias de Yase, o sacerdote-chefe do Templo aparece.

Koto afirma que a Cidade Através do Espelho deve continuar existindo de qualquer jeito. Inari conta que é um deus que criou o universo junto com seu irmão e seu pai.

Enquanto Koto e Inari conversam, as coisas começam a serem esclarecidas. Ele quer sumir e passar suas responsabilidades para Koto. Koto e Yakushimaru planejam usar seus poderes para consertarem o estrago na Cidade Através do Espelho e nos planos paralelos e acabam chegando a Takamakahara, o plano central.