Capítulo 1: O sacerdote Myoue sua esposa Koto e três filhos moram no Templo Enzanji em Quioto. As pessoas das proximidades os acham medonhos então a família resolve partir para a Cidade Através do Espelho. Capítulo 2: A família está feliz, mas Koto tem um sonho de um desastre assolando a cidade, então os pais resolvem deixar as crianças para trás. Capítulo 3: Com o sumiço dos pais, restam às crianças governar a cidade sozinhos. Certo dia, uma garota chamada Koto aparece.

Capítulo 4: Antigamente, Koto vivia com Inari, que trabalhava para o Sumo Sacerdote do templo que também era seu professor. Capítulo 5: Ela percebeu que Inari talvez fosse seu pai de verdade e o coelho da gravura podia ser sua mãe, mas não revelou isso a ninguém. Capítulo 6: Na Cidade Através do Espelho atual, o Conselho dos Três acha que os olhos vermelhos da Koto podem ser um sinal do retorno de sua mãe.

Capítulo 7: Kurama, quem realmente governa a Cidade Através do Espelho, diz à Koto que a mãe deles é o coelho preto. Capítulo 8: Kurama tem desde pequeno uma curiosidade intelectual e adorava quando seu pai o elogiava por suas invenções. Ele quer saber o que pode fazer fora da Cidade Através do Espelho. Capítulo 9: São reveladas as identidades da Dra. Shouko e de Fushimi...

Capítulo 10: A abertura da Estação, o dia em que todos da cidade se livram das coisas desnecessárias comece, e uma caneca que é muito querida para Yase é jogada fora. Capítulo 11: Yase passou toda sua vida cercada de cosias que a fazem lembrar da mãe e Koto tenta recuperar a caneca, mas... Capítulo 12: Koto tenta fazer com que Kurama e Yase façam as pazes e sente uma ligação à mãe dela entre eles.

Capítulo 13: Myoue anda faltando às reuniões do Conselho dos Três e agora se irrita com toda a diversão que Koto tem. Capítulo 14: Mas sua irritação não é realmente direcionada a ela, mas sim a si mesmo e da forma como agia quando ainda se chamava Yakushimaru. Capítulo 15: Ele leva Koto à zona proibida de bicicleta e oferece um plano a ela.

Capítulo 16: Yakushimaru foi salvo pelo sacerdote Myoue das chamas e se torna um membro da família, mas... Capítulo 17: Conforme o tempo passa, Myoue começa a acreditar que Koto é mesmo sua irmã mais nova, mas ao ver a foto de Inari, fica chocado com a semelhança com um sacerdote bem conhecido. Capítulo 18: Enquanto isso, Kurama e Yase fazem Koto lutar contra Bishamaru na esperança de usar a energia da Aratama para convocar a mãe deles.

Capítulo 19: Koto leva sua mãe da Terra Santa do Templo para a Cidade Através do Espelho. Capítulo 20: Os três irmãos se regozijam com o tempo ao lado da mãe, mas... Capítulo 21: Koto tenta descobrir o segredo de seu nascimento com a mãe, mas em vez disso, pedem que ela salve seu pobre pai. Sem espaço para os próprios sentimentos, ela desconta no Myoue.

Koto afirma que a Cidade Através do Espelho deve continuar existindo de qualquer jeito. Inari conta que é um deus que criou o universo junto com seu irmão e seu pai.

Enquanto Koto e Inari conversam, as coisas começam a serem esclarecidas. Ele quer sumir e passar suas responsabilidades para Koto. Koto e Yakushimaru planejam usar seus poderes para consertarem o estrago na Cidade Através do Espelho e nos planos paralelos e acabam chegando a Takamakahara, o plano central.